KJM Molekylmodellering
|
|
- Kurt Austad
- 6 år siden
- Visninger:
Transkript
1 KJM Molekylmodellering Vebjørn Bakken Kjemisk institutt, UiO 24. mai 2004 KJM Molekylmodellering p.1/41
2 Molekyler i løsning Molekyler i lsning p.2/41
3 Introduksjon Solvatisering Reaksjoner i gassfase: Isolerte molekyler Molekyler i lsning p.3/41
4 Introduksjon Solvatisering Reaksjoner i gassfase: Isolerte molekyler I løsning: Må ta hensyn til omgivelsene Molekyler i lsning p.3/41
5 Introduksjon Vekselvirkninger molekyl/løsning Kort rekkevidde Dispersjon, repulsjon, H-bindinger Lang rekkevidde Elektrostatisk, polarisering Skallstruktur (eksempel: DCl/D 2 O) Molekyler i lsning p.4/41
6 Solvatisering Hvordan påvirker løsemiddelet en reaksjon? Fungerer som energikilde og -sluk Kan skape, forsterke eller hindre molekylbevegelse (vibrasjon, rotasjon og translasjon) Kan stabilisere ioner og påvirke hastighet for ladningsoverføring Perturberer potensialflaten en reaksjon foregår på Molekyler i lsning p.5/41
7 Solvatisering Flater for fri energi Molekyler i lsning p.6/41
8 Modeller Ikke én enkelt teori for alle prosesser, egenskaper og reaksjoner i løsning Skiller mellom Implisitte (kontinuum) modeller gode for midlere vekselvirkninger, lang rekkevidde Eksplisitte (supermolekylære) modeller gode for spesifikke vekselvirkninger, kort rekkevidde Hybridmodeller Molekyler i lsning p.7/41
9 Implisitte modeller Klassiske modeller F.eks. Onsager-modellen Molekylet representeres med permanent dipol µ 0 og polarisabilitet α Sfærisk hulrom med radius a Løsemiddel beskrives med dielektrisitetskonstant ε Løsemiddelet polariseres, setter opp reaksjonsfelt F Induserer dipolmoment i molekylet µ = µ 0 + αf Molekyler i lsning p.8/41
10 Implisitte modeller Self-consistent reaction field (SCRF) Kvantemekanisk Onsager-modell Hamilton-operatoren perturberes Ĥ s = Ĥ0 V RF Selvkonsistent: Tetthetsmatrisen og µ konvergert Fungerer overraskende bra: Neglisjering av høyere elektriske moment kansellerer feil knyttet til sfærisk hulrom Molekyler i lsning p.9/41
11 Implisitte modeller Ulike hulrom Molekyler i lsning p.10/41
12 Implisitte modeller Polarized Continuum Model (PCM) Polariserbart kontinuum representeres av ladningsfordeling (punktladninger) på overflaten av hulrommet Hulrom formet som molekylet Mer tidkrevende enn SCRF, men også mer nøyaktig PCM per idag mest vanlig metode for modellering i løsning Molekyler i lsning p.11/41
13 Eksplisitte modeller Eksplisitte modeller gir atomær (og ikke statistisk) beskrivelse av løsemiddelet Detaljert beskrivelse av hydrogenbindinger m.m. Slipper definisjon av hulrom Ladningsoverføring Problemer med effektene som har lang rekkevidde Generelt: Mer realistisk, men tyngre beregningsmessig Molekyler i lsning p.12/41
14 Eksplisitte modeller Supermolekyl (cluster) Inkluder et antall løsemiddel-molekyler Balansert: Hele systemet behandles med samme metode Første solvatiseringsskall er minimum Med hvert solvatiseringsskall øker antall molekyler raskt Problem med overflateeffekter Molekyler i lsning p.13/41
15 Eksplisitte modeller QM/MM Partisjonerer systemet Nøyaktig kvantemekanikk-del Billig molekylmekanikk-del Hamilton-operator: Ĥ = ĤQM + ĤMM + ĤQM/MM (0) Ĥ QM gassfase Hamilton-operator Ĥ MM isolert MM-system Ĥ QM/MM vekselvirkningen Molekyler i lsning p.14/41
16 Eksplisitte modeller QM/MM God beskrivelse av QM/MM-koblingen helt avgjørende Polarisering generelt viktig, dvs. variable MM-atomladninger Svært følsom for valg av Lennard Jones-parametre Fungerer best med skreddersydde kraftfelt (for gitt QM-metode) Molekyler i lsning p.15/41
17 Eksplisitte modeller Problem med eksplisitte modeller: Valg av konfigurasjon(er) Antall tilgjengelige minima øker hurtig med antall løsemiddel-molekyler Molekylsimulering kan benyttes til å sample faserommet Monte Carlo-simuleringer Molekyldynamikk Molekyler i lsning p.16/41
18 Eksplisitte modeller Car Parrinello molekyldynamikk Molekyler i lsning p.17/41
19 Hybridmodeller Eksplisitt modellering av innerste solvatiseringsskall Kontinuum-modeller beskriver vekselvirkninger med lang rekkevidde Problemer: Valg av konfigurasjoner Må unngå utveksling mellom eksplisitt og implisitt region Enkelte gode QM/MM/PCM resultater rapportert Molekyler i lsning p.18/41
20 Sammensatte metoder Sammensatte metoder p.19/41
21 Introduksjon Termokjemiske beregninger viktig for å forutsi kjemisk reaktivitet Kjemisk nøyaktighet (noen få kj/mol) oppnås med korrelerte metoder og store basissett Ekstrapolasjon fra billigere metoder? G2-settet 147 atomer, molekyler og ioner 125 energidifferanser Sammensatte metoder p.20/41
22 Gn G1 og G2 Mål: Atomiseringsenergier innenfor 2 kcal/mol Strategi: Approksimer QCISD(T)/6-311+G(3df,p) Anta at basissett og korrelasjonsbidrag er additive Empirisk korreksjoner som funksjon av antall parrede og antall uparrede elektroner Sammensatte metoder p.21/41
23 Gn Basis HF MP2 MP4 QCISD(T) 6-31G* Frekvens Struktur 6-311G* G* G(2df) G(3df,p) 8?? = 2 + (3 2) + (5 2) + (7 2) G1 +(8 1) (4 1) (6 1) G2 Sammensatte metoder p.22/41
24 Gn Midlere absolutt avvik for G2-settet G kcal/mol G kcal/mol G2(MP2) unngår MP4-beregningene Billigere, men mindre nøyaktig Relativt ny G3-metode Billigere og mer nøyaktig enn G2! Sammensatte metoder p.23/41
25 CBS Alternativ til Gn er CBS-metodene (complete basis set) Gn baserer seg på additive korreksjoner CBS bygger på ekstrapolasjon mot komplett basis CBS-4, CBS-q, CBS-Q og CBS-APNO Ulik kostnad og nøyaktighet CBS-Q omtrent ekvivalent med G3 Sammensatte metoder p.24/41
26 Sammensatte metoder Sammensatte metoder p.25/41
27 Termokjemi Anbefalte metoder (H. B. Schlegel, 2002) Metode N tunge 50% konf. 90% konf. Maks. feil CBS-APNO CBS-Q CBS B3LYP/6-311+G(3df,2df,2p)// B3LYP/6-31G* B3LYP/6-31+G(d,p)//HF/3-21G* B3LYP/6-31G*//AM AM Beregnet for G2-settet, alle tall i kcal/mol 50% konfidensintervall svarer til 0.85 ganger midlere absolutte avvik 90% konfidensintervall svarer til 2.06 ganger midlere absolutte avvik Sammensatte metoder p.26/41
28 Kalibrering av kvantekjemiske metoder Kalibrering av kvantekjemiske metoder p.27/41
29 Metoder Presentert lang rekke metoder for molekylmodellering Ingen klar fasit for korrekt metode, avhenger av Gassfase, løsning eller fast stoff Egenskaper som skal beregnes Ønsket nøyaktighet Størrelsen på molekyl/system Tilgjengelig regnekraft Kalibrering av kvantekjemiske metoder p.28/41
30 Metoder For store systemer står valget hovedsaklig mellom molekylmekanikk eller semi-empiriske metoder For små til middels store systemer kan vi velge blant elektronstruktur-metodene Bølgefunksjonbaserte metoder HF, MCSCF MPn CI CC Tetthetsfunksjonalteori (DFT) Kalibrering av kvantekjemiske metoder p.29/41
31 Metoder One-electron expansion Basis set limit for a given N-electron model N-electron models The exact solution Exact solution in a given one-electron basis Kalibrering av kvantekjemiske metoder p.30/41
32 Metoder Hver metode har iboende feil Balansert behandling innebærer fornuftig basissett i forhold N-elektronmetode Kalibrering av kvantekjemiske metoder p.31/41
33 Metoder Hartree Fock fungerer ofte bra med dobbel-ζ basis Kansellering av feil Populært slagord: Right answer for the right reason Krever nøyaktig behandling av både 1-elektron- og N-elektronproblemet Kalibrering av kvantekjemiske metoder p.32/41
34 Metoder Post-HF metoder forsøker å fange opp korrelasjonsenergien Problem: Krever god beskrivelse av elektron-cusps, r ij = 0 Kalibrering av kvantekjemiske metoder p.33/41
35 Kalibrering 20 små molekyler (2-6 atomer) Variasjoner i hvor godt enkeltdeterminant beskriver systemene Molekyl n okk min n virt maks H CH N HNO F O Kalibrering av kvantekjemiske metoder p.34/41
36 Kalibrering Kalibrering av kvantekjemiske metoder p.35/41
37 Kalibrering Bindingslengder (pm) sammenlignet med eksperiment Viser normaliserte feilfordelinger Noen observasjoner HF fungerer best med cc-pvdz MP3 og MP4 til dels dårligere enn MP2 CCSD bedre enn CISD CCSD(T) krever trippel-ζ basis Kalibrering av kvantekjemiske metoder p.36/41
38 Kalibrering Kalibrering av kvantekjemiske metoder p.37/41
39 Kalibrering Atomiseringsenergier (kj/mol) svært krevende egenskap Systemer med ulikt antall elektroner cc-pcvxz signifikant bedre enn cc-pvxz Av de testede metodene gir kun CCSD(T) virkelig gode resultater Med CCSD(T) fungerer ekstrapolasjon fra par av basissett svært bra Kalibrering av kvantekjemiske metoder p.38/41
40 Kalibrering Kalibrering av kvantekjemiske metoder p.39/41
41 Kalibrering Reaksjonsentalpier (kj/mol) for 17 reaksjoner HF omlag 10% feil Igjen CCSD(T) som virkelig gir gode resultater (T)-bidraget kan være nesten like stort som SD-bidraget Kalibrering av kvantekjemiske metoder p.40/41
42 Decisions, decisions... Kalibrering av metoder og basissett Objektiv informasjon om hvilken nøyaktighet man kan forvente av gitt teorinivå Modellering av spesifikke systemer Erfaring og testberegninger med ulike basissett/bølgefunksjoner Subjektive vurderinger bak endelig metodevalg! Kalibrering av kvantekjemiske metoder p.41/41
KJM Molekylmodellering. Molekyler i løsning. Introduksjon. Introduksjon
KJM3600 - Molekylmodellering Vebjørn Bakken Kjemisk institutt, UiO Molekyler i løsning 24. mai 2004 KJM3600 - Molekylmodellering p.1/41 Molekyler i lsning p.2/41 Introduksjon Solvatisering Reaksjoner i
DetaljerKJM-MEF Modul 3 Kvantekjemiske metoder. Repetisjon. Kvantekjemiske metoder. Basissett oppsummert
KJM-MEF 4010 - Modul 3 Kvantekjemiske metoder Vebjørn Bakken Kjemisk institutt, UiO Repetisjon 2. september 2004 KJM-MEF 4010 - Modul 3 Kvantekjemiske metoder p.1/50 Repetisjon p.2/50 Kvantekjemiske metoder
DetaljerKJM-MEF Modul 3 Kvantekjemiske metoder
KJM-MEF 4010 - Modul 3 Kvantekjemiske metoder Vebjørn Bakken Kjemisk institutt, UiO 2. september 2004 KJM-MEF 4010 - Modul 3 Kvantekjemiske metoder p.1/50 Repetisjon Repetisjon p.2/50 Repetisjon p.3/50
DetaljerKJM-MEF Modul 3 Kvantekjemiske metoder
KJM-MEF 4010 - Modul 3 Kvantekjemiske metoder Vebjørn Bakken Kjemisk institutt, UiO 27. august 2004 KJM-MEF 4010 - Modul 3 Kvantekjemiske metoder p.1/45 Repetisjon Repetisjon p.2/45 Repetisjon p.3/45 Hartree
DetaljerKJM-MEF Modul 3 Kvantekjemiske metoder. Repetisjon. Geometrioptimering. Hartree Fock
KJM-MEF 4010 - Modul 3 Kvantekjemiske metoder Vebjørn Bakken Kjemisk institutt, UiO Repetisjon 27. august 2004 KJM-MEF 4010 - Modul 3 Kvantekjemiske metoder p.1/45 Repetisjon p.2/45 Hartree Fock Geometrioptimering
DetaljerKJM Molekylmodellering. Semi-empiriske metoder - repetisjon. Generell ytelse
KJM3600 - Molekylmodellering Vebjørn Bakken Kjemisk institutt, UiO Semi-empiriske metoder - repetisjon 8. mars 2004 KJM3600 - Molekylmodellering p.1/47 Semi-empiriske metoder - repetisjon p.2/47 Generell
DetaljerKJM Molekylmodellering
KJM3600 - Molekylmodellering Vebjørn Bakken Kjemisk institutt, UiO 8. mars 2004 KJM3600 - Molekylmodellering p.1/47 Semi-empiriske metoder - repetisjon Semi-empiriske metoder - repetisjon p.2/47 Generell
DetaljerKJM Molekylmodellering. Korrelerte metoder - repetisjon. Korrelerte metoder
KJM3600 - Molekylmodellering Vebjørn Bakken Kjemisk institutt, UiO Korrelerte metoder - repetisjon 29. mars 2004 KJM3600 - Molekylmodellering p.1/30 Korrelerte metoder - repetisjon p.2/30 Korrelerte metoder
DetaljerKJM Molekylmodellering. Molekylmekanikk. Oversikt. Introduksjon
KJM3600 - Molekylmodellering Vebjørn Bakken Kjemisk institutt, UiO Molekylmekanikk KJM3600 - Molekylmodellering p.1/50 Molekylmekanikk p.2/50 Oversikt Introduksjon Detaljert beskrivelse av kraftfeltmetoder
DetaljerKJM Molekylmodellering. Molekylorbitalteori - repetisjon. Variasjonsprinsippet. Kvantemekanikk. systemet
KJM3600 - Molekylmodellering Vebjørn Bakken Kjemisk institutt, UiO Molekylorbitalteori - repetisjon KJM3600 - Molekylmodellering p1/48 Molekylorbitalteori - repetisjon p2/48 Bølgefunksjonen systemet Kvantemekanikk
DetaljerKJM Molekylmodellering
KJM3600 - Molekylmodellering Vebjørn Bakken Kjemisk institutt, UiO 23. februar 2004 KJM3600 - Molekylmodellering p.1/49 Hartree Fock - repetisjon Hartree Fock - repetisjon p.2/49 Hartree Fock Hartree Fock
DetaljerKJM-MEF Modul 3 Kvantekjemiske metoder. Introduksjon. Kvantekjemiske metoder. Kvantekjemiske metoder
KJM-MEF 4010 - Modul 3 Kvantekjemiske metoder Vebjørn Bakken Kjemisk institutt, UiO Introduksjon Høst 2004 KJM-MEF 4010 - Modul 3 Kvantekjemiske metoder p.1/134 Introduksjon p.2/134 Kvantekjemiske metoder
DetaljerKJM3600 - Molekylmodellering. Hartree Fock - repetisjon. Hartree Fock. Hartree Fock
KJM3600 - Molekylmodellering Vebjørn Bakken Kjemisk institutt, UiO Hartree Fock - repetisjon 23. februar 2004 KJM3600 - Molekylmodellering p.1/49 Hartree Fock - repetisjon p.2/49 Hartree Fock Hartree Fock
DetaljerKJM Molekylmodellering. Basissett - repetisjon. Basissett oppsummert. Hartree Fock-grensen
KJM3600 - Molekylmodellering Vebjørn Bakken Kjemisk institutt, UiO Basissett - repetisjon 15. mars 2004 KJM3600 - Molekylmodellering p.1/44 Basissett - repetisjon p.2/44 Basissett oppsummert Hartree Fock-grensen
DetaljerTeoretisk kjemi. Trygve Helgaker. Centre for Theoretical and Computational Chemistry. Kjemisk institutt, Universitetet i Oslo. Onsdag 13.
1 Teoretisk kjemi Trygve Helgaker Centre for Theoretical and Computational Chemistry Kjemisk institutt, Universitetet i Oslo Onsdag 13. august 2008 2 Kjemi er komplisert! Kjemi er utrolig variert og utrolig
DetaljerKJM Molekylmodellering
KJM3600 - Molekylmodellering Vebjørn Bakken Kjemisk institutt, UiO 19. april 2004 KJM3600 - Molekylmodellering p.1/36 Tetthetsfunksjonalteori (DFT) - repetisjon Tetthetsfunksjonalteori (DFT) - repetisjon
DetaljerKJM-MEF Modul 3 Kvantekjemiske metoder
KJM-MEF 4010 - Modul 3 Kvantekjemiske metoder Vebjørn Bakken Kjemisk institutt, UiO Høst 2004 KJM-MEF 4010 - Modul 3 Kvantekjemiske metoder p.1/134 Introduksjon Introduksjon p.2/134 Introduksjon p.3/134
DetaljerOppgave 2 Molekylmekanikk
Oppgave 2 Molekylmekanikk KJM3600 Molekylmodellering Vår 2004 Introduksjon I denne oppgaven skal vi benytte molekylmekanikk til å gjøre en kvalitativ undersøkelse av interaksjonsenergien i to basepar-komplekser,
DetaljerKJM Molekylmodellering. Monte Carlo simuleringer og molekyldynamikk - repetisjon. Statistisk mekanikk
KJM3600 - Molekylmodellering Vebjørn Bakken Kjemisk institutt, UiO Monte Carlo simuleringer og molekyldynamikk - repetisjon KJM3600 - Molekylmodellering p.1/50 Monte Carlo simuleringer og molekyldynamikk
DetaljerKJM Molekylmodellering
KJM3600 - Molekylmodellering Vebjørn Bakken Kjemisk institutt, UiO KJM3600 - Molekylmodellering p.1/50 Molekylmekanikk Molekylmekanikk p.2/50 Oversikt Introduksjon Detaljert beskrivelse av kraftfeltmetoder
DetaljerKJM Molekylmodellering
KJM3600 - Molekylmodellering Vebjørn Bakken Kjemisk institutt, UiO KJM3600 - Molekylmodellering p.1/48 Molekylorbitalteori - repetisjon Molekylorbitalteori - repetisjon p.2/48 Kvantemekanikk Bølgefunksjonen
DetaljerKJM Molekylmodellering. Molekylmekanikk - repetisjon. Kraftfeltenergien. Klassisk modell
KJM3600 - Molekylmodellering Vebjørn Bakken Kjemisk institutt, UiO Molekylmekanikk - repetisjon KJM3600 - Molekylmodellering p.1/49 Molekylmekanikk - repetisjon p.2/49 Klassisk modell Kraftfeltenergien
DetaljerKJM Molekylmodellering
KJM3600 - Molekylmodellering Vebjørn Bakken Kjemisk institutt, UiO 19. april 2004 KJM3600 - Molekylmodellering p.1/44 Molekylære egenskaper - repetisjon Molekylre egenskaper - repetisjon p.2/44 Molekylære
DetaljerTKJ4170 Midtsemesterrapport
TKJ4170 Midtsemesterrapport Forord Denne rapporten er skrevet i forbindelse med et midtsemesterprosjekt i faget TKJ4170 Kvantekjemi på NTNU. Prosjektet går ut på å studere et selvvalgt molekyl ved å gjøre
DetaljerKvantekjemi kjemiens nye verktøy
1 Kvantekjemi kjemiens nye verktøy Trygve Helgaker Centre for Theoretical and Computational Chemistry Kjemisk institutt, Universitetet i Oslo Norsk Kjemisk Selskap Rådsmøte 13 april 2007 DNVA, Drammensveien
DetaljerDet virtuelle kjemilaboratoriet. Trygve Helgaker. Centre for Theoretical and Computational Chemistry. Kjemisk institutt, Universitetet i Oslo
1 Det virtuelle kjemilaboratoriet Trygve Helgaker Centre for Theoretical and Computational Chemistry Kjemisk institutt, Universitetet i Oslo Etterutdanningskurs for lærere i Oslo kommune Skolelaboratoriet,
DetaljerKJM Molekylmodellering. Introduksjon. Molekylmodellering. Molekylmodellering
KJM3600 - Vebjørn Bakken Kjemisk institutt, UiO Introduksjon KJM3600 - p.1/29 Introduksjon p.2/29 Flere navn på moderne teoretisk kjemi: Theoretical chemistry (teoretisk kjemi) Quantum chemistry (kvantekjemi)
DetaljerKvantemekanikk på datamaskiner: kjemiens nye verktøy
Kvantemekanikk på datamaskiner: kjemiens nye verktøy Trygve Helgaker Kjemisk institutt, Universitetet i Oslo Kjemien stemmer fagkurs Thon Hotel Opera, Oslo, 24. mai 2012 Trygve Helgaker (Kjemisk institutt,
DetaljerKvantekjemi. en fascinerende kjemi helt uten eksperimenter. Trygve Helgaker. Kjemisk institutt, Universitetet i Oslo
Kvantekjemi en fascinerende kjemi helt uten eksperimenter Trygve Helgaker Kjemisk institutt, Universitetet i Oslo Nydalen videregående skole Oslo, 21. mars 2013 Trygve Helgaker (Kjemisk institutt, UiO)
DetaljerKvantekjemi fremtidens virtuelle laboratorium
1 Kvantekjemi fremtidens virtuelle laboratorium Gruppen for teoretisk kjemi: Knut Fægri, Trygve Helgaker Peter Macak Vebjørn Bakken, Alf Hennum, Torgeir Ruden Kjetil Jacobsen, Ola Lutnæs, Seema Singh Arbeidsfelt:
DetaljerKJM-MEF Modul 3 Kvantekjemiske metoder
KJM-MEF 4010 - Modul 3 Kvantekjemiske metoder Vebjørn Bakken Kjemisk institutt, UiO 26. august 2004 KJM-MEF 4010 - Modul 3 Kvantekjemiske metoder p.1/48 Introduksjon Introduksjon p.2/48 Introduksjon p.3/48
DetaljerKJM Molekylmodellering
KJM3600 - Molekylmodellering Vebjørn Bakken Kjemisk institutt, UiO KJM3600 - Molekylmodellering p.1/29 Introduksjon Introduksjon p.2/29 Introduksjon p.3/29 Molekylmodellering Flere navn på moderne teoretisk
DetaljerKJM Molekylmodellering
KJM3600 - Molekylmodellering Vebjørn Bakken Kjemisk institutt, UiO KJM3600 - Molekylmodellering p.1/49 Molekylmekanikk - repetisjon Molekylmekanikk - repetisjon p.2/49 Klassisk modell Ren klassisk beskrivelse
DetaljerKJM2600-Laboratorieoppgave 1
KJM2600-Laboratorieoppgave 1 Sindre Rannem Bilden Gruppe 1 4. mars 2015 1 Hensikt Hensikten med oppgaven var å demonstrere anvendelsen av kvantekjemiske beregninger i kjemi. 2 Teori Oppgaven baserer seg
DetaljerKvantemekanikk på datamaskiner: kjemiens nye verktøy
Kvantemekanikk på datamaskiner: kjemiens nye verktøy Trygve Helgaker Kjemisk institutt, Universitetet i Oslo Åpen dag, 10. mars 2011 Trygve Helgaker (Kjemisk institutt, UiO) Kvantemekanikk på datamaskiner
DetaljerFYS 3710 Biofysikk og Medisinsk Fysikk, Bindingsteori - atomorbitaler
FYS 3710 Biofysikk og Medisinsk Fysikk, 2017 3 Bindingsteori - atomorbitaler Einar Sagstuen, Fysisk institutt, UiO 28.08.2017 1 Biologiske makromolekyler DNA PROTEIN t-rna 28.08.2017 2 Biologiske makromolekyler
DetaljerMNF, UiO 24 mars Trygve Helgaker Kjemisk institutt, Universitetet i Oslo
MNF, UiO 24 mars 2014 Trygve Helgaker Kjemisk institutt, Universitetet i Oslo Kjemi: et mangepar.kkelproblem Molekyler er enkle: ladete partikler i bevegelse styrt av kvantemekanikkens lover HΨ=EΨ men
DetaljerKJM Molekylmodellering. Introduksjon. Molekylmodellering. Molekylmodellering
KJM3600 - Molekylmodellering Vebjørn Bakken Kjemisk institutt, UiO Introduksjon Våren 2004 KJM3600 - Molekylmodellering p.1/507 Introduksjon p.2/507 Molekylmodellering Molekylmodellering Flere navn på
DetaljerKvantemekanikk på datamaskiner: kjemiens nye verktøy
Kvantemekanikk på datamaskiner: kjemiens nye verktøy Trygve Helgaker Kjemisk institutt, Universitetet i Oslo CTCC-seminar, 4. februar 2011 Trygve Helgaker (Kjemisk institutt, UiO) Kvantemekanikk på datamaskiner
DetaljerKJM Molekylmodellering
KJM3600 - Molekylmodellering Vebjørn Bakken Kjemisk institutt, UiO 3. mai 2004 KJM3600 - Molekylmodellering p.1/43 Eksiterte tilstander - repetisjon Eksiterte tilstander - repetisjon p.2/43 Eksiterte tilstander
DetaljerFYS 3710 Biofysikk og Medisinsk Fysikk, Bindingsteori - atomorbitaler
FYS 3710 Biofysikk og Medisinsk Fysikk, 2016 3 Bindingsteori - atomorbitaler Einar Sagstuen, Fysisk institutt, UiO 26.08.2016 1 Biologiske makromolekyler DNA PROTEIN t-rna 26.08.2016 2 Biologiske makromolekyler
DetaljerMandag Ledere: Metaller. Atomenes ytterste elektron(er) er fri til å bevege seg gjennom lederen. Eksempler: Cu, Al, Ag etc.
Institutt for fysikk, NTNU TFY4155/FY1003: Elektrisitet og magnetisme Vår 2007, uke 7 Mandag 12.02.07 Materialer og elektriske egenskaper Hovedinndeling av materialer med hensyn på deres elektriske egenskaper:
DetaljerKjemiske bindinger. Som holder stoffene sammen
Kjemiske bindinger Som holder stoffene sammen Bindingstyper Atomer Bindingene tegnes med Lewis strukturer som symboliserer valenselektronene Ionebinding Kovalent binding Polar kovalent binding Elektronegativitet,
DetaljerTrygve Helgaker. 31 januar 2018
Trygve Helgaker Senter for grunnforskning Det Norske Videnskaps-Akademi Hylleraas Centre for Quantum Molecular Sciences Kjemisk institutt, Universitetet i Oslo 31 januar 2018 Kjemi Kjemi er læren om stoffer
DetaljerKvantemekanikk på datamaskiner: kjemiens nye verktøy
Kvantemekanikk på datamaskiner: kjemiens nye verktøy Trygve Helgaker Kjemisk institutt, Universitetet i Oslo Oslo katedralskole 2. februar 2011 Trygve Helgaker (Kjemisk institutt, UiO) Kvantemekanikk på
DetaljerDette gir ingen informasjon om hvor en nukleofil vil angripe.
FY1006/TFY4215 Innføring i kvantefysikk Våren 2016 Molekylfysikk Løsningsforslag til Øving 13 S N 2-reaksjon. 2. a) Flate med konstant elektrontetthet for molekylet ClC3: Dette gir ingen informasjon om
DetaljerEten % 1.2%
TFY4215 Innføring i kvantefysikk Molekylfysikk Løsningsforslag til Øving 11 Eten. 6. Med Hartree-Fock-metoden og basissettet 3-21G finner man en likevektsgeometri for eten med bindingslengdene C-H = 1.074
DetaljerUNIVERSITETET I OSLO
Side 1 UNIVERSITETET I OSLO Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet Eksamen (utsatt prøve) i: KJM 1110 Organisk kjemi I Eksamensdag: 19. august 2010 Tid for eksamen: 14:30-17:30 Oppgavesettet er på
DetaljerOverflateladningstetthet på metalloverflate
0.0.08: Rettet opp feil i oppgave 4 og løsningsforslag til oppgave 8b. Overflateladningstetthet på metalloverflate. Ei metallkule med diameter 0.0 m har ei netto ladning på 0.50 nc. Hvor stort er det elektriske
DetaljerUNIVERSITETET I OSLO
Side 1 UNIVERSITETET I OSLO Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet Eksamen (utsatt prøve) i: KJM 1110 Organisk kjemi I Eksamensdag: 19. august 2010 Tid for eksamen: 14:30-17:30 Oppgavesettet er på
DetaljerOnsdag og fredag
Institutt for fysikk, NTNU TFY4155/FY1003: Elektrisitet og magnetisme Vår 2009, uke 13 Onsdag 25.03.09 og fredag 27.03.09 Amperes lov [FGT 30.1, 30.3; YF 28.6, 28.7; AF 26.2; H 23.6; G 5.3] B dl = µ 0
DetaljerComputing in Science Education
Computing in Science Education Beregninger i utdanning og forskning ved Kjemisk institutt Metoder i teoretisk kjemi og beregningsorientert kjemi Kvantekjemiske beregninger i moderne kjemisk forskning Trygve
DetaljerBOKMÅL NORGES TEKNISK-NATURVITENSKAPELIGE UNIVERSITET INSTITUTT FOR KJEMI KJ1041 KJEMISK BINDING, SPEKTROSKOPI OG KINETIKK HØSTEN 2010
BOKMÅL NORGES TEKNISK-NATURVITENSKAPELIGE UNIVERSITET INSTITUTT FOR KJEMI KJ1041 KJEMISK BINDING, SPEKTROSKOPI OG KINETIKK HØSTEN 2010 Onsdag 8. Desember 2010 Tid: 15.00 19.00 Faglig kontakt under eksamen:
DetaljerLøsning, eksamen TFY4205 Kvantemekanikk II Mandag 13. august 2012
Løsning, eksamen TFY4205 Kvantemekanikk II Mandag 13 august 2012 1a) Kravene at både ψ og ψ er kontinuerlige der potensialet er diskontinuerlig, følger av Schrödingerligningen 2 2m ψ x) + V x)ψx) = Eψx)
DetaljerMidtsemesterprøve fredag 11. mars kl
Institutt for fysikk, NTNU FY1003 Elektrisitet og magnetisme TFY4155 Elektromagnetisme Vår 2005 Midtsemesterprøve fredag 11. mars kl 1030 1330. Løsningsforslag 1) B. Newtons 3. lov: Kraft = motkraft. (Andel
DetaljerKJM2600-Laboratorieoppgave 2
KJM2600-Laboratorieoppgave 2 Sindre Rannem Bilden Gruppe 1 12. mars 2015 1 Hensikt Utdypning av kvantekjemiske begreper ved hjelp av Hückelberegninger. 2 Teori Hückel-teorien bruker den tidsuavhengige
DetaljerBasepar i DNA. TFY4215 Kjemisk fysikk og kvantemekanikk Våren 2006 Kjemisk fysikk Øving 3 Innleveringsfrist, gruppe 1: gruppe 2:
TFY4215 Kjemisk fysikk og kvantemekanikk Våren 2006 Kjemisk fysikk Øving 3 Innleveringsfrist, gruppe 1: 07.05. gruppe 2: 09.05. Basepar i DNA. Innledning DNA, deoxyribonucleic acid er molekylene som inneholder
DetaljerF F. Intramolekylære bindinger Kovalent binding. Kjemiske bindinger. Hver H opplever nå å ha to valenselektroner og med det er
Kjemiske bindinger Atomer kan bli knyttet sammen til molekyler for å oppnå lavest mulig energi. Dette skjer normalt ved at atomer danner kjemiske bindinger sammen for å få sitt ytterste skall fylt med
DetaljerS N 2-reaksjon. Dette gir ingen informasjon om hvor en nukleofil vil angripe.
FY1006/TFY4215 Innføring i kvantefysikk Våren 2012 Kjemisk fysikk Løsningsforslag til Øving 2 S N 2-reaksjon. 2. a) Flate med konstant elektrontetthet for molekylet ClCH 3 : Dette gir ingen informasjon
DetaljerLøsningsforslag Eksamen 29. mai 2010 FY1006 Innføring i kvantefysikk/tfy4215 Kjemisk fysikk og kvantemekanikk
Eksamen FY1006/TFY4215, 29. mai 2010 - løsningsforslag 1 Løsningsforslag Eksamen 29. mai 2010 FY1006 Innføring i kvantefysikk/tfy4215 Kjemisk fysikk og kvantemekanikk Oppgave 1 a. I punktene x = 0 og x
DetaljerForelesningsnotat om molekyler, FYS2140. Susanne Viefers
Forelesningsnotat om molekyler, FYS Susanne Viefers. mai De fleste grunnstoffer (unntatt edelgassene) deltar i formingen av molekyler. Molekyler er sammensatt av enkeltatomer som holdes sammen av kjemiske
DetaljerNobelprisen i kjemi 2013 og noe annet. Trygve Helgaker. CTCC, Kjemisk Universitetet i Oslo
Nobelprisen i kjemi 2013 og noe annet Generalforsamling NKS Oslo Villa Eckbo, Oslo Torsdag 13 februar 2014 Trygve Helgaker CTCC, Kjemisk ins>tu@, Universitetet i Oslo Kjemi: et mangepar>kkelproblem Molekyler
DetaljerLøsningsforslag Eksamen 16. august 2008 TFY4215 Kjemisk fysikk og kvantemekanikk
Eksamen TFY415 16. august 008 - løsningsforslag 1 Oppgave 1 (Teller 34 %) Løsningsforslag Eksamen 16. august 008 TFY415 Kjemisk fysikk og kvantemekanikk a. Siden potensialet V () er symmetrisk, er grunntilstanden
DetaljerTirsdag r r
Institutt for fysikk, NTNU TFY4155/FY1003: Elektrisitet og magnetisme Vår 2008, uke 6 Tirsdag 05.02.08 Gauss lov [FGT 23.2; YF 22.3; TM 22.2, 22.6; AF 25.4; LHL 19.7; DJG 2.2.1] Fra forrige uke; Gauss
DetaljerFasit til norsk finale
Kjemi OL Fasit til norsk finale Kvalifisering til den 47. Internasjonale Kjemiolympiaden 2015 i Baku, Aserbajdsjan Oppgave 1 1) D 2) A 3) C 4) B 5) B 6) B 7) C 8) D 9) A 10) C 11) C 12) A 13) C 14) A 15)
DetaljerFYS1120 Elektromagnetisme, Ukesoppgavesett 1
FYS1120 Elektromagnetisme, Ukesoppgavesett 1 22. august 2016 I FYS1120-undervisningen legg vi mer vekt på matematikk og numeriske metoder enn det oppgavene i læreboka gjør. Det gjelder også oppgavene som
DetaljerA.5 Stasjonære og ikke-stasjonære tilstander
TFY4250/FY2045 Tillegg 4 - Stasjonære og ikke-stasjonære tilstander 1 Tillegg 4: A.5 Stasjonære og ikke-stasjonære tilstander a. Stasjonære tilstander (Hemmer p 26, Griffiths p 21) Vi har i TFY4215 (se
DetaljerCentre for Theoretical and Computational Chemistry. Trygve Helgaker Universitetet i Oslo
Centre for Theoretical and Computational Chemistry Trygve Helgaker Universitetet i Oslo Centre for Theore+cal and Computa+onal Chemistry Kjemi med beregninger og simuleringer i sentrum Numeriske simuleringer:
DetaljerKollokvium 4 Grunnlaget for Schrödingerligningen
Kollokvium 4 Grunnlaget for Scrödingerligningen 10. februar 2016 I dette kollokviet skal vi se litt på grunnlaget for Scrödingerligningen, og på når den er relevant. Den første oppgaven er en diskusjonsoppgave
DetaljerDet er 20 avkryssingsoppgaver. Riktig svar gir 1 poeng, feil eller ingen svar gir 0 poeng.
UNIVERSITETET I OSLO Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet Eksamen i KJM1002 - Innføring i kjemi Eksamensdag: 8. desember kl. 14:30 Tid for eksamen: 4 timer Det er 20 avkryssingsoppgaver. Riktig
DetaljerFYS2140 Kvantefysikk, Hjemmeeksamen V Leveringsfrist fredag 20. mars kl.14:45 (før ekspedisjonen stenger!!!)
FYS2140 Kvantefysikk, Hjemmeeksamen V-2009 Leveringsfrist fredag 20. mars kl.14:45 (før ekspedisjonen stenger!!!) 9. mars 2009 Viktig info les: Merk besvarelsen med kandidatnummer, ikke navn! Lever og
DetaljerKjemiske bindinger. La oss demonstrere ved hjelp av eksempler
Kjemiske bindinger Atomer kan bli knyttet sammen til molekyler for å oppnå lavest mulig energi. Dette skjer normalt ved at atomer danner kjemiske bindinger sammen for å få sitt ytterste skall fylt med
DetaljerMidtsemesterprøve fredag 10. mars kl
Institutt for fysikk, NTNU FY1003 Elektrisitet og magnetisme TFY4155 Elektromagnetisme Vår 2006 Midtsemesterprøve fredag 10. mars kl 0830 1130. Løsningsforslag 1) A. (Andel som svarte riktig: 83%) Det
DetaljerOppgave 1A.8: En forenklet kode for stjernedannelse
Oppgave 1A.8: En forenklet kode for stjernedannelse L. Skywalker Institute of Theoretical Astrophysics, University of Oslo, P.O. Box 1029 Blindern, 0315 Oslo, Galactic Empire luke@astro.uio.galemp Sammendrag
DetaljerAtomets oppbygging og periodesystemet
Atomets oppbygging og periodesystemet Solvay-kongressen, 1927 Atomets oppbygging Elektroner: 1897. Partikler som kretser rundt kjernen. Ladning -1. Mindre masse (1836 ganger) enn protoner og nøytroner.
DetaljerOnsdag og fredag
Institutt for fysikk, NTNU TFY4155/FY1003: Elektrisitet og magnetisme Vår 2009, uke 7 Onsdag 11.02.09 og fredag 13.02.09 Gauss lov [FGT 23.2; YF 22.3; TM 22.2, 22.6; AF 25.4; LHL 19.7; DJG 2.2.1] Gauss
DetaljerUheldige arbeidsstillinger
Uheldige arbeidsstillinger Arbeid som binder arbeidstakeren til én bestemt arbeidsstilling eller bevegelse over tid, utsetter kroppen for belastning som kan føre til helseplager og -skader. Vanlige helseplager
DetaljerHvorfor studere kjemi?
Hvorfor studere kjemi? Kjemi er vitenskapen om elektronenes gjøren og laden. For å forstå kjemi: Følg elektronene. Samtlige kjemiske reaksjoner kan deles i to hovedkategorier: 1) Redoksreaksjoner, reaksjoner
DetaljerHvor stor er den kinetiske energien til molekylene i forrige oppgave?
TFY4215 Innfring i kvantefysikk. Institutt for fysikk, NTNU. Test 1. Oppgave 1 Oppgavene 1-6 tar utgangspunkt i artikkelen "Quantum interference experiments with large molecules", av O. Nairz, M. Arndt
DetaljerVelkommen til MEK1100
Velkommen til MEK1100 Seksjon for Mekanikk, Matematisk institutt, UiO MEK1100 FELTTEORI OG VEKTORANALYSE Våren 2019 Foreleser: Karsten Trulsen Gruppelærere: Susanne Støle Hentschel, Lars Magnus Valnes,
DetaljerTFY4215_S2018_Forside
Kandidat I Tilkoblet TFY4215_S2018_Forside Institutt for fysikk ksamensoppgave i TFY4215 Innføring i kvantefysikk Faglig kontakt under eksamen: Jon ndreas Støvneng Tlf.: 45 45 55 33 ksamensdato: 6. august
DetaljerKJ1042 Øving 3: Varme, arbeid og termodynamikkens første lov
KJ1042 Øving 3: arme, arbeid og termodynamikkens første lov Ove Øyås Sist endret: 17. mai 2011 Repetisjonsspørsmål 1. Hvordan ser Ideell gasslov ut? Ideell gasslov kan skrives P nrt der P er trykket, volumet,
DetaljerLøsningsforslag Eksamen 26. mai 2006 TFY4215 Kjemisk fysikk og kvantemekanikk
Eksamen TFY415 6. mai 006 - løsningsforslag 1 Oppgave 1 Løsningsforslag Eksamen 6. mai 006 TFY415 Kjemisk fysikk og kvantemekanikk a. For bundne tilstander i én dimensjon er degenerasjonsgraden lik 1;
DetaljerEten. Innledning. TFY4215 Innføring i kvantefysikk Øving 11 Molekylfysikk
TFY4215 Innføring i kvantefysikk Øving 11 Molekylfysikk Eten. Innledning Etylen, C2H4, eller eten, som det i følge IUPAC (International Union of Pure and Applied Chemistry) egentlig skal kalles, er en
Detaljer1. Oppgaver til atomteori.
1. Oppgaver til atomteori. 1. Hva er elektronkonfigurasjonen til hydrogen (H)?. Fyll elektroner inn i energidiagrammet slik at du får elektronkonfigurasjonen til hydrogen. p 3. Hva er elektronkonfigurasjonen
DetaljerComputerøvelse. Eksperiment 2. Ina Molaug og Anders Leirpoll
Eksperiment 2 Ina Molaug og Anders Leirpoll 1 1 Innhold 2 Formål... 1 3 Beregningsoppgave... 1 3.1 Oppgave 1: Beregninger på etenmolekylet... 1 3.1.1... 1 3.1.2... 2 3.1.3... 2 3.1.4... 3 3.2 Isomerisme
DetaljerHvordan ser kjernen ut?
Hvordan ser kjernen ut? Størrelsen på et nukleon: ca. 1.6 fm Størrelsen på kjernen: r r o A 1/3 1 fm (femtometer, fermi) = 10-15 m Bindingsenergi Bindingsenergi pr. nukleon som funksjon av massetallet.
DetaljerEkstreme bølger. Geir Storvik Matematisk institutt, Universitetet i Oslo. 5. mars 2014
Ekstreme bølger Geir Storvik Matematisk institutt, Universitetet i Oslo 5. mars 2014 Bølger Timesvise max-bølger ved bøye utenfor østkyst av USA (17/12/1991-23/2-1992) Størrelse på bølger varierer sterkt
DetaljerFLERVALGSOPPGAVER KJEMISK BINDING
FLERVALGSOPPGAVER KJEMISK BINDING Hjelpemidler: periodesystem Hvert spørsmål har et riktig svaralternativ. Kjemisk binding 1 I hvilke(t) av disse stoffene er det hydrogenbindninger? I: HF II: H 2 S III:
DetaljerAngir sannsynligheten for å finne fordelingen av elektroner i rommet
Atom Orbitaler Angir sannsynligheten for å finne fordelingen av elektroner i rommet Matematisk beregning gir formen og orientering av s, p, d og f orbitaler Kun s og p orbitalene viktige i organisk kjemi
DetaljerDet enkleste svaret: Den potensielle energien er lavere dersom det blir dannet binding.
Kapittel 9 Kovalent binding Repetisjon 1 (11.11.03) 1. Kovalentbinding Deling av elektron mellom atom for å danne binding o vorfor blir denne type binding dannet? Det enkleste svaret: Den potensielle energien
Detaljer1. En tynn stav med lengde L har uniform ladning λ per lengdeenhet. Hvor mye ladning dq er det på en liten lengde dx av staven?
Ladet stav 1 En tynn stav med lengde L har uniform ladning per lengdeenhet Hvor mye ladning d er det på en liten lengde d av staven? A /d B d C 2 d D d/ E L d Løsning: Med linjeladning (dvs ladning per
DetaljerPålitelighet og ytelse i informasjons- og kommunikasjonssystem
Pålitelighet og ytelse i informasjons- og kommunikasjonssystem Grunnlag Peder J. Emstad Poul E. Heegaard Bjarne E. Helvik Komplett utgave pr. 1999-11-25 Institutt for telematikk NTNU Innhold Forord...
Detaljer1) Redoksreaksjoner, reaksjoner hvor en forbindelse. 2) Syre basereaksjoner, reaksjoner hvor en. elektronrik forbindelse reagerer med en
Hvorfor studere kjemi? Kjemi er vitenskapen om elektronenes gjøren og laden. For å forstå kjemi: Følg elektronene. Samtlige kjemiske reaksjoner kan deles i to hovedkategorier: 1) Redoksreaksjoner, reaksjoner
DetaljerUNIVERSITETET I OSLO
Side 1 UNIVERSITETET I OSLO Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet Eksamen (utsatt prøve) i: KJM 1110 Organisk kjemi I Eksamensdag: 18. august 2011 Tid for eksamen: 09:00-13:00 Oppgavesettet er på
DetaljerUniversity of Oslo. Department of Physics. FYS 3710 Høsten EPR spektroskopi. EPR-Labotratory
EPR-Labotratory FYS 3710 Høsten 2010 EPR spektroskopi Department of Physics EPR Electron Paramagnetic Resonance (alt. ESR Electron Spin Resonance) NMR spektroskopi for alle molekyler er bare avhengig av
DetaljerEten. Innledning. TFY4215 Kjemisk fysikk og kvantemekanikk Våren 2006 Kjemisk fysikk Øving 1 Innleveringsfrist, gruppe 1: gruppe 2:
TFY4215 Kjemisk fysikk og kvantemekanikk Våren 2006 Kjemisk fysikk Øving 1 Innleveringsfrist, gruppe 1: 25.04. gruppe 2: 29.04. Innledning Eten. Etylen, C 2 H 4, eller eten, som det i følge IUPAC (International
DetaljerFY1006 Innføring i kvantefysikk og TFY4215 Kjemisk fysikk og kvantemekanikk Våren 2009 Kjemisk fysikk Øving 1 Innleveringsfrist: Mandag
FY1006 Innføring i kvantefysikk og TFY4215 Kjemisk fysikk og kvantemekanikk Våren 2009 Kjemisk fysikk Øving 1 Innleveringsfrist: Mandag 04.05.09 Innledning Eten. Etylen, C 2 H 4, eller eten, som det i
DetaljerBrukermanual. Appen som gjør varebestilling enkelt og oversiktlig. DentalSpar OrdreApp - Brukermanual V01.4
Brukermanual Appen som gjør varebestilling enkelt og oversiktlig DentalSpar OrdreApp - Brukermanual V01.4 Forklaringer Varer ut - Benyttes når du skal ta ut varer fra lageret for bruk på klinikken Varer
Detaljer