Local Run Manager. Referanseveiledning for MiSeqDx-programvare

Transkript

1 Local Rn Manager Referanseveiledning for MiSeqDx-programvare Oversikt over Local Rn Manager-oversikt 3 Oversikt over instrmentbordet 4 Administrative innstillinger og oppgaver 7 Oversikt over arbeidsprosess 13 Teknisk hjelp 17 Dokmentnr v00 NOR English Sorce: v00 Oktober 2017 ILLUMINA PROPRIETÆR

2 Referanseveiledning for Local Rn Manager-programvare for MiSeqDx Dette dokmentet og dets innhold er opphavsrettslig beskyttet for Illmina, Inc. og tilknyttede selskaper («Illmina»), og er ment telkkende for kontraktbrk av sin knde i forbindelse med brk av prodktet (prodktene) beskrevet her, og for intet annet formål. Dette dokmentet og dets innhold skal ikke brkes eller distriberes til andre formål og/eller på annen måte kommniseres, fremlegges eller reprodseres på noen måte ten fortgående, skriftlig samtykke fra Illmina. Illmina fører ikke noen lisens nder sin patent, varemerke, opphavsrett eller sedvanerett eller lignende rettigheter til tredjeparter ved dette dokmentet. Instrksjonene i dette dokmentet skal være strengt og tydelig flgt av kvalifisert og tilfredsstillende tdannet personell for å sikre riktig og sikker brk av prodktet (prodktene) som er beskrevet i dette dokmentet. Alt innhold i dette dokmentet skal leses fllt t og være forstått før prodktet (prodktene) brkes. HVIS DET UNNLATES Å FULLSTENDIG LESE OG UTTRYKKELIG FØLGE ALLE INSTRUKSJONENE I DETTE DOKUMENTET, KAN DETTE FØRE TIL SKADE PÅ PRODUKTET (PRODUKTENE), SKADE PÅ PERSONER, INKLUDERT BRUKERE ELLER ANDRE, OG SKADE PÅ ANNEN EIENDOM. ILLUMINA PÅTAR SEG IKKE ANSVAR SOM FØLGE AV FEIL BRUK AV PRODUKTET (PRODUKTENE) SOM ER BESKREVET I DETTE DOKUMENTET (INKLUDERT DELER AV DETTE ELLER PROGRAMVARE) Illmina, Inc. Med enerett. Illmina, MiSeqDx og streamingbase-designen er registrerte eller ventende varemerker som tilhører Illmina, Inc. og/eller tilknyttede selskaper i USA og/eller andre land. Alle andre navn, logoer og andre varemerker tilhører deres respektive eiere. Dokmentnr v00 NOR English Sorce: v00 2

3 Referanseveiledning for Local Rn Manager-programvare for MiSeqDx Oversikt over Local Rn Manager-oversikt Local Rn Manager -programvaren er en instrmentintegrert løsning for å opprette kjøringer, overvåke stats, analysere sekvenseringsdata og vise resltater. Local Rn Manager har følgende fnksjoner: Kjører på instrmentdatamaskinen og integreres med instrmentkontrollprogramvaren. Registrerer prøver som skal sekvenseres. Gir et grensesnitt for kjøringsoppsett som er spesifikt for analysemodlen. Utfører dataanalyse på instrmentet atomatisk etter avsltning av sekvenseringskjøringen. Utfører en serie analysetrinn som er spesifikke for den valgte analysemodlen. Viser analysemålinger ved fllføring av analysen. Vise Local Rn Manager Local Rn Manager-grensesnittet vises via en nettleser. Støttet nettleser er Chromim-versjon på Windows 7-operativsystemet. Koble til ved hjelp av en av følgende metoder: Åpne en nettleser på en datamaskin med tilgang til samme nettverk som instrmentet, og koble til ved hjelp av instrmentets IP-adresse eller instrmentnavn. For eksempel Åpne en nettleser og skriv inn i adressefeltet for å vise Local Rn Manager- grensesnittet på instrmentmonitoren. Sekvensering nder analyse MiSeqDx-databehandlingsressrsene skal brkes til enten sekvensering eller analysering. Hvis en ny sekvenseringskjøring startes på MiSeqDx før sekndæranalysen for en tidligere kjøring er ferdig, vises en bekreftelsesdialogboks. Når d har bekreftet at d vil at den nye sekvenseringsperioden skal starte, stopper Local Rn Manager sekndær analyse av den tidligere kjøringen frem til den nye kjøringen har fllført sekvenseringen. Når den nye kjøringen har fllført sekvenseringen, starter den sekndære analysen for den tidligere kjøringen atomatisk på nytt fra start. Brkerpassord Hvis d skal ha tilgang til Local Rn Manager -grensesnittet, må d ha et gyldig brkernavn og passord for å logge deg inn på systemet. Kn en admin-brker kan tilordne brkerlegitimasjon. Når passordet nærmer seg tløpsdatoen, vil en melding vises øverst i grensesnittet for å minne deg om å tilbakestille passordet. Min konto Fra My Accont (Min konto) kan d vise brkernavn, tilordnet rolle, rettigheter og d kan endre passordet ditt. Når d har logget inn første gang, kan d når som helst endre eksisterende passord i vindet My Accont (Min konto). Det gjeldende passordet vil vises kryptert. D må derfor knne gjeldende passord for å få byttet til et nytt passord. Et glemt passord krever hjelp fra en systemadministrator eller admin-brker. Dokmentnr v00 NOR English Sorce: v00 3

4 Referanseveiledning for Local Rn Manager-programvare for MiSeqDx Passordstatser Følgende passordstatser er mlige: Temporary password (Midlertidig passord) når en admin-brker oppretter en brkerkonto, tilordner admin-brkeren et midlertidig passord for den nye brkeren. User password (Brkerpassord) første gang blir en ny brker bedt om å endre det midlertidige passordet i påloggingsskjermbildet til et brkertilordnet passord. Forgotten password (Glemt passord) hvis en brker glemmer et passord, kan en admin-brker tilordne et midlertidig passord som kan brkes ved neste tilgang. Used password (Brkt passord) brkere kan ikke brke samme passord de neste fem passordsyklsene. User lockot (Låsing av brker) antall forsøk på innlogging med et gyldig passord konfigreres av en admin-brker. Hvis en brker overskrider antall tillatte forsøk, vil brkerkontoen bli låst. Kn en adminbrker kan låse opp kontoen eller tilordne et midlertidig passord. Bytte passord 1 Gå til navigasjonsfeltet øverst i grensesnittet, og klikk på ikonet User (Brker) ved siden av navnet ditt. 2 Klikk på My Accont (Min konto) fra rllegardinlisten. 3 Klikk på ikonet Edit (Rediger) i avsnittet Password (Passord). 4 I feltet Old Password (Gammelt passord) skriver d inn det gamle passordet ditt. 5 I feltet New Password (Nytt passord) skriver d inn det nye passordet ditt. 6 I feltet Confirm New Password (Bekreft nytt passord) skriver d inn det nye passordet ditt. 7 Klikk på Save (Lagre). Oversikt over instrmentbordet Når d har logget deg inn på Local Rn Manager-programvaren, åpnes instrmentbordet. D kan tføre følgende oppgaver fra instrmentbordet: Spore sekvensering og analysestats Sortere og filtrere kjøringer Opprette og redigere kjøringer Stoppe analyser eller sette analyser i kø Vise analysestats Skjle kjøringer Instrmentbordet viser alle kjøringer som tføres på instrmentet, 10 kjøringer per side. Brk navigasjonspilene nederst i listen for å bla gjennom sidene. Hver kjøring som er angitt, inneholder kjøringsnavnet, analysemodlen, kjøringsstatsen og datoen da kjøringen sist ble endret. Klikk på kolonnenavnene for å sortere kjøringene. Rn Name / ID (Kjøringsnavn/ID) angir det tilordnede kjøringsnavnet og kobler det til sidene med kjøringsresltater. Modle (Modl) angir analysemodlen som er tilordnet kjøringen. Dokmentnr v00 NOR English Sorce: v00 4

5 Referanseveiledning for Local Rn Manager-programvare for MiSeqDx Stats angir stats for kjøringen og inklderer en statslinje for fremdrift. D finner mer informasjon nder Mlige kjøringsstatser på side 16. Last Modified (Sist endret) angir dato og klokkeslett for den sist endrede kjøringen eller analysen. Som standard er siden Active Rns (Aktive kjøringer) sortert etter denne kolonnen. Local Rn Manager-ikoner Følgende ikoner brkes i Local Rn Manager for å tføre like oppgaver. Ikon Navn Beskrivelse Copy to clipboard (Kopier til tklippstavle) Dashboard (Instrmentbord) Edit (Rediger) Export (Eksporter) Locked (Låst) More options (Flere alternativer) Reqee (Sett tilbake i kø) Search (Søk) System User (Brker) Kopierer et felt til datamaskinens tklippstavle. Åpner siden Dashboard (Instrmentbord). Aktiverer redigering av kjøringsparametere før sekvensering. Kommando for å eksportere elementer. Angir at kjøringen blir sekvensert, eller at en annen brker redigerer en kjøring i en annen nettleserøkt. Åpner tilgjengelige alternativer for en oppføring på instrmentbordet. Starter analysen for valgt kjøring på nytt. Åpner søkefeltet for å søke i kjøringsnavn og prøve-id-er. Åpner systemmenyen. Tilgjengelige elementer avhenger av brkerrettigheter. Åpner brkerkontomenyen. Siden Active Rns (Aktive kjøringer) Instrmentbordet åpnes for å vise siden Active Rns (Aktive kjøringer). Øverst på siden Active Rns (Aktive kjøringer) vil en oppsmmering av aktive kjøringer angi antall kjøringer i hver av de følgende kjøringsstatskategoriene. Klikk på tallet for å filtrere aktive kjøringer etter stats. Ready (Klar) angir at kjøringen er klar for sekvensering. In Progress (Pågår) angir at kjøringen holder på med sekvensering eller dataanalyse. Stopped or Unsccessfl (Stoppet eller mislykket) angir at analysen ble stoppet manelt eller at analysen mislyktes. Complete (Fllført) angir at analysen ble fllført. Total (Alle) totalt antall kjøringer på siden Active Rns (Aktive kjøringer). Filtrere kjøringer 1 Klikk på en kjøringsstatskategori i sammendraget av aktive kjøringer for å filtrere siden Active Rns (Aktive kjøringer) på følgende måte. Ready (Klar) filtrerer listen slik at det er kn kjøringer som er klare for sekvensering, som vises. In Progress (Pågår) filtrerer listen for å vise kn kjøringer som pågår. Stopped or Unsccessfl (Stoppet eller mislykket) filtrerer listen for å vise kn kjøringer som ble stoppet eller var mislykket. Dokmentnr v00 NOR English Sorce: v00 5

6 Referanseveiledning for Local Rn Manager-programvare for MiSeqDx Complete (Fllført) filtrerer listen for å vise kn kjøringer som er fllført. Total (Alle) fjerner filtrene og viser alle aktive kjøringer. Skjle og gjenopprette kjøringer 1 Gå til siden Active Rns (Aktive kjøringer), klikk på ikonet More Options (Flere alternativer), og klikk deretter på Hide (Skjl). 2 Klikk på Hide (Skjl) når d blir bedt om å bekrefte flyttingen. Kjøringen flyttes til siden Hidden Rns (Skjlte kjøringer). 3 Hvis d vil vise siden Hidden Rns (Skjlte kjøringer), klikker d på rllegardinpilen Active Rns (Aktive kjøringer) og velger Hidden Rns (Skjlte kjøringer). 4 Gå til siden Hidden Rns (Skjlte kjøringer) og klikk på ikonet Restore (Gjenopprett). 5 Klikk på Restore (Gjenopprett) når d blir bedt om å bekrefte flyttingen. Kjøringen gjenopprettes til siden Active Rns (Aktive kjøringer). 6 Hvis d vil vise siden Active Rns (Aktive kjøringer), klikker d på rllegardinpilen Hidden Rns (Skjlte kjøringer) og velger Active Rns (Aktive kjøringer). Søke etter kjøringer eller prøver 1 Klikk på ikonet Search (Søk) i navigasjonsfeltet på instrmentbordet. 2 I søkefeltet kan d skrive inn et kjøringsnavn eller prøve-id. Mens d skriver, vises en liste over mlige treff som hjelp i søket ditt. 3 Velg et treff fra listen, eller trykk på Enter. Hvis d søkte etter et kjøringsnavn, åpnes fanen Rn Overview (Kjøringsoversikt). Hvis d søkte etter en prøve-id, åpnes fanen Samples and Reslts (Prøver og resltater). D finner mer informasjon nder Vise kjørings- og prøvedata på side 15. Redigere en kjøring 1 På siden Active Rns (Aktive kjøringer) kan d klikke på ikonet More Options (Flere alternativer) ved siden av kjøringsnavnet d ønsker å redigere. 2 Klikk på Edit (Rediger). 3 Klikk på Contine (Fortsett) når d blir bedt om å bekrefte handlingen. 4 Rediger kjøringsparametere etter behov. 5 Klikk på Save Rn (Lagre kjøring) når d er ferdig. De sist endrede datoene for kjøringene oppdateres på siden Active Rns (Aktive kjøringer). Stoppe analyse 1 På siden Active Rns (Aktive kjøringer) kan d klikke på ikonet More Options (Flere alternativer) ved siden av kjøringsnavnet d ønsker å stoppe. 2 Klikk på Stop (Stopp). Kommandoen Stop (Stopp) vises for kjøringer som enten har statsen Analysis Qee (Analyse satt i kø) eller Analysis Rnning (Analysen kjører). Dokmentnr v00 NOR English Sorce: v00 6

7 Referanseveiledning for Local Rn Manager-programvare for MiSeqDx 3 Klikk på Contine (Fortsett) når d blir bedt om å bekrefte. Kjøringsstatsen endres til Stopping Analysis (Stopper analyse) eller Analysis Stopped (Stoppet analyse) avhengig av kjøringsstatsen. En stoppet analysekjøring kan settes i kø på nytt for senere analyse. Reqee Analysis (Sett analyse tilbake i kø) D kan sette en analyse tilbake i kø etter at analysen ble stoppet, hvis analysen mislyktes eller hvis d vil analysere en kjøring på nytt med andre innstillinger. D kan sette analyser tilbake i kø på Local Rn Managerinstrmentbordet eller i fanen Sample and Reslts (Prøve og resltater). Hvis d får meldingen «Rn Folder Not Fond» (Kjøringsmappe ikke fnnet) når d setter den tilbake i kø, kan d flytte eller kopiere kjøringen tilbake til mappen D:\Illmina\MiSeqAnalysis. Sette analyse tilbake i kø fra aktive kjøringer 1 På siden Active Rns (Aktive kjøringer) kan d klikke på ikonet More Options (Flere alternativer) ved siden av kjøringsnavnet d ønsker å sette tilbake i kø. 2 Klikk på Reqee (Sett tilbake i kø). 3 Når d blir bedt om det, velger d blant følgende alternativer: Klikk på Edit Setp (Rediger oppsett) for å endre analyseparametere. På siden Reqee Analysis (Sett analyse tilbake i kø) kan d endre foretrkne innstillinger og deretter klikke på Reqee Analysis (Sett analyse tilbake i kø). Klikk på Reqee (Sett tilbake i kø). Analysen starter med gjeldende analyseparametere. Sette analyse tilbake i kø fra resltatsiden 1 Klikk på kjøringsnavnet på siden Active Rns (Aktive kjøringer). 2 Klikk på fanen Samples and Reslts (Prøver og resltater). 3 Klikk på Reqee Analysis (Sett analyse tilbake i kø). 4 Når d blir bedt om det, velger d blant følgende alternativer: Klikk på Edit Setp (Rediger oppsett) for å endre analyseparametere. På siden Reqee Analysis (Sett analyse tilbake i kø) kan d endre foretrkne innstillinger og deretter klikke på Reqee Analysis (Sett analyse tilbake i kø). Klikk på Reqee (Sett tilbake i kø). Analysen starter med gjeldende analyseparametere. Administrative innstillinger og oppgaver Følgende innstillinger og oppgaver krever administrative brkerrettigheter: Manage ser acconts (Administrer brkerkontoer) legger til brkere, tilordner rettigheter og angir passord. Edit MOS system settings (Rediger innstillinger for MOS-system) gjør det mlig å foreta redigeringer i MiSeq-operativsystemet (MOS) via ikonet Manage Instrment (Håndter instrment) på startskjermbildet på MiSeqDx-instrmentet. Manage Local Rn Manager system settings (Administrer systeminnstillinger for Local Rn Manager) angir systemets sikkerhetsparametere, vedlikeholdsintervaller og tjenestekontoer. View adit trails (Vis revisjonsspor) overvåker tilgangsfrekvens og brkeraktivitet. Dokmentnr v00 NOR English Sorce: v00 7

8 Referanseveiledning for Local Rn Manager-programvare for MiSeqDx Rettigheter til å tføre følgende oppgave kan konfigreres i brkeradministrasjon: Reboot into research se only mode (Start på nytt i mods kn for forskningsbrk) aktiverer kommandoen for å starte på nytt i forskningsmods for å bytte til systemprogramvaren for forskningsmods (RUO). Edit modle settings (Rediger modlinnstillinger) gjør det mlig med opplasting av manifestfiler for brk med alle kjøringer ved hjelp av en spesifikk analysemodl. Reqee analysis (Sett analyse tilbake i kø) gjør det mlig å redigere parametere og deretter kjøre analyser på nytt. Se Reqee Analysis (Sett analyse tilbake i kø) på side 7. Minimize MOS and access compter (Minimer MOS og logg inn på datamaskinen) gjør det mlig å minimere med windowskommandoen for å få tilgang til instrmentets operativsystem og mapper på instrmentets datamaskin når instrmentkontrollprogramvaren kjører i kioskmods. Brkeradministrasjon Alle brkerkontoer er oppført på siden User Management (Brkeradministrasjon), og de inneholder fornavn, etternavn og brkernavn for hver konto. Rolle og tilhørende rettigheter administreres i samsvar med detaljert informasjon for hver konto. To roller er mlig, enten Admin eller User (Brker). Admin-rolle Admin-roller har alle rettigheter som standard. Brkerrolle Brkerroller kan konfigreres basert på et ndersett av mlige rettigheter. Alle brkere kan opprette kjøringer avhengig av innstillinger for rettigheter. Bare en admin-brker kan se siden User Management (Brkeradministrasjon). Brkerrettigheter Rettighet Beskrivelse Admin-rolle Brkerrolle Add Library Prep Kits (Legg til bibliotekklargjøringssett) Edit MOS System Settings (Rediger innstillinger for MOSsystem) Edit Local Rn Manager System Settings (Rediger systeminnstillinger for Local Rn Manager) Edit Modle Settings (Rediger modlinnstillinger) Manage User Acconts (Administrer brkerkontoer) Minimize MOS and Access Compter (Minimer MOS og logg inn på datamaskinen) Reqee Analysis (Sett analyse tilbake i kø) Reboot to Research Use Only Mode (Start på nytt i mods kn for forskningsbrk) View Adit Trails (Vis revisjonssporinger) Denne fnksjonen er ikke aktivert i programvaren. Redigere innstillinger for MOS-systemet på MiSeqDx-instrmentet Angi innstillinger for sikkerhet, vedlikehold og tjenestekontoer Tillatt Tillatt Tillatt Tillatt hvis valgt Ikke tillatt Ikke tillatt Laste opp manifestfiler for analysemodler Tillatt Tillatt hvis valgt Opprette og redigere brkerkontoer Tillatt Ikke tillatt Logge inn på instrmentets datamaskin i kioskmods Analyserer kjøringer på nytt; redigerer analyseparametere Bytter til RUO-mods i instrmentprogramvaren Viser, filtrerer og eksporterer revisjonssporinger Tillatt Tillatt Tillatt Tillatt Tillatt hvis valgt Tillatt hvis valgt Tillatt hvis valgt Ikke tillatt Dokmentnr v00 NOR English Sorce: v00 8

9 Referanseveiledning for Local Rn Manager-programvare for MiSeqDx Opprette en ny brker 1 Klikk på ikonet System på Local Rn Manager-instrmentbordet, og klikk deretter på User Management (Brkeradministrasjon). 2 Klikk på Create User (Opprett brker) på siden User Management (Brkeradministrasjon). 3 I dialogboksen Create New User (Opprett ny brker) skriver d inn fornavnet og etternavnet til den nye brkeren. 4 Skriv inn et brkernavn i feltet User Name (Brkernavn). Brkernavn må være nike og kan ikke brkes på nytt eller redigeres senere. 5 I feltet New Password (Nytt passord) kan d legge inn et midlertidig passord. Midlertidige passord lagres ikke i passordloggen og kan brkes på nytt. 6 I feltet Confirm Password (Bekreft passord) må d skrive inn det midlertidige passordet. 7 Klikk på Admin eller User (Brker) for å veksle mellom alternativer for å velge en rolle. 8 Velg brkerrettigheter basert på den angitte brkerrollen. 9 Klikk på Create User (Opprett brker). Tilbakestille brkerpassord 1 Klikk på ikonet System i navigasjonsfeltet, og klikk deretter på User Management (Brkeradministrasjon). 2 Finn brkernavnet d vil redigere, og klikk på ikonet Edit (Rediger). 3 I feltet New Password (Nytt passord) kan d legge inn et midlertidig passord. Midlertidige passord lagres ikke i passordloggen og kan brkes på nytt. 4 I feltet Confirm Password (Bekreft passord) må d skrive inn det midlertidige passordet. 5 Klikk på Update User (Oppdater brker). Låse opp brkerpassord 1 Klikk på menyen Tools (Verktøy) i navigasjonsfeltet på instrmentbordet, og klikk deretter på User Management (Brkeradministrasjon). 2 Finn brkernavnet d vil redigere, og klikk på ikonet Edit (Rediger). 3 Klikk på Unlock User (Lås opp brker) i dialogboksen Edit User (Rediger brker). 4 I feltet New Password (Nytt passord) kan d legge inn et midlertidig passord. 5 I feltet Confirm Password (Bekreft passord) må d skrive inn det midlertidige passordet. 6 Klikk på Update User (Oppdater brker). Endre brkerrettigheter 1 Klikk på ikonet System i navigasjonsfeltet, og klikk deretter på User Management (Brkeradministrasjon). 2 Finn brkernavnet d vil redigere, og klikk på ikonet Edit (Rediger). Dokmentnr v00 NOR English Sorce: v00 9

10 Referanseveiledning for Local Rn Manager-programvare for MiSeqDx 3 Klikk på Admin eller User (Brker) for å veksle mellom alternativer for å endre en rolle. 4 Velg brkerrettigheter basert på den angitte brkerrollen. 5 Klikk på Update User (Oppdater brker). Slette en brker 1 Klikk på ikonet System i navigasjonsfeltet, og klikk deretter på User Management (Brkeradministrasjon). 2 Finn brkernavnet d vil redigere, og klikk på ikonet Edit (Rediger). 3 Klikk på Delete User (Slett brker) i dialogboksen Create New User (Opprett ny brker). Når d har slettet en brker, kan d ikke opprette en konto med dette navnet igjen. 4 Klikk på Delete (Slett) når d blir bedt om å slette brkeren. Systeminnstillinger Systeminnstillinger er globale parametere for brkersikkerhet og atomatisert datavedlikehold. Innstillinger for brkersikkerhet inklderer varighet for tløp av passord, maksimalt antall påloggingsforsøk og varighet på tid ten aktivitet. Innstillinger for datavedlikehold inklderer atomatisk opprydding av inaktive kjøringsmapper og databasens sikkerhetskopieringsfrekvens, og de omfatter også en kommando for middelbar sikkerhetskopiering av databasen. Angi analysetjenester og jobbtjenestekontoer for Windows hvis tgangskjøringsmappen din er på en nettverksbane. En lokal systemkonto er standard. Bare en admin-brker kan se siden System Settings (Systeminnstillinger). Spesifisere systemets sikkerhetsinnstillinger 1 Klikk på ikonet System i navigasjonsfeltet på instrmentbordet, og klikk deretter på System Settings (Systeminnstillinger). 2 Klikk på fanen Secrity (Sikkerhet). 3 Angi antall dager før et passord tløper og må nllstilles. 4 Angi antall dager det skal gå før en brker får påminnelse om å tilbakestille et passord før det tløper. 5 Angi maksimalt antall ganger brkerne kan angi gyldig påloggingsinformasjon før de blir låst t av systemet. 6 Angi antall mintter systemet kan være inaktivt før brkeren atomatisk logges t. 7 Klikk på Save (Lagre). Spesifisere systemets vedlikeholdsinnstillinger 1 Klikk på ikonet System i navigasjonsfeltet på instrmentbordet, og klikk deretter på System Settings (Systeminnstillinger). 2 Klikk på fanen Maintenance (Vedlikehold). Dokmentnr v00 NOR English Sorce: v00 10

11 Referanseveiledning for Local Rn Manager-programvare for MiSeqDx 3 Velg avmerkingsboksen Enable Atomatic Deletion (Aktiver atomatisk sletting) for å aktivere atomatisk fjerning av inaktive lokale kjøringsmapper. Når denne fnksjonen er aktivert, sletter systemet inaktive mapper fra standardanalysemappen på instrmentet etter den angitte tiden. 4 Hvis boksen Enable Atomatic Deletion (Aktiver atomatisk sletting) er valgt, angir d antall dager med inaktivitet før den atomatiske slettingskommandoen skal aktiveres. 5 Hvis d vil spesifisere en plassering for sikkerhetskopi av database, angir d ønsket bane til plassering av sikkerhetskopi. 6 I feltet Backp Period (Sikkerhetskopiperiode) skriver d inn varigheten i dager mellom hver sikkerhetskopi. 7 Opprett en middelbar sikkerhetskopi ved å klikke på Backp Now (Sikkerhetskopier nå). 8 Klikk på Save (Lagre). Spesifisere systemets tjenestekontoinnstillinger 1 Klikk på ikonet System i navigasjonsfeltet på instrmentbordet, og klikk deretter på System Settings (Systeminnstillinger). 2 Klikk på fanen Service Acconts (Tjenestekontoer). 3 Hvis d vil aktivere Analysis Service (Analysetjeneste) og Job Service (Jobbtjeneste) for Windows-kontoer, må d velge Windows Accont (Windows-konto). 4 Skriv inn et brkernavn i feltet User Name (Brkernavn). 5 I feltet Password (Passord) kan d legge inn et passord. 6 Klikk på Save (Lagre). Modlinnstillinger Siden Modle Settings (Modlinnstillinger) inneholder en liste over installerte analysemodler i det venstre navigasjonspanelet. Hvert analysemodlnavn åpner en side som viser modlversjonen og den sist endrede datoen. Revisjonssporinger Revisjonssporinger registrerer informasjon om bestemte handlinger, for eksempel brkertilgang, endringer i brkerprofil og endringer i system-, kjørings- eller analyseparametere. Hver revisjonssporingsoppføring inneholder følgende informasjon: Når er angitt med datoen ÅÅÅÅ-MM-DD og tid i 24- timersformat. Hvem er angitt av brkernavnet som startet handlingen. Hva er angitt av en kort forhåndsdefinert beskrivelse av handlingen som er foretatt. Berørt element er representert av fire kategorier for berørt element for brker, kjøring, analyse eller system. Klikk på en av kolonneoverskriften for å sortere i stigende eller synkende rekkefølge i listen med revisjonssporinger. Bare en admin-brker kan se siden Adit Trails (Revisjonssporinger). Dokmentnr v00 NOR English Sorce: v00 11

12 Referanseveiledning for Local Rn Manager-programvare for MiSeqDx Filtrere revisjonssporinger 1 Klikk på menyen Tools (Verktøy) i navigasjonsfeltet på instrmentbordet, og klikk deretter på Adit Trails (Revisjonssporinger). 2 Klikk på ikonet Filter på siden Adit Trails (Revisjonssporinger). Merk D kan brke filtre til tidligere filtrerte resltater for å forbedre listen ytterligere. Hvis d vil brke et filter på hele revisjonssporingsdatabasen, må d fjerne tidligere filtre før d fortsetter. Filtrere etter dato 1 Klikk på ikonet Calendar (Kalender), og velg en dato From (Fra). 2 Klikk på ikonet Calendar (Kalender), og velg en dato To (Til). 3 Klikk på Filter (Filtrer). Filtrere etter brkernavn 1 Skriv inn et brkernavn i feltet Who (Hvem). D kan skrive inn en del av et brkernavn. Stjerner (*) kreves ikke. 2 Klikk på Filter (Filtrer). Filtrere etter handling 1 Legg inn en beskrivelse av en handling i feltet What (Hva). D kan skrive inn en del av en beskrivelse av en handling. Stjerner (*) kreves ikke. 2 Klikk på Filter (Filtrer). Filtrere etter beskrivelse av berørt element 1 Legg inn en del av beskrivelsen til det berørte elementet i tekstfeltet Affected Item (Berørt element). Beskrivelsen kan f.eks. være et kjøringsnavn, brkernavn, analysemodlnavn eller rapportnavn. D kan skrive inn en del av en beskrivelse. Stjerner (*) kreves ikke. 2 Klikk på Filter (Filtrer). Filtrere etter berørt elementkategori 1 Hvis d skal filtrere etter en berørt elementkategori, må d klikke på ikonet Category (Kategori) i feltet Affected Item (Berørt element) og velge blant følgende alternativer: User (Brker) Filtrerer listen for å vise brkerhandlinger og brkeratentiseringshandlinger. Rn (Kjøring) Filtrerer listen for å vise endringer i kjøringsparametere eller kjøringsstats Analysis (Analyse) Filtrerer listen for å vise endringer i analyseparametere eller analysestats. System Filtrerer listen for å vise handlinger på systemnivå, for eksempel filopplastinger, systemvedlikehold eller sikkerhetsinnstillinger. 2 Klikk på Filter (Filtrer). Dokmentnr v00 NOR English Sorce: v00 12

13 Referanseveiledning for Local Rn Manager-programvare for MiSeqDx Eksportere revisjonssporinger 1 Klikk på menyen Tools (Verktøy) i navigasjonsfeltet på instrmentbordet, og klikk deretter på Adit Trails (Revisjonssporinger). 2 Klikk på ikonet Filter på siden Adit Trails (Revisjonssporinger). 3 Angi foretrkne filtre. 4 Klikk på ikonet Export (Eksporter). Programvaren genererer en rapport i PDF-filformat som inneholder brkernavn, eksportdato og filterparametere. Ikoner for revisjonssporing Følgende ikoner brkes i skjermbildet Adit Trails (Revisjonssporinger). Ikon Navn Beskrivelse Analysis (Analyse) Rn (Kjøring) System User (Brker) Angir en endring i analyseparametere eller analysestats. Angir en endring i kjøringsparametere eller kjøringsstats. Angir en endring i modlinnstillinger eller systeminnstillinger. Angir en brkerhandling eller brkeratentiseringshandling. Oversikt over arbeidsprosess Denne veiledningen gir en oversikt over arbeidsprosessen for oppretting av en kjøring og visning av analyseresltater i Local Rn Manager- programvaren. I og med at de spesifikke trinnene varierer for hver analysemodl, kan d se instrksjonene steg for steg i arbeidsprosessveiledningen for analysemodlen d brker. Local Rn Manager-arbeidsprosess Opprett en kjøring med Local Rn Manager-grensesnittet. Brk instrmentets operativprogramvare til å velge planlagt kjøring, laste inn forbrksvarer og starte sekvenseringen. Analysen starter atomatisk når sekvenseringsmålinger er fllført. Local Rn Manager laster inn den angitte analysemodlen og tfører dataanalyse. Brk Local Rn Manager-grensesnittet til å velge en fllført kjøring for å se resltatsiden. Dokmentnr v00 NOR English Sorce: v00 13

14 Referanseveiledning for Local Rn Manager-programvare for MiSeqDx Oversikt over angitte parametere Angi en kjøring ved å brke kommandoen Create Rn (Opprett kjøring) fra Local Rn Managerinstrmentbordet, og velg en analysemodl fra rllegardinlisten. Siden Create Rn (Opprett kjøring) gir alternativer for den valgte analysemodlen. Siden Create Rn (Opprett kjøring) består av tekstfelter, rllegardinlister og en prøvetabell som er spesifikk for hver analysemodl. Sidene Create Rn (Opprett kjøring) inklderer følgende deler: Rn Name (Kjøringsnavn) Samples (Prøver) Kjøringsnavn og beskrivelse Kjøringsnavnet er navnet som identifiserer kjøringen fra sekvensering til analyse. Et kjøringsnavn kan ha opptil 40 alfanmeriske tegn. Mellomrom, nderstreking og bindestreker er tillatt. En kjøringsbeskrivelse er valgfri og kan ha opptil 150 alfanmeriske tegn. Kjøringsinnstillinger Kjøringsinnstillinger identifiserer følgende parametere for kjøringen: Avlesningstype, enkeltavlesning eller paired end. Antall indeksavlesninger, 0, 1 eller 2. Antall syklser for hver avlesning. Avlesninger som brker tilpassede primere når det er aktelt. Kn et standardvalg er tillatt for enkelte analysemodler. Modlspesifikke innstillinger De modlspesifikke innstillingene som vises i dette avsnittet, avhenger av hvilken analysemodl som er valgt for kjøringen. Enkelte analysemodler inklderer ingen modlspesifikke innstillinger. Se arbeidsprosessveiledningen for analysemodlen for mer informasjon. Prøvedel Identifiser prøver som skal sekvenseres i prøvetabellen, for hver kjøring. Prøvetabellen inneholder prøve-id, en valgfri beskrivelse og indeksene som brkes for hver prøve. Indekskolonnene gir en rllegardinliste med kompatible indeksadaptere. D kan importere prøver fra en kompatibel tekstfil. Importere og eksportere prøver Prøvedelen inneholder kommandoer for å importere prøver. Det kan gjøres ved å opprette en prøvetabell i en ekstern fil i et format med kommaseparerte verdier (*.csv). En mal er tilgjengelig for nedlasting i fanen Import Samples (Importer prøver). Dokmentnr v00 NOR English Sorce: v00 14

15 Referanseveiledning for Local Rn Manager-programvare for MiSeqDx Vise kjørings- og prøvedata D kan se resltatene for en kjøring ved å klikke på kjøringsnavnet på Local Rn Manager-instrmentbordet. Et sammendrag av resltatene angis i følgende tre faner: Rn Overview (Kjøringsoversikt) Seqencing Information (Sekvenseringsinformasjon) Samples and Reslts (Prøver og resltater) Fanen for kjøringsoversikt Fanen Rn Overview (Kjøringsoversikt) viser informasjon om kjøringen, et sammendrag av sekvenseringsmålinger og plasseringen av kjøringsmappen. Navn Rn Name / Rn ID (Kjøringsnavn/kjørings-ID) Created by (Opprettet av) Description (Beskrivelse) Otpt Rn Folder (Utgangskjøringsmappe) Total Clsters (Totale klynger) Beskrivelse Kjøringsnavnet som ble tildelt da kjøringen ble opprettet. Navnet på brkeren som opprettet kjøringen. Beskrivelse av kjøringen om denne er tilgjengelig. Banen til tgangskjøringsmappe for sekvensering. Klikk på ikonet Copy to Clipboard (Kopier til tklippstavle) til tgangsmappen. Antallet klynger i en kjøring. % Clsters PF (% klynge-pf) Prosentverdien for klyngepasserende filter. for å få rask tilgang % Q30 (Read 1) Prosentandelen av avlesninger i Read 1 med en kvalitetsscore på 30 (Q30) eller høyere. % Q30 (Read 2) Prosentandelen av avlesninger i Read 2 med en kvalitetsscore på 30 (Q30) eller høyere. Last Scored Cycle (Siste sykls med score) Fanen for sekvenseringsinformasjon Den siste syklsen i kjøringen med kvalitetsscore. Hvis ikke kjøringen ble avslttet tidlig, representerer denne verdien den siste syklsen i kjøringen. Fanen Seqencing Information (Sekvenseringsinformasjon) gir et sammendrag av parametere for sekvenseringskjøring. Følgende informasjon er angitt i fanen Seqencing Information (Sekvenseringsinformasjon). Navn Instrment Name (Instrmentnavn) Seqenced By (Sekvensert av) Seqencing Start (Sekvenseringsstart) Read Lengths (Avlesningslengde) Flow Cell Information (Strømningscelleinformasjon) Reagent Cartridge Information (Reagenskassettinformasjon) Chemistry Type (Kjemitype) Chemistry Version (Kjemiversjon) RTA Version (RTA-versjon) Modle Version (Modlversjon) PR2 Information (PR2-informasjon) Beskrivelse Navnet på instrmentet der kjøringen ble tført. Navnet på brkeren som startet kjøringen. Datoen og klokkeslettet da sekvenseringskjøringen begynte. Antallet avledninger og syklser for hver avlesning som tføres nder kjøringen. Strekkoden, delenmmeret, partinmmeret og tløpsdatoen for strømningscellen som brkes til kjøringen. Strekkoden, delenmmeret, partinmmeret og tløpsdatoen for reagenskassetten som brkes til kjøringen. Kjemitype til biblioteksklargjøring. Versjon av MiSeqDx-reagenssettkjemi. RTA-programvareversjon som brkes for analysen. Local Rn Manager-modlens programvareversjon som er tilordnet kjøringen. Strekkoden, delenmmeret, partinmmeret og tløpsdatoen for PR2-flasken som brkes til kjøringen. Dokmentnr v00 NOR English Sorce: v00 15

16 Referanseveiledning for Local Rn Manager-programvare for MiSeqDx Fanen for prøver og resltater Fanen Samples and Reslts (Prøver og resltater) gir et sammendrag av analyseresltater for hver prøve som er angitt i prøvetabellen, plasseringen av analysemappen og mligheten til å sette analyser i kø på nytt. Informasjon i fanen Samples and Reslts (Prøver og resltater) er spesifikk for analysemodlen som brkes til kjøringen. Hver rapport inneholder prøvenavn, analyse eller programvareversjon og rapportdato. Fanen inneholder følgende informasjonsfelt. Navn Select Analysis (Velg analyse) Analysis Folder (Analysemappe) Reqee Analysis (Sett analyse tilbake i kø) Beskrivelse En rllegardinliste for hver analyse som er tført basert på dataene som genereres fra sekvenseringskjøringen. Et sekvensnmmer tilordnes for hver gang analysen kjøres. Resltatene angis separat. Banen til analysemappen. Klikk på ikonet Copy to Clipboard (Kopier til tklippstavle) til analysemappen. for å få rask tilgang Kommandoen for å analysere sekvenseringsdataene på nytt. Kommandoen gir mligheten til å redigere analyseparametere eller fortsette ten endringer. Mlige kjøringsstatser Stats-kolonnen på instrmentbordet viser statsen til hver kjøring som er oppført. Følgende tabell beskriver mlige tilstander for en kjøring og fargen på statslinjen i Stats-kolonnen. Stats Statslinjefarge Statsbeskrivelse Klar for sekvensering Ingen Venter på at sekvenseringskjøringen skal starte. Sekvensering kjører Blå Sekvensering pågår. Sekvensering mislyktes Rød Sekvenseringsproblem. Ingen aktivitet. Sekvensering stoppet Rød Sekvensering stoppet. Ingen aktivitet. Sekvensering fllført Blå Sekvensering fllført. Statslinjen ved 50 %. Primæranalyse fllført Blå Sekvenseringsmålinger fllført. Statslinjen ved 50 %. Primæranalyse mislyktes Rød RTA-analyse mislyktes. Statslinjen ved 25 %. Analyse satt i kø Blå Venter på at analysen skal starte. Analysen kjører Blå Analysen pågår. Analysen mislyktes Rød Analyseproblem. Ingen aktivitet. Stopper analyse Rød Mottatt forespørsel om å stoppe analysen. Stoppet analyse Rød Stoppet analyse. Ingen aktivitet. Fllført analyse Grønn Aktiviteten er fllført. Statslinjen ved 100 %. Dokmentnr v00 NOR English Sorce: v00 16

17 Referanseveiledning for Local Rn Manager-programvare for MiSeqDx Teknisk hjelp Kontakt Illminas tekniske støtteavdeling for teknisk hjelp. Nettsted: E-post: Telefonnmre til Illminas kndestøtte Region Gratis Regionalt Nord-Amerika Astralia Belgia Danmark Finland Frankrike Hongkong Irland Italia Japan Kina Nederland New Zealand Norge Østerrike Singapore Spania Storbritannia Sverige Sveits Taiwan Tyskland Andre land Sikkerhetsdatablad Tilgjengelige på Illminas nettsted på spport.illmina.com/sds.html. Prodktdokmentasjon Tilgjengelig for nedlasting i PDF-format fra Illminas nettsted. Gå til spport.illmina.com, velg et prodkt, og velg deretter Docmentation & Literatre (Dokmentasjon og litteratr). Dokmentnr v00 NOR English Sorce: v00 17

18 Dokmentnr v00 NOR English Sorce: v00 Illmina 5200 Illmina Way San Diego, California, USA ILMN (4566) (tenfor Nord-Amerika) Illmina Cambridge Limited Chesterford Research Park, Little Chesterford Saffron Walden, CB10 1XL STORBRITANNIA 2017 Illmina, Inc. Med enerett.