EKSAMENSOPPGAVE I BI2015 Molekylærbiologi, laboratoriekurs

Transkript

1 Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet Institutt for biologi EKSAMENSOPPGAVE I BI015 Molekylærbiologi, laboratoriekurs Faglig kontakt under eksamen: Ole Petter Thangstad, Ane Kjersti Vie Tlf.: (735) 96096, Eksamensdato: 30. november 009 Eksamenstid: 4 timer Vekttall: 7.5 Tillatte hjelpemidler: ingen Språkform: bokmål Antall sider bokmål: 3 Antall sider vedlegg: Sensurdato: Merk! Studentene må primært gjøre seg kjent med sensur ved å oppsøke sensuroppslagene. Evt. telefoner om sensur må rettes til instituttet eller sensurtelefonene. Eksamenskontoret vil ikke kunne svare på slike telefoner.

2 Alle oppgaver, 1,, 3 og 4 teller likt. Oppgave 1, Definer/forklar følgende begreper og teknikker kort: 1: Rekombinant DNA : Fusjonsprotein 3: Seleksjonsmarkør 4: DNA ligase 5: Kjemisk transformasjon av E. coli 6: Reportergen 7: T-DNA Oppgave, Elektroforese: a) Det ble benyttet tre ulike typer gelelektroforese på kurset. Beskriv i detalj med tekst og figur SDS-PAGE, protein gel elektroforese. b) På kurset ble en metode for påvisning av enzymaktivitet i elektroforesegelen benyttet. Beskriv og forklar metoden. Oppgave 3: Protein, ekspresjon a) Forklar hvordan rekombinant GFP kan produseres i E.coli basert på arabinose operonet. Tegn og forklar. Side av 5

3 b) Hva må tas hensyn til ved produksjon av rekombinante proteiner? Oppgave 4, PCR: a) Hva er PCR og til hvilke formål benyttes denne teknikken? Tegn og forklar de tre første syklusene i PCR med genomisk DNA som templat. Beskriv de ulike komponentene som inngår i reaksjonen og hvilke faktorer kan du endre for å sikre en korrekt amplifisering. b) Influensavirus koder for 11 proteiner. Ett av dem er Neuraminidase, som hjelper nye virus ut av cellene. Tamiflu er en medisin som blokkerer Neuraminidase, men resistens kan oppstå hvis viruset muterer. En av disse mutasjonene er H74Y, som betyr at Histidin er byttet med Tyrosin ved denne posisjonen. Nedenfor er nukleotid- og aminosyresekvensen for en type mutert Neuraminidase oppgitt. Den muterte aminosyren Y74 er markert med utheving og understrekning i aminosyresekvensen (APNFYYEEC), og nukleinsyresekvensen (aa tttttattat). I nukleotidsekvensen er 4 baser uthevet, dette er FORWARD PRIMER. Du skal finne nukleotidsekvensen for REVERSE PRIMERE, som er i stand til å påvise om viruset er Tamiflu resistent eller ikke. Bruk vedleggene og den genetiske koden for å designe primere og oppgi disse i 5 3 retning. Side 3 av 5

4 Vedlegg 1, Den genetiske koden; T C A G T C A G TTT Phe (F) TTC " TTA Leu (L) TTG " CTT Leu (L) CTC " CTA " CTG " ATT Ile (I) ATC " ATA " ATG Met (M) GTT Val (V) GTC " GTA " GTG " TCT Ser (S) TCC " TCA " TCG " CCT Pro (P) CCC " CCA " CCG " ACT Thr (T) ACC " ACA " ACG " GCT Ala (A) GCC " GCA " GCG " TAT Tyr (Y) TAC TAA Ter TAG Ter CAT His (H) CAC " CAA Gln (Q) CAG " AAT Asn (N) AAC " AAA Lys (K) AAG " GAT Asp (D) GAC " GAA Glu (E) GAG " TGT Cys (C) TGC TGA Ter TGG Trp (W) CGT Arg (R) CGC " CGA " CGG " AGT Ser (S) AGC " AGA Arg (R) AGG " GGT Gly (G) GGC " GGA " GGG " Side 4 av 5

5 Vedlegg, Influensavirus; LOCUS EU bp crna linear VRL 17-MAY-008 DEFINITION Influenza A virus (A/Hong Kong/17/008(H1N1)) neuraminidase (NA) gene, partial cds. ACCESSION EU70755 VERSION KEYWORDS EU GI: SOURCE Influenza A virus (A/Hong Kong/17/008(H1N1)) ORGANISM Influenza A virus (A/Hong Kong/17/008(H1N1)) Viruses; ssrna negative-strand viruses; Orthomyxoviridae; Influenzavirus A. REFERENCE AUTHORS 1 (bases 1 to 575) Ho,E.C.M., Leung,T.W.C., Cheng,P.K.C. and Lim,W.W.L. TITLE Rapid determination of H74Y mutation associated with oseltamivir resistance in influenza A (H1N1) viruses by real-time PCR JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases 1 to 575) AUTHORS Cheng,P.K.C., Leung,P.C.K. and Lim,W.W.L. TITLE JOURNAL Direct Submission Submitted (06-MAY-008) Virology Division, PHLSB, Centre for Health Protection, Department of Health, 38, Nam Cheong Street, Shek Kip Mei, Kowloon, Hong Kong, China FEATURES Location/Qualifiers source /organism="influenza A virus (A/Hong Kong/17/008(H1N1))" /mol_type="viral crna" /strain="a/hong Kong/17/008" /serotype="h1n1" /host="homo sapiens" /db_xref="taxon:57167" /segment="6" /lab_host="mdck" /country="china: Hong Kong" /collection_date="jan-008" /note="v ; oseltamivir resistant" gene <1..>575 /gene="na" CDS <1..>575 /gene="na" /codon_start= /product="neuraminidase" /protein_id="acd " /db_xref="gi: " /translation="chdgmgwltigisgpdngavavlkyngiitgtikswkkqilrtq ESECVCMNGSCFTIMTDGPSNKAASYKIFKIEKGKVTKSIELNAPNFYYEECSCYPDT GIVMCVCRDNWHGSNRPWVSFNQNLDYQIGYICSGVFGDNPRPEDGEGSCNPVTVDGA NGVKGFSYKYGNGVWIGRTKSNRLRKGFEMI" ORIGIN 1 atgccatgat ggcatgggct ggttaacaat cggaatttct ggtccagaca atggagctgt 61 ggctgtacta aaatacaacg gaataataac tggaaccata aaaagttgga aaaagcaaat 11 attaagaaca caagagtctg aatgtgtctg tatgaacggg tcatgtttca ccataatgac 181 cgatggcccg agtaataagg ccgcctcgta caaaattttc aagatcgaaa aggggaaggt 41 tactaaatca atagagttga atgcacccaa tttttattat gaggaatgct cctgttaccc 301 agacactggc atagtgatgt gtgtatgcag ggacaactgg catggttcaa atcgaccttg 361 ggtgtctttt aatcaaaact tggattatca aataggatac atctgcagtg gagtgtttgg 41 tgacaatccg cgtcccgaag atggagaggg cagctgcaat ccagtgactg ttgatggagc 481 aaacggagta aaagggtttt catacaaata tggtaatggt gtttggatag gaaggaccaa 541 aagtaacaga cttagaaagg ggtttgagat gattt // Side 5 av 5