iseq 100 Veiledning for sekvenseringssystem Kun til forskningsbruk. Ikke til bruk ved diagnostiske prosedyrer.

Transkript

1 iseq 100 Veiledning for sekvenseringssystem Mars 2019 ILLUMINA-PROPRIETÆR

2 Dette dokmentet og dets innhold er opphavsrettslig beskyttet for Illmina, Inc. og tilknyttede selskaper («Illmina»), og er ment telkkende for kontraktbrk av knden i forbindelse med brk av prodktet (prodktene) beskrevet her, og for intet annet formål. Dette dokmentet og dets innhold skal ikke brkes eller distriberes til andre formål og/eller på annen måte kommniseres, fremlegges eller reprodseres på noen måte ten fortgående, skriftlig samtykke fra Illmina. Illmina overfører ikke noen lisens nder sitt patent, varemerke, opphavsrett eller sedvanerett eller lignende rettigheter til tredjeparter gjennom dette dokmentet. Instrksjonene i dette dokmentet skal følges strengt og tydelig av kvalifisert og tilfredsstillende tdannet personell for å sikre riktig og sikker brk av prodktet (prodktene) som er beskrevet i dette dokmentet. Alt innhold i dette dokmentet skal leses fllt t og være forstått før prodktet (prodktene) brkes. HVIS DET UNNLATES Å LESE FULLSTENDIG OG UTTRYKKELIG FØLGE ALLE INSTRUKSJONENE I DETTE DOKUMENTET, KAN DET FØRE TIL SKADE PÅ PRODUKTET (PRODUKTENE), SKADE PÅ PERSONER, INKLUDERT BRUKERE ELLER ANDRE, OG SKADE PÅ ANNEN EIENDOM, OG DETTE VIL UGYLDIGGJØRE EVENTUELL GARANTI SOM GJELDER FOR PRODUKTET (PRODUKTENE). ILLUMINA PÅTAR SEG IKKE ANSVAR SOM FØLGE AV FEIL BRUK AV PRODUKTET (PRODUKTENE) SOM ER BESKREVET I DETTE DOKUMENTET (INKLUDERT DELER AV DETTE ELLER PROGRAMVARE) Illmina, Inc. Med enerett. Alle varemerker tilhører Illmina, Inc. eller deres respektive eiere. Ytterligere informasjon om varemerker finner d på ii

3 Revisjonslogg Dokment Dato Beskrivelse av endring Dokmentnr v05 Dokmentnr v04 Mars 2019 Oktober 2018 Oppdaterte programvarebeskrivelser i iseq-kontrollprogramvare v1.4: Oppdaterte instrksjoner for konfigrasjon av systeminnstillinger, inkldert å flytte og gi enkelte brkergrensesnittelementer nytt navn. La til beskrivelser av metrikk for %Clsters PF (% klynge-pf) og %Occpancy (% fyllingsgrad), som finnes i skjermbildet Seqencing (Sekvensering). Tillot tilordnede nettverksstasjonsplasseringer for prøvearkene og tdatamappene. Anga at programvaren atomatisk gir prøveark det nye navnet SampleSheet.csv. La til koblinger på følgende sider: iseq 100-systemprøvearkmalen for manell mods. Støttesidene for bcl2fastq-konverteringsprogramvare. La til volmer av 1 nm 100 % PhiX og AmpliSeq Library PLUS for Illminabiblioteker for klargjøring. La til instrksjon om å flytte referansegenomdatabasen for Local Rn Manager til en annen plassering enn stasjon C ved gjenoppretting av systemets fabrikkinnstillinger. Økte de maksimalt anbefalte syklsene for Index Read 1 (Indeksavlesning 1) og Index Read 2 (Indeksavlesning 2) til 10 syklser hver. Økte antall syklser som kassetten støtter til 322. Henviste til Veiledning for klyngetetthetsoptimalisering (dokmentnr ) med tanke på detaljert informasjon om optimalisering av lastekonsentrasjon. Klarla at en kassett som skal tines i et vannbad må oppbevares ved 25 C til 15 C i minst én dag før tining. Korrigerte AmpliSeq for Illmina Library PLUS til AmpliSeq Library PLUS for Illmina. Lagt til anbefalte lastekonsentrasjoner og fortynningsinstrksjoner for Nextera DNA Flex for Enrichment-, TrSeq DNA Nano- og TrSeq DNA PCR-Free-biblioteker. Lagt til informasjon om brk av en normaliseringsmetode som ikke gir enkeltstrengede biblioteker. Lagt til beskrivelser av de to kjøringsmodsene, Local Rn Manager og Manell. Lagt til et 5 % PhiX-anrikingsalternativ og definert formålet med hver prosentandel for anriking. Lagt til følgende trinn: Bytter til sbsadmin-operativsystemkontoen når d installerer kontrollprogramvaren, analysemodlene og annen programvare. Slå av og på instrmentet når d skal gjenopprette til fabrikkinnstillinger. Referanse til Illmina-adaptersekvenser (dokmentnr ) for å avgjøre Index 2 (Indeks 2) (i5)-retninger for et prøveark. Forklaringer av følgende pnkter: Kassetter må brkes middelbart etter tining. Lastekonsentrasjonene oppført for Nextera DNA Flex- og Nextera Flex for Enrichment-biblioteker gjelder ikke for andre Nextera-bibliotekstyper. SreCell WTA 3 er ikke et kompatibelt bibliotek. iii

4 Dokment Dato Beskrivelse av endring Dokmentnr v03 Dokmentnr v02 Dokmentnr v01 Agst 2018 Jni 2018 Mai 2018 Oppdaterte programvarebeskrivelser i iseq-kontrollprogramvare v1.3: La til konfigrasjonsinstrksjoner for Universal Copy Service. Endret navnet på fanen Network Configration (Nettverkskonfigrasjon) til Network Access (Nettverkstilgang). La til instrksjoner om åpning av Local Rn Manager fra kontrollprogramvaren. Oppdaterte standardplassering for tdatamappe til D:\SeqencingRns. La til instrksjoner om tilkobling av systemet til en proxy-server. La til krav om å angi en UNC-bane for tdatamappe- og prøvearkplasseringene i nettverket. Anga de nike kravene for konfigrasjon av en tdatamappeplassering på en intern stasjon, ekstern stasjon eller nettverksplassering. Laget instrksjoner om å opprette et prøveark for manell mods i første trinn av kjøringsoppsett. Korrigerte instrksjoner og brk av installasjonsveiviseren for systemserien. Korrigerte beskrivelsen av tdataminiatyrfiler. Oppdaterte rør brkt for fortynning av biblioteker til Fisher Scientific katalognr eller tilsvarende rør med lav binding. La til en del som beskriver den regionale tilgjengeligheten for avansert bytte. Klarla at biblioteker fortynnet til lastekonsentrasjonen må sekvenseres samme dag. Klarla at reagenskassetten må tas t av esken for tining. Oppdaterte programvarebeskrivelser i iseq-kontrollprogramvare v1.2: La til alternativ om å bla til et nedlastet installasjonsprogram for programvare fra kontrollprogramvaren. La til instrksjoner om lagring av miniatyrbilder. Flyttet nettverksinnstillinger til fanen Network Configration (Nettverkskonfigrasjon). Økte maksimal brk av testkomponenter til flergangsbrk til 36, og bemerket at resterende antall ganger brk vises på skjermen. Oppdaterte Local Rn Manager-informasjon: La til trinn for åpning av Local Rn Manager og oppsett av kjøringen. La til RNA Amplicon som en forhåndsinstallert analysemodl, samt anriking og sekvensering av DNA på nytt som andre støttede modler. Oppdaterte dokmentasjonshenvisninger til Veiledning for Local Rn Manager-programvare (dokmentnr ). Oppdaterte tineinstrksjoner for kassetter: La til et alternativ for tining ved romtemperatr. Ga mer detaljerte instrksjoner om vannbad, deriblant oppbevaring før tining. Oppdaterte instrksjoner om klargjøring av biblioteker for sekvensering: Oppdaterte lastekonsentrasjonen av Nextera DNA Flex til 200 pm. La til startlastekonsentrasjon for bibliotektyper som ikke er oppgitt. La til informasjon om metrikken % fyllingsgrad. Økte volm på 1 nm PhiX for en anriking til 50 µl. Oppdaterte Illmina-katalognmre for: Ekstra dryppbrettpte for iseq 100 til Ekstra lftfilter for iseq 100 til Oppdaterte anbefalinger om dråpetellere og dråpetellerspisser. iv

5 Dokment Dato Beskrivelse av endring Dokmentnr v01 Dokmentnr v00 Mai 2018 Febrar 2018 La til følgende diverse instrksjoner: Utføre valideringskjøringer. Opprette et prøveark ved sekvensering i manell mods. Minimere kontrollprogramvaren for å oppnå tilgang til andre programmer. La til følgende trinn i fremgangsmåten for systemkontroll: Laste t og oppbevare testkomponenter til flergangsbrk. Fjerne synlig smss fra teststrømningscellen til flergangsbrk. Omorganiserte følgende innhold for å forbedre kontiniteten: Slo sammen instrksjoner for å tføre en kjøring kn med PhiX med standardinstrksjonene for sekvensering. Slo sammen instrksjoner for klargjøring av strømningsceller med instrksjoner for bibliotekfortynning. Konsoliderte instrksjoner for PhiX-anriking. Flyttet informasjon om antall syklser i en avlesning. Flyttet sanntidsanalyse og kalte det Seqencing Otpt (Utdata for sekvensering) i stedet. Forenklet arbeidsflytdiagrammet for feilmeldinger. Fjernet informasjon om nettbrett- og skrivebordsmodi. Operativsystemet kjører i skrivebordsmods som standard, og det er ikke behov for nettbrettmods. Fjernet krav om å fylle t og sende inn et dekontamineringssertifikat for avansert bytte. Korrigert gjennomsnittlig kjøringsstørrelse til 2 GB. Første versjon. v

6 Innholdsfortegnelse Kapittel 1 Oversikt 1 Innledning 1 Tilleggsressrser 2 Instrmentkomponenter 3 iseq 100 i1-reagens 7 Kapittel 2 Komme i gang 11 Førstegangs oppsett 11 Minimere kontrollprogramvaren 11 Kjøringsinnstillinger 12 Instrmenttilpasning 14 Nettverksoppsett 16 Brkerlevert forbrksmateriell og tstyr 17 Kapittel 3 Sekvensering 20 Innledning 20 Tine kassetten i pose 21 Klargjøre strømningscellen og bibliotekene 22 Laste forbrksmateriell inn i kassetten 24 Konfigrere en sekvenseringskjøring (Local Rn Manager) 26 Konfigrere en sekvenseringskjøring (manell mods) 29 Kapittel 4 Vedlikehold 33 Frigjøre plass på harddisken 33 Programvareoppdateringer 33 Skifte t lftfilteret 35 Flytte instrmentet 36 Programvarebegrensningspolicyer 38 Vedlegg A Utdata for sekvensering 41 Oversikt over sanntidsanalyse 41 Arbeidsprosess for sanntidsanalyse 43 Vedlegg B Feilsøking 47 Løse feilmeldinger 47 Avbryte en startet kjøring 48 Foreta en strømtilstandsendring for instrmentet 48 Utføre en systemkontroll 49 Lekkasjebegrensning 51 Gjenopprette til fabrikkinnstillinger 54 vi

7 Vedlegg C Avansert bytte 55 Bytte iseq 100-systemet 55 Motta et erstatningssystem 55 Klargjøre det originale systemet for retr 55 Retrnere det originale systemet 58 Indeks 62 Teknisk hjelp 68 vii

8 Kapittel 1 Oversikt Innledning 1 Tilleggsressrser 2 Instrmentkomponenter 3 iseq 100 i1-reagens 7 Innledning Illmina iseq 100-sekvenseringssystem sørger for en målrettet tilnærming til neste generasjons sekvensering (NGS). Dette programfokserte systemet pakker Illmina-sekvenseringsteknologi inn i et kostnadseffektivt skrivebordsinstrment. Fnksjoner Accessibility and reliability (Tilgjengelighet og pålitelighet) iseq 100-systemet har en liten grnnflate og er enkelt å installere og brke. Væske- og avbildningskomponenter er innebygd i forbrksmateriellet, noe som gjør det enklere å vedlikeholde instrmentet. Single-step consmable loading (Ettrinns innlasting av forbrksmateriell) En kassett til engangsbrk er forhåndsfylt med alle reagenser som kreves for en kjøring. Bibliotek og en strømningscelle tstyrt med sensor lastes direkte inn i kassetten, som deretter lastes inn i instrmentet. Integrert identifisering mliggjør nøyaktig sporing. iseq 100-systemprogramvare En serie med integrert programvare styrer instrmentoperasjoner, behandler bilder og genererer baseberegninger. Denne serien sørger for dataanalyse på instrmentet og dataoverføringsverktøy for ekstern analyse. On-instrment analysis (Analyse på instrmentet) Local Rn Manager legger inn prøveinformasjon og analyserer deretter kjøringsdata med analysemodlen som er spesifisert for kjøringen. Programvaren inklderer en serie av analysemodler. Clod-based analysis (Skybasert analyse) Arbeidsflyten for sekvensering er integrert med BaseSpace Seqence Hb, Illmina-skyberegningsmiljøet for kjøringsovervåking, dataanalyse, lagring og samarbeid. Utdatafiler strømmes i sanntid til BaseSpace Seqence Hb for analyse. Prøve til analyse Følgende diagram illstrerer hele arbeidsflyten for sekvensering fra eksperimentell tforming til analyse av data. Hvert trinn omfatter verktøy og dokmentasjon. Denne veiledningen dekker trinnet for å sekvensere biblioteker. D finner annen dokmentasjon på spport.illmina.com. 1

9 Figr 1 Arbeidsprosess for prøve til analyse Tilleggsressrser Støttesidene til iseq 100-sekvenseringssystem på Illminas nettsted har tilleggsressrser for systemet. Disse ressrsene inklderer programvare, opplæring, kompatible prodkter og følgende dokmentasjon. Sjekk alltid støttesider for de nyeste versjonene. Ressrs Tilpasset protokollvelger Oppsettplakat for iseq 100-sekvenseringssystem (dokmentnr ) Veiledning for klargjøring av stedet for iseq 100- sekvenseringssystem (dokmentnr ) Sikkerhets- og samsvarsveiledning for iseq 100- sekvenseringssystem (dokmentnr ) Samsvarsveiledning for RFID-leser (dokmentnr ) Beskrivelse Et verktøy for å generere ende-til-ende-instrksjoner skreddersydd til din metode for bibliotekklargjøring, kjøringsparametere og analysemetode, med mligheter for å finjstere detaljnivået. Gir instrksjoner for installasjon av instrment og førstegangsoppsett. Gir spesifikasjoner for laboratorieplass, elektriske krav og miljømessige og nettverksmessige hensyn. Gir informasjon om operative sikkerhetshensyn, samsvarserklæringer og instrmentdokmentasjon. Gir informasjon om RFID-leseren i instrmentet, inkldert samsvarssertifiseringer og sikkerhetshensyn. 2

10 Instrmentkomponenter iseq 100-sekvenseringssystemet omfatter en av/på-knapp, monitor, statslinje, et forbrksmateriellkammer og et dryppbrett. Figr 2 Eksterne systemkomponenter A B C D E Av/på-knapp Styrer strømmen til instrmentet og angir om systemet er på (lyser), av (mørk) eller av, men med vekselstrøm (plserer). Berøringsskjermmonitor Gjør konfigrasjon og oppsett mlig på instrmentet ved hjelp av kontrollprogramvarens grensesnitt. Statslinje Angir systemstats som klar til å sekvensere (grønn), behandler (blå) eller krever oppmerksomhet (oransje). Forbrksmateriellkammer Inneholder forbrksmateriell nder en kjøring. Dryppbrettdør Gir tilgang til dryppbrettet, som fanger opp lekkede væsker. Strøm- og hjelpetilkoblinger D kan flytte instrmentet for å få tilgang til USB-porter og andre komponenter på baksiden. Bak på instrmentet er det en bryter og et inntak som styrer strøm til instrmentet, samt en Ethernet-port for en valgfri Ethernet-tilkobling. To USB-porter gjør det mlig å koble til en ms eller et tastatr, eller å laste opp og laste ned data med en bærbar enhet. MERK Hvis d kobler systemet til et tastatr og en ms, overstyres tastatret på skjermen. 3

11 Figr 3 Komponenter på baksiden A B C D Ethernet-port Valgfri tilkobling av Ethernet-kabel. USB-porter To porter for tilkobling av hjelpekomponenter. Vekslebryter Slår strømmen til instrmentet på og av. Vekselstrøminntak Tilkobling av strømledning. Forbrksmateriellkammer Forbrksmateriellkammeret inneholder kassetten for en sekvenseringskjøring. Figr 4 Lastet forbrksmateriellkammer A B C Kassett Inneholder strømningscellen, biblioteket og reagensene, og samler opp brkte reagenser nder kjøringen. Brett Rommer kassetten nder sekvensering. Dør Åpner seg i 60-graders vinkel slik at d får tilgang til forbrksmateriellkammeret. Programvaren åpner og lkker kammerdøren, og posisjonerer kassetten for avbildning. Døren åpnes ned fra hengsler mot instrmentets sokkel. Ikke sett gjenstander på den åpne døren, da den ikke er laget for å fngere som en hylle. 4

12 Teststrømningscelle og kassett til flergangsbrk Instrmentet leveres med iseq 100-teststrømningscellen til flergangsbrk og iseq 100-testkassetten til flergangsbrk, som skal brkes til systemkontroller. Oppbevares i originalemballasjen ved romtemperatr. Kan brkes på nytt opptil 36 ganger eller i 5 år etter prodksjonsdatoen, alt etter hva som nås først. Under en systemkontroll viser programvaren resterende antall brk. Erstatt tløpte testkomponenter til flergangsbrk med testsettet for iseq 100. Figr 5 Testkomponenter til flergangsbrk A B Teststrømningscelle til flergangsbrk Testkassett til flergangsbrk Testkomponentene til flergangsbrk ligner på sekvenseringskomponentene i iseq 100 i1-reagens, og innlastingsretningene er de samme. Testkassetten har imidlertid ikke en bibliotekbeholder, og ingen av testkomponentene har kjemien som kreves for en kjøring. Systemprogramvare Systemprogramvareserien innbefatter integrerte programmer som tfører sekvenseringskjøringer og analyse på instrmentet. iseq-kontrollprogramvare Styrer instrmentoperasjoner og gir et grensesnitt for konfigrasjon av systemet, oppsett av en sekvenseringskjøring og overvåking av kjøringsstatistikk etter hvert som sekvensering går fremover. Local Rn Manager Definerer kjøringsparametere og analysemetoden før sekvensering. Etter sekvensering begynner dataanalyse på instrmentet atomatisk. Systemet leveres med DNA Amplicon, RNA Amplicon og Generate FASTQ samt analysemodler installert. Systemet støtter også analysemodlene for anriking og sekvensering av DNA på nytt, som er tilgjengelige på støttesidene for Local Rn Manager. D finner mer informasjon om Local Rn Manager og analysemodlene i Veiledning for Local Rn Manager-programvare (dokmentnr ). Sanntidsanalyse (RTA2) Utfører bildeanalyse og basebetegnelse nder kjøringen. D finner mer informasjon nder Utdata for sekvensering på side 41. Universal Copy Service Kopierer tdatafiler for sekvensering fra kjøringsmappen til BaseSpace Seqence Hb (hvis det er aktelt) og tdatamappen, hvor d kan oppnå tilgang til dem. 5

13 Sanntidsanalyse og Universal Copy Service kjører kn bakgrnnsprosesser. Local Rn Manager og kontrollprogramvaren kan ha behov for brkerinndata. Systeminformasjon Kontrollprogramvaremenyen har en del som heter Abot (Om), hvor d kan vise Illmina-kontaktinformasjon og følgende systeminformasjon: Serienmmer Datamaskinens navn og IP-adresse Oppskriftsfragmentversjon Kjøringsantall Meldinger og varsler Et ikon vises ved siden av instrmentnavnet for å angi meldinger. Hvis d vil vise en liste over meldingene, som omfatter advarsler og feil, velger d ikonet. Advarsler krever oppmerksomhet, men verken stopper en kjøring eller krever annen handling enn kvittering. Feil krever handling før d kan starte eller fortsette med en kjøring. Et panel på venstre side av skjermbildene for kjøringsoppsett viser varsler som gjelder spesielt for kassettinnlasting og kontroller før kjøring. Figr 6 Plasseringer i skjermbildet A B Varsler for kjøringsoppsett Andre meldinger Prosessbehandling Skjermbildet Process Management (Prosessbehandling) viser ledig plass (stasjon D) på harddisken og kjøringsstats, og identifiserer hver kjøring med navn, ID og dato. Skjermbildet oppdateres atomatisk hvert tredje mintt. Kolonnen Stats angir om en kjøring pågår eller er fllført basert på behandlingen av BCL-filer. For hver kjøring viser Process Management (Prosessbehandling) dessten statsen for bakgrnnsprosessene Universal Copy Service, BaseSpace Seqence Hb og Local Rn Manager. Uaktelle prosesser vises ikke på skjermen. Hvis for eksempel en kjøring ikke er koblet til BaseSpace Seqence Hb, viser ikke Process Management (Prosessbehandling) BaseSpace-statsen for denne kjøringen. 6

14 D finner informasjon om hvordan d feilsøker statsproblemer nder Stats for prosessbehandling på side 47. D finner informasjon om hvordan d sletter kjøringer og frigjør plass nder Frigjøre plass på harddisken på side 33. Stats for Universal Copy Service Universal Copy Service viser statsen for filer som blir kopiert fra tdatamappen: In Progress (Pågår) Universal Copy Service kopierer filer til tdatamappen. Complete (Fllført) Universal Copy Service har kopiert alle filene til tdatamappen. Stats for BaseSpace Seqence Hb BaseSpace Seqence Hb viser opplastingsstatsen: In Progress (Pågår) Kontrollprogramvaren laster opp filer til BaseSpace Seqence Hb. Complete (Fllført) Alle filene er lastet opp til BaseSpace Seqence Hb. Stats for Local Rn Manager Local Rn Manager viser analysestatsen i kontrollprogramvare: Not Started (Ikke startet) Analysen står i kø for å starte, eller Local Rn Manager venter på at sanntidsanalyse skal fllføres. In Progress (Pågår) Local Rn Manager analyserer filer. D finner en mer detaljert stats i Local Rn Manager-programvaren. Stopped (Stoppet) Analysen har stoppet, men er ikke fllført. Complete (Fllført) Local Rn Manager har fllført analysen. D finner mer informasjon om analysestats i Local Rn Manager-programvaren. iseq 100 i1-reagens Å tføre en kjøring på iseq 100-systemet krever ett iseq 100 i1-reagenssett til engangsbrk. Settet er tilgjengelig i én størrelse (300 syklser) og to samlinger: Enkel Inneholder forbrksmateriell til én kjøring. Firepakning Inneholder forbrksmateriell til fire kjøringer. Innhold og oppbevaring iseq 100 i1-reagenssettet inneholder kassetten og strømningscellen for sekvensering. Når d mottar settet: Ikke åpne den hvite folieemballasjen før d blir bedt om det nder prosedyrene for tining av kassetten og klargjøring av strømningscellen. Kassetten skal tines i posen. Komponentene må straks settes til oppbevaring ved angitt temperatr for å sikre riktig ytelse. Oppbevar kassetter slik at etikettene på emballasjen vender oppover. Oppbevar kassetter i minst én dag før d tiner dem i et vannbad. 7

15 Tabell 1 Settkomponenter Samling Forbrksmateriell Antall Oppbevaringstemperatr Enkel Kassett 1 25 C til 15 C Strømningscelle 1 2 C til 8 C* Firepakning Kassett 4 25 C til 15 C Strømningscelle 4 2 C til 8 C* *Sendes ved romtemperatr. Begge forbrksmateriellene har identifikatorer som gjør sporing mlig og sikrer kompatibilitet. Kassetten brker radiofrekvensidentifikasjon (RFID). Strømningscellen brker et elektrisk grensesnitt: elektrisk slettbart, programmerbart skrivebeskyttet minne (EEPROM). Strømningscelle iseq 100 i1-strømningscellen er en mønstret strømningscelle med én bane som er bygget over en optisk sensor av typen komplementær metalloksidhalvleder (CMOS). En plastkassett omgir den glassbaserte strømningscellen. Opphevede gripepnkter på plasten sikrer trygg håndtering. A B C D E F Gripepnkter CMOS- sensor (oppå) Avbildningsområde Pakning (én av to) CMOS-sensor (nder) Elektrisk grensesnitt Millioner av nanobrønner dekker overflaten av strømningscellen. Klynger genereres i nanobrønnene. Derfra tføres deretter sekvenseringsreaksjonen. Nanobrønnenes ordnede fordeling øker tdataavlesninger og data. Under sekvensering tar CMOS-sensoren bilder for analyse. Kassett iseq 100 i1-kassetten er forhåndsfylt med klynge-, sekvenserings-, paired-end- og indekseringsreagenser. En folieforseglet beholder er forbeholdt biblioteker, og et spor på forsiden er forbeholdt strømningscellen. Illminatorlys når strømningscellen gjennom et tilgangsvind oppå kassetten. 8

16 A B C Tilgangsvind Strømningscellespor Bibliotekbeholder Kassetten rommer alt forbrksmateriell for en kjøring: reagenser, bibliotek og strømningscelle. Biblioteket og strømningscellen lastes inn i den tinte kassetten, som deretter lastes på instrmentet. Etter at kjøringen har begynt, overføres reagenser og bibliotek atomatisk fra kassetten til strømningscellen. En beholder på ndersiden samler opp brkte reagenser. Kassetten inneholder også pmper, ventiler og alle andre væsker for systemet. Fordi kassetten avhendes etter en kjøring, er det ikke nødvendig å vaske instrmentet. Antall syklser som støttes Etiketten for 300 syklser på kassetten angir hvor mange syklser som analyseres, ikke hvor mange syklser som tføres. Strømningscellen er kompatibel med hvilket som helst antall syklser og hvilken som helst avlesningstype. Kassetten sørger for tilstrekkelig reagens for opptil 322 sekvenseringssyklser. De 322 syklsene inklderer 151 syklser hver for Read 1 (Avlesning 1) og Read 2 (Avlesning 2), plss opptil 10 syklser hver for Index 1 (Indeks 1) og Index 2 (Indeks 2). D finner informasjon om hvor mange syklser som skal sekvenseres nder Anbefalt antall syklser på side 21. Symbolbeskrivelser Følgende tabell beskriver symbolene på forbrksmateriellet eller forbrksmateriellets emballasje. Symbol Beskrivelse Dato da forbrksmateriellet tløper. De beste resltatene oppnås ved å brke forbrksmateriellet før denne datoen. Angir prodsenten (Illmina). 9

17 Symbol Beskrivelse Datoen da forbrksmateriellet ble fremstilt. Tiltenkt brk er Kn til forskningsbrk (RUO). Angir delenmmeret slik at forbrksmateriellet kan identifiseres.* Angir partikoden for å identifisere partiet eller loten som forbrksmateriellet ble fremstilt i.* Angir at d må være forsiktig. Angir en helsefare. Temperatrområde for oppbevaring i grader celsis. Oppbevar forbrksmateriellet innenfor det angitte området. * REF identifiserer den enkeltstående komponenten, mens LOT identifiserer loten eller partiet komponenten tilhører. 10

18 Kapittel 2 Komme i gang Førstegangs oppsett 11 Minimere kontrollprogramvaren 11 Kjøringsinnstillinger 12 Instrmenttilpasning 14 Nettverksoppsett 16 Brkerlevert forbrksmateriell og tstyr 17 Førstegangs oppsett Den første gangen systemet slås på, starter kontrollprogramvaren med en serie skjermbilder som leder deg gjennom førstegangs oppsett. Førstegangs oppsett omfatter å tføre en systemkontroll for å bekrefte instrmentytelse og konfigrere systeminnstillinger. Hvis d vil endre systeminnstillinger etter førstegangs oppsett, velger d kommandoen System Settings (Systeminnstillinger) i kontrollprogramvaren. Kommandoen åpner fanene Settings (Innstillinger), Network Access (Nettverkstilgang) og Cstomization (Tilpasning), der d kan oppnå tilgang til alle kontrollprogramvareinnstillinger og Windows-innstillinger for nettverk. Operativsystemkonti Windows-operativsystemet har to konti: administrator (sbsadmin) og brker (sbsbrker). Administrator-kontoen skal brkes til IT, systemoppdateringer og installering av kontrollprogramvare, Local Rn Manager-analysemodler og annen programvare. Utfør alle andre fnksjoner, deriblant sekvensering, fra brkerkontoen. Passordkrav Operativsystemet krever at passordet endres for begge kontoer (sbsadmin og sbsbrker) ved første pålogging. Oppdater hvert passord hver 180. dag, når d blir bedt om det. Tabell 2 Standard passordpolicyer Policy Tving passordhistorikk Terskel for låsing Minimm passordlengde Passord må oppfylle kravene til kompleksitet Lagre passord med reversibel kryptering Innstilling Hsker fem passord Ti gyldige påloggingsforsøk Ti tegn Deaktivert Deaktivert Valideringskjøringer D kan eventelt tføre en valideringskjøring før d sekvenserer eksperimentelle biblioteker for første gang. En valideringskjøring sekvenserer 100 % PhiX, som fngerer som et kontrollbibliotek, for å bekrefte systemdriften. D finner instrksjoner nder Sekvensering på side 20. Minimere kontrollprogramvaren Oppnå tilgang til andre programmer ved å minimere kontrollprogramvaren. D kan for eksempel bla til tdatamappen i Filtforsker, eller finne et prøveark. 1 Åpne Windows-oppgavelinjen ved å sveipe oppover på berøringsskjermen. 11

19 2 Velg ikonet iseq 100 System (iseq 100-system) eller et annet program. Kontrollprogramvaren minimeres. 3 [Valgfritt] Navigering og skriving tenfor kontrollprogramvaren blir enklere hvis d kobler et tastatr og en ms til instrmentet. 4 Sveip og velg iseq 100 System (iseq 100-system) når d vil maksimere kontrollprogramvaren. Kjøringsinnstillinger Konfigrer alternativer for kjøringsoppsett, kjøringsovervåking og dataanalyse i fanen Settings (Innstillinger) i System Settings (Systeminnstillinger). Denne fanen viser anbefalte hrtiginnstillinger som d kan brke ved å velge alternativet for hrtigoppsett. Alternativt tilpasser d innstillingene ved å velge alternativet for manelt oppsett. Hvis d velger hrtiginnstillinger, brkes følgende innstillinger, og InterOp-filer, loggfiler, instrmentytelsesdata og kjøringsdata sendes til BaseSpace Seqence Hb: Illmina Proactive Spport (Illmina proaktiv støtte) Forenkler feilsøking og påviser potensielle feil, slik at proaktivt vedlikehold kan tføres og instrmentets driftstid maksimeres. Hvis Illmina proaktiv støtte slås på, sendes instrmentytelsesdata (ikke sekvenseringsdata) til BaseSpace Seqence Hb. D finner mer informasjon i Illmina proaktiv teknisk merknad (dokmentnr ). Local Rn Manager Brk Local Rn Manager-programvaren til å opprette kjøringer og analyser kjøringsdata for en enkel, strømlinjeformet arbeidsflyt. Det er ikke nødvendig med egne prøveark og analyseprogrammer. Remote Rn Monitoring (Fjernkjøringsovervåking) Brk BaseSpace Seqence Hb til fjernkjøringsovervåking. Rn Analysis, Collaboration, and Storage (Kjøringsanalyse, samarbeid og lagring) Brk BaseSpace Seqence Hb til å lagre og analysere kjøringsdata og samarbeide med kolleger. MERK Local Rn Manager starter atomatisk analyse når kjøringen er fllført. D kan imidlertid også analysere data i BaseSpace Seqence Hb. Brke hrtiginnstillinger Hrtigoppsett erstatter de aktelle kjøringsinnstillingene med anbefalte kjøringsinnstillinger og lokaliserte innstillinger for BaseSpace Seqence Hb. Disse innstillingene krever en Internett-tilkobling og en BaseSpace Seqence Hb-konto. Instrksjoner for kontooppsett finnes i Elektronisk hjelp for BaseSpace Seqence Hb (dokmentnr ). 1 I kontrollprogramvaremenyen velger d System Settings (Systeminnstillinger). 2 I fanen Settings (Innstillinger) velger d Use Express Settings (Brk hrtiginnstillinger). 3 I listen Set Region (Angi region) velger d den geografiske plasseringen der systemet befinner seg eller stedet nærmest der systemet befinner seg. Denne innstillingen sikrer at dataene lagres på riktig plassering for BaseSpace Seqence Hb. 4 Hvis d har et Enterprise-abonnement, legger d inn domenenavnet (URL-adressen) i feltet Enter Private Domain (Legg inn privat domene), som brkes til enkeltpålogging i BaseSpace Seqence Hb. For eksempel: 5 Velg Next (Neste). 12

20 6 Gå gjennom innstillingene. Slik endrer d en innstilling: a b c Åpne innstillingen ved å velge Edit (Rediger). Endre innstillingen etter behov, og velg deretter Next (Neste). Fortsett gjennom eventelle påfølgende skjermbilder ved å velge Next (Neste). I skjermbildet Settings Review (Innstillingsgjennomgang) angir en grønn hake aktiverte innstillinger. 7 Velg Save (Lagre). 8 Lkk System Settings (Systeminnstillinger) ved å velge Exit (Avsltt). Konfigrere innstillinger manelt Manelt oppsett leder deg gjennom hvert skjermbilde i fanen Settings (Innstillinger), slik at d kan konfigrere kjøringsinnstillinger som har følgende krav: Å slå på Illmina proaktiv støtte og BaseSpace Seqence Hb krever en Internett-tilkobling. BaseSpace Seqence Hb krever dessten en konto. Instrksjoner for kontooppsett finnes i Elektronisk hjelp for BaseSpace Seqence Hb (dokmentnr ). Å brke BaseSpace Seqence Hb til dataanalyse når systemet er konfigrert for manell mods, krever et prøveark. D finner nærmere detaljer nder Krav til prøveark på side I kontrollprogramvaremenyen velger d System Settings (Systeminnstillinger). 2 Velg Set Up Manally (Konfigrer manelt). 3 Velg om d vil aktivere tjenesten Illmina proaktiv støtte: Slå den på ved å velge avmerkingsboksen Trn on Illmina Proactive Spport (Slå på Illmina proaktiv støtte). Slå den av ved å velge bort avmerkingsboksen Trn on Illmina Proactive Spport (Slå på Illmina proaktiv støtte). Tjenesten sender instrmentytelsesdata, som temperatr og kjøringstid, til Illmina. Disse dataene hjelper Illmina med å påvise potensielle feil og forenkler feilsøking. Kjøringsdata sendes ikke. D finner mer informasjon i Illmina proaktiv teknisk merknad (dokmentnr ). 4 Velg Next (Neste). 5 Velg om kjøringer skal kobles til BaseSpace Seqence Hb: Kjøringer kobles til ved å velge én av følgende avmerkingsbokser: Trn on rn monitoring from anywhere only (Slå kn på overvåking fra hvor som helst) Brk BaseSpace Seqence Hb til fjernovervåking. Trn on rn analysis, collaboration, and storage also (Slå også på kjøringsanalyse, samarbeid og lagring) Brk BaseSpace Seqence Hb til fjernovervåking og analyse. Koble fra kjøringer ved å velge bort avmerkingsboksene Trn on rn monitoring from anywhere only (Slå kn på overvåking fra hvor som helst) og Trn on rn analysis, collaboration, and storage also (Slå også på kjøringsanalyse, samarbeid og lagring). Ved tilkobling sender kontrollprogramvaren InterOp- og loggfiler til BaseSpace Seqence Hb. Alternativet kjøringsanalyse, samarbeid og lagring sender også kjøringsdata. 6 I listen Set Region (Angi region) velger d den geografiske plasseringen der systemet befinner seg eller stedet nærmest der systemet befinner seg. Denne innstillingen sikrer at dataene lagres på riktig plassering for BaseSpace Seqence Hb. 13

21 7 Hvis d har et Enterprise-abonnement, legger d inn domenenavnet (URL-adressen) i feltet Enter Private Domain (Legg inn privat domene), som brkes til enkeltpålogging i BaseSpace Seqence Hb. For eksempel: 8 Velg Next (Neste). 9 Velg om kontrollprogramvaren skal integreres med Local Rn Manager: Hvis d vil opprette kjøringer og analysere data i Local Rn Manager, velger d Use Local Rn Manager (Brk Local Rn Manager). Hvis d vil opprette kjøringer i kontrollprogramvaren og analysere data i et annet program, velger d Use Manal Mode (Brk manell mods). Local Rn Manager gir den mest strømlinjeformede arbeidsflyten, men er ikke en fnksjon i kontrollprogramvaren. Den er integrert programvare som brkes til å registrere prøver for sekvensering, opprette kjøringer og analysere data. Før sekvensering går d gjennom Veiledning for Local Rn Manager-programvare (dokmentnr ). 10 Velg Next (Neste). 11 Gå gjennom innstillingene. Slik endrer d en innstilling: a b c Åpne innstillingen ved å velge Edit (Rediger). Endre innstillingen etter behov, og velg deretter Next (Neste). Fortsett gjennom eventelle påfølgende skjermbilder ved å velge Next (Neste). I skjermbildet Settings Review (Innstillingsgjennomgang) angir en grønn hake aktiverte innstillinger. 12 Velg Save (Lagre). 13 Lkk System Settings (Systeminnstillinger) ved å velge Exit (Avsltt). Krav til prøveark Når systemet er konfigrert for manell mods og d analyserer data i BaseSpace Seqence Hb, krever hver kjøring et prøveark. Opprett et prøveark ved å redigere iseq 100-systemprøvearkmal for manell mods og deretter importere det inn i kontrollprogramvaren nder kjøringsoppsett. Etter import gir programvaren atomatisk prøvearket det nye navnet SampleSheet.csv. Last ned prøvearkmalen fra støttesidene for iseq 100-sekvenseringssystemet: iseq 100-systemprøvearkmal for manell mods.. FORSIKTIG Legg inn adaptersekvensene for Index 2 (Indeks 2) (i5) i riktig retning for iseq 100-sekvenseringssystemet. D finner informasjon om indeksretninger i Illmina-adaptersekvenser (dokmentnr ). Det kreves også et prøveark når systemet er konfigrert for Local Rn Manager-mods. Local Rn Manager oppretter imidlertid prøvearket for deg og lagrer det til riktig plassering. Under alle andre forhold er et prøveark valgfritt. Instrmenttilpasning Navngi instrmentet ditt, og konfigrer innstillinger for lyd, miniatyrbilder og programvareoppdateringer nder fanen Cstomization (Tilpasning) i System Settings (Systeminnstillinger). Navngi instrmentet 1 I kontrollprogramvaremenyen velger d System Settings (Systeminnstillinger). 14

22 2 Velg fanen Cstomization (Tilpasning). 3 I feltet Instrment Nickname (Instrmentets kallenavn) oppgir d et foretrkket navn for instrmentet. Navnet vises øverst i hvert skjermbilde. 4 Velg Save (Lagre). 5 Lkk System Settings (Systeminnstillinger) ved å velge Exit (Avsltt). Slå lyd på eller av 1 I kontrollprogramvaremenyen velger d System Settings (Systeminnstillinger). 2 Velg fanen Cstomization (Tilpasning). 3 Velg om systemets lyd skal dempes: Slå lyden av ved å velge Off (Av). Slå lyden på ved å velge On (På). 4 Velg Save (Lagre). 5 Lkk System Settings (Systeminnstillinger) ved å velge Exit (Avsltt). Lagre miniatyrbilder 1 I kontrollprogramvaremenyen velger d System Settings (Systeminnstillinger). 2 Velg fanen Cstomization (Tilpasning). 3 Velg hvordan d vil lagre miniatyrbilder: Hvis d vil lagre alle miniatyrbilder, velger d avmerkingsboksen Save all thmbnail images (Lagre alle miniatyrbilder). Hvis d ikke vil lagre noen miniatyrbilder, velger d bort avmerkingsboksen Save all thmbnail images (Lagre alle miniatyrbilder). Å lagre miniatyrbilder hjelper nder feilsøking, men øker kjøringsstørrelsen en anelse. Alle miniatyrbilder lagres som standard. 4 Velg Save (Lagre). 5 Lkk System Settings (Systeminnstillinger) ved å velge Exit (Avsltt). Konfigrere programvareoppdateringer Systemet kan se etter og laste ned programvareoppdateringer atomatisk som d kan installere, eller d kan se etter dem manelt. D finner mer informasjon nder Programvareoppdateringer på side I kontrollprogramvaremenyen velger d System Settings (Systeminnstillinger). 2 Velg fanen Cstomization (Tilpasning). 3 Velg om systemet skal se etter programvareoppdateringer atomatisk: Vil d se atomatisk, velger d avmerkingsboksen Atocheck for software pdates (Se etter programvareoppdateringer atomatisk). Vil d se manelt, velger d bort avmerkingsboksen Atocheck for software pdates (Se etter programvareoppdateringer atomatisk). Det kreves en Internett-forbindelse for å se etter oppdateringer atomatisk. 4 Velg Save (Lagre). 5 Lkk System Settings (Systeminnstillinger) ved å velge Exit (Avsltt). 15

23 Nettverksoppsett Brk av systemet og overføring av data krever kn en WiFi- eller Ethernet-tilkobling med standardinnstillingene for nettverk. Det er ikke nødvendig å oppdatere disse innstillingene med mindre organisasjonen har egendefinerte nettverkskrav. Hvis den har det, ber d IT-representanten om hjelp til å endre standardinnstillingene for nettverk. Veiledning for klargjøring av stedet for iseq 100-sekvenseringssystem (dokmentnr ) inneholder retningslinjer for nettverksinnstillinger og kontrolldatamaskinsikkerhet. Angi tdatamappens plassering Universal Copy Service kopierer tdatafiler for sekvensering fra kjøringsmappen til BaseSpace Seqence Hb (når det er aktelt) og tdatamappen, hvor d kan oppnå tilgang til dem. En tdatamappe kreves med mindre systemet er konfigrert for kjøringsovervåking, kjøringsanalyse, samarbeid og lagring med BaseSpace Seqence Hb. Hvis ikke en tdatamappe er angitt, kopierer Universal Copy Service filer til D:\SeqencingRns. 1 I kontrollprogramvaremenyen velger d System Settings (Systeminnstillinger). 2 Velg fanen Network Access (Nettverkstilgang). 3 I feltet Otpt Folder (Utdatamappe) legger d inn en standardplassering for tdatamappen eller velger Browse (Bla gjennom) hvis d vil navigere til en plassering. Internal drive (Intern stasjon) Legg inn en eksisterende plassering på stasjon D. Stasjon C mangler tilstrekkelig plass. External drive (Ekstern stasjon) Legg inn plasseringen til en USB-stasjon som er koblet til instrmentet. Network location (Nettverksplassering) Legg inn en nettverksplassering. D kan endre standardplasseringen for hver kjøring. 4 Gå frem på følgende måte. Hvis d har angitt en intern eller ekstern stasjonsplassering, lagrer d plasseringen og lkker System Settings (Systeminnstillinger) ved å velge Save (Lagre) og deretter Exit (Avsltt). Hvis d anga en nettverksplassering, fortsetter d med trinn 5 8 slik at Universal Copy Service kobles til en konto som har tilgang til den angitte plasseringen. 5 Under Universal Copy Service velger d en kontotype: Local System Accont (Lokal systemkonto) Utdatamappen befinner seg i en katalog som det kan oppnås tilgang til med en lokal konto som har tilgang til de fleste lokale plasseringer. Network Accont (Nettverkskonto) Utdatamappen befinner seg i en katalog som krever påloggingsinformasjon. Denne innstillingen gjelder for standardplasseringen for tdatamappen og en eventell plassering som er angitt nder kjøringsoppsett. 6 Hvis d valgte Network Accont (nettverkskonto), legger d inn brkernavn og passord for kontoen. 7 Velg Save (Lagre). 8 Lkk System Settings (Systeminnstillinger) ved å velge Exit (Avsltt). 16

24 Koble til Internett Konfigrer en Internett-tilkobling for Wi-Fi eller Ethernet i Windows' innstillinger for nettverk og Internett, som d kan åpne fra kontrollprogramvaren. Standard Ethernet-tilkobling overfører data på en mer pålitelig måte. 1 I kontrollprogramvaremenyen velger d System Settings (Systeminnstillinger). 2 Velg fanen Network Access (Nettverkstilgang). 3 Velg Network Configration (Nettverkskonfigrasjon), som minimerer kontrollprogramvaren og åpner Windows' innstillinger for nettverk og Internett. 4 Konfigrer en WiFi- eller Ethernet-tilkobling. Hvis d skal konfigrere WiFi, endrer d adapteralternativet til Wi-Fi. D finner detaljerte konfigrasjonsinstrksjoner i hjelp for Windows 10 på Microsofts nettsted. 5 Når konfigrasjonen er fllført, lkker d innstillingene for Windows og maksimerer kontrollprogramvaren. 6 I fanen Network Access (Nettverkstilgang) velger d Save (Lagre). 7 Lkk System Settings (Systeminnstillinger) ved å velge Exit (Avsltt). Koble til en proxy-server 1 Minimer kontrollprogramvaren. 2 I Windows Start åpner d dialogboksen Rn (Kjøring). 3 Skriv inn cmd (Kommando), og deretter velger d OK. 4 Skriv inn følgende kommando: C:\windows\System32\bitsadmin.exe /Util /SetIEProxy LocalSystem Manal_ proxy port> NULL 5 Erstatt port> med din egen proxy-serveradresse og proxy-port, og NULL med eventelle omgåelser. 6 Kjør kommandoen ved å trykke på Enter. 7 Foreta en strømtilstandsendring for instrmentet. D finner instrksjoner i Foreta en strømtilstandsendring for instrmentet på side 48. Brkerlevert forbrksmateriell og tstyr Følgende brkerlevert forbrksmateriell og tstyr brkes til sekvensering, vedlikehold og feilsøking. Forbrksmateriell for sekvensering Forbrksmateriell Leverandør Formål Engangshansker, pdderfrie Generell laboratorieleverandør Generelt formål. iseq 100 i1-reagens Illmina, katalognr.: (enkel) (firepakning) Mikrorør, 1,5 ml Fisher Scientific, katalognr , eller tilsvarende rør med lav binding Levere reagenser og strømningscellen til en kjøring. Fortynne biblioteker til lastekonsentrasjonen. 17

25 Forbrksmateriell Leverandør Formål Tørkepapir Generell laboratorieleverandør Tørke kassetten etter et vannbad. Dråpetellerspisser, 20 µl Generell laboratorieleverandør Fortynne og laste biblioteker. Dråpetellerspisser, 100 µl Generell laboratorieleverandør Fortynne og laste biblioteker. Resspensjonsbffer (RSB) Illmina, leveres med bibliotekklargjøringssett Fortynne biblioteker til lastekonsentrasjonen. [Valgfritt] 10 mm Tris-HCl, ph 8,5 Generell laboratorieleverandør Erstatning for RSB for å fortynne biblioteker til lastekonsentrasjonen. [Valgfritt] PhiX Control v3 Illmina, katalognr. FC Utføre en kjøring kn med PhiX eller tilsetting i en PhiX-kontroll. Forbrksmateriell for vedlikehold og feilsøking Forbrksmateriell Leverandør Formål Blekemiddelservietter, 10 % VWR, katalognr , eller tilsvarende Dekontaminere instrmentet og rengjøre arbeidsflater. Engangshansker, pdderfrie Generell laboratorieleverandør Generelt formål. iseq 100 i1 ekstra dryppbrettpte¹ Illmina, katalognr Dekke dryppbrettet for å absorbere væskelekkasjer. Ekstra lftfilter for iseq 100 i1¹ Illmina, katalognr Bytte lftfilter hver sjette måned. Testsett for iseq 100-system² Illmina, katalognr Utføre en systemkontroll. Servietter med isopropylalkohol, 70 % Laboratorieklt, lavt loinnhold VWR, katalognr , eller tilsvarende VWR, katalognr , eller tilsvarende Rengjøre instrmentet og teststrømningscelle til flergangsbrk. Tørking av dryppbrettet og teststrømningscelle til flergangsbrk. Tørkepapir Generell laboratorieleverandør Tørke opp væske rndt instrmentet. [Valgfritt] Kloroppløsning, 10 % VWR, katalognr (32 oz), (16 oz), eller tilsvarende [Valgfritt] Etanolservietter, 70 % Fisher Scientific, katalognr , eller tilsvarende Rengjøre arbeidsflater etter dekontaminering. Erstatning for servietter med isopropylalkohol for å rengjøre instrmentet og teststrømningscelle til flergangsbrk. ¹ Instrmentet leveres med én installert og én ekstra. Hvis instrmentet ikke er nderlagt garanti, har brkeren ansvaret for tskiftninger. Oppbevares innpakket frem til brk. ² Erstatter testkomponenter til flergangsbrk levert sammen med instrmentet ved tløp etter 5 år eller 36 gangers brk. Utstyr Vare Kilde Formål Fryser, 25 C til 15 C Generell laboratorieleverandør Oppbevare kassetten. Isbøtte Generell laboratorieleverandør Sette til side biblioteker. Dråpeteller, 10 µl Generell laboratorieleverandør Fortynne biblioteker til lastekonsentrasjonen. Dråpeteller, 20 µl Generell laboratorieleverandør Fortynne biblioteker til lastekonsentrasjonen. 18

26 Vare Kilde Formål Dråpeteller, 100 µl Generell laboratorieleverandør Fortynne biblioteker til lastekonsentrasjonen. Kjøleskap, 2 C til 8 C Generell laboratorieleverandør Oppbevare strømningscellen. [Valgfritt] Tastatr Generell laboratorieleverandør Tillegg til skjermtastatret. [Valgfri] Ms Generell laboratorieleverandør Tillegg til berøringsskjermgrensesnittet. [Valgfritt] Vannbad Generell laboratorieleverandør Tine kassetten. 19

27 Kapittel 3 Sekvensering Innledning 20 Tine kassetten i pose 21 Klargjøre strømningscellen og bibliotekene 22 Laste forbrksmateriell inn i kassetten 24 Konfigrere en sekvenseringskjøring (Local Rn Manager) 26 Konfigrere en sekvenseringskjøring (manell mods) 29 Innledning Klyngegenerering, sekvensering og analyse omfatter sekvensering på iseq 100-sekvenseringssystemet. Hvert trinn skjer atomatisk nder en sekvenseringskjøring. Avhengig av systemkonfigrasjonen tføres ytterligere analyse tenfor instrmentet etter at kjøringen er fllført. Klyngegenerering Bibliotek denatreres atomatisk til enkle strenger, og fortynnes ytterligere i instrmentet. Under klyngegenereringen blir enkle DNA-molekyler bndet til overflaten på strømningscellen og forsterket for å danne klynger. Sekvensering Klynger avbildes ved hjelp av kjemi med ett fargestoff, som brker én florescerende etikett og to avbildningssyklser når data skal kodes for de fire nkleotidene. Den første avbildningssyklsen påviser adenin (A) og tymin (T). En kjemisykls spalter deretter fargestoffet fra A, og tilsetter samtidig et lignende fargestoff i cytosin (C). Den andre avbildningen påviser C og T. Etter den andre avbildningen tfører sanntidsanalyseprogramvare basebetegnelse, filtrering og kvalitetsscoring. Denne prosessen gjentas for hver sekvenseringssykls. D finner mer informasjon om kjemi med ett fargestoff nder Basebetegnelse på side 44. Analyse Mens kjøringen går fremover, overfører kontrollprogramvaren atomatisk basebetegnelsesfiler (*.bcl) til den angitte tdataplasseringen for dataanalyse. Fremgangsmåten for dataanalyse avhenger av programmet og systemkonfigrasjonen. Lastevolm og -konsentrasjon Lastevolm er 20 μl. Lastekonsentrasjonen varierer etter bibliotektype. Bibliotektype Innlastingskonsentrasjon (pm) 100 % PhiX 60 AmpliSeq Library PLUS for Illmina 50 Nextera DNA Flex 200 Nextera Flex for Enrichment 100 TrSeq DNA Nano 100 TrSeq DNA PCR-Free 100 For andre bibliotektyper anbefaler Illmina 50 pm som en startlastekonsentrasjon. Optimaliser denne konsentrasjonen i løpet av påfølgende kjøringer slik at en lastekonsentrasjon som konsekvent gir data som oppfyller spesifikasjonene, identifiseres. Lastekonsentrasjoner som er for høye eller for lave, fører til sboptimal klynge- og kjøringsmetrikk. D finner mer informasjon i Veiledning for klyngeoptimalisering (dokmentnr ). 20

28 Anbefalt antall syklser Hvis d legger inn minimm 26 syklser og maksimalt 151 syklser for hver avlesning, bidrar det til å sikre datakvaliteten. Det nøyaktige antallet syklser avhenger av forsøket d tfører. Minimm og maksimalt antall syklser inklderer en ekstra sykls. Legg alltid én sykls til den ønskede avlesningslengden slik at virkningene av fasing og prefasing korrigeres. Avlesningslengde er antall sekvenseringssyklser i Read 1 (Avlesning 1) og Read 2 (Avlesning 2), som eksklderer ekstra syklser og indekssyklser. Eksempel på kjøringsoppsett: Hvis d ønsker en avlesningslengde på 36 (enkel avlesning), oppgir d 37 i feltet Read 1 (Avlesning 1). Hvis d ønsker en avlesningslengde på 150 per avlesning (paired-end), oppgir d 151 i feltet Read 1 (Avlesning 1) og 151 i feltet Read 2 (Avlesning 2). Beste praksis Når d håndterer reagenser og andre kjemikalier, må d ha på deg sikkerhetsbriller, en labfrakk og plverfrie hansker. Skift hansker når d blir bedt om det, slik at d nngår krysskontaminasjon. Kontroller at d har det nødvendige forbrksmateriellet og tstyret før d starter en protokoll. Se Brkerlevert forbrksmateriell og tstyr på side 17. Følg protokollene i den viste rekkefølgen, og brk de angitte volmene, temperatrene og varighetene. Hvis ikke et stoppnkt er angitt, går d straks videre til neste trinn. Tine kassetten i pose 1 Hvis d skal tine kassetten i et vannbad, oppbevarer d kassetten ved 25 C til 15 C i minst én dag før tining. Et vannbad er den raskeste av tre tinemetoder, som beskrives i trinn 5. FORSIKTIG Hvis d tiner en kassett i et vannbad rett etter levering når den er oppbevart på tørris, kan det ha negativ innvirkning på kassettens ytelse. 2 Ta på et nytt par pdderfrie hansker. 3 Ta kassetten t av oppbevaring ved 25 C til 15 C. 4 Hvis kassetten ligger i en eske, fjerner d den fra esken, men ikke åpne den hvite folieposen. 5 Tin kassetten i pose ved hjelp av én av følgende fremgangsmåter. Brkes middelbart etter tining. Skal ikke fryses på nytt eller oppbevares på andre måter. 21

29 Fremgangsmåte Tinetid Instrksjon 20 C til 25 C vannbad 6 timer, ikke mer enn 18 timer Kjøleskap fra 2 C til 8 C Romtemperert lft (20 C til 25 C) 36 timer, ikke mer enn 72 timer 9 timer, ikke mer enn 18 timer Brk 6 l vann per kassett. Still et temperatrstyrt bad på 25 C, eller bland varmt og kaldt vann for å oppnå 20 C til 25 C. Vend poseetiketten opp, senk kassetten helt ned i vann, og påfør en vekt på ~2 kg for å hindre at den flyter opp. Ikke stable kassetter i vannbad med mindre det er temperatrstyrt. Plasser kassetten slik at etiketten vender opp og lft kan sirklere på alle sider, inkldert nder den. Plasser kassetten slik at etiketten vender opp og lft kan sirklere på alle sider, inkldert nder den. 6 Hvis den er våt etter et vannbad, tørkes den med tørkepapir. Klargjøre strømningscellen og bibliotekene Før d laster strømningscellen og bibliotekene i kassetten, sørger d for at strømningscellen når romtemperatr, fortynner biblioteker og eventelt anriker med PhiX. Biblioteker denatreres atomatisk i instrmentet. Følgende fortynningsinstrksjoner gjelder for støttede Illmina-biblioteker som er dobbeltstrengede. Følgende må alltid gjøres: tfør en kvalitetskontrollanalyse, optimaliser lastekonsentrasjonen for biblioteket ditt, og brk en normaliseringsmetode som genererer dobbeltstrengede biblioteker. Klebasert normalisering som genererer enkeltstrengede biblioteker, er ikke kompatibel med denatrering i instrmentet. Fortynne bibliotek til 1 nm 1 Klargjør strømningscellen på følgende måte. a b Fjern en ny strømningscelle fra oppbevaring ved 2 C til 8 C. Sett den åpnede emballasjen til side ved romtemperatr i mintter for å forhindre kondensering. Hvis d klargjør strømningscellen nå, vil den oppnå romtemperatr i tide. 2 Ta resspensjonsbffer (RSB) t av oppbevaring ved 25 C til 15 C. D kan alternativet brke 10 mm Tris-HCl, ph 8,5 i stedet for RSB. 3 [Valgfritt] Ta 10 nm PhiX-råstoff t av oppbevaring ved 25 C til 15 C. PhiX er kn nødvendig for en valgfri anriking eller en kjøring kn med PhiX. 4 Tin RSB og eventelt PhiX ved romtemperatr i 10 mintter. 5 Brk RSB som fortynner, og klargjør det aktelle bibliotekvolmet på 1 nm i et mikrorør med lav binding: Bibliotektype 100 % PhiX (for en kjøring kn med PhiX) Bibliotekvolm på 1 nm som skal klargjøres (µl) AmpliSeq Library PLUS for Illmina 7 Nextera DNA Flex 25 Nextera Flex for Enrichment 12 TrSeq DNA Nano 12 TrSeq DNA PCR-Free

30 Å fortynne biblioteker i mikrorør med lav binding er avgjørende for vellykket sekvensering. 6 Roter et kort øyeblikk, og deretter sentrifgerer d ved 280 g i 1 mintt. 7 [Valgfritt] Oppbevar 1 nm bibliotek ved 25 C til 15 C i opptil 1 måned. Fortynne bibliotek på 1 nm til innlastingskonsentrasjon 1 Kombiner følgende volmer i et mikrorør med lav binding for å klargjøre 100 µl bibliotek fortynnet med den riktige innlastingskonsentrasjonen: Bibliotektype* Innlastingskonsentrasjon (pm) 1 nm bibliotekvolm (µl) RSB-volm (µl) 100 % PhiX AmpliSeq Library PLUS for Illmina Nextera DNA Flex Nextera Flex for Enrichment TrSeq DNA Nano TrSeq DNA PCR-Free * Når det gjelder bibliotektyper som ikke er oppgitt, inkldert andre Nextera-biblioteker, begynner d med en lastekonsentrasjon på 50 pm og optimerer i løpet av påfølgende kjøringer. Denne tabellen gir eksempler på lastekonsentrasjoner. iseq 100-systemet er kompatibelt med alle bibliotekklargjøringssett fra Illmina, nntatt SreCell WTA 3, men den optimale lastekonsentrasjonen kan variere. 2 Roter et kort øyeblikk, og deretter sentrifgerer d ved 280 g i 1 mintt. 3 Sett fortynnet bibliotek til side på is for sekvensering. Sekvenser biblioteker som er fortynnet til lastekonsentrasjonen samme dag som de fortynnes. 4 Hvis d ikke skal legge til PhiX, eller hvis d skal tføre en kjøring kn med PhiX, skal d hoppe over neste del og gå videre til Laste forbrksmateriell inn i kassetten på side 24. Tilsette en PhiX-kontroll (valgfritt) PhiX er et lite Illmina-bibliotek som er klart til brk med balansert nkleotidfremstilling. Tilsetning av en 2 % PhiX-anriking til biblioteket gir ytterligere metrikk. For biblioteker med lav diversitet anbefales 5 % anriking for å øke basediversitet. MERK En anriking så lav som 1 % er effektiv for å gi ytterligere beregninger, men gjør pipettering vanskelig. 1 Kombiner følgende volmer i et mikrorør med lav binding for å klargjøre 50 µl 1 nm PhiX: 10 nm PhiX (5 µl) RSB (45 µl) 2 Roter et kort øyeblikk, og deretter sentrifgerer d ved 280 g i 1 mintt. 3 [Valgfritt] Oppbevar 1 nm PhiX ved 25 C til 15 C i opptil 1 måned. 23

31 4 Kombiner følgende volmer i et mikrorør med lav binding for å fortynne PhiX til samme innlastingskonsentrasjon som biblioteket, for eksempel: PhiX-innlastingskonsentrasjon (pm) 1 nm PhiX-volm (µl) RSB-volm (µl) Kombiner PhiX og bibliotek: Tilsett 2 μl fortynnet PhiX til 100 μl fortynnet bibliotek for å få en 2 % anriking. Tilsett 5 μl fortynnet PhiX til 100 μl fortynnet bibliotek for å få en 5% anriking. Faktisk PhiX-prosentandel varierer avhengig av bibliotekets kvalitet og kvantitet. 6 Roter et kort øyeblikk, og deretter sentrifgerer d ved 280 g i 1 mintt. 7 Sett biblioteket med PhiX-anriking til side på is. Laste forbrksmateriell inn i kassetten 1 [Valgfritt] Hvis d vil se en instrksjon om klargjøring og lasting av kassetter, velger d Seqence (Sekvens). 2 Åpne kassettposen fra hakkene. 3 Unngå tilgangsvindet øverst på kassetten, og ta kassetten t av posen. Kast posen. 4 Sn kassetten fem ganger for å blande reagensene. Innvendige komponenter kan rasle når d snr kassetten, noe som er helt normalt. 5 Sikre reagensaspirasjon ved å slå kassetten (med etiketten vendt opp) lett mot benken eller en annen hard overflate fem ganger. Laste inn bibliotek 1 Perforer bibliotekbeholderen med en ny dråpetellerspiss, og skyv folien t til kantene slik at hllet forstørres. 2 Kast dråpetellerspissen slik at kontaminasjon nngås. 3 Tilsett 20 µl fortynnet bibliotek i bnnen av beholderen. Unngå å ta på folien. 24

32 Laste inn strømningscellen 1 Åpne den hvite folieemballasjen fra hakkene. Må brkes innen 24 timer etter åpning. 2 Dra strømningscellen t av emballasjen. D må kn berøre plasten ved håndtering av strømningscellen. Unngå å berøre det elektriske grensesnittet, CMOS-sensoren, glass og pakninger på begge sider av glasset. 3 Hold strømningscellen i gripepnktene med etiketten vendt opp. 4 Plasser strømningscellen i sporet på forsiden av kassetten. Det høres et klikk som angir at strømningscellen er på plass. Når kassetten er lastet riktig inn, stikker grepet frem fra kassetten, og glasset er synlig fra tilgangsvindet. A B Innlasting av strømningscellen Innlastet strømningscelle 25

33 5 Avhend emballasjen på følgende måte. a b c Fjern oppbevaringskofferten fra folieemballasjen. Fjern tørkemiddelet fra oppbevaringskofferten. Resirkler oppbevaringskofferten, og kast folieemballasjen og tørkemiddelet. 6 Gå frem avhengig av om systemet er integrert med Local Rn Manager: Hvis d brker Local Rn Manager, følger d Konfigrere en sekvenseringskjøring (Local Rn Manager) på side 26. Hvis d ikke brker Local Rn Manager, følger d Konfigrere en sekvenseringskjøring (manell mods) på side 29. Konfigrere en sekvenseringskjøring (Local Rn Manager) Å sette opp en kjøring med Local Rn Manager innebærer å opprette og lagre kjøringen i Local Rn Manager for deretter å gå tilbake til kontrollprogramvaren og laste forbrksmateriell samt velge kjøringen. Data lagres til den angitte tdatamappen for analyse, som Local Rn Manager tfører atomatisk når kjøringen er fllført. 1 Åpne Local Rn Manager lokalt på instrmentets monitor eller eksternt fra en annen datamaskin: Tilgang Lokal Ekstern Åpne Local Rn Manager I kontrollprogramvaremenyen velger d Local Rn Manager, og deretter velger d Open Local Rn Manager (Åpne Local Rn Manager). I kontrollprogramvaremenyen velger d Abot (Om) slik at d får tilgang til systemets IP-adresse. Fra en datamaskin i samme nettverk som instrmentet åpner d Local Rn Manager i Chromim. Koble til ved hjelp av systemets IP-adresse. 2 Hvis Chromim er tom på instrmentets monitor, foretar d en strømtilstandsendring for instrmentet og starter kjøringsoppsettet på nytt. D finner instrksjoner i Foreta en strømtilstandsendring for instrmentet på side Opprett og lagre kjøringen i Local Rn Manager. D finner instrksjoner i Veiledning for Local Rn Manager-programvare (dokmentnr ). Konfigrer en kjøring kn med PhiX som ikke skal indekseres. Local Rn Manager sender atomatisk lagrede kjøringer til kontrollprogramvaren. 4 Velg Seqence (Sekvens) i programvaren. Programvaren åpner døren på skrått, støter t brettet og starter serien med skjermbildet for kjøringsoppsett. 5 [Valgfritt] Vis en påminnelse i skjermbildet ved å velge Help (Hjelp). Hjelpemeldinger vises i hvert skjermbilde for å gi tilleggsveiledning. Laste kassetten inn i instrmentet 1 Kontroller at kassetten er tint og inneholder strømningscellen og det fortynnede biblioteket. 26

34 2 Plasser testkassetten på brettet slik at tilgangsvindet vender opp og strømningscellen er inne i instrmentet. Ikke skyv kassetten eller brettet inn i instrmentet. 3 Trekk inn kassetten og lkk døren ved å velge Close Door (Lkk dør). Et panel vises i venstre side av skjermbildet, som viser informasjon fra det skannede forbrksmateriellet. Logge på BaseSpace Seqence Hb Skjermbildet BaseSpace Seqence Hb vises når systemet er konfigrert for Rn Monitoring (Kjøringsovervåking) eller Rn Monitoring and Storage (Kjøringsovervåking og -lagring). 1 Hvis d vil koble den aktelle kjøringen fra BaseSpace Seqence Hb, velger d Skip BaseSpace Seqence Hb Sign In (Hopp over pålogging på BaseSpace Seqence Hb). Instrmentytelsesdata sendes likevel til Illmina. 2 Hvis d vil endre tilkobling for den aktelle kjøringen, velger d et konfigrasjonsalternativ: Rn Monitoring Only (Kn kjøringsovervåking) Send kn InterOp-filer til BaseSpace Seqence Hb for å tillate fjernovervåking. Rn Monitoring and Storage (Kjøringsovervåking og -lagring) Send kjøringsdata til BaseSpace Seqence Hb for å tillate fjernovervåking og analyse. 3 Legg inn påloggingsinformasjonen din for BaseSpace Seqence Hb (e-postadresse og passord), og deretter velger d Sign In (Logg på). 4 Hvis listen Available Workgrops (Tilgjengelige arbeidsgrpper) vises, velger d en arbeidsgrppe som d vil laste opp kjøringsdata til. Listen vises når d tilhører flere arbeidsgrpper. 5 Velg Rn Setp (Kjør oppsett). Velge en kjøring 1 Hvis påloggingsskjermbildet for Local Rn Manager vises, oppgir d brkernavn og passord, og deretter velger d Log In (Logg på). Skjermbildet vises når Local Rn Manager er konfigrert for å kreve pålogging. Pålogging er som standard ikke påkrevd. 2 Velg en kjøring i listen Rn Name (Kjøringsnavn), som oppgir kjøringer som er lagret i Local Rn Manager. Vis en oppdatert liste ved å velge Refresh (Oppdater). Hvis listen er tom, oppretter d en kjøring ved å velge Open Local Rn Manager (Åpne Local Rn Manager). Hvis d velger Open Local Rn Manager (Åpne Local Rn Manager), minimeres kontrollprogramvaren, og Local Rn Manager åpnes i Chromim. 27

35 3 Hvis d forlot kontrollprogramvaren for å opprette en kjøring, går d tilbake og velger kjøringen. Vis en oppdatert liste ved å klikke på Refresh (Oppdater). 4 [Valgfritt] Velg Edit (Rediger), og endre kjøringsparametere: a Hvis d vil endre avlesningstype, velger d Single Read (Enkel avlesning) eller Paired End (Pairedend). b Hvis d vil endre Read Cycle (Avlesningssykls), legger d inn syklser hver for Read 1 (Avlesning 1) og Read 2 (Avlesning 2). Legg én sykls til ønsket antall syklser. c Hvis d vil endre tdatamappen for den aktelle kjøringen, legger d inn banen til plasseringen eller velger Browse (Bla gjennom) og navigerer til den. d Velg Save (Lagre), så oppdateres kjøringen i både kontrollprogramvaren og Local Rn Manager. 5 Start kontrollen før kjøring ved å velge Start Rn (Start kjøring). Gå gjennom kontroller før kjøring Kontroller før kjøring innbefatter en instrmentkontroll og en strømningskontroll. Strømningskontrollen perforerer kassettforseglingene og sender reagens gjennom strømningscellen, slik at forbrksmateriell ikke kan brkes på nytt etter at strømningskontrollen starter. 1 Vent i ca. 15 mintter mens kontrollene før kjøring fllføres. Kjøringen starter atomatisk etter fllføring. Med mindre systemets lyd er dempet, angir en ringelyd at kjøringen har startet. FORSIKTIG Hvis d åpner døren nder kontrollen før kjøring eller kjøringen, kan kjøringen mislykkes. 2 Hvis det oppstår en feil nder instrmentkontrollen, velger d Retry (Prøv på nytt) slik at kontrollen tføres på nytt. Instrmentkontrollen kommer før strømningskontrollen. Når en kontroll pågår, er stolpen for denne kontrollen aktiv. 3 Hvis en feil oppstår på nytt, feilsøker d i henhold til Løse feilmeldinger på side 47. Overvåke kjøringens fremdrift 1 Overvåk kjøringens fremdrift og metrikk etter hvert som de vises i skjermbildet Seqencing (Sekvensering) etter sykls 26. Metrikk Beskrivelse %Q30 Read 1 (%Q30 avlesning 1) Prosentandelen av basebetegnelser for Read 1 (Avlesning 1) med en Q-score 30. %Q30 Read 2 (%Q30 avlesning 2) Prosentandelen av basebetegnelser for Read 2 (Avlesning 2) med en Q-score 30. % Clsters PF (% klynge-pf) Prosentandelen av klynger som passerte kvalitetsfiltre. %Occpancy (% fyllingsgrad) Projected Total Yield (Planlagt total prodksjon) Prosentandelen av strømningscellebrønner som inneholder klynger. Det forventede antallet baser som betegnes for kjøringen. 2 Hvis d vil overvåke filkopiering og andre kjøringsprosesser, velger d kontrollprogramvaremenyen, og deretter velger d Process Management (Prosessbehandling). 28

36 Laste t forbrksmateriell 1 Når sekvensering er fllført, velger d Eject Cartridge (Støt t kassett). Programvaren støter den brkte kassetten t av instrmentet. 2 Fjern kassetten fra brettet. 3 Fjern strømningscellen fra kassetten. 4 Avhend strømningscellen, som har elektroniske komponenter, i henhold til gjeldende lokale standarder. 5 Avhend kassetten, som inneholder brkte reagenser, i henhold til gjeldende lokale standarder. En kjøring etter vasking er ikke nødvendig fordi væsken avhendes sammen med kassetten. ADVARSEL Dette reagenssettet inneholder potensielt farlige kjemikalier. Personskade kan forekomme ved innånding, svelging, hdkontakt og øyekontakt. Brk vernetstyr, inkldert vernebriller, hansker og laboratoriefrakk som er egnet ved risiko for eksponering. Brkte reagenser skal behandles som kjemisk avfall og kastes i samsvar med gjeldende regionale, nasjonale og lokale lover og forskrifter. Hvis d ønsker ytterligere informasjon om helse, miljø og sikkerhet, kan d se mer på spport.illmina.com/sds.html. 6 Last inn brettet på nytt og gå tilbake til startskjermbildet ved å velge Close Door (Lkk dør). Programvaren laster atomatisk inn brettet på nytt, og sensorer bekrefter at kassetten er fjernet. Konfigrere en sekvenseringskjøring (manell mods) Å sette opp en kjøring i manell mods betyr å angi kjøringsparametere i kontrollprogramvaren og tføre analyse tenfor instrmentet med et program etter eget ønske. Programvaren lagrer data til den angitte tdatamappen for analysen. Hvis d vil generere FASTQ-filer, kreves det et ekstra trinn. 1 Hvis systemet er konfigrert for kjøringsanalyse, samarbeid og lagring med BaseSpace Seqence Hb, oppretter d et prøveark for kjøringen: a Last ned iseq 100-systemprøvearkmal for manell mods fra støttesidene for iseq 100- sekvenseringssystem. b Endre malen etter behov, og lagre den i *.CSV-format. Kontroller at: Adaptersekvensene for Index 2 (Indeks 2) (i5) er i riktig retning. D finner informasjon om retninger i Illmina-adaptersekvenser (dokmentnr ). Prøvearkverdier samsvarer med kontrollprogramvareverdier. Legg for eksempel inn 151 i feltet Read 1 (Avlesning 1) i både prøvearket og skjermbildet Rn Setp (Kjøringsoppsett). 2 Velg Seqence (Sekvens) i programvaren. Programvaren åpner døren på skrått, støter t brettet og starter serien med skjermbildet for kjøringsoppsett. 3 [Valgfritt] Vis en påminnelse i skjermbildet ved å velge Help (Hjelp). Hjelpemeldinger vises i hvert skjermbilde for å gi tilleggsveiledning. Laste kassetten inn i instrmentet 1 Kontroller at kassetten er tint og inneholder strømningscellen og det fortynnede biblioteket. 29

37 2 Plasser testkassetten på brettet slik at tilgangsvindet vender opp og strømningscellen er inne i instrmentet. Ikke skyv kassetten eller brettet inn i instrmentet. 3 Trekk inn kassetten og lkk døren ved å velge Close Door (Lkk dør). Et panel vises i venstre side av skjermbildet, som viser informasjon fra det skannede forbrksmateriellet. Logge på BaseSpace Seqence Hb Skjermbildet BaseSpace Seqence Hb vises når systemet er konfigrert for Rn Monitoring (Kjøringsovervåking) eller Rn Monitoring and Storage (Kjøringsovervåking og -lagring). 1 Hvis d vil koble den aktelle kjøringen fra BaseSpace Seqence Hb, velger d Skip BaseSpace Seqence Hb Sign In (Hopp over pålogging på BaseSpace Seqence Hb). Instrmentytelsesdata sendes likevel til Illmina. 2 Hvis d vil endre tilkobling for den aktelle kjøringen, velger d et konfigrasjonsalternativ: Rn Monitoring Only (Kn kjøringsovervåking) Send kn InterOp-filer til BaseSpace Seqence Hb for å tillate fjernovervåking. Rn Monitoring and Storage (Kjøringsovervåking og -lagring) Send kjøringsdata til BaseSpace Seqence Hb for å tillate fjernovervåking og analyse (krever et prøveark). 3 Legg inn påloggingsinformasjonen din for BaseSpace Seqence Hb (e-postadresse og passord), og deretter velger d Sign In (Logg på). 4 Hvis listen Available Workgrops (Tilgjengelige arbeidsgrpper) vises, velger d en arbeidsgrppe som d vil laste opp kjøringsdata til. Listen vises når d tilhører flere arbeidsgrpper. 5 Velg Rn Setp (Kjør oppsett). Legge inn kjøringsparametere 1 I feltet Rn Name (Kjøringsnavn) oppgir d et nikt navn etter ønske som identifiserer den aktelle kjøringen. Kjøringsnavnet kan inneholde alfanmeriske tegn, bindestreker og nderstrekingstegn. 2 For Read Type (Avlesningstype) velger d ett av følgende alternativer: Single Read (Enkel avlesning) Utfør én sekvenseringsavlesning, som er det raskeste, enkleste alternativet. Paired End (Paired-end) Utfør to sekvenseringsavlesninger, som genererer data av høyere kvalitet og gir mer nøyaktig innretting. 3 I Read Cycle (Avlesningssykls) oppgir d antall syklser som skal tføres i hver avlesning. For Read 1 (Avlesning 1) og Read 2 (Avlesning 2) legger d til én sykls til ønsket antall syklser. For en kjøring kn med PhiX legger d inn 0 i begge indeksfeltene. 30

38 Avlesning Read 1 (Avlesning 1) Antall syklser Index 1 (Indeks 1) Opptil 10 Index 2 (Indeks 2) Opptil 10 Read 2 (Avlesning 2) Read 2 (Avlesning 2) er typisk den samme verdien som Read 1 (Avlesning 1), inkldert den ekstra syklsen. Index 1 (Indeks 1) sekvenserer i7-indeksadapteren, og Index 2 (Indeks 2) sekvenserer i5-indeksadapteren. 4 Hvis d vil angi en tdatamappe for den aktelle kjøringen eller laste opp et prøveark, velger d Advanced (Avansert): I feltet Otpt Folder (Utdatamappe) legger d inn banen til tdatamappens plassering eller velger Browse (Bla gjennom) og navigerer til den. I feltet Sample Sheet (Prøveark) legger d inn banen til prøvearkets plassering eller velger Browse (Bla gjennom) og navigerer til den. 5 Start kontrollen før kjøring ved å velge Start Rn (Start kjøring). Gå gjennom kontroller før kjøring Kontroller før kjøring innbefatter en instrmentkontroll og en strømningskontroll. Strømningskontrollen perforerer kassettforseglingene og sender reagens gjennom strømningscellen, slik at forbrksmateriell ikke kan brkes på nytt etter at strømningskontrollen starter. 1 Vent i ca. 15 mintter mens kontrollene før kjøring fllføres. Kjøringen starter atomatisk etter fllføring. Med mindre systemets lyd er dempet, angir en ringelyd at kjøringen har startet. FORSIKTIG Hvis d åpner døren nder kontrollen før kjøring eller kjøringen, kan kjøringen mislykkes. 2 Hvis det oppstår en feil nder instrmentkontrollen, velger d Retry (Prøv på nytt) slik at kontrollen tføres på nytt. Instrmentkontrollen kommer før strømningskontrollen. Når en kontroll pågår, er stolpen for denne kontrollen aktiv. 3 Hvis en feil oppstår på nytt, feilsøker d i henhold til Løse feilmeldinger på side 47. Overvåke kjøringens fremdrift 1 Overvåk kjøringens fremdrift og metrikk etter hvert som de vises i skjermbildet Seqencing (Sekvensering) etter sykls 26. Metrikk Beskrivelse %Q30 Read 1 (%Q30 avlesning 1) Prosentandelen av basebetegnelser for Read 1 (Avlesning 1) med en Q-score 30. %Q30 Read 2 (%Q30 avlesning 2) Prosentandelen av basebetegnelser for Read 2 (Avlesning 2) med en Q-score 30. % Clsters PF (% klynge-pf) Prosentandelen av klynger som passerte kvalitetsfiltre. %Occpancy (% fyllingsgrad) Projected Total Yield (Planlagt total prodksjon) Prosentandelen av strømningscellebrønner som inneholder klynger. Det forventede antallet baser som betegnes for kjøringen. 31

39 2 Hvis d vil overvåke filkopiering og andre kjøringsprosesser, velger d kontrollprogramvaremenyen, og deretter velger d Process Management (Prosessbehandling). Laste t forbrksmateriell 1 Når sekvensering er fllført, velger d Eject Cartridge (Støt t kassett). Programvaren støter den brkte kassetten t av instrmentet. 2 Fjern kassetten fra brettet. 3 Fjern strømningscellen fra kassetten. 4 Avhend strømningscellen, som har elektroniske komponenter, i henhold til gjeldende lokale standarder. 5 Avhend kassetten, som inneholder brkte reagenser, i henhold til gjeldende lokale standarder. En kjøring etter vasking er ikke nødvendig fordi væsken avhendes sammen med kassetten. ADVARSEL Dette reagenssettet inneholder potensielt farlige kjemikalier. Personskade kan forekomme ved innånding, svelging, hdkontakt og øyekontakt. Brk vernetstyr, inkldert vernebriller, hansker og laboratoriefrakk som er egnet ved risiko for eksponering. Brkte reagenser skal behandles som kjemisk avfall og kastes i samsvar med gjeldende regionale, nasjonale og lokale lover og forskrifter. Hvis d ønsker ytterligere informasjon om helse, miljø og sikkerhet, kan d se mer på spport.illmina.com/sds.html. 6 Last inn brettet på nytt og gå tilbake til startskjermbildet ved å velge Close Door (Lkk dør). Programvaren laster atomatisk inn brettet på nytt, og sensorer bekrefter at kassetten er fjernet. 32

40 Kapittel 4 Vedlikehold Frigjøre plass på harddisken 33 Programvareoppdateringer 33 Skifte t lftfilteret 35 Flytte instrmentet 36 Programvarebegrensningspolicyer 38 Frigjøre plass på harddisken En sekvenseringskjøring krever ca. 2 GB ledig plass på harddisken. Når det er lite ledig plass, sletter d fllførte kjøringer og frigjør plass ved å følge disse trinnene. 1 I kontrollprogramvaremenyen velger d Process Management (Prosessbehandling). Skjermbildet Process Management (Prosessbehandling) vises med en liste over kjøringer som er lagret til harddisken. 2 Velg Delete (Slett) for kjøringen d vil slette. Når d sletter en kjøring, slettes den lokale kjøringsmappen. Utdatamappen, som er en kopi av kjøringsmappen, beholdes. 3 I dialogboksen bekrefter d sletting av kjøringen ved å velge Yes (Ja). 4 Gjenta og for hver kjøring d vil slette. 5 Når d er ferdig, velger d Process Management (Prosessbehandling) for å gå tilbake til skjermbildet Seqence (Sekvens). Programvareoppdateringer Hvis d oppdaterer programvaren, sikrer d at systemet har de nyeste fnksjonene og feilrettingene. Programvareoppdateringer er samlet i en systemserie som inneholder følgende programvare: iseq kontrollprogramvare iseq 100-systemoppskrifter Universal Copy Service Sanntidsanalyse Local Rn Manager (kn rammeverk) MERK Selv om systemserien inneholder Local Rn Manager, inneholder den ikke analysemodlene. Installer dem separat etter behov ved hjelp av sbsadmin-kontoen. Oppnå tilgang til analysemodsprogramvaren fra støttesidene for Local Rn Manager. Systemet er konfigrert for å laste ned programvareoppdateringer atomatisk eller manelt: Atomatic pdates (Atomatiske oppdateringer) Oppdateringer lastes atomatisk ned fra BaseSpace Seqence Hb slik at d kan installere dem. Dette alternativet krever Internett-tilkobling, men ikke en BaseSpace Seqence Hb-konto. Manal pdates (Manelle oppdateringer) Oppdateringer lastet ned fra nettet, lagres lokalt eller på en bærbar enhet, og installeres fra den lagrede plasseringen. Dette alternativet krever ikke en Internetttilkobling. 33

41 Installere en atomatisk programvareoppdatering 1 Bytt til sbsadmin-operativsystemkontoen. 2 Velg kontrollprogramvaremenyen, og velg deretter Software Update (Programvareoppdatering) for å åpne dialogboksen Software Update (Programvareoppdatering). Systemer som er konfigrert for atomatiske oppdateringer viser et varsel når en programvareoppdatering er tilgjengelig. 3 Hvis d vil se etter en oppdatering, velger d ett av følgende alternativer: Check for Update (Se etter oppdatering) Se etter en programvareoppdatering. Atocheck for Updates (Se etter oppdateringer atomatisk) Se etter en programvareoppdatering, og konfigrer systemet slik at det ser etter fremtidige oppdateringer atomatisk. Disse alternativene er synlige på systemer som er koblet til Internett, men ikke konfigrert for atomatiske oppdateringer. 4 Last ned den nye programvareversjonen ved å velge Update (Oppdater). Når nedlastingen er fllført, lkkes kontrollprogramvaren, og installasjonsveiviseren vises. 5 Velg Install (Installer) i installasjonsveiviseren. MERK Hvis d avbryter en oppdatering før installasjonen er fllført, stopper oppdateringen på det aktelle stedet. Eventelle endringer som er tført frem til avbrytelsen gjenopprettes til den forrige versjonen eller installeres ikke. 6 Når installasjonen er fllført, velger d Close (Lkk). Kontrollprogramvaren starter atomatisk på nytt. En eventell fastvareoppdatering skjer atomatisk etter omstarten. Installere en manell programvareoppdatering 1 Bytt til sbsadmin-operativsystemkontoen. 2 Når en programvareoppdatering er tilgjengelig, laster d ned installasjonsprogrammet for serien (*.exe) fra støttesiden for iseq 100-sekvenseringssystem. Lagre installasjonsprogrammet til en lokal eller bærbar stasjon. 3 Hvis d lagret installasjonsprogrammet til en bærbar stasjon, plgger d stasjonen i en USB-port på baksiden av instrmentet. Flytt instrmentet etter behov for å få tilgang til baksiden. 4 I kontrollprogramvaren velger d Software Update (Programvareoppdatering) i kontrollprogramvaremenyen. 5 I dialogboksen Software Update (Programvareoppdatering) tvider d Install from local or portable drive (Installer fra lokal eller bærbar stasjon). 6 Naviger til installasjonsprogrammet ved å velge Browse (Bla gjennom). 7 Start initialiseringen ved å velge Update (Oppdater). Kontrollprogramvaren lkkes, og installasjonsveiviseren vises. 34

42 8 Velg Install (Installer) i installasjonsveiviseren. MERK Hvis d avbryter en oppdatering før installasjonen er fllført, stopper oppdateringen på det aktelle stedet. Eventelle endringer som er tført frem til avbrytelsen gjenopprettes til den forrige versjonen eller installeres ikke. 9 Når installasjonen er fllført, velger d Close (Lkk). Kontrollprogramvaren starter atomatisk på nytt. En eventell fastvareoppdatering skjer atomatisk etter omstarten. Skifte t lftfilteret Lftfilteret er en skmbit til engangsbrk, som dekker de to viftene på baksiden av instrmentet. Det sørger for grndig avkjøling og forhindrer at smss kommer inn i systemet. Instrmentet leveres med ett installert lftfilter og ett i reserve. Ekstra reservedeler omfattes av garantien, eller de kan kjøpes fra Illmina. Programvaren varsler om et bytte av lftfilter hver sjette måned etter at førstegangs oppsett ble startet. Skift t et tløpt lftfilter ved hjelp av følgende instrksjoner. 1 Plasser instrmentet slik at d enkelt får tilgang til baksiden. 2 På baksiden av instrmentet trykker d på høyre side av dekkplaten slik at den frigjøres som vist i illstrasjonen nedenfor. 3 Fjern platen fra instrmentet. 35

43 4 Fjern skmlftfilteret fra midten av platen, og kast det. 5 Plasser et nytt lftfilter i platen, og trykk for å feste. 6 Sett de to platekrokene inn i hllene i instrmentet, og trykk platen på plass. 7 Sett instrmentet tilbake på plass. 8 Fortsett ved å velge Filter Changed (Filter byttet). Flytte instrmentet Flytt instrmentet på en sikker måte ved hjelp av følgende instrksjoner. Kontroller at den nye plasseringen oppfyller kravene som beskrives i Veiledning for klargjøring av stedet for iseq 100-sekvenseringssystem (dokmentnr ). 36

44 Hvis d skal sende et instrment i retr, hopper d over dette avsnittet og går til Avansert bytte på side Velg Sht Down System (Avsltt system) i menyen. 2 Hvis ikke systemet avslttes, trykker d på og holder inne av/på-knappen på venstre side av instrmentet til lyset tones ned. 3 Når av/på-knappen plserer, trykker d på av-siden (Ο) av vekslebryteren på baksiden. Det kan hende at av/på-knappen fortsetter å plsere etter at strømmen er slått av. Figr 7 Veksleknappens plassering 4 Koble strømledningen fra stikkontakten, og deretter fra vekselstrømttaket på baksiden. 5 Hvis det er aktelt, kobler d Ethernet-kabelen fra stikkontakten, og deretter fra Ethernet-porten på baksiden. 6 Senk monitoren. 7 Flytt instrmentet til ønsket plassering. Instrmentet veier 15,9 kg, og må løftes av to personer. 8 Hev monitoren. 9 Hvis instrmentet er koblet til et nettverk, kobler d Ethernet-kabelen til en Ethernet-port. 10 Koble strømledningen til strøminntaket på baksiden og deretter til en stikkontakt. 11 Trykk på på-siden (I) av vekslebryteren. 37

45 12 Når av/på-knappen plserer, trykker d på den. Figr 8 Av/på-knappens plassering 13 Når operativsystemet er lastet, logger d deg på Windows. Kontrollprogramvaren startes og initialiserer systemet. Startskjermbildet vises når initialiseringen er fllført. Programvarebegrensningspolicyer Windows programvarebegrensningspolicyer (SRP) brker regler for kn å tillate at spesifisert programvare kjøres. Når det gjelder iseq 100-systemet, er SRP-regler basert på sertifikater, filnavn og -typer samt kataloger. SRP er slått på som standard slik at ønsket programvare hindres i å kjøre på kontrolldatamaskinen. En ITrepresentant eller systemadministrator kan legge til og fjerne regler slik at sikkerhetsnivået tilpasses. Hvis systemet er lagt til et domene, kan det lokale grppepolicyobjektet (GPO) atomatisk endre reglene og slå av SRP. Tillatte SRP-regler På iseq 100-sekvenseringssystemet tillater SRP følgende regler som standard. Sertifikater iseq-programsertifikat Kjørbare filer Portmon.exe Procmon.exe Procmon64.exe Tcpview.exe Filtyper *.cfg *.lnk *.png *.tif *.txt *.xml 38

46 Kataloger %HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CrrentVersion\ProgramFilesDir% %HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CrrentVersion\SystemRoot% C:\CrashDmps\* C:\Illmina Maintenance Logs\* C:\Illmina Manfactring Test Reslts\* C:\Illmina\* C:\Program Files (x86)\chromim\application\* C:\Program Files (x86)\illmina\* C:\Program Files (x86)\internet Explorer\* C:\Program Files\Illmina\* C:\Program Files\Internet Explorer\* C:\Program Files\Jenoptik\* C:\Program Files\Ophir Optronics\* C:\ProgramData\Illmina\* C:\ProgramData\Package Cache\* C:\ProgramData\webex\* C:\Users\*\AppData\Local\GoToAssist Corporate\* C:\Users\*\AppData\Local\Temp\Citrix\* C:\Users\*\AppData\Local\Temp\CitrixLogs\* C:\Users\*\AppData\Local\Temp\LogMeIn\* C:\Users\*\AppData\Local\Temp\LogMeInLogs\* D:\Recovery\* GoToAssist Corporate Opener*.exe Trnover to cstomer.bat Legge til og fjerne SRP- regler Tilpass systemsikkerheten ved å legge til og fjerne SRP- regler. D må slå av SRP midlertidig mens d endrer reglene. FORSIKTIG Hvis d slår av SRP, overstyres standardbeskyttelsen. 1 Logg deg på operativsystemet med administratorkontoen. Administratorkontoen har rettighetene som er nødvendige for å endre SRP-reglene. 2 Slå av SRP: a b c Naviger til katalogen C:\Illmina\Secrity. Dobbeltklikk på Disable.reg. Bekreft endringene ved å velge Yes (Ja). Når d brker berøringsskjermgrensesnittet, tilsvarer å trykke og holde i ca. 2 seknder et høyreklikk. 3 Velg Start, og deretter velger d Rn (Kjøring). 4 I feltet Open (Åpne) oppgir d secpol.msc. 5 I dialogboksen Local Secrity Policy (Lokal sikkerhetspolicy) tvider d Software Restriction Policies (Programvarebegrensningspolicyer), og deretter velger d Additional Rles (Tilleggsregler). 6 Slik legger d til en regel: a b c I menyen Action (Handling) velger d New Path Rle (Ny baneregel). I feltet Path (Bane) oppgir d sertifikatet, filnavnet, filtypen eller katalogen som d vil tillate. I listen Secrity (Sikkerhetsnivå) velger d Unrestricted (Ubegrenset). 39

47 d e [Valgfritt] I feltet Description (Beskrivelse) oppgir d en årsak for å opprette regelen. Legg til regelen ved å velge OK. 7 Slik sletter d en regel: a b Velg regelen d vil slette, og velg deretter Delete (Slett). Bekreft slettingen ved å velge Yes (Ja). 8 Lkk dialogboksen Local Secrity Policy (Lokal sikkerhetspolicy). 9 Gjeninnsett SRP middelbart: a b Naviger til katalogen C:\Illmina\Secrity. Dobbeltklikk på Enable.reg. 10 Hvis SRP- regler ble endret for første gang, logger d av og deretter på igjen for at reglene skal tre i kraft. 40

48 Vedlegg A Utdata for sekvensering Oversikt over sanntidsanalyse 41 Arbeidsprosess for sanntidsanalyse 43 Oversikt over sanntidsanalyse Sanntidsanalyseprogramvaren kjører på instrmentets kontrolldatamaskin. Under en sekvenseringskjøring ekstraherer den intensiteter fra bilder slik at den kan tføre basebetegnelse, og deretter tilordnes basebetegnelsen en kvalitetsscore. iseq 100-sekvenseringssystem brker RTA2-implementeringen av sanntidsanalyse. RTA2 og kontrollprogramvaren kommniserer gjennom et HTTP-grensesnitt på nettet og delte minnefiler. Hvis RTA2 avslttes, gjenopptas ikke behandlingen, og kjøringsdata lagres ikke. MERK Demltipleksytelse beregnes ikke, så fanen Index (Indeks) i Seqencing Analysis Viewer er ikke fylt t. Inndatafiler RTA2 krever følgende inndatafiler for behandling: Flisbilder plassert i et lokalt systemminne. Konfigrasjonsfil for sanntidsanalyse i XML-format. RnInfo.xml, som kontrollprogramvaren genererer atomatisk i begynnelsen av kjøringen. RTA2 mottar kommandoer fra kontrollprogramvaren som inklderer informasjon om plasseringen til RnInfo.xml og om en tdatafil er spesifisert. Fra RnInfo.xml avleser RTA2 kjøringsnavnet, antall syklser, om en avlesning er indeksert og antall fliser på strømningscellen. Utdatafiler Bilder sendes i minne til RTA2 som fliser, som er små avbildningsområder på strømningscellen definert av én kameravisning. iseq 100 i1-strømningscellen har 16 fliser. Fra disse bildene prodserer RTA2 et sett med kvalitetsscorede basebetegnelsesfiler og filterfiler som primære tdata. Andre filer støtter generering av de primære tdataene. Filtype Basebetegnelsesfiler Basebetegnelsesindeksfiler Klyngeplasseringsfiler Filtype, -plassering og -navn Hver flis som er analysert innbefattes i en basebetegnelsesfil, som aggregeres i én fil per sykls. Den aggregerte filen inneholder basebetegnelsen og tilknyttet kvalitetsscore for hver klynge. Data\Intensities\BaseCalls\L001 [Cycle].bcl.bgzf, hvor [Cycle] (Sykls) representerer syklsnmmeret i fire sifre. Basebetegnelsesfiler komprimeres ved hjelp av blokk-gzip-komprimering. En basebetegnelsesindeksfil bevarer den opprinnelige flisinformasjonen. For hver flis inneholder indeksfilen flisnmmeret og antallet klynger. Data\Intensities\BaseCalls\L001 [Cycle].bcl.bgzf.bci Én klyngeplasseringsfil (s.locs) inneholder X-, Y-koordinatene for hver klynge på strømningscellen. Data\Intensities s.locs 41

49 Filtype Filterfiler InterOp-filer RTA-konfigrasjonsfil Kjøringsinformasjonsfil* Miniatyrbildefiler Filtype, -plassering og -navn Filterfiler angir om klynger går gjennom filter. Det genereres én filterfil for hver flis. Filterfiler genereres i sykls 26 med 25 syklser med data. Data\Intensities\BaseCalls\L001 s_[lane].filter Sanntidsmetrikk av kjøringskvalitet som oppdateres gjennom hele kjøringen. Disse binære filene inneholder fil-, sykls- og avlesningsmetrikk, og er nødvendige for å vise metrikk i Seqencing Analysis Viewer. InterOp-mappe Oppgir parametere for kjøringen. Filen opprettes i begynnelsen av kjøringen og kombinerer verdier fra inndatakonfigrasjonsfilen og verdiene som RTA2 definerer. [Rotmappe], RTAConfigration.xml Oppgir kjøringsnavnet, antall syklser per avlesning, om avlesningen er en indeksavlesning samt antall skår og fliser. Opprettes i begynnelsen av kjøringen. [Rotmappe], RnInfo.xml Miniatyrbilder av strømningscellefliser. Images\L001\C[X.1] Filer lagres i én mappe for hver bane og én ndermappe for hver sykls. s_[lane]_[tile].jpg Miniatyrbildet innbefatter flisnmmeret. *Opprettet av kontrollprogramvaren. RTA2 oppretter alle andre filer som er oppgitt i tabellen. Local Rn Manager og BaseSpace Seqence Hb konverterer atomatisk basebetegnelsesfiler til FASTQfiler. Ved sekvensering i manell mods brker d den nyeste versjonen av bcl2fastq2- konverteringsprogramvaren til å konvertere FASTQ-filer. Last ned programvaren fra støttesidene for bcl2fastq-konverteringsprogramvare på Illminas nettsted. Utdatamappens navn og bane For hver kjøring genererer kontrollprogramvaren atomatisk en tdatamappe og en kjøringsmappe. D får tilgang til kjøringsdataene fra tdatamappen, som er en kopi av kjøringsmappen. Kjøringsmappen er beregnet på systembrk. Banen til tdatamappen er brkerdefinert, men er D:\ som standard. Kontrollprogramvaren navngir tdatamappen med følgende format. Format <ÅÅÅMMDD>_<Instrment-ID>_<Kjøringsnmmer>_ <Strømningscelle-ID> Eksempel _FFSP247_4_BNS Kjøringsnmmeret øker i trinn på én hver gang systemet tfører en kjøring. Serienmre identifiserer instrmentet og strømningscellen. 42

50 Utdatamappens strktr Recipe (Oppskrift) Kjøringsspesifikk oppskriftsfil. Logs (Logger) Loggfiler som beskriver instrmentanalyser, driftstrinn og andre hendelser. Config (Konfig.) Konfigrasjonsinnstillinger for kjøringen. RnParameters.xml RnInfo.xml CopyComplete.txt RnCompletionStats.txt RTAComplete.txt RTAConfigration.xml Data Intensities (Intensiteter) BaseCalls (Basebetegnelser) L001 s.locs InterOp Images (Bilder) SampleSheet.csv Prøveark eller prøvemanifestet. RTALogs Loggfiler som beskriver RTA2-hendelser. Feilhåndtering RTA2 oppretter loggfiler og skriver dem til RTALogs-mappen. Feil registreres i en feilfil i TSV-filformat. Følgende logg- og feilfiler overføres til det endelige tdatamålet etter endt behandling: *GlobalLog*.tsv sammenfatter viktige kjøringshendelser. *Error*.tsv oppgir feil som oppsto nder en kjøring. *WarningLog*.tsv oppgir advarsler som oppsto nder en kjøring. Arbeidsprosess for sanntidsanalyse Intensity Extraction (Intensitetsekstraksjon) Bestemmer en intensitetsverdi for hver klynge. Phasing correction (Fasingkorrigering) Korrigerer virkningene av fasing og prefasing. Base calling (Basebetegnelse) Bestemmer en basebetegnelse for hver klynge. Qality scoring (Kvalitetsscoring) Tilordner hver eneste basebetegnelse en kvalitetsscore. 43

51 Intensitetsekstraksjon Intensitetsekstraksjon beregner en intensitetsverdi for hver nanobrønn i et gitt bilde. Fasingkorrigering Under sekvenseringsreaksjonen tvides hver DNA-tråd i et clster med én base per sykls. Fasing og prefasing forekommer når en streng havner tenfor fase med den aktelle inkorporasjonssyklsen. Fasing forekommer når en base havner på etterskdd. Prefasing forekommer når en base hopper fremover. Figr 9 Fasing og prefasing A B Avles med en base som er fasing Avles med en base som er prefasing RTA2 korrigerer virkningene av fasing og prefasing, noe som maksimerer datakvaliteten i hver sykls gjennom hele kjøringen. Basebetegnelse Basebetegnelse bestemmer en base (A, C, G eller T) for hver klynge for en gitt flis ved en spesifikk sykls. iseq 100-systemet brker sekvensering med ett fargestoff, som krever ett fargestoff og to bilder for å kode data for de fire basene. Intensiteter som ekstraheres fra ett bilde og sammenlignes med et andre bilde, gir fire distinkte poplasjoner som hver tilsvarer en nkleotid. Basebetegnelse bestemmer hvilken poplasjon hver klynge tilhører. 44

52 Figr 10 Visalisering av klyngeintensiteter Tabell 3 Base Basebetegnelser i sekvensering med ett fargestoff Fargestoff i første bilde Fargestoff i andre bilde Konklsjon fra sammenlignede bilder T På På Klynger som viser intensitet i begge bilder er T-baser. A På Av Klynger som kn viser intensitet i det første bildet, er A-baser. C Av På Klynger som kn viser intensitet i det andre bildet, er C-baser. G Av Av Klynger som viser intensitet i ingen av bildene, er G-baser. Klyngepasserende filter Under kjøringen filtrerer RTA2 rådata for å fjerne avlesninger som ikke oppfyller datakvalitetsterskelen. Overlappende klynger og klynger av lav kvalitet, fjernes. Når det gjelder sekvensering med ett fargestoff, brker RTA2 et tfyllingsbasert system for å bestemme renheten (intensitetrenhetsmåling) for en basebetegnelse. Klynger passerer filter (PF) når ikke mer enn én basebetegnelse i de første 25 syklsene har en renhet nder en fast terskel. PhiX-innretting tføres ved sykls 26 på et delsett med fliser for klynger som passerte filter. Klynger som ikke passerer filter basebetegnes ikke, og jsteres ikke. Indeksavlesninger Prosessen for basebetegnelsesindeksavlesninger avviker fra basebetegnelsessekvenseringsavlesninger. De første to syklsene av en indeksavlesning kan ikke starte med to G-baser, fordi intensitet da ikke genereres. Hvis d vil sikre demltipleksytelse, må intensitet finnes i en av de første to syklsene. Kontroller at minst én indeksadaptersekvens i en biblioteksammenslåing ikke starter med to G-baser. Velg balanserte indeksadaptersekvenser slik at det finnes signal i minst ett bilde (helst begge bildene) for hver sykls. Plateoppsettet og sekvensene som d finner i IDT for Illmina TrSeq UD-indekser er tformet for å ha riktig balanse. 45

53 D finner mer informasjon om indeksering og sammenslåing i Sammenslåingsveiledning for indeksadapter (dokmentnr ). Kvalitetsscoring En kvalitetsscore, eller Q-score, er en prediksjon av sannsynligheten for en feil basebetegnelse. En høyere Q- score innebærer at en basebetegnelse har høyere kvalitet og mer sannsynlig å være korrekt. Q-score er en kompakt måte å kommnisere sannsynligheter for små feil. Q(X) representerer kvalitetsscorer, hvor X er scoren. Følgende tabell viser forholdet mellom kvalitetsscore og sannsynlighet for feil. Q-score Q(X) Sannsynlighet for feil Q40 0,0001 (1 av ) Q30 0,001 (1 av 1 000) Q20 0,01 (1 av 100) Q10 0,1 (1 av 10) MERK Kvalitetsscoring er basert på en endret versjon av Phred-algoritmen. Kvalitetsscoring beregner et sett med prediktorer for hver basebetegnelse, og brker deretter prediktorverdiene for å slå opp Q-scoren i en kvalitetstabell. Kvalitetstabeller opprettes for å gi optimalt nøyaktige kvalitetsprediksjoner for kjøringer som er generert av en spesifikk konfigrasjon av sekvenseringsplattform og kjemiversjon. Etter at Q-scoren er fastslått, registreres resltater i basebetegnelsesfilene. 46

54 Vedlegg B Feilsøking Løse feilmeldinger 47 Avbryte en startet kjøring 48 Foreta en strømtilstandsendring for instrmentet 48 Utføre en systemkontroll 49 Lekkasjebegrensning 51 Gjenopprette til fabrikkinnstillinger 54 Løse feilmeldinger Dette vedlegget gir detaljert informasjon om diverse prosedyrer for feilsøking. Følgende flytskjema viser arbeidsflyten for feilsøkingsfeilmeldinger som vises nder initialisering, kjøringsoppsett, kontroller før kjøring eller sekvensering som et nytt forsøk ikke løser. Mange feil kan løses med en strømtilstandsendring: å slå av instrmentet og deretter starte det på nytt igjen. Andre krever en systemkontroll slik at problemet kan diagnostiseres og løses. Figr 11 Oversikt over feilmeldinger Stats for prosessbehandling Slik feilsøker d et statsproblem i skjermbildet Process Management (Prosessbehandling): Hvis kjøringen pågår, lkker d skjermbildet Process Management (Prosessbehandling), venter i ca. fem mintter og åpner det på nytt. Hvis ikke kjøringen pågår, foretar d en strømtilstandsendring for instrmentet, og deretter åpner d skjermbildet Process Management (Prosessbehandling) på nytt. Se Foreta en strømtilstandsendring for instrmentet på side

55 Avbryte en startet kjøring Etter at en kjøring starter kan d avbryte den for å avsltte kjøringen, støte t kassetten og gå tilbake til skjermbildet Seqence (Sekvens). FORSIKTIG Å avbryte en kjøring er endelig. Programvaren kan ikke gjenoppta kjøringen, og forbrksmateriell kan ikke brkes på nytt etter instrmentkontrolldelen av kontroller før kjøring. 1 Velg Stop Rn (Stopp kjøring), og velg deretter Yes, cancel (Ja, avbryt). Skjermbildet Seqencing Canceled (Sekvensering avbrtt) vises med tidsangivelser av datoen og klokkeslettet da kjøringen stoppet. 2 Åpne døren og støt t brettet ved å trykke på Eject Cartridge (Støt t kassett). 3 Fjern kassetten fra brettet. 4 Ta vare på eller kast kassetten, avhengig av når avbrytelsen skjedde: Forhold D avbrøt før eller nder instrmentkontrollen, og ønsker å brke forbrksmateriell på nytt. Alle andre forhold. Instrksjon La strømningscellen og biblioteket bli i kassetten, og sett den til side ved romtemperatr i opptil 1 time. Fjern strømningscellen fra kassetten. Avhend begge komponenter i henhold til gjeldende lokale standarder. Strømningscellen har elektroniske komponenter. Kassetten inneholder brkte reagenser og bibliotek. 5 Last inn brettet på nytt og gå tilbake til skjermbildet Seqencing (Sekvensering) ved å velge Close Door (Lkk dør). Sensorer bekrefter at kassetten er tatt t. Foreta en strømtilstandsendring for instrmentet Hvis d foretar en strømtilstandsendring for instrmentet, kan systemet trygt avslttes og startes på nytt for å gjenopprette en tapt tilkobling, jstere en spesifikasjon eller løse en initialiseringsfeil. Programvaremeldinger angir når d skal foreta en strømtilstandsendring for å løse en feil eller advarsel. 1 Velg Sht Down System (Avsltt system) i menyen. 2 Hvis ikke systemet avslttes, trykker d på og holder inne av/på-knappen på venstre side av instrmentet til lyset tones ned. 3 Når av/på-knappen plserer, trykker d på av-siden (Ο) av vekslebryteren på baksiden. Det kan hende at av/på-knappen fortsetter å plsere etter at strømmen er slått av. 48

56 Figr 12 Veksleknappens plassering 4 Vent i 30 seknder. 5 Trykk på på-siden (I) av vekslebryteren. 6 Når av/på-knappen plserer, trykker d på den. Figr 13 Av/på-knappens plassering 7 Når operativsystemet er lastet, logger d deg på Windows. Kontrollprogramvaren startes og initialiserer systemet. Startskjermbildet vises når initialiseringen er fllført. Utføre en systemkontroll En systemkontroll tar omkring 45 mintter, og brker teststrømningscellen til flergangsbrk og testkassetten til flergangsbrk når feil knyttet til kontroller før kjøring og andre problemer skal feilsøkes. Fire delsystemtester bekrefter om komponenter er riktig innrettet og fngerer som de skal. Normal drift og vanlig vedlikehold krever ikke en systemkontroll. 1 Ta teststrømningscellen til flergangsbrk og testkassetten til flergangsbrk t av oppbevaring ved romtemperatr. 49

57 2 I kontrollprogramvaremenyen velger d System Check (Systemkontroll). Dialogboksen System Check (Systemkontroll) vises med de mekaniske, termiske, optiske og sensortestene valgt. 3 Åpne kassettkammerdøren og støt t brettet ved å velge Unload (Last t). 4 Hvis det står i en brkt kassett, fjerner d den fra brettet. 5 Undersøk glassoverflaten på strømningscellen til flergangsbrk med tanke på synlig smss. Hvis d ser smss, rengjør d på følgende måte. a b c Rengjør glassoverflaten med en alkoholserviett. Tørk med en laboratorieserviett med lavt loinnhold. Kontroller at strømningscellen er fri for lo og fibre. Under normale forhold er det ikke nødvendig å rengjøre teststrømningscellen til flergangsbrk. 6 Hold teststrømningscellen til flergangsbrk i gripepnktene med etiketten vendt opp. 7 Plasser teststrømningscellen til flergangsbrk i sporet på forsiden av testkassetten til flergangsbrk. Det høres et klikk som angir at strømningscellen er på plass. Når kassetten er lastet riktig inn, stikker grepet frem fra kassetten, og glasset er synlig fra tilgangsvindet. a b Innlasting av teststrømningscellen til flergangsbrk Innlastet teststrømningscelle til flergangsbrk 8 Plasser testkassetten til flergangsbrk på brettet slik at tilgangsvindet vender opp og strømningscellen er inne i instrmentet. 9 Velg Load (Last inn) for å laste inn testkassetten til flergangsbrk og lkke døren. 50

58 10 Start systemkontrollen ved å velge Start. Under systemkontrollen vil programvaren støte t og trekke inn kassetten én gang. MERK Teststrømningscellen og kassetten til flergangsbrk er gyldig for 36 gangers brk eller i 5 år fra prodksjonsdatoen, alt etter hva som nås først. Gjenværende antall ganger brk vises på skjermen. 11 Når systemkontrollen er fllført, går d gjennom hver test for å se om den er bestått. Resltat Angivelse Tiltak Alle fire tester er bestått Instrmentet fngerer som det skal, og problemet er sannsynligvis knyttet til forbrksmateriell eller bibliotek. Konfigrer en ny kjøring. Hvis d tok vare på forbrksmateriell fra den forrige kjøringen, brker d det til den nye kjøringen. Minst én test besto ikke Instrmentet kan ha en maskinvarefeil. Kontakt Illminas tekniske støtte. 12 Støt t testkassetten til flergangsbrk ved å velge Unload (Last t). 13 Fjern testkassetten til flergangsbrk fra brettet. 14 Fjern teststrømningscellen til flergangsbrk fra kassetten. 15 Legg testkomponentene til flergangsbrk tilbake i originalemballasjen, og oppbevar dem ved romtemperatr. 16 Lkk dialogboksen System Check (Systemkontroll). Lekkasjebegrensning Ved en dårlig væsketilkobling, et kassettproblem eller hvis det påvises en lekkasje nder en kontroll før kjøring eller sekvensering, avsltter programvaren kjøringen og varsler deg. Etter at d har vrdert lekkasjen og rengjort instrmentet, bekrefter en systemkontroll at normal drift kan fortsette. Et dryppbrett ved instrmentets sokkel fanger opp væske som lekker fra kassetten. Lekket væske kan imidlertid nå andre områder av systemet. Under normale forhold er dryppbrettet tørt. Vrdere lekkasjen 1 Ta på et nytt par pdderfrie hansker. ADVARSEL Dette reagenssettet inneholder potensielt farlige kjemikalier. Personskade kan forekomme ved innånding, svelging, hdkontakt og øyekontakt. Brk vernetstyr, inkldert vernebriller, hansker og laboratoriefrakk som er egnet ved risiko for eksponering. Brkte reagenser skal behandles som kjemisk avfall og kastes i samsvar med gjeldende regionale, nasjonale og lokale lover og forskrifter. Hvis d ønsker ytterligere informasjon om helse, miljø og sikkerhet, kan d se mer på spport.illmina.com/sds.html. 2 Følg ledeteksten i skjermbilder for å støte t kassetten. 3 Undersøk kassetten med tanke på synlig væske. En liten mengde væske (< 500 µl) på strømningscellens glassoverflate er akseptabelt. 4 Hvis d ikke ser noe væske (eller en akseptabel væskemengde), går d videre til Rengjøre instrmentet. Etter rengjøring bekrefter en systemkontroll normal drift. 51

59 5 Hvis en betydelig væskemengde er synlig på strømningscellen, kassetten eller instrmentet, avsltter d og kobler fra som beskrevet og kontakter Illminas tekniske støtte. a b c d e f Velg Sht Down System (Avsltt system) i menyen. Hvis kommandoen for å avsltte ikke svarer, trykker d på og holder inne av/på-knappen på venstre side av instrmentet til lyset tones ned. Når av/på-knappen plserer, trykker d på av-siden (Ο) av vekslebryteren på baksiden av instrmentet. Vent i 30 seknder. Koble strømledningen fra stikkontakten, og deretter fra vekselstrømttaket på baksiden. Hvis det er aktelt, kobler d Ethernet-kabelen fra stikkontakten, og deretter fra Ethernet-porten på baksiden. Rengjøre instrmentet 1 Slå for sikkerhets skyld av og koble fra instrmentet: a b c d e f Velg Sht Down System (Avsltt system) i menyen. Hvis kommandoen for å avsltte ikke svarer, trykker d på og holder inne av/på-knappen på venstre side av instrmentet til lyset tones ned. Når av/på-knappen plserer, trykker d på av-siden (Ο) av vekslebryteren på baksiden av instrmentet. Vent i 30 seknder. Koble strømledningen fra stikkontakten, og deretter fra vekselstrømttaket på baksiden. Hvis det er aktelt, kobler d Ethernet-kabelen fra stikkontakten, og deretter fra Ethernet-porten på baksiden. 2 Finn dryppbrettdøren nder kassettkammeret på forsiden av instrmentet, og senk deretter døren. 52

60 3 Åpne dryppbrettet, og fjern dryppbrettpten. 4 Tørk bort eventell restvæske fra bnnen av brettet med tørkepapir. 5 Kast pten og annet forbrksmateriell i henhold til gjeldende standarder, som kan variere fra sted til sted. D finner mer informasjon i sikkerhetsdatabladet på spport.illmina.com/sds.html. 6 Plasser en ny pte på dryppbrettet. 7 Lkk dryppbrettet, og lkk deretter dryppbrettdøren. 8 Tørk bort eventell synlig væske på eller rndt instrmentet med tørkepapir. 9 Slå på og koble instrmentet til på nytt på følgende måte. a b c d e Hvis det er aktelt, kobler d Ethernet-kabelen til en Ethernet-port. Koble strømledningen til strøminntaket på baksiden og deretter til en stikkontakt. Trykk på på-siden (I) av vekslebryteren på baksiden. Når av/på-knappen plserer, trykker d på den. Når operativsystemet er lastet, logger d deg på Windows. Kontrollprogramvaren startes og initialiserer systemet. Startskjermbildet vises når initialiseringen er fllført. 10 Ved hjelp av en systemkontroll bekrefter d at systemet fngerer som det skal. Hvis instrmentet består systemkontrollen, kan d brke det som normalt. D finner instrksjoner nder Utføre en systemkontroll på side

61 Gjenopprette til fabrikkinnstillinger Gjenopprett systemet til fabrikkinnstillinger når d vil nedgradere programvaren, gjenopprette fra en ønsket konfigrasjon eller fjerne brkerdata før d retrnerer et instrment til Illmina. Når d gjenoppretter systemet, avinstalleres kontrollprogramvare, og stasjon C tømmes. 1 Hvis referansegenomdatabasen for Local Rn Manager befinner seg på stasjon C: a b Flytt databasen til D:\Illmina\Genomes eller en annen lokal mappe eller nettverksmappe som ikke er på stasjon C. I Local Rn Manager tilbakestiller d databasebanen til D:\Illmina\Genomes eller en annen lokal mappe eller nettverksmappe som ikke er på stasjon C. D finner instrksjoner i Veiledning for Local Rn Manager-programvare (dokmentnr ). 2 Start Windows på nytt. 3 Når d blir bedt om å velge et operativsystem, velger d Restore to Factory Settings Gjenopprett til fabrikkinnstillinger. Operativsystemalternativene vises et kort øyeblikk før det atomatisk fortsettes med iseqkontrollprogramvare. 4 Vent i ca. 30 mintter mens gjenopprettingen fllføres. Gjenopprettingen kan innbefatte flere omstarter. Når den er fllført, starter systemet på nytt med de opprinnelige fabrikkinnstillingene, ten kontrollprogramvaren. 5 Installer kontrollprogramvaren: a Last ned installasjonsprogrammet for programvare fra støttesidene for iseq 100- sekvenseringssystem. Lagre installasjonsprogrammet til en nettverksplassering eller bærbar USBstasjon. b Kopier installasjonsprogrammet til C:\Illmina. c Åpne iseqsiteinstaller.exe, og gjør det d blir bedt om for å tføre installasjonen. d Når oppdateringen er fllført, velger d Finish (Fllfør). e Foreta en strømtilstandsendring for instrmentet. D finner instrksjoner i Foreta en strømtilstandsendring for instrmentet på side Følg meldingene i skjermbildet når d skal tføre førstegangs oppsett, deriblant systemkontrollen med testkassetten for flergangsbrk og teststrømningscellen for flergangsbrk. 7 Installer eventelle Local Rn Manager-analysemodler: a b c d e Bytt til sbsadmin-operativsystemkontoen. Last ned installasjonsprogrammene for programvare fra støttesidene for Local Rn Manager. Lagre installasjonsprogrammene til en nettverksplassering eller bærbar USB-stasjon. Kopier installasjonsprogrammet til C:\Illmina. Åpne installasjonsprogrammet (*.exe), og gjør det d blir bedt om for å tføre installasjonen. Når oppdateringen er fllført, velger d Finish (Fllfør). 54

62 Vedlegg C Avansert bytte Bytte iseq 100-systemet 55 Motta et erstatningssystem 55 Klargjøre det originale systemet for retr 55 Retrnere det originale systemet 58 Bytte iseq 100-systemet Ettersom lftfilteret og dryppbrettpten er de eneste delene som kan repareres i iseq 100-systemet, brker Illmina avansert bytte for å tbedre problemer som ikke kan løses eksternt. Avansert bytte erstatter et skadet eller defekt system med et renovert system. D vil motta erstatningssystemet før d sender originalen tilbake slik at nedetiden minimeres. Regional tilgjengelighet Avansert bytte er tilgjengelig i de fleste regioner. Andre regioner kan fortsette å motta støtte fra serviceingeniører. Spør Illminas tekniske støtte om hvilke støttemodeller som er tilgjengelige i regionen din. Motta et erstatningssystem 1 Etter at en systemkontroll og andre forsøk på feilsøking har mislyktes, kontakter d Illminas tekniske støtte. Om mlig kan d tføre en ny systemkontroll med en annen testkassett til flergangsbrk og teststrømningscelle til flergangsbrk. Gjør resltatene av systemkontrollen tilgjengelige for teknisk støtte. Hvis den tekniske støtten ikke kan løse problemet eksternt, iverksettes en retr, og det legges inn en bestilling på et erstatningssystem. 2 Når d mottar erstatningssystemet: Pakk t og installer i henhold til Oppsettplakat for iseq 100-sekvenseringssystem (dokmentnr ). Ta vare på all emballasjen som brkes til å emballere det originale systemet og testkomponentene til flergangsbrk for retr. Legg til side retrdokmentene, som omfatter en UPS-retretikett og handelsfaktra (for internasjonale forsendelser). Klargjøre det originale systemet for retr Retrner det originale systemet, testkassetten til flergangsbrk og teststrømningscellen til flergangsbrk til Illmina innen 30 dager etter at d har mottatt erstatningsprodktet. Avsltte og koble fra Hvis systemet er på, følger d trinn slik at data lagres og fjernes før systemet avslttes på en sikker måte. Følg resten av trinnene for å fjerne en kassett (ved behov) og koble fra ledninger og kabler. 1 I Filtforsker kopierer d eventelle filer og mapper som d vil lagre til en bærbar USB-stasjon. Plasseringen til sekvenseringsdata er brkerdefinert, men stasjon D er standardplasseringen. 2 Slett eventelle filer og mapper som d ikke vil dele med Illmina. 55

63 3 Avsltt systemet på følgende måte. a b c Velg Sht Down System (Avsltt system) i menyen. Hvis kommandoen for å avsltte ikke svarer, trykker d på og holder inne av/på-knappen på venstre side av instrmentet til lyset tones ned. Når av/på-knappen plserer, trykker d på av-siden (Ο) av vekslebryteren på baksiden av instrmentet. 4 Hvis det står en kassett i instrmentet, starter d systemet på nytt og fjerner kassetten på følgende måte. a b c d e f g h Trykk på på-siden (I) av vekslebryteren på baksiden. Når av/på-knappen plserer, trykker d på den. Når operativsystemet er lastet, logger d deg på Windows. I kontrollprogramvaremenyen velger d System Check (Systemkontroll). Støt t kassetten ved å velge Unload (Last t), og deretter fjerner d kassetten fra brettet. Hvis tstøtingen mislykkes, må d kontakte Illminas tekniske støtte for nærmere instrksjoner. Velg Load (Last inn) slik at det tomme brettet trekkes inn og døren lkkes. Lkk avmerkingsboksen System Check (Systemkontroll), og deretter avsltter d systemet. Det er nødvendig å avsltte og starte systemet på nytt for å posisjonere kassetten for fjerning. 5 Koble strømledningen fra stikkontakten, og deretter fra vekselstrømttaket på baksiden. 6 Hvis det er aktelt, kobler d: Ethernet-kabelen fra stikkontakten, og deretter fra Ethernet-porten på baksiden. tastatret og msen fra USB-portene på baksiden. Dekontaminere instrmentet Når et instrment skal sendes, må det gjennom følgende dekontamineringsprosedyre, som Illmina bekrefter er komplett. Stedsspesifikke farer kan kreve ekstra dekontaminering. Dekontaminere med klor 1 Ta på et nytt par pdderfrie hansker. 56

64 2 Senk instrmentets monitor. 3 Dra kassettkammerdøren forsiktig fra sidekantene for å åpne den. 4 Rengjør hele kammerdøren med en klorserviett: Dørens innside Dørens tside Dørhengslene 5 Lkk kassettkammerdøren. 6 Finn dryppbrettdøren nder kassettkammeret på forsiden av instrmentet, og senk deretter døren. 57

65 7 Åpne dryppbrettet, og fjern dryppbrettpten. 8 Tørk bort eventell restvæske fra bnnen av brettet med tørkepapir. 9 Kast pten og annet forbrksmateriell i henhold til gjeldende standarder, som kan variere fra sted til sted. D finner mer informasjon i sikkerhetsdatabladet på spport.illmina.com/sds.html. 10 Rengjør dryppbrettet med en klorserviett. 11 Vent i 15 mintter slik at kloret får virke. Nøytralisere med alkohol 1 Fkt en klt eller tørkepapir med vann. D kan brke alle typer vann, også springvann. 2 Tørk over følgende komponenter med den fktige klten eller tørkepapir: Dryppbrett Kassettkammerdør (innvendig og tvendig, inkldert hengsler) Vannet forhindrer at klor og alkohol blandes. 3 Rengjør følgende komponenter på nytt med en alkoholserviett: Dryppbrett Kassettkammerdør (innvendig og tvendig, inkldert hengsler) Alkoholen fjerner rester av klor, som kan forårsake korrosjon. 4 Kontroller at dryppbrettdøren og kassettkammerdøren er lkket. 5 Rengjør laboratoriebenken rndt instrmentet med klorservietter eller kloroppløsning. Retrnere det originale systemet Emballere instrmentet 1 Gjør klar tilstrekkelig plass i laboratoriet til instrmentet og emballasjen. 58

66 2 Plasser den lille skmpten mellom den senkede monitoren og instrmentet. 3 Plasser den grå plastposen over instrmentet. 4 Senk den fremre klaffen på den hvite esken. 5 Plasser instrmentet i den hvite esken slik at forsiden av instrmentet vender mot deg. 6 Plasser den firkantede skmbiten over instrmentet slik at de tynnere sidene av skmbiten hviler mot forsiden og baksiden av instrmentet. Kontroller at skmbiten er i flkt med toppen av esken. 7 Lkk den fremre klaffen, og lkk deretter toppen av esken. Emballere testkomponentene til flergangsbrk 1 Plasser iseq 100 i1-testkassetten til flergangsbrk i den største gjenlkkbare posen, og forsegl den. 2 Plasser iseq 100 i1-teststrømningscellen til flergangsbrk i oppbevaringskofferten. 3 Plasser kofferten i den minste gjenlkkbare posen, og forsegl den. 4 Plasser begge de gjenlkkbare posene i tilbehørsesken for iseq 100-sekvenseringssystem. 59

67 5 Lkk tilbehørsesken. Sende systemet 1 Hvis den ble fjernet, plasserer d den beskyttende skmbasen i bnnen av den brne fraktesken. 2 Løft den hvite esken etter håndtakene (det anbefales at to personer løfter sammen), og senk deretter den hvite esken ned i den brne esken. Den kan plasseres i hvilken som helst retning. FORSIKTIG Den hvite esken må sendes inni den brne esken. Den hvite esken er ikke tformet eller merket for forsendelse. 3 Plasser det beskyttende skmlokket over den hvite esken. 4 Plasser tilbehørseskene i midten av skmlokket. 5 Plasser den svarte skmpten oppå tilbehørseskene. 6 [Valgfritt] Plasser Ethernet-kabelen og strømledningen hvor som helst i den brne esken. 7 Lkk den brne esken, og forsegle den med fraktteip. 8 Plasser retretiketten over den opprinnelige forsendelsesetiketten, eller fjern den opprinnelige forsendelsesetiketten. 60

68 9 [Internasjonal forsendelse] Fest handelsfaktraen til fraktesken. 10 Send instrmentet til Illmina via UPS. Hvis laboratoriet har en daglig leveringsavtale med UPS, leverer d den adresserte fraktesken til sjåføren. Hvis laboratoriet ikke har en daglig leveringsavtale med UPS, varsler d Illminas kndetjeneste slik at de kan planlegge retrforsendelsen for deg. 61