iseq 100 sekvenseringssystem

Transkript

1 iseq 100 sekvenseringssystem Veiledning for klargjøring av stedet Innledning 3 Levering og installasjon 3 Laboratoriekrav 6 Krav til elektrisitet 8 Uavbrtt strømtilførsel 9 Miljøhensyn 9 Retningslinjer for vertsnettverk 10 Brkerlevert forbrksmateriell og tstyr 14 Revisjonslogg 16 Teknisk hjelp 17 Dokmentnr v04 NOR Agst 2018 Kn til forskningsbrk. Ikke til brk ved diagnostiske prosedyrer. ILLUMINA-PROPRIETÆR

2 Dette dokmentet og dets innhold er opphavsrettslig beskyttet for Illmina, Inc. og tilknyttede selskaper («Illmina»), og er ment telkkende for kontraktbrk av knden i forbindelse med brk av prodktet (prodktene) beskrevet her, og for intet annet formål. Dette dokmentet og dets innhold skal ikke brkes eller distriberes til andre formål og/eller på annen måte kommniseres, fremlegges eller reprodseres på noen måte ten fortgående, skriftlig samtykke fra Illmina. Illmina overfører ikke noen lisens nder sitt patent, varemerke, opphavsrett eller sedvanerett eller lignende rettigheter til tredjeparter gjennom dette dokmentet. Instrksjonene i dette dokmentet skal følges strengt og tydelig av kvalifisert og tilfredsstillende tdannet personell for å sikre riktig og sikker brk av prodktet (prodktene) som er beskrevet i dette dokmentet. Alt innhold i dette dokmentet skal leses fllt t og være forstått før prodktet (prodktene) brkes. HVIS DET UNNLATES Å LESE FULLSTENDIG OG UTTRYKKELIG FØLGE ALLE INSTRUKSJONENE I DETTE DOKUMENTET, KAN DET FØRE TIL SKADE PÅ PRODUKTET (PRODUKTENE), SKADE PÅ PERSONER, INKLUDERT BRUKERE ELLER ANDRE, OG SKADE PÅ ANNEN EIENDOM, OG DETTE VIL UGYLDIGGJØRE EVENTUELL GARANTI SOM GJELDER FOR PRODUKTET (PRODUKTENE). ILLUMINA PÅTAR SEG IKKE ANSVAR SOM FØLGE AV FEIL BRUK AV PRODUKTET (PRODUKTENE) SOM ER BESKREVET I DETTE DOKUMENTET (INKLUDERT DELER AV DETTE ELLER PROGRAMVARE) Illmina, Inc. Med enerett. Alle varemerker tilhører Illmina, Inc. eller deres respektive eiere. Ytterligere informasjon om varemerker finner d på Dokmentnr v04 NOR Kn til forskningsbrk. Ikke til brk ved diagnostiske prosedyrer. 2

3 Innledning Denne veiledningen gir spesifikasjoner og retningslinjer for å klargjøre stedet ditt for installasjon og drift av Illmina iseq 100 sekvenseringssystem. Leverings- og installasjonshensyn Krav til laboratorieplass Krav til elektrisitet Miljømessige restriksjoner Databehandlingskrav Brkerlevert forbrksmateriell og tstyr Sikkerhetshensyn Se Sikkerhets- og samsvarsveiledning for iseq 100 sekvenseringssystem (dokmentnr ) for viktig informasjon om sikkerhetshensyn. Tilleggsressrser Støttesidene til iseq 100 sekvenseringssystem på Illminas nettsted har tilleggsressrser for systemet. Disse ressrsene inklderer programvare, opplæring, kompatible prodkter og følgende dokmentasjon. Sjekk alltid støttesider for de nyeste versjonene. Ressrs Tilpasset protokollvelger Oppsettplakat for iseq 100 sekvenseringssystem (dokmentnr ) Sikkerhets- og samsvarsveiledning for iseq 100 sekvenseringssystem (dokmentnr ) Samsvarsveiledning for RFID-leser (dokmentnr ) Veiledning for iseq 100 sekvenseringssystem (dokmentnr ) Beskrivelse Et verktøy for å generere ende-til-ende-instrksjoner skreddersydd til din metode for bibliotekklargjøring, kjøringsparametere og analysemetode, med mligheter for å finjstere detaljnivået. Gir instrksjoner for installasjon av instrment og førstegangsoppsett. Gir informasjon om operative sikkerhetshensyn, samsvarserklæringer og instrmentdokmentasjon. Gir informasjon om RFID-leseren i instrmentet, inkldert samsvarssertifiseringer og sikkerhetshensyn. Gir en oversikt over instrmentet og tilhørende prosedyrer. Instrmentkomponenter, reagenskomponenter, brksanvisninger og vedlikeholds- og feilsøkingsprosedyrer er inkldert. Levering og installasjon iseq 100-systemet kan installeres av brkeren. Installasjonsinstrksjoner finnes i Oppsettplakat for iseq 100 sekvenseringssystem (dokmentnr ), som leveres med instrmentet. Etter installering kan d flytte instrmentet for å få tilgang til USB-porter og andre komponenter på baksiden. D finner detaljerte instrksjoner om flytting av instrmentet i Veiledning for iseq 100 sekvenseringssystem (dokmentnr ). Dokmentnr v04 NOR Kn til forskningsbrk. Ikke til brk ved diagnostiske prosedyrer. 3

4 Førstegangsoppsett Utpakking og installering av iseq 100-systemet tar ca. 30 mintter. Installeringen inklderer å koble instrmentet til strøm- og nettverkskilder, slå det på og følge meldinger på skjermen om å tføre systemkontroll og konfigrere programvaren. Systemkontrollen krever brk av testkassetten til flergangsbrk og teststrømningscellen til flergangsbrk. Klargjør laboratorieplassen på forhånd, slik at d er klar til å pakke t og installere systemet ved levering. Hvis d kobler instrmentet til nettverkslagring, må d bestemme nettverket før installasjonen. MERK Å legge systemet til et nettverk kan ta ekstra tid. Som en del av installasjonsprosessen anbefaler Illmina tidlig kontakt med IT-representanten. D finner mer informasjon nder Retningslinjer for vertsnettverk på side 10. Alle komponenter som trengs for installasjon, leveres med instrmentet. Ekstra verktøy er ikke nødvendig. Bytte passord Windows-operativsystemet har to kontoer: administrator (sbsadmin) og standardbrker (sbsser). Den første gangen d logger på operativsystemet, må d endre passordet for begge kontoene. Operativsystemet viser brkernavn og standardpassord for hver konto. Kopier passordet for sbsadmin og deretter for sbsser for å fllføre den nødvendige passordendringen. De nye passordene må bestå av minst 10 tegn. Fortsett med førstegangsoppsett for sbsser. Hvis d vil tilpasse nettverksinnstillingene, bytter d til sbsadmin. Innhold i forsendelseseske Instrmentet og komponentene leveres i én brn forsendelseseske. Den brne forsendelsesesken inneholder to esker: en hvit boks som inneholder instrmentet og en tilbehørsboks merket med iseq 100 Seqencing System Accessories. Følgende komponenter er inkldert: Ethernet-kabel Strømledning iseq 100 testkassett til flergangsbrk iseq 100 teststrømningscelle til flergangsbrk Ekstra lftfilter for iseq 100 iseq 100 ekstra dryppbrettpte Oppsettplakat for iseq 100 sekvenseringssystem (dokmentnr ) Viktig kndeinformasjon (dokmentnr ) MERK Veiledninger som ikke leveres med instrmentet, inkldert systemveiledningen, er tilgjengelige på nettet. Se Tilleggsressrser på side 3. Dokmentnr v04 NOR Kn til forskningsbrk. Ikke til brk ved diagnostiske prosedyrer. 4

5 Eskens mål Brk følgende eskedimensjoner til å bestemme transport-, oppsett- og lagringsplaner. Tabell 1 Mål Høyde Bredde Dybde Vekt Tabell 2 Mål Høyde Bredde Dybde Vekt Tabell 3 Mål Høyde Bredde Dybde Vekt Brn eske Hvit eske Tilbehørseske Dimensjon 49,5 cm 56,3 cm 58,4 cm 21 kg Dimensjon 35,6 cm 43,2 cm 43,2 cm 17 kg Dimensjon 8,9 cm 33 cm 21,6 cm 0,82 kg Lagre reservedeler og testkomponenter til flergangsbrk Oppbevar følgende komponenter ved romtemperatr i originalemballasjen: testkassett til flergangsbrk, teststrømningscelle til flergangsbrk, ekstra lftfilter og ekstra dryppbrettpte. Tas t fra oppbevaring etter behov ved systemvedlikehold og feilsøking: Etter førstegangsoppsettet brkes testkassetten til flergangsbrk og teststrømningscellen ved eventelle fremtidige systemkontroller. Byttes etter 5 år eller 36 gangers brk, avhengig av hva som kommer først. Seks måneder etter førstegangsoppsettet skal det installerte lftfilteret byttes t med det ekstra lftfilteret. Hvis det oppstår lekkasje, bytter d t den installerte dryppbrettpten med den ekstra dryppbrettpten. Dokmentnr v04 NOR Kn til forskningsbrk. Ikke til brk ved diagnostiske prosedyrer. 5

6 Laboratoriekrav Brk spesifikasjonene og kravene som er oppgitt i denne delen, til å konfigrere labplassen din. Instrmentets mål Mål Høyde (hevet skjerm) Bredde Dybde Vekt Dimensjoner for installert instrment 42,5 cm 30,5 cm 33 cm 16 kg Krav til plassering Plasser instrmentet slik at det er god ventilasjon og tilgang for service. Brk følgende minimmsklaring for å sikre at instrmentet er tilgjengelig fra alle kanter. Tilgang Sider Bakside Overside Minimmsklaring Minst 30 cm klaring på hver side av instrmentet. Minst 15,25 cm klaring bak instrmentet. Minst 30 cm klaring over instrmentet (senket skjerm). Sørg for at d kan nå rndt på høyre side for å få tilgang til strømbryteren på bakpanelet. Plasser instrmentet slik at d raskt kan ta t strømledningen fra stikkontakten. Retningslinjer for laboratoriebenken Instrmentet inklderer presisjonsoptiske elementer. Plasser instrmentet på en solid laboratoriebenk i vater, nna vibrasjonskilder. Dokmentnr v04 NOR Kn til forskningsbrk. Ikke til brk ved diagnostiske prosedyrer. 6

7 Vibrasjonsretningslinjer Under sekvenseringskjøringer brker d følgende beste praksis for å minimere kontinerlige og intermitterende vibrasjoner og sikre optimal ytelse. Hold laboratoriebenken fri for potensielle vibrasjonskilder, for eksempel: Rystere, vorteksmiksere, sentrifger, skffer, skap og hyller som kan forårsake tilsiktede støt på benkeoverflaten. Trykklft eller nitrogen og andre store lftstrømmer. Hold saneringsområdet ryddig. Ikke plasser brkt forbrksmateriell eller annet laboratorieverktøy og tilbehør på instrmentet. Brk instrmentet kn via berøringsskjermen og med anbefalt arbeidsflyt for lasting og lossing av forbrksmateriell. Ikke ta direkte på instrmentoverflatene. Oppbevaringskrav for iseq 100 i1-reagenser Følgende tabell oppgir oppbevaringstemperatr og størrelse på komponenter som leveres med iseq 100 i1- reagenser. Komponent Oppbevaringstemperatr Lengde Bredde Høyde Kassett 25 C til 15 C 19,6 cm 13,7 cm 13 cm Strømningscelle 2 C til 8 C* 10,2 cm 10,2 cm 2,5 cm *Sendes ved romtemperatr. Utdata og lagringskrav BaseSpace Seqence Hb krever opptil 900 MB minne for å håndtere data som lastes opp for en kjøring. Hvis data lagres lokalt, må d brke følgende omtrentlige filstørrelser som referanse. Disse filene genereres av en sekvenseringskjøring og etterfølgende analyse. Utdatafiler BAM BCL FASTQ gvcf og VCF InterOp Ca. størrelse 600 MB 850 Mb 850 MB < 10 MB 2,5 Mb Laboratorieoppsett for PCR-prosedyrer Noen metoder for bibliotekklargjøring krever PCR-prosessen (polymerasekjedereaksjon). Opprett dedikerte områder og laboratorieprosedyrer for å hindre PCR-prodktkontaminasjon før d starter arbeidet i laboratoriet. PCR-prodkter kan kontaminere reagenser, instrmenter og prøver, forsinke normal drift og forårsake nøyaktige resltater. Dokmentnr v04 NOR Kn til forskningsbrk. Ikke til brk ved diagnostiske prosedyrer. 7

8 Pre-PCR- og post-pcr-områder Brk følgende retningslinjer for å nngå krysskontaminasjon. Opprett et pre-pcr-område for pre-pcr-prosesser. Opprett et post-pcr-område for behandling av PCR-prodkter. Ikke brk samme vask til å vaske pre-pcr- og post-pcr-materialer. Ikke brk samme vannrensingssystem for pre-pcr- og post-pcr-områder. Oppbevar forbrksmateriell for pre-pcr-protokoller i pre-pcr-området. Overfør dem til post-pcrområdet etter behov. Dedikere tstyr og forbrksmateriell Ikke del tstyr og forbrksmateriell mellom pre-pcr- og post-pcr-prosesser. Dediker et eget sett med tstyr og forbrksmateriell i hvert område. Opprett dedikerte oppbevaringsområder for forbrksmateriell som brkes i hvert område. Krav til elektrisitet Strømspesifikasjoner Type Linjespenning Maks. strømforbrk Spesifikasjon V AC ved 50/60 Hz 80 watt Jording er nødvendig. Hvis spenningen flkterer mer enn 10 %, er en strømlinjereglator påkrevd. Beskyttelsesjording Instrmentet har en beskyttende jording gjennom kabinettet. Sikkerhetsjordingen på strømledningen retrnerer beskyttende jording til en trygg jordreferanse. Den beskyttende jordforbindelsen på strømledningen skal være i god stand når denne enheten er i brk. Strømledninger Instrmentet har en C13-kontakt etter internasjonal standard IEC og leveres med en regionsspesifikk strømledning. Den nordamerikanske ledningen er 2,44 m lang. Alle andre ledninger er 2,5 m lange. D kan skaffe tilsvarende stikkontakter eller strømledninger som overholder lokale standarder ved å kontakte en tredjepartsleverandør som Interpower Corporation ( Farlig spenning skal kn fjernes fra instrmentet når strømledningen er frakoblet vekselstrømkilden (AC). Sikringer Effektinngangsmodlen inklderer to inngangssikringer på de høyspente inngangsledningene. Disse sikringene er størrelse 5 mm x 20 mm og er klassifisert for 10 A, 250 V AC med treg sikring. Dokmentnr v04 NOR Kn til forskningsbrk. Ikke til brk ved diagnostiske prosedyrer. 8

9 Uavbrtt strømtilførsel Illmina anbefaler at d brker en regionalt egnet, avbrddsfri strømforsyning (UPS) med en kapasitet på minst 500 VA. Følgende tabell har tre eksempelmodeller. Kjøretid (batteristrømvarighet) avhenger av den valgte UPS-modellen og UPS-batteriets alder og kvalitet. Tabell 4 Spesifikasjon Japan APC Smart-UPS 750 LCD 100 V Delenr. SMT750J Nord-Amerika APC Smart-UPS 750 VA LCD 120 V US Delenr. SMT750US Maks. watt 500 W 500 W 500 W Maks. strøm 750 VA 750 VA 750 VA Inngangsspenning (nominell) 100 V AC 120 V AC 230 V AC Internasjonalt APC Smart-UPS 750 VA LCD 230 V Delenr. SMT750I Inngangskobling NEMA 5-15P NEMA 5-15P IEC-320 C14 Schko CEE 7/EU1-16P Britisk BS1363A Mål (H B D) 16,7 cm 14 cm 36 cm 16 cm 13,8 cm 36,3 cm cm 13,8 cm 35,8 cm Vekt 13,2 kg 13,2 kg 13,2 kg Omtrentlig UPSdrevet kjøretid Regionspesifikke anbefalinger ~95 mintter ~95 mintter ~95 mintter Illmina er ikke ansvarlig for kjøringer som rammes av strømavbrdd, ansett om instrmentet er koblet til en UPS eller ikke. Standard generatorstøttet strøm kan forstyrres, så et kort strømbrdd før strømmen er tilbake er typisk. Miljøhensyn Element Temperatr Spesifikasjon Oppretthold en laboratorietemperatr på 15 C til 30 C (22,5 C ±7,5 C). Under en kjøring må ikke omgivelsestemperatren få variere mer enn ±2 C. Lftfktighet Oppretthold en ikke-kondenserende relativ lftfktighet på %. Høyde Lftkvalitet Vibrasjon Varmeeffekt Instrmentet skal plasseres i en høyde som er lavere enn 2000 meter. Brk instrmentet i et innemiljø. Oppretthold lftpartikkelrengjøringsnivåer per ISO 9 (vanlig romlft), eller bedre. Begrens miljøvibrasjon til ISO-kontornivå, eller bedre. Maksimal effektvrdering Termisk effekt 80 watt 273 BTU/t Dokmentnr v04 NOR Kn til forskningsbrk. Ikke til brk ved diagnostiske prosedyrer. 9

10 Støyeffekt Støyeffekt (db) Avstand fra instrmentet < 62 db 1 meter En måling på < 62 dba er innenfor normalt samtalenivå på en avstand på ca. 1 meter. Retningslinjer for vertsnettverk ISeq 100 sekvenseringssystem er tviklet for brk med et nettverk, avhengig av om kjøringer er konfigrert for BaseSpace Seqence Hb eller ikke. Følgende handlinger krever en ekstern Internett-tilkobling, selv om BaseSpace Seqence Hb ikke brkes: Atomatisk oppdatering av kontrollprogramvaren. Opplasting av instrmentets ytelsesdata til Illmina. Konfigrering slik at tdatamappen ligger i nettverket ditt. Ekstern hjelp fra teknisk støtte hos Illmina. Standard nettverkskonfigrasjon er tilstrekkelig til å overføre data og ellers betjene systemet. Hvis organisasjonen din har spesifikke nettverkskrav, må d kontakte IT-personalet for hjelp med avanserte nettverksinnstillinger. Denne delen gir nettverksretningslinjer beregnet på IT-representanter. Dataoverføringshensyn En WiFi- eller Ethernet-tilkobling er tilstrekkelig til å overføre data, men Ethernet gir en mer pålitelig tilkobling. Variabel nettverksstyrke og hyppige Wi-Fi-avbrdd kan forlenge dataoverføringen og forsinke påfølgende kjøringer. En ny kjøring kan ikke startes før Universal Copy Service (UCS) fllfører dataoverføring for forrige kjøring. MERK Et Wi-Fi-avbrdd nder dataoverføringen forårsaker ikke tap av data. WiFi er slått av som standard. Se Veiledning for iseq 100 sekvenseringssystem (dokmentnr ) for instrksjoner om hvordan d slår dette på. Nettverks- og datasikkerhet Følgende avsnitt gir retningslinjer for å opprettholde nettverks- og datasikkerhet. Se Operativsystemkonfigrasjon på side 13 for konfigrasjonsanbefalinger. D finner informasjon om sikkerhetsoppdateringer, brannmrer og RDP (Remote Desktop Protocol) i Illmina Secrity Best Practices Gide (Pbl.nr ). Sikkerhet for kontrolldatamaskin Kontrolldatamaskinen kombinerer Windows Software Restriction Policies (SRP) og brkerlevert antivirsprogramvare for forbedret sikkerhet. SRP øker påliteligheten, integriteten og håndterbarheten for datamaskiner i et domene. Ved å begrense konfigrasjoner kan kn identifiserte applikasjoner kjøre. Slå av eller rekonfigrer SRP ved behov. Se Veiledning for iseq 100 sekvenseringssystem (dokmentnr ) for mer informasjon. Dokmentnr v04 NOR Kn til forskningsbrk. Ikke til brk ved diagnostiske prosedyrer. 10

11 Antivirsprogramvare Installer antivirsprogramvare etter eget valg for å beskytte instrmentkontrolldatamaskinen mot virs. For detaljerte retningslinjer for å opprettholde systemytelsen mens d holder kontrolldatamaskinen sikker, se Konfigrere virsskannerprogramvare på Illmina-sekvensere (pb. nr ). For å nngå tap av data eller forstyrrelser konfigrerer d antivirsprogramvaren som følger: Sett oppgraderinger av antivirsprogramvaren på nedlasting (men ikke installering) ten brkeratorisasjon. Konfigrer at det skal tføres manelle skanninger, og tfør skanningen bare når instrmentet ikke er i brk. Ikke tillat atomatiske skanninger. Deaktivering av atomatisk skanning av pakker sendt og mottatt over en TCP/IP-kobling er viktig. Antivirsportskanning kan forstyrre intern systemkommnikasjon. Ikke gjør oppdateringer nder instrmentdrift. Gjør kn oppdateringer når instrmentet ikke kjører, og når det er trygt å starte kontrolldatamaskinen på nytt. Ikke tfør atomatisk omstart på datamaskinen etter oppdatering. Sørg for at programkatalogen (C:\Illmina) og datakatalogen (D:\SeqencingRns) ikke omfattes av filsystembeskyttelse i sanntid. Slå av Windows Defender. Dette prodktet kan påvirke operativsystemressrsene som Illminaprogramvaren brker. Egnet brk Instrmentkontrolldatamaskinen er tviklet for å betjene Illminas sekvenseringssystemer. Av hensyn til kvalitet og sikkerhet må d ikke brke den som en generell datamaskin. Nettsøk, sjekk av e-post, gjennomgang av dokmenter og annen nødvendig aktivitet kan forringe ytelsen og føre til tap av data. Nettverkstilkoblinger Illmina installerer ikke og gir ikke teknisk støtte for nettverksforbindelser. Gjennomgå nettverksvedlikeholdsaktiviteter for potensielle kompatibilitetsrisikoer med iseq 100-systemet. Brk følgende retningslinjer for å installere og konfigrere en nettverksforbindelse: Brk en dedikert 1 gigabyte-forbindelse mellom instrmentet og databehandlingssystemet. Gjør denne tilkoblingen direkte eller via en nettverksbryter. Nødvendig båndbredde er 5 Mb/s/instrment for interne nettverksopplastinger, BaseSpace Seqence Hb-nettverksopplastinger og opplasting av instrmentoperative data. Svitsjer og annet nettverkststyr må ha en minimmstilkoblingshastighet på 1 gigabit per seknd. Total brk på en hvilken som helst bryter må ikke overskride den nominelle hastigheten. Beregn totalbelastningen av arbeidsbelastningen på hver nettverksbryter. Antallet tilkoblede instrmenter og tilhørende tstyr, for eksempel en skriver, kan påvirke kapasiteten. Hvis instrmentet brkes i et komplekst nettverksmiljø, skal det brkes styrte svitsjer. For mindre komplekse miljøer med få enheter i nettverket er det ikke nødvendig med styrte svitsjer. Kablene må være CAT-5e eller bedre. Forsendelsesesken inneholder en skjermet CAT-5e nettverkskabel som er 3 meter lang. Isoler sekvenseringstrafikk fra annen nettverkstrafikk om mlig. Dokmentnr v04 NOR Kn til forskningsbrk. Ikke til brk ved diagnostiske prosedyrer. 11

12 Proxy-servere Konfigrering av iseq 100-systemet for brk med en proxy-server avhenger av det nike oppsettet av nettverket ditt. Se Veiledning for iseq 100 sekvenseringssystem (dokmentnr ). Tilordnede nettverksstasjoner Tilordning av en nettverksstasjon støttes, men kobling til tdatamappen eller et prøveark krever en UNCbane. Når d spesifiserer en plassering for tdatamappe eller prøveark i kontrollprogramvaren, skriver d inn en UNC-bane. Hvis d angir en tilordnet nettverksstasjon, oppstår det en feil. En UNC-bane brker omvendt skråstrek før navnet på datamaskinen og for å angi banen (katalogen) i datamaskinen. En tilordnet nettverksstasjon angis med en bokstav. Eksempel på UNC-bane: \\servernavn\delt- katalog Eksempel på nettverksstasjonbane: T:\sbsfiler En tdatamappe kreves med mindre systemet er konfigrert for kjøringsovervåking og -lagring i BaseSpace Seqence Hb. Systemer konfigrert for manell mods med kjøringsovervåking og -lagring i BaseSpace Seqence Hb, krever et prøveark. MERK Sekvensering i Local Rn Manager-mods krever også et prøveark. Plasseringen er imidlertid ikke angitt i kontrollprogramvaren. Hvis d vil ha mer informasjon om konfigrering av tdatamapper og prøveark, kan d se Veiledning for iseq 100 sekvenseringssystem (dokmentnr ). Tilkoblinger for kontrolldatamaskin Kontrolldatamaskinen har to grensesnittforbindelser for nettverk. Den ene er tviklet for ekstern nettverkskommnikasjon. Den andre er kn beregnet for intern systemkommnikasjon. Ikke deaktiver den interne kommnikasjonsforbindelsen. Systemet henter en IP-adresse fra vertsnettet via DHCP (Dynamic Host Configration Protocol) som standard. Det er også mlig å velge en statisk adresse fra Windows-nettverksinnstillinger. Utgående tilkoblinger Tabellen nedenfor inneholder de tgående nettverksportene på kontrolldatamaskinen. MAC-adressen, som gir nettverkstilgang for Ethernet og WiFi, er instrmentspesifikk og kan ikke oppgis før instrmentet sendes. Port Formål 80 BaseSpace Seqence Hb, Local Rn Manager eller ytelsesdata for instrment 443 BaseSpace Seqence Hb eller ytelsesdata for instrment 8080 Programvareoppdateringer Domener for BaseSpace Seqence Hb Følgende domener gir tilgang fra Universal Copy Service til BaseSpace Seqence Hb og ytelsesdata for instrment. Noen Enterprise-adresser inklderer et brkerdefinert domenefelt. Dette tilpassede feltet er reservert med {domene}. Dokmentnr v04 NOR Kn til forskningsbrk. Ikke til brk ved diagnostiske prosedyrer. 12

13 Forekomst Enterprise, USA Enterprise, EU Basic og Professional, USA Basic og Professional, EU Adresse {domene}.basespace.illmina.com {domene}.api.basepace.illmina.com basespace-data-east.s3-external-1.amazonaws.com basespace-data-east.s3.amazonaws.com instrments.sh.basespace.illmina.com {domene}.ec1.sh.basespace.illmina.com {domene}.api.ec1.sh.basepace.illmina.com ec1-prd-seq-hb-data-bcket.s3-e-central-1.amazonaws.com instrments.sh.basespace.illmina.com basespace.illmina.com api.basepace.illmina.com basespace-data-east.s3-external-1.amazonaws.com basespace-data-east.s3.amazonaws.com instrments.sh.basespace.illmina.com ec1.sh.basespace.illmina.com api.ec1.sh.basepace.illmina.com ec1-prd-seq-hb-data-bcket.s3-e-central-1.amazonaws.com instrments.sh.basespace.illmina.com Operativsystemkonfigrasjon Før levering blir Illmina-systemer testet og verifisert for drift innenfor spesifikasjonene. Endring av innstillinger etter installasjon kan føre til ytelses- eller sikkerhetsrisikoer. Følgende anbefalinger redserer ytelses- og sikkerhetsrisikoer for operativsystemet: Opprett passord som består av minst 10 tegn og overholder lokale retningslinjer. Noter ned passordet. Illmina lagrer ikke kndeinnloggingsinformasjon, og kjente passord kan ikke tilbakestilles. Hvis passordet ikke er kjent, må systemet gjenopprettes til fabrikkinnstillinger. Slik gjenoppretting fjerner alle data fra systemet og fører til nedetid. Brk kn administratorkontoen for å ta i brk systemoppdateringer og til annen brk av IT- personale. Til alle andre fnksjoner skal brkerkontoen brkes. Hvis systemprogramvaren ikke fngerer som den skal, ta kontakt med IT-administratoren angående mlig interferens med Grop Policy Object (GPO). Når d kobler et domene til et GPO, kan enkelte innstillinger påvirke operativsystemet eller instrmentprogramvaren. Slå av RDP, og brk Windows-brannmren eller en nettverksbrannmr (maskinvare eller programvare). Slå av atomatisk Windows-oppdatering. Windows-oppdateringer Standard Windows-operativsystemer har fnksjonen for Windows-oppdateringer slått av for å kontrollere konfigrasjonen og driften av kontrolldatamaskinen og for å få et mer robst driftsmiljø. Systemoppdateringer støttes ikke fordi de kan sette driftsmiljøet i fare. Alternativer til å slå på Windows Update inklderer: Mer robst brannmr og nettverksisolering (virtelt LAN). Dokmentnr v04 NOR Kn til forskningsbrk. Ikke til brk ved diagnostiske prosedyrer. 13

14 Nettverksisolering av nettverkstilkoblet lagring (NAS), slik at data kan synkroniseres til nettverket. Lokal USB-lagring. Unngå feil brk av kontrolldatamaskinen og sikre riktig tillatelsesbasert kontroll. Tredjeparts programvare Illmina støtter kn programvaren som følger med ved installasjonen. Chrome, Java, Box og annen tredjepartsprogramvare er ikke testet og kan forstyrre ytelse og sikkerhet. Et eksempel er RoboCopy, som avbryter strømming tført av kontrollprogramvarepakken. Forstyrrelsen kan forårsake korrpte og manglende sekvenseringsdata. Brkerlevert forbrksmateriell og tstyr Følgende brkerlevert forbrksmateriell og tstyr brkes til sekvensering, vedlikehold og feilsøking. Se Veiledning for iseq 100 sekvenseringssystem (dokmentnr ) for mer informasjon om disse prosessene. Forbrksmateriell for sekvensering Forbrksmateriell Leverandør Formål Engangshansker, pdderfrie Generell laboratorieleverandør Generelt formål. iseq 100 i1-reagenser Illmina, katalognr (én stk.) eller katalognr (firepakning) Mikrorør, 1,5 ml Fisher Scientific, katalognr , eller tilsvarende rør med lav binding Levere reagenser og strømningscellen til en kjøring. Fortynne biblioteker til lastekonsentrasjonen. Tørkepapir Generell laboratorieleverandør Tørke kassetten etter et vannbad. Dråpetellerspisser, 20 µl Generell laboratorieleverandør Fortynne og laste biblioteker. Dråpetellerspisser, 100 µl Generell laboratorieleverandør Fortynne og laste biblioteker. Resspensjonsbffer (RSB) Illmina, leveres med bibliotekklargjøringssett Fortynne biblioteker til lastekonsentrasjonen. [Valgfritt] 10 mm Tris-HCl, ph 8,5 Generell laboratorieleverandør Erstatning for RSB for å fortynne biblioteker til lastekonsentrasjonen. [Valgfritt] PhiX Control v3 Illmina, katalognr. FC Utføre en kjøring kn med PhiX eller tilsetting i en PhiX-kontroll. Forbrksmateriell for vedlikehold og feilsøking Forbrksmateriell Leverandør Formål Blekemiddelservietter, 10 % VWR, katalognr , eller tilsvarende Dekontaminere instrmentet og rengjøre arbeidsflater. Engangshansker, pdderfrie Generell laboratorieleverandør Generelt formål. iseq 100 ekstra dryppbrettpte¹ Illmina, katalognr Dekke dryppbrettet for å absorbere væskelekkasjer. Ekstra lftfilter for iseq 100¹ Illmina, katalognr Bytte lftfilter hver sjette måned. Dokmentnr v04 NOR Kn til forskningsbrk. Ikke til brk ved diagnostiske prosedyrer. 14

15 Forbrksmateriell Leverandør Formål Testsett for iseq 100-system² Illmina, katalognr Utføre en systemkontroll. Servietter med isopropylalkohol, 70 % Laboratorieklt, lavt loinnhold VWR, katalognr , eller tilsvarende VWR, katalognr , eller tilsvarende Rengjøre instrmentet og teststrømningscelle til flergangsbrk. Tørking av dryppbrettet og teststrømningscelle til flergangsbrk. Tørkepapir Generell laboratorieleverandør Tørke opp væske rndt instrmentet. [Valgfritt] Kloroppløsning, 10 % VWR, katalognr (32 oz), (16 oz), eller tilsvarende [Valgfritt] Etanolservietter, 70 % Fisher Scientific, katalognr , eller tilsvarende Rengjøre arbeidsflater etter dekontaminering. Erstatning for servietter med isopropylalkohol for å rengjøre instrmentet og teststrømningscelle til flergangsbrk. ¹ Instrmentet leveres med én installert og én ekstra. Hvis instrmentet ikke er nderlagt garanti, har brkeren ansvaret for tskiftninger. Oppbevares innpakket frem til brk. ² Erstatter testkomponenter til flergangsbrk levert sammen med instrmentet ved tløp etter 5 år eller 36 gangers brk. Utstyr Vare Kilde Formål Fryser, 25 C til 15 C Generell laboratorieleverandør Oppbevare kassetten. Isbøtte Generell laboratorieleverandør Sette til side biblioteker. Dråpeteller, 10 µl Generell laboratorieleverandør Fortynne biblioteker til lastekonsentrasjonen. Dråpeteller, 20 µl Generell laboratorieleverandør Fortynne biblioteker til lastekonsentrasjonen. Dråpeteller, 100 µl Generell laboratorieleverandør Fortynne biblioteker til lastekonsentrasjonen. Kjøleskap, 2 C til 8 C Generell laboratorieleverandør Oppbevare strømningscellen. [Valgfritt] Tastatr Generell leverandør Tillegg til skjermtastatret. [Valgfri] Ms Generell leverandør Tillegg til berøringsskjermgrensesnittet. [Valgfritt] Vannbad Generell laboratorieleverandør Tine kassetten. Dokmentnr v04 NOR Kn til forskningsbrk. Ikke til brk ved diagnostiske prosedyrer. 15

16 Revisjonslogg Dokment Dokmentnr v04 Dokmentnr v03 Dokmentnr v02 Dokmentnr v01 Dokmentnr v00 Date (Dato) Agst 2018 Jni 2018 Mai 2018 Febrar 2018 Desember 2017 Beskrivelse av endring Lagt til informasjon om proxy-servere og tilordnede nettverksstasjoner. Oppdaterte anbefalinger for antivirsprogramvare for å henvise til antivirsportskanning og Konfigrere virsskannerprogramvare på Illminasekvensere (pb. nr ). Lagt til beskrivelse av de to grensesnittforbindelsene for nettverk, og angitt at den interne kommnikasjonsforbindelsen ikke må deaktiveres. Oppdaterte rør brkt for fortynning av biblioteker til Fisher Scientific katalognr eller tilsvarende rør med lav binding. Oppdaterte Illmina-katalognmre for: iseq-dryppbrettpte til Lftfilter for iseq-system til Oppdaterte anbefalinger om dråpetellere og dråpetellerspisser. Oppdaterte beskrivelser av innhold i transportesken for sjekk av merking. Mengde testkassetter og strømningscelle til flergangsbrk er økt til 36. Større mål på kassettemballasje. Merknad om at strømningscellen sendes ved romtemperatr. Merknad om at d kan flytte instrmentet etter installasjon. Lagt til følgende forbrksvarer og tstyr som leveres av brkeren: Illmina, katalognr for iseq 100 i1-reagenser Illmina, katalognr for iseq 100 i1-reagenser (firepakning) Illmina, katalognr for iseq 100-dryppbrettpte Illmina, katalognr for lftfilter for iseq 100-system VWR, katalognr for 10 % blekemiddelservietter Fischer Scientific, katalognr for 70 % etanolservietter Generell laboratorieleverandør for mikrodråpetellere, mikrodråpetellerspisser og vannbad (tilleggststyr) Lagt til informasjon om førstegangsoppsett og endring av passord. Lagt til oppbevaringskrav for ekstra komponenter og komponenter til flergangsbrk. Lagt til krav til minne på 900 MB per kjøring for BaseSpace Seqence Hb. Lagt til Local Rn Manager til port 80 for tgående tilkoblinger. Lagt til anbefaling om riktig brk av administrator- og brkerkontoer. Angitt at laboratoriebenker må være i vater. Forklart hvordan systemet henter en IP-adresse. Forklart når det skal brkes styrte svitsjer. Oppdatert eksempler på modeller av avbrddsfri strømforsyning (UPS). Oppdatert konfigrasjon for forsendelseseske: Lagt til størrelse og vekt for tilbehørseske. Korrigert hvilke dokmenter som leveres med instrmentet. Fjernet anbefalingen om å opprettholde administrative rettigheter for brkere. Endret navn på reagenssettet til iseq 100 i1-reagenser. Endret navn på dokmentnr til Oppsettplakat for iseq 100 sekvenseringssystem. Fjernet komponentstørrelse for firepakninger, som har samme størrelse som enkeltpakninger. Fjernet Enhanced Mitigation Experience Toolkit (EMET). Første versjon. Dokmentnr v04 NOR Kn til forskningsbrk. Ikke til brk ved diagnostiske prosedyrer. 16

17 Teknisk hjelp Kontakt teknisk støtte hos Illmina for teknisk hjelp. Nettsted: E-post: Telefonnmre til Illminas kndestøtte Region Gratis Regionalt Nord-Amerika Astralia Belgia Danmark Finland Frankrike Hongkong Irland Italia Japan Kina Nederland New Zealand Norge Østerrike Singapore Spania Storbritannia Sveits Sverige Taiwan Tyskland Andre land Sikkerhetsdatablad Tilgjengelige på Illminas nettsted på spport.illmina.com/sds.html. Prodktdokmentasjon Tilgjengelig for nedlasting i PDF-format fra Illminas nettsted. Gå til spport.illmina.com, velg et prodkt, og velg deretter Docmentation & Literatre (Dokmentasjon og litteratr). Dokmentnr v04 NOR Kn til forskningsbrk. Ikke til brk ved diagnostiske prosedyrer. 17

18 Dokmentnr v04 NOR Illmina 5200 Illmina Way San Diego, California, USA ILMN (4566) (tenfor Nord-Amerika) Kn til forskningsbrk. Ikke til brk ved diagnostiske prosedyrer Illmina, Inc. Med enerett.