iseq 100 Veiledning for sekvenseringssystem Kun til forskningsbruk. Ikke til bruk ved diagnostiske prosedyrer.

Transkript

1 iseq 100 Veiledning for sekvenseringssystem Febrar 2018 ILLUMINA-PROPRIETÆR

2 Dette dokmentet og dets innhold er opphavsrettslig beskyttet for Illmina, Inc. og tilknyttede selskaper («Illmina»), og er ment telkkende for kontraktbrk av knden i forbindelse med brk av prodktet (prodktene) beskrevet her, og for intet annet formål. Dette dokmentet og dets innhold skal ikke brkes eller distriberes til andre formål og/eller på annen måte kommniseres, fremlegges eller reprodseres på noen måte ten fortgående, skriftlig samtykke fra Illmina. Illmina overfører ikke noen lisens nder sitt patent, varemerke, opphavsrett eller sedvanerett eller lignende rettigheter til tredjeparter gjennom dette dokmentet. Instrksjonene i dette dokmentet skal følges strengt og tydelig av kvalifisert og tilfredsstillende tdannet personell for å sikre riktig og sikker brk av prodktet (prodktene) som er beskrevet i dette dokmentet. Alt innhold i dette dokmentet skal leses fllt t og være forstått før prodktet (prodktene) brkes. HVIS DET UNNLATES Å LESE FULLSTENDIG OG UTTRYKKELIG FØLGE ALLE INSTRUKSJONENE I DETTE DOKUMENTET, KAN DET FØRE TIL SKADE PÅ PRODUKTET (PRODUKTENE), SKADE PÅ PERSONER, INKLUDERT BRUKERE ELLER ANDRE, OG SKADE PÅ ANNEN EIENDOM, OG DETTE VIL UGYLDIGGJØRE EVENTUELL GARANTI SOM GJELDER FOR PRODUKTET (PRODUKTENE). ILLUMINA PÅTAR SEG IKKE ANSVAR SOM FØLGE AV FEIL BRUK AV PRODUKTET (PRODUKTENE) SOM ER BESKREVET I DETTE DOKUMENTET (INKLUDERT DELER AV DETTE ELLER PROGRAMVARE) Illmina, Inc. Med enerett. Alle varemerker tilhører Illmina, Inc. eller deres respektive eiere. Ytterligere informasjon om varemerker finner d på ii

3 Innholdsfortegnelse Kapittel 1 Oversikt 1 Innledning 1 Tilleggsressrser 1 Prøve til analyse 2 Instrmentkomponenter 3 iseq 100 i1-reagenssett 7 Kapittel 2 Komme i gang 11 Førstegangs oppsett 11 Konfigrere kjøringsinnstillinger 11 Tilpasse systeminnstillinger 14 Tilpasse nettverksinnstillinger 14 Brkerlevert forbrksmateriell og tstyr 15 Kapittel 3 Sekvensering 18 Innledning 18 Beste praksis 18 Tine kassetten i pose 19 Klargjøre biblioteker for sekvensering 19 Laste forbrksmateriell inn i kassetten 21 Konfigrere en sekvenseringskjøring (Local Rn Manager- mods) 23 Konfigrere en sekvenseringskjøring (manell mods) 26 Kapittel 4 Vedlikehold 30 Forebyggende vedlikehold 30 Frigjøre plass på harddisken 30 Programvareoppdateringer 30 Skifte t lftfilteret 32 Flytte instrmentet 33 Programvarebegrensningspolicyer 35 Vedlegg A Feilsøking 37 Løse feilmeldinger 37 Avbryte en kjøring 38 Foreta en strømtilstandsendring for instrmentet 38 Utføre en systemkontroll 39 Lekkasjebegrensning 41 PhiX-feilsøkingskjøring 43 Gjenopprette til fabrikkinnstillinger 45 iii

4 Vedlegg B Avansert bytte 46 Motta erstatningsinstrment 46 Klargjøre original for retr 46 Levere i retr i originalemballasje 49 Vedlegg C Sanntidsanalyse 53 Oversikt over Sanntidsanalyse 53 Arbeidsprosess for Sanntidsanalyse 55 Indeks 58 Teknisk hjelp 63 iv

5 Kapittel 1 Oversikt Innledning 1 Tilleggsressrser 1 Prøve til analyse 2 Instrmentkomponenter 3 iseq 100 i1-reagenssett 7 Innledning Illmina iseq 100 sekvenseringssystem sørger for en målrettet tilnærming til neste generasjons sekvensering (NGS). Dette programfokserte systemet pakker Illmina-sekvenseringsteknologi inn i et kostnadseffektivt skrivebordsinstrment. Fnksjoner Accessibility and reliability (Tilgjengelighet og pålitelighet) iseq 100 system har en liten grnnflate og er enkelt å installere og brke. Væske- og avbildningskomponenter er innebygd i forbrksmateriellet, noe som gjør det enklere å vedlikeholde instrmentet. Single-step consmable loading (Ettrinns innlasting av forbrksmateriell) En kassett til engangsbrk er forhåndsfylt med alle reagenser som kreves for en kjøring. Bibliotek og en strømningscelle tstyrt med sensor lastes direkte inn i kassetten, som deretter lastes inn i instrmentet. Integrert identifisering mliggjør nøyaktig sporing. iseq 100 system-programvare En serie med integrert programvare styrer instrmentoperasjoner, behandler bilder og genererer baseberegninger. Denne serien sørger for dataanalyse på instrmentet og dataoverføringsverktøy for ekstern analyse. On-instrment analysis (Analyse på instrmentet) Local Rn Manager legger inn prøveinformasjon og analyserer deretter kjøringsdata med analysemodlen som er spesifisert for kjøringen. Programvaren inklderer en serie av analysemodler. Clod-based analysis (Skybasert analyse) Arbeidsprosessen for sekvensering er integrert med BaseSpace Seqence Hb, Illmina-skyberegningsmiljøet for kjøringsovervåking, dataanalyse, lagring og samarbeid. Utdatafiler strømmes i sanntid til BaseSpace Seqence Hb for analyse. Tilleggsressrser Støttesidene for iseq 100 sekvenseringssystem på Illminas nettsted inneholder tilleggsressrser. Disse ressrsene inklderer programvare, opplæring, kompatible prodkter og følgende dokmentasjon. Kontroller alltid støttesidene for de nyeste versjonene. Ressrs Tilpasset protokollvelger Oppsettplakat for iseq 100 sekvenseringssystem (dokmentnr ) Veiledning for klargjøring av stedet for iseq 100 sekvenseringssystem (dokmentnr ) Beskrivelse En veiviser for å generere tilpasset ende-til-ende-dokmentasjon. Dokmentasjonen er skreddersydd til din metode for bibliotekklargjøring, kjøringsparametere og analysemetode. Gir instrksjoner for instrmentinstallasjon og initiering av førstegangs oppsett. Gir spesifikasjoner for laboratorieplass, elektriske krav og miljømessige og nettverksmessige hensyn. 1

6 Ressrs Sikkerhets- og samsvarsveiledning for iseq 100 sekvenseringssystem (dokmentnr ) Samsvarsveiledning for RFID-leser (dokmentnr ) Beskrivelse Gir informasjon om driftssikkerhetsmessige hensyn, samsvarserklæringer og instrmentmerking. Gir informasjon om RFID-leseren i instrmentet, inkldert samsvarssertifiseringer og sikkerhetshensyn. Prøve til analyse Følgende diagram illstrerer hele arbeidsprosessen for sekvensering, fra prøve til analyse. Hvert trinn omfatter verktøy og dokmentasjon. Denne veiledningen dekker sekvenstrinnet. D finner annen dokmentasjon på spport.illmina.com. Figr 1 Arbeidsprosess for prøve til analyse 2

7 Instrmentkomponenter iseq 100 sekvenseringssystem omfatter en av/på-knapp, monitor, statslinje, et forbrksmateriellkammer og et dryppbrett. Figr 2 Utvendige komponenter A B C D E Av/på-knapp Styrer strømmen til instrmentet og angir om systemet er på (lyser), av (mørk) eller av, men med vekselstrøm (plserer). Berøringsskjermmonitor Gjør konfigrasjon og oppsett mlig på instrmentet ved hjelp av kontrollprogramvarens grensesnitt. Statslinje Angir systemstats som klar til å sekvensere (grønn), behandler (blå) eller krever oppmerksomhet (oransje). Forbrksmateriellkammer Inneholder forbrksmateriell nder en kjøring. Dryppbrettdør Gir tilgang til dryppbrettet, som fanger opp lekkede væsker. Strøm- og hjelpetilkoblinger Bak på instrmentet er det en bryter og et inntak som styrer strøm til instrmentet, samt en Ethernet-port for en valgfri Ethernet-tilkobling. To USB- porter gjør det mlig å koble til en ms eller et tastatr, eller å laste opp og laste ned data med en bærbar enhet. 3

8 Figr 3 Komponenter på baksiden A B C D Ethernet-port Gjør det mlig å koble til en Ethernet-kabel. USB- porter To porter for tilkobling av hjelpekomponenter. Vekslebryter Slår strømmen til instrmentet på og av. Strøminntak Koble til strømledningen. Forbrksmateriellkammer Forbrksmateriellkammeret inneholder kassetten for en sekvenseringskjøring. Figr 4 Forbrksmateriellkammer A B C Kassett Inneholder strømningscellen, biblioteket og reagensene, og samler opp brkte reagenser nder kjøringen. Brett Rommer kassetten nder sekvensering. Dør Åpner seg i 60-graders vinkel slik at d får tilgang til forbrksmateriellkammeret. Programvaren åpner og lkker kammerdøren, og posisjonerer kassetten for avbildning. Døren åpnes ned fra hengsler mot instrmentets sokkel. Ikke sett gjenstander på den åpne døren, da den ikke er laget for å fngere som en hylle. 4

9 Testkomponenter til flergangsbrk Instrmentet leveres med en teststrømningscelle for flergangsbrk og en testkassett for flergangsbrk som skal brkes til systemkontroller. Disse komponentene skal oppbevares i originalemballasjen ved romtemperatr. Figr 5 Testkomponenter til flergangsbrk A B Teststrømningscelle til flergangsbrk Testkassett til flergangsbrk Testkomponentene ligner på sekvenseringskomponentene i iseq 100 i1-reagenssett, og innlastingsretningene er de samme. Testkassetten har imidlertid ikke en bibliotekbeholder, og ingen av testkomponentene har kjemien som kreves for en kjøring. Erstatt tester som har tløpt med komponenter med Testsett for iseq 100-system. Testkomponenter til flergangsbrk er gyldige i fem år fra prodksjonsdatoen eller etter at de er brkt 35 ganger, alt etter hva som inntreffer først. Systemprogramvare Systemprogramvareserien innbefatter integrerte programmer som tfører sekvenseringskjøringer og analyse på instrmentet. iseq kontrollprogramvare Styrer instrmentoperasjoner og gir et grensesnitt for konfigrasjon av systemet, oppsett av en sekvenseringskjøring og overvåking av kjøringsstatistikk etter hvert som sekvensering går fremover. Local Rn Manager Definerer kjøringsparametere og fremgangsmåten for analyse før sekvensering. Etter sekvensering begynner dataanalyse på instrmentet atomatisk. Systemet leveres med DNA Amplicon og Generate FASTQ samt modler installert. D finner mer informasjon om denne programvaren på støttesidene for støttesidene for Local Rn Manager på Illminas nettsted. Sanntidsanalyse (RTA2) Utfører bildeanalyse og basebetegnelse nder kjøringen. D finner mer informasjon nder Sanntidsanalyse på side 53. Universal Copy Service Kopierer tdatafiler for sekvensering fra kjøringsmappen til tdatamappen, hvor d kan oppnå tilgang til dem. Meldinger og varsler Et ikon vises ved siden av instrmentnavnet for å angi meldinger. Hvis d vil vise en liste over meldingene, som omfatter advarsler og feil, velger d ikonet. 5

10 Advarsler krever oppmerksomhet, men verken stopper en kjøring eller krever annen handling enn kvittering. Feil krever handling før d kan starte eller fortsette med en kjøring. Et panel på venstre side av skjermbildene for kjøringsoppsett viser varsler som gjelder spesielt for kassettinnlasting og kontroller før kjøring. Figr 6 Plasseringer i skjermbildet A B Varsler for kjøringsoppsett Andre meldinger Systeminformasjon Kontrollprogramvaremenyen har en del som heter Abot (Om), hvor d kan vise Illmina kontaktinformasjon og følgende systeminformasjon: Serienmmer Datamaskinens navn og IP- adresse Oppskriftsfragmentversjon Kjøringsantall Prosessbehandling Skjermbildet Process Management (Prosessbehandling) viser ledig plass (D:\) på harddisken og kjøringsstats, og identifiserer hver kjøring med navn, ID og dato. Skjermbildet oppdateres atomatisk hvert tredje mintt. Kolonnen Stats angir om en kjøring pågår eller er fllført basert på behandlingen av BCL- filer. For hver kjøring viser Process Management (Prosessbehandling) også statsen for Universal Copy Service, BaseSpace Seqence Hb og Local Rn Manager. Prosesser som ikke er aktelle, vises ikke i skjermbildet. Hvis for eksempel en kjøring ikke er koblet til BaseSpace Seqence Hb, viser ikke Process Management (Prosessbehandling) BaseSpace-statsen for denne kjøringen. D finner informasjon om hvordan d feilsøker statsproblemer nder Stats for prosessbehandling på side 38. Stats for Universal Copy Service Universal Copy Service viser statsen for filer som blir kopiert fra tdatamappen: In Progress (Pågår) Universal Copy Service kopierer filer til tdatamappen. Complete (Fllført) Universal Copy Service har kopiert alle filene til tdatamappen. 6

11 Stats for BaseSpace Seqence Hb BaseSpace Seqence Hb viser opplastingsstatsen: In Progress (Pågår) Kontrollprogramvaren laster opp filer til BaseSpace Seqence Hb. Complete (Fllført) Alle filer er lastet opp til BaseSpace Seqence Hb. Stats for Local Rn Manager Local Rn Manager viser analysestatsen: Ikke startet Analysen er satt i kø for å starte, eller Local Rn Manager venter på at Sanntidsanalyse skal bli ferdig. In Progress (Pågår) Local Rn Manager analyserer filer. Kontroller Local Rn Manager-programvaren hvis d trenger en mer detaljert stats. Stopped (Stoppet) Analysen har stoppet, men er ikke fllført. Complete (Fllført) Local Rn Manager har fllført analysen. iseq 100 i1-reagenssett Når d skal tføre en kjøring på iseq 100 system, må d ha ett iseq 100 i1-reagenssett til engangsbrk. Settet er tilgjengelig i én størrelse (300 syklser) og to samlinger: Enkel Inneholder forbrksmateriell til én kjøring. Firepakning Inneholder forbrksmateriell til fire kjøringer. Innhold og oppbevaring iseq 100 i1-reagenssett sørger for kassetten og strømningscellen for sekvensering. Når d mottar iseq 100 i1-reagenssett: Tabell 1 Ikke åpne den hvite folieemballasjen før d blir bedt om det. Komponentene må straks settes til oppbevaring ved angitt temperatr for å sikre riktig ytelse. Oppbevar kassetter slik at etikettene på emballasjen vender oppover. Settkomponenter Samling Forbrksmateriell Antall Oppbevaringstemperatr Enkel Kassett 1 25 C til 15 C Strømningscelle 1 2 C til 8 C* Firepakning Kassett 4 25 C til 15 C Strømningscelle 4 2 C til 8 C* *Sendes ved romtemperatr. Begge forbrksmateriellene har identifikatorer som gjør sporing mlig og sikrer kompatibilitet. Kassetten brker radiofrekvensidentifikasjon (RFID). Strømningscellen brker et elektrisk grensesnitt: elektrisk slettbart, programmerbart skrivebeskyttet minne (EEPROM). 7

12 Kassett Reagenskassetten for sekvensering er forhåndsfylt med grpperings-, sekvenserings-, paired-end- og indekseringsreagenser. En folieforseglet beholder er forbeholdt biblioteker, og et spor på forsiden er forbeholdt strømningscellen. Illminatorlys når strømningscellen gjennom et tilgangsvind oppå kassetten. Figr 7 Kassettkomponenter A B C Tilgangsvind Strømningscellespor Bibliotekbeholder Kassetten inneholder alt forbrksmateriell for en kjøring: reagenser, bibliotek og strømningscelle. Biblioteket og strømningscellen lastes inn i den klargjorte kassetten, som deretter lastes på instrmentet. Etter at kjøringen har begynt, overføres biblioteker og reagenser atomatisk fra kassetten til strømningscellen. Kassetten inneholder pmper, ventiler og alle væsker for systemet, deriblant en beholder på ndersiden av kassetten som samler opp brkte reagenser. Ettersom kassetten inneholder alle væskekomponenter, som avhendes etter en kjøring, er det ikke nødvendig å vaske instrmentet. Strømningscelle Strømningscellen er en mønstret strømningscelle med én bane som er bygget over en optisk sensor av typen komplementær metalloksidhalvleder (CMOS). En plastkassett omgir den glassbaserte strømningscellen. Opphevede gripepnkter på plasten sikrer trygg håndtering. 8

13 Figr 8 Strømningscellekomponenter A B C D E F Gripepnkter CMOS- sensor (oppå) Avbildningsområde Pakning (én av to) CMOS-sensor (nder) Elektrisk grensesnitt Millioner av nanobrønner dekker overflaten av strømningscellen. Klynger genereres i nanobrønnene. Derfra tføres deretter sekvenseringsreaksjonen. Nanobrønnenes ordnede fordeling øker tdataavlesninger og data. Under sekvensering tar CMOS-sensoren bilder for analyse. Antall syklser som støttes Etiketten for 300 syklser på kassetten angir hvor mange syklser som analyseres, ikke hvor mange syklser som tføres. Strømningscellen er kompatibel med hvilket som helst antall syklser og hvilken som helst avlesningstype. Kassetten sørger for tilstrekkelig reagens for opptil 318 sekvenseringssyklser. De 318 syklsene inklderer 151 syklser hver for Read 1 (Avlesning 1) og Read 2 (Avlesning 2), plss åtte syklser hver for Index 1 (Indeks 1) og Index 2 (Indeks 2). D finner informasjon om hvor mange syklser som skal sekvenseres nder Antall syklser i en avlesning på side 28. Symbolbeskrivelser Følgende tabell beskriver symbolene på forbrksmateriellet eller forbrksmateriellets emballasje. Symbol Beskrivelse Dato da forbrksmateriellet tløper. De beste resltatene oppnås ved å brke forbrksmateriellet før denne datoen. Angir prodsenten (Illmina). 9

14 Symbol Beskrivelse Datoen da forbrksmateriellet ble fremstilt. Tiltenkt brk er Kn til forskningsbrk (RUO). Angir delenmmeret slik at forbrksmateriellet kan identifiseres.¹ Angir partikoden for å identifisere partiet eller loten som forbrksmateriellet ble fremstilt i.¹ Angir at d må være forsiktig. Angir en helsefare. Temperatrområde for oppbevaring i grader celsis. Oppbevar forbrksmateriellet innenfor det angitte området.² ¹ REF identifiserer den enkeltstående komponenten, mens LOT identifiserer loten eller partiet komponenten tilhører. ² Temperatren for oppbevaring kan avvike fra forsendelsestemperatren. 10

15 Kapittel 2 Komme i gang Førstegangs oppsett 11 Konfigrere kjøringsinnstillinger 11 Tilpasse systeminnstillinger 14 Tilpasse nettverksinnstillinger 14 Brkerlevert forbrksmateriell og tstyr 15 Førstegangs oppsett Det første gangen systemet slås på, starter kontrollprogramvaren med en serie skjermbilder som leder deg gjennom førstegangs oppsett. Førstegangs oppsett omfatter å tføre en systemkontroll for å bekrefte instrmentytelse, konfigrere kjøringsinnstillinger og tilpasse systeminnstillinger. Etter førstegangs oppsett kan d redigere de innledende innstillingene når som helst nder System Settings (Systeminnstillinger). Operativsystemkonti Windows-operativsystemet har to konti: administrator (sbsadmin) og brker (sbsbrker). Administratorkontoen er kn beregnet på å iverksette systemoppdateringer eller til brk av IT-medarbeidere. Utfør alle andre fnksjoner, deriblant sekvensering, fra brkerkontoen. Passordkrav Operativsystemet krever at passordet endres for begge kontoer (sbsadmin og sbsbrker) ved første pålogging. Oppdater hvert passord hver 180. dag, når d blir bedt om det. Tabell 2 Standard passordpolicyer Policy Tving passordhistorikk Terskel for låsing Minimm passordlengde Passord må oppfylle kravene til kompleksitet Lagre passord med reversibel kryptering Innstilling Hsker fem passord Ti gyldige påloggingsforsøk Ti tegn Deaktivert Deaktivert Nettbrettmods Operativsystemet er konfigrert for nettbrettmods som standard, slik at tastatret på berøringsskjermen er aktivert. Når d navigerer i kataloger, installerer en programvareoppdatering manelt og andre fnksjoner tenom kontrollprogramvare, kan d bytte til skrivebordsmods og brke et fysisk tastatr. Konfigrere kjøringsinnstillinger Kjøringsinnstillinger bestemmer arbeidsprosessen for kjøringsoppsett, fremgangsmåten for analyse og tdata. 11

16 Konfigrere kjøringsmods Kjøringsmodsen bestemmer hvor kjøringsparametere skal angis og hvordan data analyseres: Kjøringsmods Kjøringsparametere Dataanalyse Local Rn Manager Angis med Local Rn Managerprogramvaren. Lagre data til den angitte tdatamappen med tanke på analyse med Local Rn Manager-modlen. Manell Angis med iseq kontrollprogramvare. Lagre data til en angitt tdatamappe med tanke på senere analyse tenfor instrmentet. Standard kjøringsmods er Local Rn Manager. Local Rn Manager er integrert programvare som brkes til å registrere prøver for sekvensering, angi kjøringsparametere og analysere data. Når d brker manell mods, tføres disse aktivitetene i separate programmer. MERK Local Rn Manager er ikke en fnksjon i iseq kontrollprogramvare. Når Local Rn Manager-mods er konfigrert, veksler d mellom Local Rn Manager og kontrollprogramvaren. BaseSpace Seqence Hb kan brkes i begge kjøringsmodi. Når Local Rn Manager- kjøringsmods kombineres med BaseSpace Seqence Hb, analyseres data med en modl og tenfor instrmentet. Velge Local Rn Manager-mods 1 I kontrollprogramvaremenyen velger d System Settings (Systeminnstillinger), og deretter velger d fanen Rn Mode (Kjøringsmods). 2 I modsen for kjøringsoppsett velger d Local Rn Manager. Dette krever en Local Rn Manager-konto. D finner informasjon om kontooppsett i Veiledning for Local Rn Manager-programvare (dokmentnr ). 3 Hvis d blir bedt om å logge på, oppgir d brkernavn og passord for Local Rn Manager. D vil kn bli bedt om det hvis Local Rn Manager er konfigrert for å kreve pålogging. D trenger som standard ikke å logge deg på. 4 Velg Save (Lagre). Velge manell mods 1 I kontrollprogramvaremenyen velger d System Settings (Systeminnstillinger), og deretter velger d fanen Rn Mode (Kjøringsmods). 2 I modsen for kjøringsoppsett velger d Manal (Manell). Hvis d vil generere FASTQ-filer, kreves det et ekstra analysetrinn etter sekvensering. 3 Velg Save (Lagre). Konfigrere BaseSpace Seqence Hb Konfigrer BaseSpace Seqence Hb i instrmentet ved hjelp av følgende instrksjoner. D finner mer informasjon, deriblant instrksjoner for kontooppsett, i Elektronisk hjelp for BaseSpace Seqence Hb (dokmentnr ). 1 I kontrollprogramvaremenyen velger d System Settings (Systeminnstillinger), og deretter velger d fanen Rn Mode (Kjøringsmods). 12

17 2 Når det gjelder BaseSpace-innstillinger, velg d ett av følgende alternativer for tilkobling til BaseSpace Seqence Hb: Alternativ Rn Monitoring and Storage (Kjøringsovervåking og -lagring) Rn Monitoring Only (Kn kjøringsovervåking) Instrment Performance Data Only (Kn instrmentytelsesdata) Ingen Beskrivelse og krav Send InterOp-filer, loggfiler og kjøringsdata til BaseSpace Seqence Hb med tanke på fjernovervåking og analyse. Krever en BaseSpace Seqence Hb-konto, en Internett-forbindelse og et prøveark eller kjøringsoppsett i Local Rn Manager. Send InterOp-og loggfiler til BaseSpace Seqence Hb med tanke på fjernovervåking av kjøring. Krever en BaseSpace Seqence Hb-konto og en Internett-forbindelse. Send driftsdata til Illmina ten å koble kjøringer til BaseSpace Seqence Hb. Krever en Internett- forbindelse. Avhengig av kontrollprogramvareversjonen kan navnet på denne innstillingen i programvaregrensesnittet avvike fra navnet i denne veiledningen. Koble kjøringer fra BaseSpace Seqence Hb, og ikke send instrmentytelsesdata. Når d velger et hvilket som helst annet alternativ enn None (Ingen), sendes driftsdata for hver kjøring til Illminas tekniske støtte. Disse dataene gjør det enklere for Illminas tekniske støtte å feilsøke og påvise potensielle feil, slik at det er mlig å tføre proaktivt vedlikehold og maksimere instrmentets oppetid. D finner mer informasjon om fordelen ved denne tjenesten i Illminas proaktive tekniske notat (pb.nr ). Denne tjenesten: Sender ikke sekvenseringsdata. Krever at instrmentet er tilkoblet et nettverk med Internett-tilgang. Er slått på som standard. Hvis d vil velge bort denne tjenesten, velger d None (Ingen). 3 Hvis d valgte None (Ingen) i trinn2, fllfører d konfigrasjonen ved å velge Save (Lagre). 4 I listen Hosting Location (Vertsplassering) velger d hvor data skal lastes opp til: USA (N. Virginia) (USA (Nord-Virginia)), EU (Frankfrt) eller China (Beijing) Kina (Beijing). 5 Hvis d har et Enterprise-abonnement, konfigrerer d domenet ditt på følgende måte. a b Velg avmerkingsboksen Private Domain (Privat domene). Oppgi domenenavnet (URL-adressen) som brkes til enkel pålogging i BaseSpace Seqence Hb. For eksempel: 6 Velg Save (Lagre). Angi tdatamappen Programvaren lagrer BCL- filer og andre kjøringsdata til tdatamappen. Med mindre BaseSpace Seqence Hb er konfigrert for kjøringsovervåking og -lagring, kreves det en tdatamappe. Angi standardplasseringen ved hjelp av følgende instrksjoner. Denne plasseringen kan endres for hver kjøring nder kjøringsoppsett. 1 I kontrollprogramvaremenyen velger d System Settings (Systeminnstillinger), og deretter velger d fanen Rn Mode (Kjøringsmods). 2 I feltet Otpt Folder (Utdatamappe) oppgir d en nettverksplassering. Alternativt kan d navigere til plasseringen ved å velge Browse (Bla gjennom). Plasseringen må finnes på nettverket. 13

18 Plasseringen kan ikke være på C:\-stasjonen, som ikke har tilstrekkelig plass. 3 Velg Save (Lagre). Tilpasse systeminnstillinger Kontrollprogramvaren inneholder tilpassbare systeminnstillinger for instrmentidentifisering, programvareoppdateringer og lyd. Identifisere instrmentet 1 I kontrollprogramvaremenyen velger d System Settings (Systeminnstillinger), og deretter velger d fanen System Cstomization (Systemtilpassing). 2 I feltet Instrment Nickname (Instrmentets kallenavn) oppgir d et foretrkket navn for instrmentet. Navnet vises øverst i hvert skjermbilde. 3 Velg Save (Lagre). Konfigrere programvareoppdateringer 1 I kontrollprogramvaremenyen velger d System Settings (Systeminnstillinger), og deretter velger d fanen System Cstomization (Systemtilpassing). 2 Velg om systemet skal se etter programvareoppdateringer atomatisk: Vil d se atomatisk, velger d avmerkingsboksen Atocheck for software pdates (Se etter programvareoppdateringer atomatisk). Vil d se manelt, velger d bort avmerkingsboksen Atocheck for software pdates (Se etter programvareoppdateringer atomatisk). D finner mer informasjon om installasjon av programvareoppdateringer nder Programvareoppdateringer på side Velg Save (Lagre). Slå lyd på eller av 1 I kontrollprogramvaremenyen velger d System Settings (Systeminnstillinger), og deretter velger d fanen System Cstomization (Systemtilpassing). 2 Velg avmerkingsboksen Adio (Lyd) hvis d vil slå systemlyden på eller av. 3 Velg Save (Lagre). Tilpasse nettverksinnstillinger En Ethernet- eller WiFi-tilkobling og standard nettverksinnstillinger er tilstrekkelig når d skal brke systemet og overføre data. Hvis organisasjonen din har spesifikke nettverkskrav, må d kontakte IT-personalet for hjelp med avanserte nettverksinnstillinger. D finner retningslinjer for nettverksinnstillinger og sikkerhet for kontrolldatamaskinen i Veiledning for klargjøring av stedet for iseq 100 sekvenseringssystem (dokmentnr ). Konfigrere et avansert nettverk Brk følgende instrksjoner når d vil oppnå tilgang til innstillinger for Windows- nettverk fra kontrollprogramvaren, slik at d kan konfigrere et avansert nettverk. 14

19 1 I kontrollprogramvaremenyen velger d System Settings (Systeminnstillinger), og deretter velger d fanen System Cstomization (Systemtilpassing). 2 Velg Network Configration (Nettverkskonfigrasjon), som minimerer kontrollprogramvare og åpner Windows-innstillinger. 3 Endre nettverksinnstillingene etter ønske. FORSIKTIG Når typiske domeneregler implementeres, kan grppepolicyobjekter (GPO-er), antivirsinnstillinger og tillatelser som er konfigrert feil, påvirke systemets fnksjon. Hvis systemet ikke fngerer som det skal, kan det føre til mislykkede kjøringer og at forbrksmateriell går tapt. Se Illminas veiledning til beste sikkerhetspraksis (pb. nr ). 4 Lkk Windows-innstillingene, og maksimer kontrollprogramvaren. Koble til WiFi Standard nettverkstilkobling er Ethernet, som er mer pålitelig med tanke på dataoverføring. 1 I kontrollprogramvaremenyen velger d System Settings (Systeminnstillinger), og deretter velger d fanen System Cstomization (Systemtilpassing). 2 Velg Network Configration (Nettverkskonfigrasjon), som minimerer kontrollprogramvare og åpner Windows-innstillinger. 3 Velg Wi-Fi (WiFi). 4 Hvis d vil slå på WiFi, velger d vekslebryteren Wi- Fi (WiFi). 5 Konfigrer andre WiFi- og nettverksinnstillinger etter ønske. 6 Lkk Windows-innstillingene, og maksimer kontrollprogramvaren. Brkerlevert forbrksmateriell og tstyr Følgende brkerlevert forbrksmateriell og tstyr brkes til sekvensering og systemvedlikehold. Forbrksmateriell for sekvensering Forbrksmateriell Leverandør Formål Engangshansker, pdderfrie Generell laboratorieleverandør Generelt formål. iseq 100 i1-reagenssett Servietter med isopropylalkohol, 70 % Laboratorieklt, lavt loinnhold Mikrosentrifgerør, 1,5 ml Illmina, katalognr (enkel) eller katalognr (firepakning) VWR, katalognr , eller tilsvarende VWR, katalognr , eller tilsvarende VWR, katalognr , eller tilsvarende Sørger for kassetten og strømningscellen for en kjøring. Rengjøre strømningscellen og generelle formål. Rengjøre strømningscellen og generelle formål. Fortynne biblioteker til lastekonsentrasjonen. Mikropipettespisser, 10 µl Generell laboratorieleverandør Fortynne biblioteker til lastekonsentrasjonen. 15

20 Forbrksmateriell Leverandør Formål Mikropipettespisser, 20 µl Generell laboratorieleverandør Fortynne biblioteker til lastekonsentrasjonen. Mikropipettespisser, 100 µl Generell laboratorieleverandør Fortynne biblioteker til lastekonsentrasjonen. Tørkepapir Generell laboratorieleverandør Tørke kassetten etter et vannbad. Resspensjonsbffer (RSB) Illmina, leveres med bibliotekklargjøringssett Fortynne biblioteker til lastekonsentrasjonen. [Valgfritt] 10 mm Tris-HCl, ph 8,5 Generell laboratorieleverandør Erstatnings-RSB for fortynning av biblioteker til innlastingskonsentrasjonen. [Valgfritt] Etanolservietter, 70 % Fisher Scientific, katalognr , eller tilsvarende Erstatningsisopropylservietter for rengjøring av strømningscellen og annet. [Valgfritt] PhiX Control v3 Illmina, katalognr. FC Anriking i PhiX som en kontroll. Forbrksmateriell for vedlikehold og sekvensering Forbrksmateriell Leverandør Formål Klorservietter, 10 % VWR, katalognr , eller tilsvarende Dekontaminere instrmentet, og rengjøre arbeidsflater. Engangshansker, pdderfrie Generell laboratorieleverandør Generelt formål. iseq 100 Dryppbrettpte¹ Illmina, katalognr Fôre dryppbrettet for å sge opp eventelle væskelekkasje. iseq 100-systemets lftfilter¹ Illmina, katalognr Skifte t lftfilteret hver sjette måned. Testsett for iseq 100-system² Illmina, katalognr Utføre en systemkontroll. Servietter med isopropylalkohol, 70 % Laboratorieklt, lavt loinnhold VWR, katalognr , eller tilsvarende VWR, katalognr , eller tilsvarende Rengjøre instrmentet. Tørke av dryppbrettet. Tørkepapir Generell laboratorieleverandør Tørke opp væske rndt instrmentet. PhiX Control v3 Illmina, katalognr. FC Utføre en PhiX-feilsøkingskjøring. [Valgfritt] Kloroppløsning, 10 % VWR, katalognr (32 oz), (16 oz) eller tilsvarende [Valgfritt] Etanolservietter, 70 % Fisher Scientific, katalognr , eller tilsvarende Rengjøre overflater etter dekontaminering. Erstatningsisopropylservietter for rengjøring av instrmentet. ¹ Instrmentet leveres med ett installert og ett i reserve. Hvis instrmentet ikke er nderlagt garanti, må brkeren skaffe reservedeler. Oppbevar forbrksmateriellet i emballasjen til det skal brkes. ² Testsettet som følger med instrmentet tløper etter fem år eller etter at det er brkt 35 ganger, og må skiftes t. Utstyr Vare Kilde Formål Fryser, 25 C til 15 C Generell laboratorieleverandør Oppbevare kassetten. Isbøtte Generell laboratorieleverandør Sette til side biblioteker. 16

21 Vare Kilde Formål Mikropipette, 10 µl Generell laboratorieleverandør Fortynne biblioteker til lastekonsentrasjonen. Mikropipette, 20 µl Generell laboratorieleverandør Fortynne biblioteker til lastekonsentrasjonen. Mikropipette, 100 µl Generell laboratorieleverandør Fortynne biblioteker til lastekonsentrasjonen. Kjøleskap, 2 C til 8 C Generell laboratorieleverandør Oppbevare strømningscellen. [Valgfritt] tastatr Generell leverandør Tillegg til skjermtastatret. [Valgfri] ms Generell leverandør Tillegg til berøringsskjermgrensesnittet. [Valgfritt] Vannbad Generell laboratorieleverandør Tine kassetten. 17

22 Kapittel 3 Sekvensering Innledning 18 Beste praksis 18 Tine kassetten i pose 19 Klargjøre biblioteker for sekvensering 19 Laste forbrksmateriell inn i kassetten 21 Konfigrere en sekvenseringskjøring (Local Rn Manager- mods) 23 Konfigrere en sekvenseringskjøring (manell mods) 26 Innledning Klyngegenerering, -sekvensering og -analyse omfatter sekvensering på iseq 100 sekvenseringssystem. Hvert trinn skjer atomatisk nder en sekvenseringskjøring. Avhengig av systemkonfigrasjonen tføres ytterligere analyse tenfor instrmentet etter at kjøringen er fllført. Klyngegenerering Bibliotek denatreres atomatisk til enkle strenger, og fortynnes ytterligere i instrmentet. Under klyngegenereringen blir enkle DNA-molekyler bndet til overflaten på strømningscellen og forsterket for å danne klynger. Sekvensering Klynger avbildes ved hjelp av kjemi med ett fargestoff, som brker én florescerende etikett og to avbildningssyklser når data skal kodes for de fire nkleotidene. Den første avbildningssyklsen påviser adenin (A) og tymin (T). En kjemisykls spalter deretter fargestoffet fra A, og tilsetter samtidig et lignende fargestoff i cytosin (C). Den andre avbildningen påviser C og T. Etter andre avbildningen tfører Sanntidsanalyse-programvare basebetegnelse, filtrering og kvalitetsscoring. Denne prosessen gjentas for hver sekvenseringssykls. D finner mer informasjon om kjemi med ett fargestoff nder Basebetegnelse på side 56. Analyse Mens kjøringen går fremover, overfører kontrollprogramvaren atomatisk basebetegnelsesfiler (*.bcl) til den angitte tdataplasseringen for dataanalyse. Fremgangsmåten for dataanalyse avhenger av programmet og systemkonfigrasjonen. Beste praksis Når d håndterer reagenser og andre kjemikalier, må d ha på deg sikkerhetsbriller, en labfrakk og plverfrie hansker. Skift hansker når d blir bedt om det, slik at d nngår krysskontaminasjon. Kontroller at d har det nødvendige forbrksmateriellet og tstyret før d starter en protokoll. Se Brkerlevert forbrksmateriell og tstyr på side 15. Følg protokollene i den viste rekkefølgen, og brk de angitte volmene, temperatrene og varighetene. Hvis ikke et stoppnkt er angitt, går d straks videre til neste trinn. 18

23 Tine kassetten i pose 1 Ta på et nytt par pdderfrie hansker. 2 Ta kassetten t av oppbevaring ved 25 C til 15 C. 3 Ta kassetten t av esken ved behov. Ikke åpne folieposen. 4 Tin kassetten i pose ved hjelp av én av følgende fremgangsmåter. Må ikke fryses på nytt etter tining. Fremgangsmåte Tinetid Stabilitetsgrense Instrksjon 20 C til 25 C vannbad 6 timer Opptil 18 timer Vend etiketten oppover, senk helt ned, og påfør vekt for å forhindre at den flyter opp. 15 C til 19 C vannbad 8 timer Opptil 18 timer Vend etiketten oppover, senk helt ned, og påfør vekt for å forhindre at den flyter opp. Nedkjølt ved 2 C til 8 C 36 timer Opptil 72 timer Vend etiketten oppover. 5 Hvis den er våt etter et vannbad, tørkes den med tørkepapir. Klargjøre biblioteker for sekvensering Innlastingsvolmet er 20 µl ved en konsentrasjon på 50 pm for AmpliSeq for Illmina Library PLUS-biblioteker eller 250 pm for Nextera DNA Flex-biblioteker. Før d laster biblioteker inn i kassetten, fortynner d dem med den riktige innlastingskonsentrasjonen, og tilsetter eventelt en PhiX- kontroll. Biblioteker denatreres atomatisk i instrmentet. Følgende fortynningsinstrksjoner gjelder for støttede Illmina-biblioteker, og fortsetter en typisk innsatsstørrelse. D må alltid tføre en kvalitetskontrollanalyse og optimere innlastingskonsentrasjonen for bibliotektypen. En innlastingskonsentrasjon som er for høy, redserer prosentandelen av klynger som går gjennom filteret (%PF). En innlastingskonsentrasjon som er for lav, fører til redsert %PF og en høy prosentandel av dplikater som påvirker dekningsdybden negativt. Sboptimale innlastingskonsentrasjoner kan påvirke %PF og dplikater ten å forringe datakvalitet, som målt av prosentandelen av basebetegnelser med en Q-score 30 (%Q30). Det genereres imidlertid færre data. Fortynne bibliotek til 1 nm 1 Ta resspensjonsbffer (RSB) t av oppbevaring ved 25 C til 15 C. I stedet for RSB kan d brke 10 mm tris-hcl, ph 8,5. 2 Tin ved romtemperatr i 10 mintter. 19

24 3 Avhengig av bibliotekets startkonsentrasjon, kombinerer d følgende volmer i et mikrosentrifgerør for å klargjøre 30 µl 1 nm bibliotek: Startbibliotekkonsentrasjon (nm) Bibliotekvolm (µl) RSB- volm (µl) Startkonsentrasjoner kan variere. Denne tabellen gir eksempelvolmer for vanlige konsentrasjoner, slik at d kan skalere etter behov. 4 Roter et kort øyeblikk, og deretter sentrifgerer d ved 280 g i ett mintt. 5 [Valgfritt] Oppbevar 1 nm bibliotek ved 25 C til 15 C i opptil én måned. Fortynne bibliotek på 1 nm til innlastingskonsentrasjon 1 Kombiner følgende volmer i et mikrosentrifgerør for å klargjøre 100 µl bibliotek fortynnet med den riktige innlastingskonsentrasjonen: Bibliotektype Innlastingskonsentrasjon (pm) 1 nm bibliotekvolm (µl) RSB- volm (µl) AmpliSeq for Illmina Library PLUS Nextera DNA Flex Den optimale innlastingskonsentrasjonen varierer etter bibliotektype. Denne tabellen gir eksempler på innlastingskonsentrasjoner for tvalgte biblioteker. iseq 100 system er kompatibelt med alle Illminabibliotekklargjøringssett. 2 Roter et kort øyeblikk, og deretter sentrifgerer d ved 280 g i ett mintt. 3 Sett til side 50 pm eller 250 pm bibliotek på is for sekvensering. MERK Bibliotek som fortynnes til en innlastingskonsentrasjon kan ikke oppbevares over lengre tid. 4 Gå frem på følgende måte. Hvis d skal tilsette PhiX, følger d Tilsette en PhiX-kontroll (valgfritt) på side 20. Hvis d ikke skal tilsette PhiX, følger d Laste forbrksmateriell inn i kassetten på side 21. Tilsette en PhiX-kontroll (valgfritt) Tilsett PhiX i biblioteket for å få ekstra metrikk, basisdiversitet eller en positiv kontroll. Fortynne PhiX til 1 nm 1 Ta 10 nm PhiX-råmateriale t av oppbevaring ved 25 C til 15 C. 2 Tin ved romtemperatr i 10 mintter. 3 Kombiner følgende volmer i et mikrosentrifgerør for å klargjøre 20 µl 1 nm PhiX: 10 nm PhiX (2 µl) RSB (18 µl) 4 Roter et kort øyeblikk, og deretter sentrifgerer d ved 280 g i ett mintt. 5 [Valgfritt] Oppbevar 1 nm PhiX ved 25 C til 15 C i opptil én måned. 20

25 Fortynne PhiX på 1 nm til innlastingskonsentrasjon 1 Kombiner følgende volmer i et mikrosentrifgerør for å fortynne PhiX til samme innlastingskonsentrasjon som biblioteket (50 pm eller 250 pm): PhiX-innlastingskonsentrasjon (pm) 1 nm PhiX-volm (µl) RSB- volm (µl) Disse volmene gir 100 µl 50 pm eller 250 pm PhiX. 2 Roter et kort øyeblikk, og deretter sentrifgerer d ved 280 g i ett mintt. Kombinere bibliotek og PhiX 1 Tilsett 2 µl fortynnet PhiX i 100 µl fortynnet bibliotek. Disse volmene gir en ~2 % PhiX-anriking. MERK Faktisk PhiX-prosentandel varierer avhengig av bibliotekets kvalitet og kvantitet. 2 Sett til side bibliotek/phix-blanding på is med tanke på sekvensering. Laste forbrksmateriell inn i kassetten 1 Riv åpen kassettposen fra hakkene. 2 Ta t kassetten, og kast posen. Unngå å ta på tilgangsvindet øverst på kassetten. 3 Sn kassetten fem ganger for å blande reagensene. Innvendige komponenter kan rasle når d snr kassetten, noe som er helt normalt. 4 Med etiketten vendt oppover dnker d kassetten mot benken eller et annet hardt nderlag fem ganger for å fjerne bobler. FORSIKTIG Bobler hemmer reagensaspirasjon og fører til at kjøringen mislykkes. Når d dnker som beskrevet fjernes bobler for riktig aspirasjon. 21

26 Laste inn bibliotek 1 Perforer bibliotekbeholderen med en ny dråpetellerspiss, og skyv folien t til kantene. 2 Kast dråpetellerspissen. 3 Tilsett 20 µl fortynnet bibliotek i bnnen av beholderen. Unngå å ta på folien. Laste inn strømningscelle 1 Fjern en ny strømningscelle fra oppbevaring ved 2 C til 8 C. 2 Sett den åpnede emballasjen til side ved romtemperatr i mintter for å forhindre kondensering. 3 Riv åpen folieemballasjen fra hakkene. Må brkes innen 24 timer etter åpning. 4 Dra strømningscellen t av emballasjen. Når d håndterer strømningscellen, må d kn ta på plasten og nngå CMOS-sensoren, glasset og pakningene på hver side av glasset. 5 Hvis d tilsiktet tar på CMOS-sensoren eller glasset: a b Rengjør den aktelle overflaten med en alkoholserviett. Tørk med en laboratorieserviett med lavt loinnhold. 22

27 c Undersøk strømningscellen for å kontrollere at den er fri for lo eller fibre. Under normale forhold er det ikke nødvendig å rengjøre strømningscellen. 6 Hold strømningscellen i gripepnktene med etiketten vendt opp. 7 Plasser strømningscellen i sporet på forsiden av kassetten. Det høres et klikk som angir at strømningscellen er på plass. Når kassetten er lastet riktig inn, stikker grepet frem fra kassetten, og glasset er synlig fra tilgangsvindet. A B Innlasting av strømningscellen Innlastet strømningscelle 8 Avhend emballasjen på følgende måte. a b c Fjern oppbevaringskofferten fra folieemballasjen. Fjern tørkemiddelet fra oppbevaringskofferten. Resirkler oppbevaringskofferten, og kast folieemballasjen og tørkemiddelet. 9 Gå frem avhengig av kjøringsmods: Hvis det er en kjøring i Local Rn Manager-mods, følger d Konfigrere en sekvenseringskjøring (Local Rn Manager-mods) på side 23. Hvis det er en kjøring i manell mods, følger d Konfigrere en sekvenseringskjøring (manell mods) på side 26. Konfigrere en sekvenseringskjøring (Local Rn Manager-mods) 1 Velg Seqence (Sekvens) i startskjermbildet. Programvaren åpner døren på skrått, støter t brettet og starter serien med skjermbildet for kjøringsoppsett. 2 [Valgfritt] Vis en påminnelse i skjermbildet ved å velge Help (Hjelp). Disse påminnelsene er tilgjengelige i hvert skjermbilde for kjøringsoppsett for å gi deg ekstra veiledning. Laste kassetten inn i instrmentet 1 Kontroller at kassetten er tint og inneholder strømningscellen og det fortynnede biblioteket. 2 Plasser testkassetten på brettet slik at tilgangsvindet vender opp og strømningscellen er inne i instrmentet. Ikke skyv kassetten eller brettet inn i instrmentet. 23

28 3 Trekk inn kassetten og lkk døren ved å velge Close Door (Lkk dør). Et panel vises i venstre side av skjermbildet, som viser informasjon fra det skannede forbrksmateriellet. D kan fortsette med kjøringsoppsett nder skanning. Logge på BaseSpace Seqence Hb Skjermbildet BaseSpace Seqence Hb vises når systemet er konfigrert for kjøringsovervåking eller kjøringsovervåking og -lagring. 1 Hvis d vil koble den aktelle kjøringen fra BaseSpace Seqence Hb, velger d Skip BaseSpace Seqence Hb Sign In (Hopp over pålogging på BaseSpace Seqence Hb). Ytelsesdata sendes likevel til Illmina. 2 Hvis d vil endre BaseSpace Seqence Hb-tilkobling for den aktelle kjøringen, velger d et konfigrasjonsalternativ: Rn Monitoring Only (Kn kjøringsovervåking) Send kn InterOp-filer til BaseSpace Seqence Hb for å tillate fjernovervåking. Rn Monitoring and Storage (Kjøringsovervåking og -lagring) Send kjøringsdata til BaseSpace Seqence Hb for å tillate fjernovervåking og analyse. Dette alternativet krever et prøveark. 3 Oppgi e-postadressen din og BaseSpace Seqence Hb-passordet, og deretter velger d Sign In (Logg på). 4 Hvis listen Available Workgrops (Tilgjengelige arbeidsgrpper) vises, velger d en arbeidsgrppe som d vil laste opp kjøringsdata til. Denne listen vises når d tilhører flere arbeidsgrpper. 5 Velg Rn Setp (Kjør oppsett). Velge en kjøring 1 Hvis påloggingsskjermbildet for Local Rn Manager vises, oppgir d brkernavn og passord, og deretter velger d Log In (Logg på). Dette skjermbildet vises når Local Rn Manager er konfigrert for å kreve pålogging. D trenger som standard ikke å logge deg på. 2 Velg en kjøring i listen Rn Name (Kjøringsnavn), som viser en liste over kjøringer som er konfigrert i Local Rn Manager. Hvis d vil oppdatere listen, velger d Refresh (Oppdater). D finner informasjon om hvordan d konfigrerer en kjøring i Local Rn Manager i arbeidsprosessveiledningen for modlen din. 3 [Valgfritt] Rediger kjøringsparametere på følgende måte. 24

29 a Velg Edit (Rediger). b Hvis d vil endre avlesningstype, velger d Single Read (Enkel avlesning) eller Paired End (Pairedend). c Hvis d vil endre avlesningssykls, oppgir d syklser hver for Read 1 (Avlesning 1) og Read 2 (Avlesning 2). Se Antall syklser i en avlesning. d Naviger til en tdatamappeplassering for den aktelle kjøringen ved å velge Browse (Bla gjennom). e Oppdater kjøringen ved å velge Save (Lagre). Kjøringen oppdateres i både iseq kontrollprogramvare og Local Rn Manager. En spesifisert tdatamappeplassering overstyrer kn standardplasseringen for den aktelle kjøringen. 4 Start kontrollen før kjøring ved å velge Start Rn (Start kjøring). Antall syklser i en avlesning Hvis d legger inn minimm 26 syklser og maksimalt 151 syklser for hver avlesning, bidrar det til å sikre datakvaliteten. Det nøyaktige antallet syklser avhenger av forsøket d tfører. Minimm og maksimalt antall syklser inklderer en ekstra sykls. Legg alltid én sykls til den ønskede avlesningslengden slik at virkningene av fasing og prefasing korrigeres. Avlesningslengde er antall sekvenseringssyklser i Read 1 (Avlesning 1) og Read 2 (Avlesning 2), som eksklderer ekstra syklser og indekssyklser. Eksempel på kjøringsoppsett: Hvis d ønsker en avlesningslengde på 36 (enkel avlesning), oppgir d 37 i feltet Read 1 (Avlesning 1). Hvis d ønsker en avlesningslengde på 150 per avlesning (paired-end), oppgir d 151 i feltet Read 1 (Avlesning 1) og 151 i feltet Read 2 (Avlesning 2). Gå gjennom kontroller før kjøring Kontroller før kjøring innbefatter en instrmentkontroll og en strømningskontroll. Strømningskontrollen perforerer kassettforseglingene og sender reagens gjennom strømningscellen, slik at forbrksmateriell ikke kan brkes på nytt etter at strømningskontrollen starter. Strømningskontrollen kommer etter instrmentkontrollen. Når en kontroll pågår, er stolpen for denne kontrollen aktiv. 1 Vent i ca. 15 mintter mens kontrollene før kjøring fllføres. Kjøringen starter atomatisk etter fllføring. FORSIKTIG Hvis d åpner døren nder kontrollen før kjøring eller kjøringen, kan kjøringen mislykkes. 2 Hvis det oppstår en feil nder instrmentkontrollen, velger d Retry (Prøv på nytt) slik at kontrollen tføres på nytt. D finner informasjon om hvordan d feilsøker gjentakende feil nder Løse feilmeldinger på side 37. Overvåke kjøringens fremdrift 1 Overvåk kjøringens fremdrift og metrikk etter hvert som de vises i skjermbildet Seqencing (Sekvensering). Estimated rn completion (Anslått fllføring av kjøring) Den omtrentlige datoen og klokkeslettet når kjøringen blir fllført. 25

30 %Q30 Read 1 (%Q30 avlesning 1) Prosentandelen av basebetegnelser for Read 1 (Avlesning 1) med en Q-score 30. %Q30 Read 2 (%Q30 avlesning 2) Prosentandelen av basebetegnelser for Read 1 (Avlesning 1) med en Q-score 30. Projected Total Yield (Planlagt total prodksjon) Det forventede antallet baser som betegnes for kjøringen. Q30 og prodksjonsmetrikk vises etter sykls Hvis d vil overvåke spesifikke kjøringsprosesser, velger d kontrollprogramvaremenyen, og deretter velger d Process Management (Prosessbehandling). Laste t forbrksmateriell 1 Når sekvensering er fllført, velger d Eject Cartridge (Støt t kassett). Programvaren støter den brkte kassetten t av instrmentet. 2 Fjern kassetten fra brettet. 3 Fjern strømningscellen fra kassetten. 4 Avhend strømningscellen, som har elektroniske komponenter, i henhold til gjeldende lokale standarder. 5 Avhend kassetten, som inneholder brkte reagenser, i henhold til gjeldende lokale standarder. ADVARSEL Dette reagenssettet inneholder potensielt farlige kjemikalier. Personskade kan forekomme ved innånding, svelging, hdkontakt og øyekontakt. Brk vernetstyr, inkldert vernebriller, hansker og laboratoriefrakk som er egnet ved risiko for eksponering. Brkte reagenser skal behandles som kjemisk avfall og kastes i samsvar med gjeldende regionale, nasjonale og lokale lover og forskrifter. Hvis d ønsker ytterligere informasjon om helse, miljø og sikkerhet, kan d se mer på spport.illmina.com/sds.html. 6 Gå tilbake til startskjermbildet ved å velge Close Door (Lkk dør). Programvaren laster atomatisk inn brettet på nytt, og sensorer bekrefter at kassetten er fjernet. MERK En kjøring etter vasking er ikke nødvendig fordi væsken avhendes sammen med kassetten. Konfigrere en sekvenseringskjøring (manell mods) 1 Velg Seqence (Sekvens) i startskjermbildet. Programvaren åpner døren på skrått, støter t brettet og starter serien med skjermbildet for kjøringsoppsett. 2 [Valgfritt] Vis en påminnelse i skjermbildet ved å velge Help (Hjelp). Disse påminnelsene er tilgjengelige i hvert skjermbilde for kjøringsoppsett for å gi deg ekstra veiledning. Laste kassetten inn i instrmentet 1 Kontroller at kassetten er tint og inneholder strømningscellen og det fortynnede biblioteket. 2 Plasser testkassetten på brettet slik at tilgangsvindet vender opp og strømningscellen er inne i instrmentet. Ikke skyv kassetten eller brettet inn i instrmentet. 26

31 3 Trekk inn kassetten og lkk døren ved å velge Close Door (Lkk dør). Et panel vises i venstre side av skjermbildet, som viser informasjon fra det skannede forbrksmateriellet. D kan fortsette med kjøringsoppsett nder skanning. Logge på BaseSpace Seqence Hb Skjermbildet BaseSpace Seqence Hb vises når systemet er konfigrert for kjøringsovervåking eller kjøringsovervåking og -lagring. 1 Hvis d vil koble den aktelle kjøringen fra BaseSpace Seqence Hb, velger d Skip BaseSpace Seqence Hb Sign In (Hopp over pålogging på BaseSpace Seqence Hb). Ytelsesdata sendes likevel til Illmina. 2 Hvis d vil endre BaseSpace Seqence Hb-tilkobling for den aktelle kjøringen, velger d et konfigrasjonsalternativ: Rn Monitoring Only (Kn kjøringsovervåking) Send kn InterOp-filer til BaseSpace Seqence Hb for å tillate fjernovervåking. Rn Monitoring and Storage (Kjøringsovervåking og -lagring) Send kjøringsdata til BaseSpace Seqence Hb for å tillate fjernovervåking og analyse. Dette alternativet krever et prøveark. 3 Oppgi e-postadressen din og BaseSpace Seqence Hb-passordet, og deretter velger d Sign In (Logg på). 4 Hvis listen Available Workgrops (Tilgjengelige arbeidsgrpper) vises, velger d en arbeidsgrppe som d vil laste opp kjøringsdata til. Denne listen vises når d tilhører flere arbeidsgrpper. 5 Velg Rn Setp (Kjør oppsett). Oppgi kjøringsparametere 1 I feltet Rn Name (Kjøringsnavn) oppgir d et nikt navn etter ønske som identifiserer den aktelle kjøringen. Kjøringsnavnet kan inneholde alfanmeriske tegn, bindestreker og nderstrekingstegn. 2 I Read Type (Avlesningstype) velger d hvor mange sekvenseringsavlesninger som skal tføres: Single Read (Enkel avlesning) Utfør én avlesning, som er det enkleste, raskeste alternativet. Paired End (Paired-end) Utfør to avlesninger, som genererer data av høyere kvalitet og gir mer nøyaktig innretting. 27

32 3 I Read Cycle (Avlesningssykls) oppgir d antall syklser som tføres i hver avlesning. Read 1 (Avlesning 1) Oppgi en verdi på syklser. Index 1 (Indeks 1) Oppgi en verdi på opptil 8 syklser for primeren for indeks 1 (i7). Index 2 (Indeks 2) Oppgi en verdi på opptil 8 syklser for primeren for indeks 2 (i5). Read 2 (Avlesning 2) Oppgi en verdi på syklser (typisk den samme verdien som Read 1 (Avlesning 1)). D finner mer informasjon nder Antall syklser i en avlesning. 4 Hvis d vil angi en tdatamappeplassering for den aktelle kjøringen eller et prøveark, tvider d Advanced (Avansert). I feltet Otpt Folder (Utdatamappe) oppgir d en plassering, eller velg Browse (Bla gjennom) hvis d vil navigere til plasseringen. Den spesifiserte plasseringen overstyrer kn standardplasseringen for den aktelle kjøringen. I feltet Sample Sheet (Prøveark) oppgir d prøvearkets plassering, eller velg Browse (Bla gjennom) hvis d vil navigere til plasseringen. Prøvearket må få navnet SampleSheet.csv. 5 Start kontrollen før kjøring ved å velge Pre-Rn Check (Kontroll før kjøring). Antall syklser i en avlesning Hvis d legger inn minimm 26 syklser og maksimalt 151 syklser for hver avlesning, bidrar det til å sikre datakvaliteten. Det nøyaktige antallet syklser avhenger av forsøket d tfører. Minimm og maksimalt antall syklser inklderer en ekstra sykls. Legg alltid én sykls til den ønskede avlesningslengden slik at virkningene av fasing og prefasing korrigeres. Avlesningslengde er antall sekvenseringssyklser i Read 1 (Avlesning 1) og Read 2 (Avlesning 2), som eksklderer ekstra syklser og indekssyklser. Eksempel på kjøringsoppsett: Hvis d ønsker en avlesningslengde på 36 (enkel avlesning), oppgir d 37 i feltet Read 1 (Avlesning 1). Hvis d ønsker en avlesningslengde på 150 per avlesning (paired-end), oppgir d 151 i feltet Read 1 (Avlesning 1) og 151 i feltet Read 2 (Avlesning 2). Gå gjennom kontroller før kjøring Kontroller før kjøring innbefatter en instrmentkontroll og en strømningskontroll. Strømningskontrollen perforerer kassettforseglingene og sender reagens gjennom strømningscellen, slik at forbrksmateriell ikke kan brkes på nytt etter at strømningskontrollen starter. Strømningskontrollen kommer etter instrmentkontrollen. Når en kontroll pågår, er stolpen for denne kontrollen aktiv. 1 Vent i ca. 15 mintter mens kontrollene før kjøring fllføres. Kjøringen starter atomatisk etter fllføring. FORSIKTIG Hvis d åpner døren nder kontrollen før kjøring eller kjøringen, kan kjøringen mislykkes. 2 Hvis det oppstår en feil nder instrmentkontrollen, velger d Retry (Prøv på nytt) slik at kontrollen tføres på nytt. D finner informasjon om hvordan d feilsøker gjentakende feil nder Løse feilmeldinger på side

33 Overvåke kjøringens fremdrift 1 Overvåk kjøringens fremdrift og metrikk etter hvert som de vises i skjermbildet Seqencing (Sekvensering). Estimated rn completion (Anslått fllføring av kjøring) Den omtrentlige datoen og klokkeslettet når kjøringen blir fllført. %Q30 Read 1 (%Q30 avlesning 1) Prosentandelen av basebetegnelser for Read 1 (Avlesning 1) med en Q-score 30. %Q30 Read 2 (%Q30 avlesning 2) Prosentandelen av basebetegnelser for Read 1 (Avlesning 1) med en Q-score 30. Projected Total Yield (Planlagt total prodksjon) Det forventede antallet baser som betegnes for kjøringen. Q30 og prodksjonsmetrikk vises etter sykls Hvis d vil overvåke spesifikke kjøringsprosesser, velger d kontrollprogramvaremenyen, og deretter velger d Process Management (Prosessbehandling). Laste t forbrksmateriell 1 Når sekvensering er fllført, velger d Eject Cartridge (Støt t kassett). Programvaren støter den brkte kassetten t av instrmentet. 2 Fjern kassetten fra brettet. 3 Fjern strømningscellen fra kassetten. 4 Avhend strømningscellen, som har elektroniske komponenter, i henhold til gjeldende lokale standarder. 5 Avhend kassetten, som inneholder brkte reagenser, i henhold til gjeldende lokale standarder. ADVARSEL Dette reagenssettet inneholder potensielt farlige kjemikalier. Personskade kan forekomme ved innånding, svelging, hdkontakt og øyekontakt. Brk vernetstyr, inkldert vernebriller, hansker og laboratoriefrakk som er egnet ved risiko for eksponering. Brkte reagenser skal behandles som kjemisk avfall og kastes i samsvar med gjeldende regionale, nasjonale og lokale lover og forskrifter. Hvis d ønsker ytterligere informasjon om helse, miljø og sikkerhet, kan d se mer på spport.illmina.com/sds.html. 6 Gå tilbake til startskjermbildet ved å velge Close Door (Lkk dør). Programvaren laster atomatisk inn brettet på nytt, og sensorer bekrefter at kassetten er fjernet. MERK En kjøring etter vasking er ikke nødvendig fordi væsken avhendes sammen med kassetten. 29

34 Kapittel 4 Vedlikehold Forebyggende vedlikehold 30 Frigjøre plass på harddisken 30 Programvareoppdateringer 30 Skifte t lftfilteret 32 Flytte instrmentet 33 Programvarebegrensningspolicyer 35 Forebyggende vedlikehold Illmina anbefaler at d planlegger en forebyggende vedlikeholdsservice hvert år. Hvis d ikke har servicekontrakt, må d kontakte kndekontakten i ditt område eller Illminas tekniske støtte for å avtale en faktrerbar forebyggende vedlikeholdsservice. Frigjøre plass på harddisken Hver kjøring krever ca. 1,5 GB plass. Når det er lite ledig plass på harddisken, sletter d fllførte kjøringer og frigjør plass ved å følge disse trinnene. 1 I kontrollprogramvaremenyen velger d Process Management (Prosessbehandling). Skjermbildet Process Management (Prosessbehandling) vises med en liste over kjøringer som er lagret til harddisken. 2 Velg Delete (Slett) for kjøringen d vil slette. Når d sletter en kjøring, slettes kjøringsmappen. Utdatamappen, som er en kopi av kjøringsmappen, beholdes. 3 I dialogboksen bekrefter d sletting av kjøringen ved å velge Yes (Ja). 4 Gjenta 2 og 3 for hver kjøring d vil slette. 5 Når d er ferdig, velge d Done (Ferdig) for å lkke Process Management (Prosessbehandling) og gå tilbake til startskjermbildet. Programvareoppdateringer Oppdater programvare slik at d sikrer at systemet har de nyeste fnksjonene og feilrettingene. Programvareoppdateringer er pakket i en samling kalt System Site, som inklderer følgende programvare: iseq kontrollprogramvare iseq 100 system-oppskrifter Sanntidsanalyse Local Rn Manager Universal Copy Service Systemet er konfigrert for å installere programvareoppdateringer atomatisk eller manelt: Atomatic pdates (Atomatiske oppdateringer) Oppdateringer lastes atomatisk ned fra BaseSpace Seqence Hb slik at d kan installere dem. Dette alternativet krever Internett-tilkobling, men ikke en BaseSpace Seqence Hb-konto. Manal pdates (Manelle oppdateringer) Installasjonsprogrammet for System Site-programvaren lastes ned fra nettet, lagres til nettverket eller en bærbar enhet, og installeres fra den lagrede plasseringen. 30

35 MERK Versjonsmerknader er tilgjengelige med installasjonsprogrammet for System Site på systemets støtteside. Oppdater Local Rn Manager-modler etter behov. D finner mer informasjon og programvarenedlastinger på støttesidene for Local Rn Manager. Installere en atomatisk programvareoppdatering Hvis systemet er konfigrert for atomatiske programvareoppdateringer, vises et varsel nder kontrollprogramvaremenyen når en oppdatering er tilgjengelig. D kan også se etter oppdateringer fra dialogboksen Software Update (Programvareoppdatering). 1 Velg kontrollprogramvaremenyen, og velg deretter Software Update (Programvareoppdatering). 2 Hvis d vil se etter en oppdatering, velger d blant følgende alternativer i dialogboksen Software Update (Programvareoppdatering). Check for Update (Se etter oppdatering) Se etter en programvareoppdatering. Atocheck for Updates (Se etter oppdateringer atomatisk) Se etter en programvareoppdatering, og konfigrer systemet på nytt slik at det ser etter programvareoppdateringer atomatisk. 3 Når en ny programvareversjon er tilgjengelig, velger d Update (Oppdater). Kontrollprogramvaren lkkes, og installasjonsveiviseren vises. 4 Velg Install (Installer) i installasjonsveiviseren. 5 Velg Next (Neste) hver gang d blir sprt, og deretter velger d Finish (Fllfør). Kontrollprogramvaren starter atomatisk på nytt. Hvis fastvaren er oppdatert, skjer oppdateringen atomatisk etter omstarten. MERK Hvis d avbryter en oppdatering før installasjonen er fllført, stopper oppdateringen på det aktelle stedet. Eventelle endringer som er tført frem til avbrytelsesstedet, verken avinstalleres eller gjenopprettes til den forrige versjonen. Installere en manell programvareoppdatering 1 Når en programvareoppdatering er tilgjengelig, laster d ned installasjonsprogrammet for programvaren fra støttesidene for iseq 100 sekvenseringssystem på Illminas nettsted. Lagre installasjonprogrammet til en USB- stasjon eller C:\Illmina. 2 Hvis d lagret installasjonsprogrammet til en bærbar USB- stasjon: a b Plgg stasjonen inn i en USB- port på baksiden av instrmentet. Kopier installasjonsprogrammet til C:\Illmina. 3 Lkk kontrollprogramvaren ved å velge Exit Application (Avsltt program). 4 Naviger til C:\ Illmina, og åpne iseqsiteinstaller.exe. 5 Velg Install (Installer) i installasjonsveiviseren. 6 Velg Next (Neste) hver gang d blir sprt, og deretter velger d Finish (Fllfør). Kontrollprogramvaren starter atomatisk på nytt. Hvis fastvaren er oppdatert, skjer oppdateringen atomatisk etter omstarten. 31

36 MERK Hvis d avbryter en oppdatering før installasjonen er fllført, stopper oppdateringen på det aktelle stedet. Eventelle endringer som er tført frem til avbrytelsesstedet, verken avinstalleres eller gjenopprettes til den forrige versjonen. Skifte t lftfilteret Programvaren varsler om et bytte av lftfilter hver sjette måned etter at førstegangs oppsett ble startet. Skift t et tløpt lftfilter ved hjelp av følgende instrksjoner. Lftfilteret er en skmbit til engangsbrk, som dekker de to viftene på baksiden av instrmentet. Det sørger for riktig kjøling og hindrer at smss trenger inn i systemet. Instrmentet leveres med ett lftfilter installert og ett i reserve. Ekstra reservedeler omfattes av garantien, eller de kan kjøpes fra Illmina. 1 Plasser instrmentet slik at d enkelt får tilgang til baksiden. 2 På baksiden av instrmentet trykker d på høyre side av dekkplaten slik at den frigjøres som vist i illstrasjonen nedenfor. 3 Fjern platen fra instrmentet. 32

37 4 Fjern skmlftfilteret fra midten av platen, og kast det. 5 Plasser et nytt lftfilter i platen, og trykk for å feste. 6 Sett de to platekrokene inn i hllene i instrmentet, og trykk platen på plass. 7 Sett instrmentet tilbake på plass. 8 Fortsett ved å velge Filter Changed (Filter byttet). Flytte instrmentet Flytt instrmentet på en sikker måte ved hjelp av følgende instrksjoner. Kontroller at den nye plasseringen oppfyller kravene som beskrives i Veiledning for klargjøring av stedet for iseq 100 sekvenseringssystem (dokmentnr ). Hvis d skal sende et instrment i retr, hopper d over dette avsnittet og går til Avansert bytte på side Velg Sht Down System (Avsltt system) i menyen. 2 Hvis ikke systemet avslttes, trykker d på og holder inne av/på-knappen på venstre side av instrmentet til lyset tones ned. 3 Når av/på-knappen plserer, trykker d på av- siden (Ο) av vekslebryteren på baksiden. 33

38 Figr 9 Veksleknappens plassering 4 Koble strømledningen fra stikkontakten, og deretter fra vekselstrømttaket på baksiden. 5 Hvis det er aktelt, kobler d Ethernet-kabelen fra stikkontakten, og deretter fra Ethernet-porten på baksiden. 6 Senk monitoren. 7 Flytt instrmentet til ønsket plassering. Instrmentet veier 15,9 kg, og må løftes av to personer. 8 Hev monitoren. 9 Hvis instrmentet er koblet til et nettverk, kobler d Ethernet-kabelen til en Ethernet-port. 10 Koble strømledningen til strøminntaket på baksiden og deretter til en stikkontakt. 11 Trykk på på-siden (I) av vekslebryteren. 12 Når av/på-knappen plserer, trykker d på den. Figr 10 Av/på-knappens plassering 34

39 13 Når operativsystemet er lastet, logger d deg på Windows. Kontrollprogramvaren startes og initialiserer systemet. Startskjermbildet vises når initialiseringen er fllført. Programvarebegrensningspolicyer Windows programvarebegrensningspolicyer (SRP) brker regler for kn å tillate at spesifisert programvare kjøres. Når det gjelder iseq 100 system, er SRP- regler basert på sertifikater, filnavn og -typer eller kataloger. SRP er slått på som standard slik at ønsket programvare hindres i å kjøre på kontrolldatamaskinen. En IT - representant eller systemadministrator kan legge til og fjerne regler slik at sikkerhetsnivået tilpasses. Hvis systemet er lagt til et domene, kan det lokale grppepolicyobjektet (GPO) atomatisk endre reglene og slå av SRP. Tillatte SRP-regler På iseq 100 sekvenseringssystem er standarden for SRP å tillate følgende regler. Sertifikater iseq-programsertifikat Kjørbare filer Portmon.exe Procmon.exe Procmon64.exe Tcpview.exe Filtyper *.cfg *.lnk *.png *.tif *.txt *.xml Kataloger %HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CrrentVersion\ProgramFilesDir% %HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CrrentVersion\SystemRoot% C:\CrashDmps\* C:\Illmina Maintenance Logs\* C:\Illmina Manfactring Test Reslts\* C:\Illmina\* C:\Program Files (x86)\chromim\application\* C:\Program Files (x86)\illmina\* C:\Program Files (x86)\internet Explorer\* C:\Program Files\Illmina\* C:\Program Files\Internet Explorer\* C:\Program Files\Jenoptik\* C:\Program Files\Ophir Optronics\* C:\ProgramData\Illmina\* C:\ProgramData\Package Cache\* C:\ProgramData\webex\* C:\Users\*\AppData\Local\GoToAssist Corporate\* C:\Users\*\AppData\Local\Temp\Citrix\* C:\Users\*\AppData\Local\Temp\CitrixLogs\* C:\Users\*\AppData\Local\Temp\LogMeIn\* C:\Users\*\AppData\Local\Temp\LogMeInLogs\* D:\Recovery\* 35

40 Kataloger GoToAssist Corporate Opener*.exe Trnover to cstomer.bat Legge til og fjerne SRP- regler Tilpass systemsikkerheten ved å legge til og fjerne SRP- regler. D må slå av SRP midlertidig mens d endrer reglene. FORSIKTIG Hvis d slår av SRP, overstyres standardbeskyttelsen. 1 Logg deg på operativsystemet med administratorkontoen. Administratorkontoen har rettighetene som er nødvendige for å endre SRP- reglene. 2 Slå av SRP: a b c Naviger til katalogen C:\Illmina\Secrity. Dobbeltklikk på Disable.reg. Bekreft endringene ved å velge Yes (Ja). MERK Når d brker berøringsskjermgrensesnittet, er å trykke og holde i ca. to seknder tilsvarende et høyreklikk. 3 Velg Start, og deretter velger d Rn (Kjøring). 4 I feltet Open (Åpne) oppgir d secpol.msc. 5 I dialogboksen Local Secrity Policy (Lokal sikkerhetspolicy) tvider d Software Restriction Policies (Programvarebegrensningspolicyer), og deretter velger d Additional Rles (Tilleggsregler). 6 Slik legger d til en regel: a b c d e I menyen Action (Handling) velger d New Path Rle (Ny baneregel). I feltet Path (Bane) oppgir d sertifikatet, filnavnet, filtypen eller katalogen som d vil tillate. I listen Secrity (Sikkerhetsnivå) velger d Unrestricted (Ubegrenset). [Valgfritt] I feltet Description (Beskrivelse) oppgir d en årsak for å opprette regelen. Legg til regelen ved å velge OK. 7 Slik sletter d en regel: a b Velg regelen d vil slette, og velg deretter Delete (Slett). Bekreft slettingen ved å velge Yes (Ja). 8 Lkk dialogboksen Local Secrity Policy (Lokal sikkerhetspolicy). 9 Slå SRP på igjen middelbart: a b Naviger til katalogen C:\Illmina\Secrity. Dobbeltklikk på Enable.reg. 10 Hvis SRP- regler ble endret for første gang, logger d av og deretter på igjen for at reglene skal tre i kraft. 36

41 Vedlegg A Feilsøking Løse feilmeldinger Avbryte en kjøring Foreta en strømtilstandsendring for instrmentet Utføre en systemkontroll Lekkasjebegrensning PhiX-feilsøkingskjøring Gjenopprette til fabrikkinnstillinger Løse feilmeldinger Følgende flytskjema illstrerer trinnene for feilsøking av feilmeldinger som vises nder kjøringsoppsett, kontroller før kjøring eller sekvensering og ikke kan løses ved å prøve på nytt. Dette vedlegget inneholder detaljerte instrksjoner for hvert trinn. Mange feil kan løses med en strømtilstandsendring: å slå av instrmentet og deretter starte det på nytt igjen. Andre krever en systemkontroll slik at problemet kan diagnostiseres og løses. Figr 11 Flytskjema for feilmeldinger 37

42 Stats for prosessbehandling Slik feilsøker d et statsproblem i skjermbildet Process Management (Prosessbehandling): Hvis kjøringen pågår, lkker d skjermbildet Process Management (Prosessbehandling), venter i ca. fem mintter og åpner det på nytt. Hvis ikke kjøringen pågår, foretar d en strømtilstandsendring for instrmentet, og deretter åpner d skjermbildet Process Management (Prosessbehandling) på nytt. Se Foreta en strømtilstandsendring for instrmentet på side 38. Avbryte en kjøring 1 Avsltt kjøringen ved å velge Cancel Rn (Avbryt kjøring). MERK Å avsltte en kjøring på iseq 100 system er endelig. Programvaren kan ikke gjenoppta kjøringen. Etter instrmentkontrolldelen av kontrollene før kjøring, kan ikke forbrksmateriell brkes på nytt. 2 Åpne døren og støt t kassetten ved å velge Yes (Ja) i dialogboksen. 3 Fjern kassetten fra brettet. 4 Ta vare på eller kast kassetten, avhengig av når avbrytelsen skjedde: Hvis d avbrøt før eller nder instrmentkontrollen, og d vil brke forbrksmateriellet på nytt, lar d strømningscellen og biblioteket være i kassetten. Oppbevar kassetten ved 2 C til 8 C i opptil tre dager. Under alle andre forhold avhender d kassetten, strømningscellen og biblioteket i henhold til gjeldende lokale standarder. 5 Last inn brettet på nytt og gå tilbake til startskjermbildet ved å velge Close Door (Lkk dør). Sensorer bekrefter at kassetten er tatt t. Foreta en strømtilstandsendring for instrmentet Hvis d foretar en strømtilstandsendring for instrmentet, kan systemet trygt avslttes og startes på nytt for å gjenopprette en tapt tilkobling, jstere en spesifikasjon eller løse en initialiseringsfeil. Programvaren angir når en strømtilstandsendring kan løse en feil eller advarsel. 1 Velg Sht Down System (Avsltt system) i menyen. 2 Hvis ikke systemet avslttes, trykker d på og holder inne av/på-knappen på venstre side av instrmentet til lyset tones ned. 3 Når av/på-knappen plserer, trykker d på av- siden (Ο) av vekslebryteren på baksiden. 38

43 Figr 12 Veksleknappens plassering 4 Vent i 30 seknder. Det kan hende at av/på-knappen fortsetter å plsere etter at strømmen er slått av. 5 Trykk på på-siden (I) av vekslebryteren. 6 Når av/på-knappen plserer, trykker d på den. Figr 13 Av/på-knappens plassering 7 Når operativsystemet er lastet, logger d deg på Windows. Kontrollprogramvaren startes og initialiserer systemet. Startskjermbildet vises når initialiseringen er fllført. Utføre en systemkontroll En systemkontroll brker teststrømningscellen til flergangsbrk og testkassetten til flergangsbrk når feil knyttet til kontroller før kjøring og andre problemer skal feilsøkes. Normal drift og vanlig vedlikehold krever ikke en systemkontroll. 39

44 1 I kontrollprogramvaremenyen velger d System Check (Systemkontroll). Dialogboksen System Check (Systemkontroll) vises med de mekaniske, termiske, optiske og sensortestene valgt. 2 Åpne kassettkammerdøren og støt t brettet ved å velge Unload (Last t). 3 Hvis det står i en brkt kassett, fjerner d den fra brettet. 4 Plasser teststrømningscellen til flergangsbrk i sporet på forsiden av testkassetten til flergangsbrk. Det høres et klikk som angir at strømningscellen er på plass. Når kassetten er lastet riktig inn, stikker grepet frem fra kassetten, og glasset er synlig fra tilgangsvindet. a b Innlasting av teststrømningscellen til flergangsbrk Innlastet teststrømningscelle til flergangsbrk 5 Plasser testkassetten til flergangsbrk på brettet slik at tilgangsvindet vender opp og strømningscellen er inne i instrmentet. 6 Velg Load (Last inn) for å laste inn testkassetten til flergangsbrk og lkke døren. 7 Start systemkontrollen ved å velge Start. Systemkontrollen tar ca. 45 mintter, og tester fire delsystemer for å bekrefte at komponenter er riktig innrettet og fngerer som de skal. MERK Under systemkontrollen vil programvaren støte t og trekke inn kassetten én gang. 8 Når systemkontrollen er fllført, går d gjennom hver test for å se om den er bestått. 40

45 Resltat Angivelse Tiltak Alle fire tester er bestått Instrmentet fngerer som det skal, og problemet er sannsynligvis knyttet til forbrksmateriell eller bibliotek. Konfigrer en ny kjøring. Hvis d tok vare på forbrksmateriell fra den forrige kjøringen, brker d det til den nye kjøringen. Minst én test besto ikke Instrmentet kan ha en maskinvarefeil. Kontakt Illminas tekniske støtte. 9 Lkk dialogboksen System Check (Systemkontroll). Lekkasjebegrensning Ved en dårlig væsketilkobling, et kassettproblem eller hvis det påvises en lekkasje nder en kontroll før kjøring eller sekvensering, avsltter programvaren kjøringen og varsler deg. Etter at d har vrdert lekkasjen og rengjort instrmentet, bekrefter en systemkontroll at normal drift kan fortsette. Et dryppbrett ved instrmentets sokkel fanger opp væske som lekker fra kassetten. Lekket væske kan imidlertid nå andre områder av systemet. Under normale forhold er dryppbrettet tørt. Vrdere lekkasjen 1 Ta på et nytt par pdderfrie hansker. ADVARSEL Dette reagenssettet inneholder potensielt farlige kjemikalier. Personskade kan forekomme ved innånding, svelging, hdkontakt og øyekontakt. Brk vernetstyr, inkldert vernebriller, hansker og laboratoriefrakk som er egnet ved risiko for eksponering. Brkte reagenser skal behandles som kjemisk avfall og kastes i samsvar med gjeldende regionale, nasjonale og lokale lover og forskrifter. Hvis d ønsker ytterligere informasjon om helse, miljø og sikkerhet, kan d se mer på spport.illmina.com/sds.html. 2 Følg ledeteksten i skjermbilder for å støte t kassetten. 3 Undersøk kassetten med tanke på synlig væske. En liten mengde væske (< 500 µl) på strømningscellens glassoverflate er akseptabelt. 4 Hvis d ikke ser noe væske (eller en akseptabel væskemengde), går d videre til Rengjøre instrmentet. Etter rengjøring bekrefter en systemkontroll normal drift. 5 Hvis en betydelig væskemengde er synlig på strømningscellen, kassetten eller instrmentet, avsltter d og kobler fra som beskrevet og kontakter Illminas tekniske støtte. a b c d e f Velg Sht Down System (Avsltt system) i menyen. Hvis kommandoen for å avsltte ikke svarer, trykker d på og holder inne av/på-knappen på venstre side av instrmentet til lyset tones ned. Når av/på-knappen plserer, trykker d på av- siden (Ο) av vekslebryteren på baksiden av instrmentet. Vent i 30 seknder. Koble strømledningen fra stikkontakten, og deretter fra vekselstrømttaket på baksiden. Hvis det er aktelt, kobler d Ethernet-kabelen fra stikkontakten, og deretter fra Ethernet-porten på baksiden. Rengjøre instrmentet 1 Slå for sikkerhets skyld av og koble fra instrmentet. 41

46 a b c d e f Velg Sht Down System (Avsltt system) i menyen. Hvis kommandoen for å avsltte ikke svarer, trykker d på og holder inne av/på-knappen på venstre side av instrmentet til lyset tones ned. Når av/på-knappen plserer, trykker d på av- siden (Ο) av vekslebryteren på baksiden av instrmentet. Vent i 30 seknder. Koble strømledningen fra stikkontakten, og deretter fra vekselstrømttaket på baksiden. Hvis det er aktelt, kobler d Ethernet-kabelen fra stikkontakten, og deretter fra Ethernet-porten på baksiden. 2 Finn dryppbrettdøren nder kassettkammeret på forsiden av instrmentet, og senk deretter døren. 3 Åpne dryppbrettet, og fjern dryppbrettpten. 4 Tørk bort eventell restvæske fra bnnen av brettet med tørkepapir. 5 Kast pten og annet forbrksmateriell i henhold til gjeldende standarder, som kan variere fra sted til sted. D finner mer informasjon i sikkerhetsdatabladet på spport.illmina.com/sds.html. 6 Plasser en ny pte på dryppbrettet. 7 Lkk dryppbrettet, og lkk deretter dryppbrettdøren. 8 Tørk bort eventell synlig væske på eller rndt instrmentet med tørkepapir. 42

47 9 Slå på og koble instrmentet til på nytt på følgende måte. a b c d e Hvis det er aktelt, kobler d Ethernet-kabelen til en Ethernet-port. Koble strømledningen til strøminntaket på baksiden og deretter til en stikkontakt. Trykk på på-siden (I) av vekslebryteren på baksiden. Når av/på-knappen plserer, trykker d på den. Når operativsystemet er lastet, logger d deg på Windows. Kontrollprogramvaren startes og initialiserer systemet. Startskjermbildet vises når initialiseringen er fllført. 10 Ved hjelp av en systemkontroll bekrefter d at systemet fngerer som det skal. Hvis instrmentet består systemkontrollen, kan d brke det som normalt. D finner instrksjoner nder Utføre en systemkontroll på side 39. PhiX-feilsøkingskjøring Hvis d tfører en PhiX-feilsøkingskjøring, sekvenseres 100 % PhiX for å gi data til feilsøkingsformål. Kjøringen er konfigrert som en typisk sekvenseringskjøring, og brker det samme forbrksmateriellet. Den eneste forskjellen er at 60 pm PhiX erstatter bibliotek. Tine kassetten i emballasje 1 Ta på et nytt par pdderfrie hansker. 2 Ta kassetten t av oppbevaring ved 25 C til 15 C. 3 Ta kassetten t av esken ved behov. Ikke åpne folieposen. 4 Tin kassetten i pose ved hjelp av én av følgende fremgangsmåter. Må ikke fryses på nytt etter tining. Fremgangsmåte Tinetid Stabilitetsgrense Instrksjon 20 C til 25 C vannbad 6 timer Opptil 18 timer Vend etiketten oppover, senk helt ned, og påfør vekt for å forhindre at den flyter opp. 15 C til 19 C vannbad 8 timer Opptil 18 timer Vend etiketten oppover, senk helt ned, og påfør vekt for å forhindre at den flyter opp. Nedkjølt ved 2 C til 8 C 36 timer Opptil 72 timer Vend etiketten oppover. 5 Hvis den er våt etter et vannbad, tørkes den med tørkepapir. Klargjøre PhiX for sekvensering Fortynne PhiX til 1 nm 1 Ta 10 nm PhiX-råmateriale og RSB t av oppbevaring ved 25 C til 15 C. I stedet for RSB kan d brke 10 mm tris-hcl, ph 8,5. 2 Tin ved romtemperatr i 10 mintter. 3 Kombiner følgende volmer i et mikrosentrifgerør for å klargjøre 20 µl 1 nm PhiX: 10 nm PhiX (2 µl) RSB (18 µl) 4 Roter et kort øyeblikk, og deretter sentrifgerer d ved 280 g i ett mintt. 5 [Valgfritt] Oppbevar 1 nm PhiX ved 25 C til 15 C i opptil én måned. 43

48 Fortynne PhiX på 1 nm til innlastingskonsentrasjon 1 Kombiner følgende volmer i et mikrosentrifgerør for å klargjøre 100 µl 60 pm PhiX: 1 nm PhiX (6 µl) RSB (94 µl) 2 Roter et kort øyeblikk, og deretter sentrifgerer d ved 280 g i ett mintt. 3 Sett til side 20 µl 60 pm PhiX på is for sekvensering. Laste forbrksmateriell inn i kassetten 1 Riv åpen kassettposen fra hakkene. 2 Ta t kassetten, og kast posen. Unngå å ta på tilgangsvindet øverst på kassetten. 3 Sn kassetten fem ganger for å blande reagensene. Innvendige komponenter kan rasle når d snr kassetten, noe som er helt normalt. 4 Med etiketten vendt oppover dnker d kassetten mot benken eller et annet hardt nderlag fem ganger for å fjerne bobler. FORSIKTIG Laste inn PhiX Bobler hemmer reagensaspirasjon og fører til at kjøringen mislykkes. Når d dnker som beskrevet fjernes bobler for riktig aspirasjon. 1 Perforer bibliotekbeholderen med en ny dråpetellerspiss, og skyv folien t til kantene. 2 Kast dråpetellerspissen. 3 Tilsett 20 µl 60 pm PhiX i bnnen av beholderen. Unngå å ta på folien. Laste inn strømningscelle 1 Fjern en ny strømningscelle fra oppbevaring ved 2 C til 8 C. 2 Sett den åpnede emballasjen til side ved romtemperatr i mintter for å forhindre kondensering. 3 Riv åpen folieemballasjen fra hakkene. Må brkes innen 24 timer etter åpning. 4 Dra strømningscellen t av emballasjen. Når d håndterer strømningscellen, må d kn ta på plasten og nngå CMOS-sensoren, glasset og pakningene på hver side av glasset. 5 Hvis d tilsiktet tar på CMOS-sensoren eller glasset: a b c Rengjør den aktelle overflaten med en alkoholserviett. Tørk med en laboratorieserviett med lavt loinnhold. Undersøk strømningscellen for å kontrollere at den er fri for lo eller fibre. Under normale forhold er det ikke nødvendig å rengjøre strømningscellen. 6 Hold strømningscellen i gripepnktene med etiketten vendt opp. 44

49 7 Plasser strømningscellen i sporet på forsiden av kassetten. Det høres et klikk som angir at strømningscellen er på plass. Når kassetten er lastet riktig inn, stikker grepet frem fra kassetten, og glasset er synlig fra tilgangsvindet. 8 Avhend emballasjen på følgende måte. a b c Fjern oppbevaringskofferten fra folieemballasjen. Fjern tørkemiddelet fra oppbevaringskofferten. Resirkler oppbevaringskofferten, og kast folieemballasjen og tørkemiddelet. Konfigrere en kjøring med kn PhiX 1 Følg instrksjonene for kjøringsoppsett for den konfigrerte kjøringsmodsen. Konfigrer kjøringen som ikke skal indekseres. D finner informasjon om Local Rn Manager-mods nder Konfigrere en sekvenseringskjøring (Local Rn Manager-mods) på side 23. D finner informasjon om manell mods nder Konfigrere en sekvenseringskjøring (manell mods) på side 26. Hvis d sekvenserer PhiX i Local Rn Manager-mods, kan d i tillegg teste tilkoblingen mellom Local Rn Manager og iseq kontrollprogramvare. Gjenopprette til fabrikkinnstillinger Gjenopprett systemet til fabrikkinnstillinger når d vil nedgradere programvaren, gjenopprette fra en ønsket konfigrasjon eller fjerne brkerdata før d leverer et instrment i retr til Illmina. Når d gjenoppretter systemet, avinstalleres kontrollprogramvare, og C:\ tømmes. 1 Start Windows på nytt. 2 Når d blir bedt om å velge et operativsystem, velger d Gjenopprett til fabrikkinnstillinger. Operativsystemalternativene vises et kort øyeblikk før det atomatisk fortsettes med iseq kontrollprogramvare. 3 Vent i ca. 30 mintter mens gjenopprettingen fllføres. Gjenopprettingen kan innbefatte flere omstarter. Når den er fllført, starter systemet på nytt med de opprinnelige fabrikkinnstillingene, ten kontrollprogramvaren. 4 Installer kontrollprogramvaren: a Last ned installasjonsprogrammet for programvaren fra støttesidene for iseq 100 sekvenseringssystem. Lagre installasjonsprogrammet til en nettverksplassering eller bærbar USBstasjon. b Kopier installasjonsprogrammet til C:\Illmina. c Åpne iseqsiteinstaller.exe, og gjør det d blir bedt om for å tføre installasjonen. d Når oppdateringen er fllført, velger d Finish (Fllfør). 5 Følg meldingene i skjermbildet når d skal tføre førstegangs oppsett, deriblant systemkontrollen med testkassetten for flergangsbrk og teststrømningscellen for flergangsbrk. 45

50 Vedlegg B Avansert bytte Motta erstatningsinstrment 46 Klargjøre original for retr 46 Levere i retr i originalemballasje 49 Motta erstatningsinstrment iseq 100 system har ingen reparerbare deler, nntatt lftfilteret og dryppbrettpten, så Illmina brker avansert bytte for å løse problemer som ikke kan løses eksternt. Prosessen for avansert bytte erstatter et skadet eller defekt instrment med et overhalt instrment. 1 Etter at en systemkontroll og andre forsøk på feilsøking har mislyktes, kontakter d Illminas tekniske støtte. Om mlig kan d prøve en ny systemkontroll med en annen testkassett til flergangsbrk og teststrømningscelle til flergangsbrk. Kontroller at systemkontrollresltater er tilgjengelige for den tekniske støtten. Hvis den tekniske støtten ikke kan løse problemet eksternt, iverksettes en retr, og det legges inn en bestilling på et erstatningssystem. 2 Når d mottar erstatningsinstrmentet, pakker d det t og installerer det i henhold til Oppsettplakat for iseq 100 sekvenseringssystem (dokmentnr ). 3 Ta vare på all emballasjen, som brkes til å emballere originalinstrmentet og testkomponentene til flergangsbrk for retr. Illmina sørger dessten for dokmentasjonen som er nødvendig for en retr. Klargjøre original for retr Når d har mottatt erstatningsinstrmentet, klargjør d originalinstrmentet for retr ved å følge disse instrksjonene. Send originalinstrmentet, testkassett for flergangsbrk og teststrømningscelle for flergangsbrk til Illmina innen 30 dager etter at d har mottatt erstatningsprodktet. Lagre og fjerne data 1 [Valgfritt] Gjør det enklere å navigere ved å bytte fra nettbrettmods til skrivebordsmods. Skrivebordsmods krever et fysisk tastatr. 2 I File Explorer (Filtforsker) kopierer d filer og mapper som d vil lagre til en USB- flashenhet eller annen bærbar enhet. Plasseringen til sekvenseringsdata er brkerdefinert, men D:\ er standardplasseringen. 3 Slett eventelle filer og mapper som d ikke vil dele med Illmina. Avsltte og koble fra 1 Hvis strømmen til instrmentet er slått på, avsltter d systemet på følgende måte. a b c Velg Sht Down System (Avsltt system) i menyen. Hvis kommandoen for å avsltte ikke svarer, trykker d på og holder inne av/på-knappen på venstre side av instrmentet til lyset tones ned. Når av/på-knappen plserer, trykker d på av- siden (Ο) av vekslebryteren på baksiden av instrmentet. 46

51 2 Hvis det står en kassett i instrmentet, starter d systemet på nytt og fjerner kassetten på følgende måte. a b c d e f g h Trykk på på-siden (I) av vekslebryteren på baksiden. Når av/på-knappen plserer, trykker d på den. Når operativsystemet er lastet, logger d deg på Windows. I kontrollprogramvaremenyen velger d System Check (Systemkontroll). Støt t kassetten ved å velge Unload (Last t), og deretter fjerner d kassetten fra brettet. Hvis tstøtingen mislykkes, må d kontakte Illminas tekniske støtte for nærmere instrksjoner. Velg Load (Last inn) slik at det tomme brettet trekkes inn og døren lkkes. Lkk avmerkingsboksen System Check (Systemkontroll), og deretter avsltter d systemet. Det er nødvendig å avsltte og starte systemet på nytt for å posisjonere kassetten for fjerning. 3 Koble strømledningen fra stikkontakten, og deretter fra vekselstrømttaket på baksiden. 4 Hvis det er aktelt, kobler d Ethernet-kabelen fra stikkontakten, og deretter fra Ethernet-porten på baksiden. Dekontaminere instrmentet Når et instrment skal sendes, kreves følgende dekontamineringsprosedyre. Stedsspesifikke farer kan kreve ekstra dekontaminering. Dekontaminere med klor 1 Ta på et nytt par pdderfrie hansker. 2 Senk monitoren. 3 Dra kassettkammerdøren forsiktig åpen fra sidekantene. 4 Rengjør begge sider av døren og dørhengslene med en klorserviett. 5 Lkk kassettkammerdøren. 47

52 6 Finn dryppbrettdøren nder kassettkammeret på forsiden av instrmentet, og senk deretter døren. 7 Åpne dryppbrettet, og fjern dryppbrettpten. 8 Tørk bort eventell restvæske fra bnnen av brettet med tørkepapir. 9 Kast pten og annet forbrksmateriell i henhold til gjeldende standarder, som kan variere fra sted til sted. D finner mer informasjon i sikkerhetsdatabladet på spport.illmina.com/sds.html. 10 Rengjør dryppbrettet med en klorserviett. 11 Vent i 15 mintter slik at kloret får virke. Nøytralisere med alkohol 1 Fkt en klt eller tørkepapir med vann. D kan brke alle typer vann, også springvann. 2 Tørk av kassettkammerdøren, inkldert hengsler, og dryppbrettet med den fktige klten eller tørkepapiret. Vannet forhindrer at klor og alkohol blandes. 3 Rengjør døren, hengslene og dryppbrettet med en alkoholserviett. Alkoholen fjerner rester av klor, som kan forårsake korrosjon. 48

53 4 Kontroller at dryppbrettdøren og kassettkammerdøren er lkket. 5 Rengjør arbeidsflater rndt instrmentet med klorservietter eller kloroppløsning. Fylle t dekontaminasjonssertifikatet Dekontaminasjonssertifikatet kreves som bevis på dekontaminering. 1 Fyll t, skriv nder på og dater Dekontaminasjonssertifikat og informasjonsforespørsel (dokmentnr ). 2 Send en elektronisk kopi av det tfylte sertifikatet per e-post til Illminas tekniske støtte. 3 Legg til side en papirkopi, som pakkes og sendes i retr med instrmentet. Levere i retr i originalemballasje Før alt emballeres når det skal sendes i retr, må d rydde tilstrekkelig plass i laboratoriet til instrmentet og emballasjen. Emballere instrmentet 1 Plasser den lille skmpten mellom den senkede monitoren og instrmentet. 2 Plasser den grå plastposen over instrmentet. 3 Senk den fremre klaffen på den hvite esken. 4 Plasser instrmentet i den hvite esken slik at forsiden av instrmentet vender mot deg. 5 Plasser den firkantede skmbiten over instrmentet slik at de tynnere sidene av skmbiten hviler mot forsiden og baksiden av instrmentet. Kontroller at skmbiten er i flkt med toppen av esken. 49

54 6 Lkk den fremre klaffen, og lkk deretter toppen av esken. Emballere testkomponentene til flergangsbrk 1 Plasser testkassetten til flergangsbrk i den gjenlkkbare posen, og forsegl den. 2 Plasser teststrømningscellen til flergangsbrk i oppbevaringskofferten. 3 Plasser kofferten i den gjenlkkbare posen, og forsegl den. 4 Plasser begge de gjenlkkbare posene i tilbehørsesken. 5 Lkk tilbehørsesken. 50

55 Klargjøre fraktesken 1 Hvis den ble fjernet, plasserer d den beskyttende skmbasen i bnnen av fraktesken. 2 Løft den hvite esken etter håndtakene (det anbefales at to personer løfter sammen), og senk den hvite esken ned i den brne esken. Den kan plasseres i hvilken som helst retning. FORSIKTIG Den hvite esken må sendes inni den brne esken. Den hvite esken er ikke tformet eller merket for forsendelse. 3 Plasser det beskyttende skmlokket over den hvite esken. 4 Plasser tilbehørsesken i midten av skmlokket. 5 Plasser den svarte skmpten oppå tilbehørsesken. 6 Plasser det tfylte dekontaminasjonssertifikatet hvor som helst i den brne esken. 7 [Valgfritt] Plasser Ethernet-kabelen og strømledningen hvor som helst i den brne esken. 8 Lkk den brne esken, og forsegle den med fraktteip. 51

56 Sende instrmentet 1 Plasser retretiketten over den opprinnelige forsendelsesetiketten, eller fjern den opprinnelige forsendelsesetiketten. 2 [Internasjonal forsendelse] Fest handelsfaktraen til fraktesken. 3 Send instrmentet tilbake til Illmina via UPS. Hvis laboratoriet har en daglig leveringsavtale med UPS, leverer d den adresserte fraktesken til sjåføren. Hvis laboratoriet ikke har en daglig leveringsavtale med UPS, varsler d Illminas kndetjeneste slik at de kan planlegge retrforsendelsen for deg. 52

57 Vedlegg C Sanntidsanalyse Oversikt over Sanntidsanalyse 53 Arbeidsprosess for Sanntidsanalyse 55 Oversikt over Sanntidsanalyse Sanntidsanalyse-programvaren kjører på instrmentets kontrolldatamaskin. Den ekstraherer intensiteter fra bilder slik at den kan tføres basebetegnelse, og deretter tilordnes basebetegnelsen en kvalitetsscore. iseq 100 sekvenseringssystem brker RTA2-implementeringen av Sanntidsanalyse. RTA2 og kontrollprogramvaren kommniserer gjennom et HTTP-grensesnitt på nettet og delte minnefiler. Hvis RTA2 avslttes, gjenopptas ikke behandlingen, og kjøringsdata lagres ikke. MERK Demltipleksytelse beregnes ikke, så fanen Index (Indeks) i Seqencing Analysis Viewer er ikke fylt t. Inndatafiler RTA2 mottar kommandoer fra kontrollprogramvaren som innbefatter informasjon om plasseringen til RnInfo.xml-filen og om en tdatafil er spesifisert. RTA2 krever følgende inndatafiler for behandling: Flisbilder plassert i et lokalt systemminne. Sanntidsanalyse-konfigrasjonsfil i XML-format. RnInfo.xml, som kontrollprogramvaren genererer atomatisk i begynnelsen av kjøringen. Fra denne filen avleser RTA2 kjøringsnavnet, antall syklser, om en avlesning er indeksert og antall fliser på strømningscellen. Utdatafiler Bilder sendes i minne til RTA2 som fliser, som er små avbildningsområder på strømningscellen definert av én kameravisning. iseq 100-strømningscellen har 16 fliser. RTA2 brker disse bildene til å frembringe primære tdata som et sett med kvalitetsscorede basebetegnelsesfiler og filterfiler. Andre filer støtter generering av primære tdatafiler. Filtype Basebetegnelsesfiler Basebetegnelsesindeksfiler Klyngeplasseringsfiler Filtype, -plassering og -navn Hver flis som er analysert innbefattes i en basebetegnelsesfil, som aggregeres i én fil per sykls. Den aggregerte filen inneholder basebetegnelsen og tilknyttet kvalitetsscore for hver klynge. Data\Intensities\BaseCalls\L001 [Cycle].bcl.bgzf, hvor [Cycle] (Sykls) representerer syklsnmmeret i fire sifre. Basebetegnelsesfiler komprimeres ved hjelp av blokk-gzip-komprimering. En basebetegnelsesindeksfil bevarer den opprinnelige flisinformasjonen. For hver flis inneholder indeksfilen flisnmmeret og antallet klynger. Data\Intensities\BaseCalls\L001 [Cycle].bcl.bgzf.bci Én klyngeplasseringsfil (s.locs) inneholder X-, Y-koordinatene for hver klynge på strømningscellen. Data\Intensities s.locs 53

58 Filtype Filterfiler InterOp-filer RTA- konfigrasjonsfil Kjøringsinformasjonsfil* Miniatyrbildefiler Filtype, -plassering og -navn Filterfilter angir om klynger går gjennom filter. Det genereres én filterfil for hver flis. Filterfiler genereres i sykls 26 med 25 syklser med data. Data\Intensities\BaseCalls\L001 s_[lane].filter Sanntidsmetrikk av kjøringskvalitet som oppdateres gjennom hele kjøringen. Disse binære filene inneholder fil-, sykls- og avlesningsmetrikk, og kreves for å vise metrikk i Seqencing Analysis Viewer. InterOp-mappe Opprettes i begynnelsen av kjøringen, og oppgir parametere for kjøringen. Denne filen kombinerer verdier fra inndatakonfigrasjonsfilen og verdier som RTA2 definerer. [Rotmappe], RTAConfigration.xml Opprettes i begynnelsen av kjøringen. Oppgir kjøringsnavnet, antall syklser per avlesning, om avlesningen er en indeksavlesning samt antall skår og fliser. [Rotmappe], RnInfo.xml Miniatyrbilder for de første fem flisene. Images\L001\C[X.1] Filer lagres i én mappe for hver bane og én ndermappe for hver sykls. s_[lane]_[tile].jpg Miniatyrbildet innbefatter flisnmmeret. *Opprettet av kontrollprogramvare. RTA2 oppretter alle andre filer som er oppgitt i denne tabellen. Local Rn Manager og BaseSpace Seqence Hb brker basebetegnelsesfilene til dataanalyse. Brk bcl2fastq-konverteringsprogramvaren i forbindelse med FASTQ-konvertering og tredjeparts analyseløsninger. Den nyeste versjonen laster d ned fra støttesiden til iseq 100 sekvenseringssystem på Illminas nettsted. Utdatamappens navn og bane For hver kjøring genererer kontrollprogramvaren atomatisk en tdatamappe og en kjøringsmappe. D får tilgang til kjøringsdataene fra tdatamappen, som er en kopi av kjøringsmappen. Kjøringsmappen er beregnet på systembrk. Banen til tdatamappen er brkerdefinert, men er D:\ som standard. Kontrollprogramvaren navngir tdatamappen med følgende format. Format <ÅÅÅMMDD>_<Instrment-ID>_<Kjøringsnmmer>_ <Strømningscelle-ID> Eksempel _FFSP247_4_BNS Kjøringsnmmeret øker i trinn på én hver gang systemet tfører en kjøring. Serienmre identifiserer instrmentet og strømningscellen. Utdatamappens strktr Recipe (Oppskrift) Kjøringsspesifikk oppskriftsfil. Logs (Logger) Loggfiler som beskriver instrmentanalyser, driftstrinn og andre hendelser. Config (Konfig.) Konfigrasjonsinnstillinger for kjøringen. RnParameters.xml RnInfo.xml CopyComplete.txt RnCompletionStats.txt 54

59 RTAComplete.txt RTAConfigration.xml Data Intensities BaseCalls L001 s.locs InterOp Images SampleSheet.csv Prøveark eller prøvemanifestet. RTALogs Loggfiler som beskriver RTA2-hendelser. Feilhåndtering RTA2 oppretter loggfiler og skriver dem til RTALogs-mappen. Feil registreres i en feilfil i TSV-filformat. Følgende logg- og feilfiler overføres til det endelige tdatamålet etter endt behandling: *GlobalLog*.tsv sammenfatter viktige kjøringshendelser. *Error*.tsv oppgir feil som oppsto nder en kjøring. *WarningLog*.tsv oppgir advarsler som oppsto nder en kjøring. Arbeidsprosess for Sanntidsanalyse Intensity Extraction (Intensitetsekstraksjon) Bestemmer en intensitetsverdi for hver klynge. Phasing correction (Fasingkorrigering) Korrigerer virkningene av fasing og prefasing. Base calling (Basebetegnelse) Bestemmer en basebetegnelse for hver klynge. Qality scoring (Kvalitetsscoring) Tilordner hver eneste basebetegnelse en kvalitetsscore. Intensitetsekstraksjon Intensitetsekstraksjon beregner en intensitetsverdi for hver nanobrønn i et gitt bilde. Fasingkorrigering Under sekvenseringsreaksjonen tvides hver DNA-tråd i et clster med én base per sykls. Fasing og prefasing forekommer når en streng havner tenfor fase med den aktelle inkorporasjonssyklsen. Fasing forekommer når en base havner på etterskdd. Prefasing forekommer når en base hopper fremover. 55

60 Figr 14 Fasing og prefasing A B Avles med en base som er fasing Avles med en base som er prefasing RTA2 korrigerer virkningene av fasing og prefasing, noe som maksimerer datakvaliteten i hver sykls gjennom hele kjøringen. Basebetegnelse Basebetegnelse bestemmer en base (A, C, G eller T) for hver klynge for en gitt flis ved en spesifikk sykls. iseq 100 system brker sekvensering med ett fargestoff, som krever ett fargestoff og to bilder for å kode data for de fire basene. Intensiteter som ekstraheres fra ett bilde og sammenlignes med et andre bilde, gir fire distinkte poplasjoner som hver tilsvarer en nkleotid. Basebetegnelse bestemmer hvilken poplasjon hver klynge tilhører. Figr 15 Visalisering av klyngeintensiteter Tabell 3 Base Basebetegnelser i sekvensering med ett fargestoff Fargestoff i første bilde Fargestoff i andre bilde Konklsjon fra sammenlignede bilder T På På Klynger som viser intensitet i begge bilder er T-baser. A På Av Klynger som kn viser intensitet i det første bildet, er A-baser. 56