IVD Bacterial Test Standard

Transkript

1 Bruksanvisning IVD Bacterial Test Standard Massekalibreringsstandard som viser en typisk Escherichia coli DH5 alfapeptidog proteinprofil pluss ekstra proteiner. Til bruk i flytid for matrisestøttet laserdesorpsjonsionisering-massespektrometri (MALDI-TOF-MS). CARE- produkter er utformet for å støtte kunder verden over med artikler, tilbehør og dedikerte sett av høy kvalitet. Språk: nb Revisjon H (Juli 2017)

2 1 Tiltenkt bruk 2 2 Produktbeskrivelse 2 3 Inspeksjon, oppbevaring og stabilitet Inspeksjon ved ankomst Oppbevaring ved ankomst Oppbevaring etter oppløsning og alikvotering 3 4 Risiko- og sikkerhetsinformasjon 3 5 Krav til programvare 4 6 IVD BTS Prosedyre for prøvetillaging Tillaging av IVD BTS-alikvoter Tillaging av en IVD BTS-prøve på en MALDI-målplate 5 7 Kalibrering av MALDI-TOF massespektrometer med IVD BTS Anvendte kalibreringspunkter Kalbreringsprosedyrer Prosedyre for manuell kalibrering Prosedyre for automatisk kalibrering 9 8 Produsent 12 1 Tiltenkt bruk IVD Bacterial Test Standard er et in vitro-diagnostisk produkt til kalibrering og optimalisering av Bruker MALDI-TOF-massespektrometre, så vel som for ytelseskontroll for identifisering av mikroorganismer kultivert fra humane prøver. 2 Produktbeskrivelse IVD Bacterial Test Standard (kalt IVD BTS) inneholder et nøyaktig produsert ekstrakt av Escherichia coli DH5- alfa som viser en karakteristisk peptid- og proteinprofil i MALDI-TOF- massespektrumet. Ekstraktet er tilsatt to ekstra proteiner som utvider den øvre grensen for masseområdet dekket av IVD BTS. Generelt masseområde dekket av IVD BTS er 3,6 til 17 kda. Hvert rør inneholder nok materiale til tillaging av minst trettifem (35) MALDI-målplatepunkter. Dette er et sett til in vitro-diagnostikk. Bestillingsinformasjon Produkt Delenummer IVD Bacterial Test Standard, 5 rør Side 2 av 12 IVD Bacterial Test Standard Bruksanvisning Revisjon H

3 3 Inspeksjon, oppbevaring og stabilitet 3.1 Inspeksjon ved ankomst Kontroller IVD BTS-pakken ved ankomst. Kontroller rørene hvis pakken er skadet. IVD BTS skal ikke brukes hvis rørene er skadet. IVD BTS (rør og emballasje) kastes i henhold til retningslinjene som finnes i sikkerhetsdatabladet for produktet. Ta kontakt med Bruker for nytt utstyr. 3.2 Oppbevaring ved ankomst -18 C IVD BTS leveres ved omgivelsestemperatur, men må oppbevares ved -18 C eller kaldere umiddelbart etter ankomst. Utløpsdatoen på pakningen er gyldig for IVD BTS når det oppbevares ved -18 C eller lavere etter ankomst. 3.3 Oppbevaring etter oppløsning og alikvotering IVD BTS må oppløses før bruk. Vi anbefaler sterkt å alikvotere IVD BTS-løsningen i 0,5 ml mikrorør med skrukork og oppbevare alikvotene i fryst tilstand ved -18 C eller kaldere. -18 C Frossen IVD BTS-løsning kan lagres i opptil 5 måneder ved -18 C eller lavere. 4 Risiko- og sikkerhetsinformasjon Dette produktet er ikke klassifisert i henhold til forordning (EF) nr. 1272/2008 og er derfor ikke klassifisert i henhold til den globale anbefalingen for klassifisering og merking av kjemikalier (GHS). Produsentens erfaring er at produktet ikke har noen skadelig effekt så lenge det brukes og håndteres i henhold til spesifikasjonene. Bruk av alt utstyr kan imidlertid innebære ukjent fare og må håndteres forsiktig. For mer informasjon kan sikkerhetsdatabladet lastes ned på Andre kjemikalier kan være nødvendige for å utføre prosedyrer beskrevet i denne bruksanvisningen. Les sikkerhetsdatabladet fra leverandøren nøye, og følg generelle sikkerhetsregler når du håndterer kjemikalier eller biologisk avfall. Revisjon H IVD Bacterial Test Standard Bruksanvisning Side 3 av 12

4 5 Krav til programvare Enkelte programvareversjoner/-kombinasjoner krever en gratis programvareoppdatering for å støtte IVD BTS (se tabell 1). Ta kontakt med lokal Bruker Daltonics-service for hjelp til installering. Tabell 1 Krav til programvareoppdatering Programvareversjon Compass-utgivelse Kreves programvareoppdatering? flexcontrol-utgivelse Nei Nei Ja Ja Ja Ja Ja Ja 6 IVD BTS Prosedyre for prøvetillaging Foreløpige merknader Dårlig prøvetillaging vil forringe følsomheten og gi lav oppløsning og dårlig reproduserbarhet. Generering av ioner via MALDI avhenger av tilstedeværelsen av et optimalt forhold av matrisesubstans til analytten. For best resultater bør du bruke nytillagede løsninger og kjemikalier av den høyeste renheten som er tilgjengelig (f.eks. CHROMASOLV LC-MS-løsemidler). Nødvendige kjemikalier og utstyr Standardløsemiddel (acetonitril 50 %, vann 47,5 % og trifluoreddiksyre 2,5 %) fra o o o Sigma-Aldrich 1 ('Bruker standard solvent'; nr ), eller Honeywell Riedel-de Haen 2 ('Acetonitrile 50%, Water 47.5% and Trifluoroacetic acid 2.5%'; nr ), eller VWR International 3 ('SOLUTION OS'; nr. PRLS ), som er testet av Bruker Daltonik GmbH og er anbefalt for oppløsning av IVD BTS. MALDI-målplate av typen som passer den aktuelle arbeidsflyten. IVD Matrix HCCA-portioned-løsning (kalt IVD HCCA) (nr ) 4. Nødvendig utstyr og verktøy som ikke følger med Sentrifuge, pipetter, pipettespisser Mikrorør med skrukork (Sarstedt, nr ) med skrukorker (Sarstedt, nr ) Tillag IVD Matrix HCCA-portioned-løsning slik det er beskrevet i tilhørende bruksanvisning Side 4 av 12 IVD Bacterial Test Standard Bruksanvisning Revisjon H

5 6.1 Tillaging av IVD BTS-alikvoter 1. Ta ut røret med skrukork som inneholder IVD BTS, fra fryseren, og ekvilibrer i minst 5 minutter ved romtemperatur. 2. Tilsett 50 (± 1) µl standardløsemiddel til IVD BTS-pelleten, og løs opp ved å pipettere opp og ned minst 20 ganger ved romtemperatur. Unngå at løsningen begynner å skumme! Merk Som et alternativ til det anbefalte kommersielt tilgjengelige standardløsemiddelet kan du blande 475 (± 5) µl vann av HPLC-kvalitet, 25 (± 1) trifluoreddiksyre og 500 (± 5) µl acetonitril i et 1,5 ml Eppendorf-rør for å lage 1 ml standardløsemiddel. 3. Inkuber IVD BTS-løsningen i minst 5 minutter ved romtemperatur. Bland deretter ved å pipettere opp og ned minst 20 ganger. 4. Sentrifuger kort (10 (± 5) sekunder; o/min; romtemperatur). 5. Pipetter 5,0 (± 0,1) μl alikvoter av IVD BTS-løsningen inn i mikrorørene med skrukork, og lukk rørene godt. 6. Lagre alikvotene ved -18 C eller lavere. 6.2 Tillaging av en IVD BTS-prøve på en MALDI-målplate Merk Merk Fryst IVD BTS- løsning må tines ved romtemperatur i minst 5 minutter og blandes ved å knipse på mikrorøret med skrukork. Sentrifuger kort (10 (± 5) sekunder; o/min; romtemperatur). Mikrorør med skrukork må lukkes godt og oppbevares ved - 18 C eller kaldere umiddelbart etter tillaging av IVD BTS-punkt(er). Hver 5 µl alikvot inneholder nok materiale til minst fire punkter. IVD BTS må tillages på hver MALDI- målplate før behandling. Tillagede MALDI-målplater må måles innen 24 timer etter tillaging. Hvis det har gått mer enn 24 timer siden tillagingen, kan ikke prøvetillaget MALDI-målplate testes, og prøvetillagingsprosedyren må gjentas. 1. Pipetter 1,0 (± 0,1) µl IVD BTS-løsning på minst én (1) ledig MALDI-målplateposisjon. 2. La IVD BTS-punkt(ene) tørke ved romtemperatur. FORSIKTIG Hvis IVD HCCA-løsningen ikke tilsettes prøvene innen 30 minutter etter at de har tørket, kan ikke disse posisjonene testes. 3. På IVD BTS-punkt(ene) skal 1,0 (± 0,1) µl IVD HCCA-løsning legges over. 4. Tørk på nytt ved romtemperatur. Se til at det er et homogent preparat. Revisjon H IVD Bacterial Test Standard Bruksanvisning Side 5 av 12

6 7 Kalibrering av MALDI-TOF massespektrometer med IVD BTS 7.1 Anvendte kalibreringspunkter Tabell 2 Kalibreringspunkter med en massetoleransegrense på ±300 ppm Protein Referansemasse (gjennomsnittmasse) ± 300 ppm RL29 [M+2H] ,8 Da 3636,7 3638,8 Da RS32 [M+H] ,8 Da 5095,3 5098,3 Da RS34 [M+H] ,4 Da 5379,8 5383,0 Da RS33meth [M+H] ,4 Da 6253,5 6257,3 Da RL29 [M+H] ,5 Da 7272,3 7276,7 Da RS19 [M+H] ,1 Da , ,2 Da RNAse A [M+H] ,2 Da , ,3 Da Myoglobin [M+H] ,3 Da , ,4 Da 7.2 Kalbreringsprosedyrer Både manuelle og automatiske kalibreringsprosedyrer er tilgjengelige. Den manuelle prosedyren kan brukes med alle versjoner av flexcontrol, mens flexcontrol 3.3 eller nyere kreves for den automatiske prosedyren Prosedyre for manuell kalibrering 1. Sett MALDI-målplaten tillaget med IVD BTS-prøven inn i MALDI-TOF massespektrometeret. 2. Kontroller at flexcontrol kjører. 3. Bruk standard flexcontrol- metode MBT_ FC.par (lineær og positiv modus) for måling og kalibrering. 4. Mål et sumspektrum manuelt ved å summere 6 40 laserskudd fra forskjellige rasterposisjoner på IVD BTS-punktet. På hver ønsket rasterposisjon klikker du på Start-knappen deretter på Add - knappen. Laserens energinivå skal være optimert. for å registrere totalt 240 laserskudd, vist som og Side 6 av 12 IVD Bacterial Test Standard Bruksanvisning Revisjon H

7 Valgfritt: Alternativt kan et sumspektrum måles automatisk ved å gjøre følgende: Klikk på fanen AutoXecute. Velg autox-metoden MBT_AutoX i rullegardinlisten Method (Figur 1). Klikk på Run method on current spot -knappen. Figur 1 Fanen AutoXecute med valg av MBT_AutoX-metoden ved automatisk måling av sumspektrum Da måles et sumspektrum automatisk. 5. Klikk på knappen Single Buffer på verktøylinjen for å skjule enkeltspekteret som vises for øyeblikket. Dette aktiverer knappen Sum Buffer på verktøylinjen og viser det målte sumspektrumet. 6. Klikk på knappen Smooth Spectrum på verktøylinjen slik at sumspektrumet utjevnes (Figur 2). Figur 2 Utjevnet sumspektrum for IVD BTS 7. Klikk på fanen Calibration, og velg kalibreringsfilen MBT_Standard fra Mass Control List rullegardinlisten (Figur 3). Figur 3 Calibration-fanen som viser Mass Control List 8. Klikk på knappen Automatic Assign for å velge riktige kalibreringstopper automatisk. Revisjon H IVD Bacterial Test Standard Bruksanvisning Side 7 av 12

8 9. Kontroller at automatisk tilordning av kalibreringstopper fungerte. Listen med kalibreringstopper skal vise at alle topper er tilordnet, og at maksimalt Err/ppm-avvik ikke er mer enn ±300 ppm for noen av toppene (Figur 4). Figur 4 Resultatet av automatisk tilordning av kalibreringstopper der alle toppene er tilordnet og maksimalt Err/ppm-avvik er mindre enn ±300 ppm for alle toppene Avhengig av resultatet skal du gjøre følgende: Hvis alle toppene er tilordnet og maksimalt Err/ppm-avvik er mindre enn ±300 ppm for alle toppene, var automatisk tilordning av kalibreringstopper vellykket. Fortsett med trinn (12). Hvis alle toppene er tilordnet, men maksimalt Err/ppm-avvik er mer enn ±300 ppm for alle toppene, skal trinn (4) til (9) gjentas. Hvis noen få topper er tilordnet og maksimalt Err/ppm-avvik er mindre enn ±300 ppm for alle toppene, skal du gå videre til trinn (10). Hvis noen få topper er tilordnet, men maksimalt Err/ppm-avvik er mer enn ±300 ppm for noen av toppene, skal trinn (4) til (9) gjentas. Hvis ingen av toppene er tilordnet, fortsetter du til trinn (11). 10. Klikk på knappen Apply, og gjenta automatisk tilordning av topper ved å klikke på knappen Automatic Assign. Kontroller om alle toppene er tilordnet og om maksimalt Err/ppm-avvik er mindre enn ±300 ppm for alle toppene. Hvis alle toppene er tilordnet og maksimalt Err/ppm-avvik er mindre enn ±300 ppm for alle toppene, var automatisk tilordning av kalibreringstopper vellykket. Fortsett med trinn (12). Hvis ikke alle toppene er tilordnet, eller hvis maksimalt Err/ppm-avvik er mer enn ±300 ppm for noen av toppene, skal trinn (4) til (9) gjentas. Side 8 av 12 IVD Bacterial Test Standard Bruksanvisning Revisjon H

9 11. Velg toppen ved 6255,4 Da manuelt ved å klikke på den venstre siden for toppen i spektrumet. Den vertikale linjen ved siden av toppen må bli grønn (fra rød) for at det skal være en vellykket topptilordning (tilsvarende data legges inn i listen over kalibreringstopper). Klikk på knappen Apply Assign., og gjenta automatisk tilordning av topper ved å klikke på knappen Automatic Kontroller om alle toppene er tilordnet og om maksimalt Err/ppm-avvik er mindre enn ±300 ppm for alle toppene. Hvis alle toppene er tilordnet og maksimalt Err/ppm-avvik er mindre enn ±300 ppm for alle toppene, var automatisk tilordning av kalibreringstopper vellykket. Fortsett med trinn (12). Hvis ikke alle toppene er tilordnet, eller hvis maksimalt Err/ppm-avvik er mer enn ±300 ppm for noen av toppene, skal trinn (4) til (9) gjentas. 12. Når alle toppene er automatisk tildelt med et maksimalt Err/ppm-avvik på mindre enn ±300 ppm for alle toppene, kan du klikke på knappen Apply. 13. Lagre de nye kalibreringsverdiene i flexcontrol-metoden (MBT_FC.par). Klikk på knappen Save method as på verktøylinjen for å åpne dialogboksen Save flexcontrol Method As. Klikk på knappen Save. Bekreft bytte av fil (MBT_FC.par) ved å klikke på knappen Yes i dialogboksen for bekreftelse (Figur 5). Figur 5 Dialogboks for bekreftelse om å erstatte den angitte metodefilen Prosedyre for automatisk kalibrering Merk flexcontrol 3.3 eller nyere kreves for prosedyren for automatisk kalibrering. 1. Sett MALDI-målplaten tillaget med IVD BTS-prøven inn i MALDI-TOF massespektrometeret. 2. Kontroller at flexcontrol kjører. 3. Bruk standard flexcontrol- metode MBT_ FC.par (lineær og positiv modus) for måling og kalibrering. Revisjon H IVD Bacterial Test Standard Bruksanvisning Side 9 av 12

10 4. Velg Tools > Method Calibration Parameters (Figur 6) for å stille inn eller kontrollere kalibreringsinnstillingene til flexcontrol-metoden. Merk Innstilling av parametere for kalibrering er kun nødvendig ved den første (innledende) kalibreringen. Ved senere kalibreringer skal kun valg av riktig autox-metode (MBT_AutoX) være merket av. Figur 6 Method Calibration Parameters-kommando fra Tools-menyen 5. Angi eller kontroller parameterinnstillinger for automatisk kalibrering slik det er vist i Figur 7. Klikk deretter på OK- knappen. Figur 7 Dialogboksen Edit Auto Calibration Parameters Side 10 av 12 IVD Bacterial Test Standard Bruksanvisning Revisjon H

11 6. På fanen Calibration (Figur 3) må du kontrollere at Peak Assignment Tolerance-parameteren er angitt til maksimal verdi på 1000 ppm (Figur 8). Figur 8 Parameteren Peak Assignment Tolerance 7. Start kalibreringsprosedyren ved å klikke på knappen Calibrate. Et sumspektrum innhentes automatisk ved å summere 6 x 40 laserskudd fra forskjellige posisjoner på IVD BTS-punktet, og kalibreringen utføres automatisk. En dialogboks med kalibreringsinformasjon åpnes etter vellykket kalibrering (Figur 9). Klikk på knappen OK for å fullføre kalibreringen. Figur 9 Dialogboksen Kalibreringsinformasjon 8. Hvis kalibreringen mislykkes, gjentar du prosedyren for automatisk kalibrering, trinn (4) til (7), eller følger prosedyren for manuell kalibrering som beskrives avsnittet Revisjon H IVD Bacterial Test Standard Bruksanvisning Side 11 av 12

12 8 Produsent Bruker Daltonik GmbH Fahrenheitstraße Bremen Tyskland Støtte E-post: biotyper.support@bruker.com Telefon: +49 (421) Faks: +49 (421) Salgsinformasjon E-post: care@bruker.com Telefon: +49 (421) Nettside: Beskrivelser og spesifikasjoner erstatter all tidligere informasjon og kan endres uten varsel. Opphavsrett 2017 Bruker Daltonik GmbH Side 12 av 12 IVD Bacterial Test Standard Bruksanvisning Revisjon H