Moderne labarbeid - tanker fra en som ikke kan noenting om temaet. Arnstein Orten, IT-leder Institutt for geofag

Transkript

1 Moderne labarbeid - tanker fra en som ikke kan noenting om temaet A Arnstein Orten, IT-leder Institutt for geofag

2 IT-støtte til laboratoriene IT-ressurser neste halvår «IT-tanker fra en som ikke kan noe om lab» Muligheter for forbedring Labnett Bookingsystemer Reproduksjon og automatisering Gruppearbeid Presentasjon Oppsummering og hjemmelekser

3 Itressurser dette halvåret Spesialitet :-) Jørn Viljar Arnesen (~20%) Windows nettverksadministrator, geoapplikasjoner Hans Peter Verne Linux, servere Kjell Andresen (50%) Lagring, servere Michel Heeremans Vitenskapelig datalagring, databaser, geoapplikasjoner Anne Fouilloux Vitenskapelig programmering, tungregning Marius Eriksen Windows Elena You (~50%) Windows, Linux, brukerstøtte Skybert (~?%) Windows nettverksadministrator Noen av ressursene Heereman, Fouilloux - er dedikert til forskningsstøtte

4 IT-gruppa ved Geofag - andre ressurser Hva Arnstein Orten Ressursallokering, budsjettering Mathias Onsrud (~70%) Windows, drift Sofia Abrha Student-IT, drift Soufiane Homrani Windows nettverksadministrator

5 Moderne labarbeid - tanker fra en som ikke kan noenting om temaet A Arnstein Orten, IT-leder Institutt for geofag

6 Samarbeid, erfaringsutveksling, forbedring Instituttet: IT-gruppa og lab-gruppa Lab ved forskjellige UiO-enheter Laboratorier utenfor UiO Kursing

7 Labnett Har akkurat nå tre parallelle nett Et gammelt, lite standardnett Et nyere, mye større standardnett på samme infrastruktur Et nytt nettverk i samarbeid med USIT

8 Labnett Hva kan vi lett gjøre i dag? Styre instrumentene fra kontoret eller hjemmefra Gi tilgang for leverandørene våre Hente inn data Få ut data Oppdatere programvare Streame ned applikasjoner som ikke er installert på maskinen selv Lisensiere programvare utenfra Er det annet dere trenger?

9 Bookingsystemer En lab ved Kjemi bruker «The Meeting Room Booking System» Integrert mot Feide Har «en veldig grov løsning[1]» for å levere rapporterings- og faktureringsdata Biologi bruker «AC lab system» Genererer rapporter som grunnlag for fakturering. Gir booking uten mulighet for sletting. Kan i noen tilfeller integreres med maskinen selv. Slik blir faktureringsjuks vanskelig eller umulig. Moderne, har blant annet app for booking. Ingen Feide-integrasjon Exchange Medisin, Farmasi, Kjemi bruker dette allerede [1]John Vedde <john.vedde@kjemi.uio.no>

10 Bookingsystemer

11 Bookingsystemer Exchange Kan man få bruksinformasjon per bruker for å lette fakturering? Kan man 'låse' en booking etter at tiden er forbi slik at den ikke kan slettes i etterkant? Man kan sette at brukere ikke har tilgang til å slette, men det er litt ugunstig. En egen romliste 'Geofags laboratorier' slik at labbene ikke grupperes sammen med møterommene? Nei, men man kan liste opp bookinger og selv velge hvilken info man vil ha i de forskjellige kollonene. Man kan kombinere dette med et søk på dato slik at man får alt for en spesifikk måned. Ikke noe problem. Finnes det mulighet for at eksterne kan booke? Vi kan åpne for anonyme, eller de kan booke gjennom en administrator Ressursperson f.eks Sverre Didriksen ved meldingstjenester-kontakt@usit.uio.no

12 Labjournal Matnat skriver: The keeping of laboratory journals is mandatory in all experimental disciplines. Journals should be kept in such a way that others can replicate the experiments. The main purpose of the journal is to document laboratory work that may be published in due course. (

13 Labjournal

14 Labjournal Labfolder elabftw Labarchives Ecat Github Evernote Google Keep OneNote «In the end, I decided to go with Microsoft OneNote. I m in a PC lab and the software is supported by my university and the department. It just made sense.» 19/electronic-lab-notebooks/

15 Labjournal Labfolder elabftw Labarchives Ecat Github Evernote Google Keep OneNote Sporbarhet Versjonskontroll

16 Reprodusere arbeidsflyt Nivå 1: Labjournal Nivå 2: Automatisering Løsninger: Labview, LabTech, MyOpenLab eller rett og slett kode, feks Python «LabVIEW is commonly used for data acquisition, instrument control, and industrial automation on a variety of platforms including Microsoft Windows, various versions of UNIX, Linux, and OS X.» Wikipedia LabVIEW: UiOs ressursperson Terje Grønås

17 What will you do with LabVIEW

18 LabVIEW in two minutes

19 Aquire and analyze measurements

20 Control stand-alone instruments

21 Datahåndtering Github Bitbucket Labkey server Bare dumpe på disk? Eller sende via FileSender?

22 Datahåndtering Vi må levere Sporbarhet Transparens Reproduserbarhet Hvis vi ikke gjør det - har det vi gjør noen verdi?

23 Labkey Server UiO tilbyr Labkey Server som en tjeneste. F.eks. Anders Kielland har implementert dette på avdeling for Ernæringsvitenskap. De bruker LabKey i to kliniske studier for systematisering av data. Frysermodul, strekkodeleser etc.

24 Labkey Server

25 Gruppearbeid Hvor bør labben din være om 5 år? Hvilke tjenester trenger du at IT-gruppa eller andre leverer for at du skal komme dit? Hvem kan hjelpe oss å nå målene våre? Salah, Kristian, Siri, Berit Muriel, Gunborg, Mufak, Thor, Anne Cathrine

26 Resultat Hjemmelekse for Arnstein Hjemmelekse for Anne Cathrine? Hjemmelekse for Thor? Hjemmelekse for deg selv?

27 Oppsummering

28 Lunsj

29 IT-støtte til laboratoriene - «plan» IT-ressurser neste halvår «IT-tanker fra en som ikke kan noe om lab» Labnett Bookingsystemer Reproduksjon og automatisering Labjournal Labview Datahåndtering sporbarhet fra instrument og ut! Kurs. Versjonskontroll, arkivering, «reproducibility» Samarbeid innad på UiO Gruppearbeid/individuelt arbeid Hva ønsker vi å tilby om 5 år? Hvor ønsker du at labben din er? Reproduserbarhet Åpenhet Github Labkey Server Sporbarhet Hvilke systemer burde vi hatt som vi ikke har (UiO eller Geofag)? Hvilke IT-behov har labben din? Samarbeid lab/it: «laison» fra Labgruppa? Oppsummering Hjemmelekse for Arnstein Hjemmelekse for Thor Hjemmelekse for Anne Cathrine