VEDLEGG NR. 2 TEST CASER

Transkript

1 VEDLEGG NR. 2 TEST CASER I forbindelse med at Universitetssykehuset Nord Norge HF (UNN) ved Avdeling for mikrobiologi og smittevern skal gå til innkjøp av en ekstraksjonsrobot ønsker vi å invitere tilbydere for å presentere hvordan de ønsker å løse to ulike testcaser. Testcasene vil bestå av følgende hovedpunkter: Overføre en arbeidsliste med gitte prøvenummer og respektive analyser fra Analytix til ekstraktor. Utføre ekstraksjon av prøvene (samt positiv (PPC) og negativ (NPC) prosesseringskontroll ) Pipettere mastermix og eluater over i PCR plater utfra definerte maler for et oppsett (i tillegg benytter vi vann og renset DNA som kontroll på at vår PCR fungerer) Pipettere mastermix og eluater fra ekstraksjonen over i PCR plater utfra definerte maler for et oppsett. Pipettere positiv og negativ kontroll over i PCR plate TESTCASE 1 Easymag 13834: Dette er en arbeidsliste som inneholder PPC (som er tilsatt med adenovirus, herpes simplex 1, herpes simplex 2 og varicella zoster), NPC og pasientprøver (Pasientprøvene skal analyseres for adenovirus, herpes simplex 1, herpes simplex 2 og/eller varicella zoster) Til sist kommer det en driftskontroll (ferdig renset templat) og en negativ kontroll (vann) som kun skal være med på PCR.Vedlegg 1. Vi ønsker at denne arbeidslisten (prøver og kontroller) skal kunne overføres fra vår LIS til instrumentet. Deretter skal kontroller og pasientprøver ekstraheres (vi bruker et innvolum på 400 µl, utvolum 55 µl) Vi ønsker at dere viser oss hvordan inn/utvolum kan endres etter eget ønske. Deretter skal det tilsettes 20 µl mastermix og 5 µl eluat i respektive brønner. I tillegg skal det pipetteres NTC (vann som ikke har vært med på ekstraksjonen) og lav driftskontroll (renset DNA) i brønnene. Vi ønsker at dere viser oss hvordan vi skal organisere det slik at vi enten kan sette opp alle prøver og agens på en plate (altså adeno, herpes 1, herpes 2 og varicella zoster), evt at bare et agens på en plate. Se vedlegg 2 (PCR plate med alle agens) og vedlegg 3 (PCR plate med kun adenovirus). Det er dessuten ønskelig at dere sier litt om hvilke rør som brukes i maskinen og nevner noe om dødvolum (for eksempel til mastermix) Merknad: Vi analyserer alle prøvene i parallell. Prøvene skal pipetteres parvis (helst ved siden av hverandre) for å gjøre avlesningen så enkel som mulig. Omkjøringer: Prøver som av ulike årsaker skal kjøres om enten fra ekstraksjon, dvs hele prosessen, eventuelt kun fra PCR. I tilfeller der prøven skal kjøres om helt fra ekstraksjon skal samme prøveid / barkode benyttes og hele prosessen utføres. I tilfeller av omkjøring fra PCR: Det er viktig at dokumentasjon om tidligere ekstraksjoner/ eluatposisjoner skal være tilgjengelig slik at man på et tidspunkt skal kunne omkjøre prøven fra eluat. Side 1 av 1

2 TESTCASE 2 Multiplex Luftveisvirus 13932: Dette er en arbeidsliste for vår Multiplex som brukes i diagnostikk av luftveisvirus. Vedlegg 4. Det lages 5 ulike mastermixer som brukes for å teste for følgende agens: Mastermix 1: Parainfluensa 1 Parainfluensa 2 Parainfluensa 3 Mastermix 2: Mastermix 3: Mastermix 4: Mastermix 5: RSV NL63 Influensa B Metapneumovirus Influensa A OC43 Rhinovirus 229E Til ekstraksjonen skal det først være en negativ prosesseringskontroll (NPC), deretter pasientprøver og avslutningsvis en positiv prosesseringskontroll (PPC). PPC vil være virus transportmedium (UTM) med kjent virus. Vi ønsker at dere skal vise oss følgende: Overføre arbeidsliste fra LIS til ekstraksjonsinstrument. Ekstrahere NPC, pasientprøver og PPC. Pipettere mastermixer over i PCR plate etter pipetteringsliste (Vedlegg 5). Pipettere eluater over i brønner etter pipetteringslista. Pipettere plasmidkontroller og vann (NTC) Dekke PCR plate med plastfolie. Merknad: For Multiplex benytter vi oss ikke av parallelltesting av prøvene. Merknad: For Multiplex benytter vi oss ikke av parallelltesting av prøvene, hvert eluat skal pipetteres en gang i 5 ulike mastermixer. Omkjøringer: Prøver som av ulike årsaker skal kjøres om enten fra ekstraksjon, dvs hele prosessen, eventuelt kun fra PCR. I tilfeller der prøven skal kjøres om helt fra ekstraksjon skal samme prøveid / barkode benyttes og hele prosessen utføres. I tilfeller av omkjøring fra PCR: Det er viktig at dokumentasjon om tidligere ekstraksjoner/ eluatposisjoner skal være tilgjengelig slik at man på et tidspunkt skal kunne omkjøre prøven fra eluat. Side 2 av 2

3

4

5

6

7

8

9