TRANSKRIPSJONSFAKTORER
|
|
- Marthe Torgersen
- 8 år siden
- Visninger:
Transkript
1 TRANSKRIPSJONSFAKTORER Artikler: *Yang VW. Eukaryotic transkription factors: identification, characterization and functions. J Nutr 1998 Nov 128: *Chen L. Combinatorialgene regultion by eukaryotic transcription factors. Curr Opin Struct Biol. 9: , Familier: Helix-turn-helix Helix-loop-helix Leucine zippere Sink finger proteiner Andre familier Eks) p53 og NF-κB Metoder: EMSA (electrophoretic mobility shift assay) DNA footprint
2 Helix-turn-helix Satt sammen av to eller flere α-helixer, som igjen er bundet sammen av en kort utstrekt kjede av aminosyrer danner en bøy (turn) F α-helix 3 kalles gjenkjennelses helixen og bindes til hovedgropen (major groove) i DNA α-helix 3 fungerer som DNA-binding domenet To helix-turn-helix monomerer bindes som symmetriske dimerer. Monmerene holdes sammen ved assosiasjon av to antiparalelle β-tråder Fig De andre helixene kan binde seg direkte eller ved hjelp av ko-proteiner til transkripsjonskomplekset Kan fungere som aktivatorer og repressorer Eks) trp repressor phag λ repressor homeodomain porteiner spiller en viktig rolle i utviklingen av organer
3 Helix-Loop-Helix (HLH) Motif HLH består av en kort α-heliks bundet av en fleksibel løkke (loop) til en annen, vanligvis lengre α-heliks eller til to α-helikser med en kort aminosyre sekvens mellom (figur) Relatert til Leucine zipper. Det finnes strukturelle enheter bestående av både HLH- og Leucine zipper proteiner (eks. Max, figur i boka) N-terminal del på den lengste α-heliksen er DNA-bindende domene. C-terminal del på den korte α-heliksen har en netto minus ladning og er aktiveringsdomenet. Dimerisering danner både homo- og heterodimerer Noen HLH proteiner mangler den forlengede α-heliksen; disse avstumpede proteinene danner heterodimerer med de full-lengde HLH proteinene, men gir svakere bindinger til DNA pga redusert bindingsoverflate Heterodimerer kan derfor fungere som inhibitorer; en kontroll mekanisme til å inaktivere spesifikke gen regulatoriske proteiner (figur) HLH motiver er funnet i store mengder av transkripsjons aktivatorer Fam. Cellesyklus kontroll faktorer Subfam. Myc c-myc v-myc Subfam. Mad/Max Subfam. E2F
4 Leucine Zipper transkripsjonsfaktorer sekvens spesifikke DNA-bindende aktivatorer klassifisert i forskjellige familier utfra proteinstruktur. minst to funksjonelle domener; et DNA-bindende- og et aktiveringsdomene. leucine zipper har i tillegg et dimeriserings-domene. Klassifisering av leucine zipper (eller bzip) Proteiner som danner dimerer som inneholder et C- terminalt tvunnet coil dimeriseringsområde og et N- terminalt DNA bindende område stor underklasse i superklassen basiske domener. 7 kjente familier i denne klassen. eks. AP-1 like komponenter med 7 subfamilier, 8 undergrupper og flere sideordnede under-grupper av disse igjen f.eks. subfamiliene Jun og Fos, CREB- familien. Hydrofobe aminosyre sidekjedene (ofte leuciner) på hver av de monomere α-heliksene Danner en homo- eller hetero dimer som en tvunnet coil Y-formet struktur som som tillater sidekjedene deres å kontakte major groove på DNA
5 Leucine zipper motivet bidrar både til DNA binding og protein dimerisering. Dimeren griper tvers over DNA dobbelheliksen med et saksegrep, til to ved siden av hverandre liggende major groves adskilt med ca en halv dreining av dobbeltheliksen. Delen av α-heliksen som kontakter DNA inkluderer basiske seter som interagerer med fosfater i DNA ryggraden og i tillegg seter som interagerer med spesifikke baser i den store kløfta (major groove) på DNA. Kombinatorisk kontroll homo- eller heterodimerer. kombinasjon av proteiner i stedet for bare enkeltproteiner kooperativ binding til DNA Aktiveringsdomene polypeptidsekvens fusjonert med et DNA-bindende domene aktiverer transkripsjon fra et nærliggende promoter-enhancer område sammen andre proteiner.
6 Sure aktiveringsdomener, høy andel sure aminosyrer, er veldig fleksible og kan stimulere transkripsjon i nesten alle eukaryote celler. De ulike domenene i transkripsjonsfaktorer er bundet sammen av fleksible polypeptid områder. Aktiveringsdomener i ulike aktivatorer å kan interagere selv om DNA-bindingsdomenene deres sitter flere titalls baser fra hverandre. F.eks. kan Fos- Jun bundet til DNA interagere med NFAT og danne et kompleks som påvirker konformasjonen av DNA tråden i dette området og er med på å danne høyere ordens komplekser NMR spekter av isolerte aktiveringsdomener til CREB Ustrukturert tilfeldig coil.
7 I respons til økt camp fosforylerer PKA ser 133 i CREBs aktiveringsdomene og det skjer en konformasjonsendring som fremmer interaksjon med en spesifikk region i ko-aktivatoren CBP /p300. Fysisk interaksjon og aktivering av transkripsjon av målgener som inneholder en CRE sekvens. CBP/p300 interagerer også fysisk med transkripsjonsfaktorer som reguleres via andre signalspor, og har dessuten histon acetylase aktivitet.
8 Sink-finger-proteiner - Kjennetegn: har sink (Zn 2+ ) som en viktig komponent i det DNA-bindende domenet. - Figur 3.9: Èn sink-finger-enhet (zink finger motif) består av en α-heliks og en β-foldet plate* som holdes sammen av Zn 2+. (* Består egentlig av to antiparallelle β-foldede plater.) Navnet kommer av at den to-dimensjonale strukturen til zink-finger-enheten ligner en finger. - Sink er tetrahedrisk bundet til 4 aminosyrer; to fra α- heliksen og to fra β-sheet. Dette bidrar til å folde det DNA-bindende domenet til en kompakt struktur på polypeptidkjeden. - Hver transkribsjonsfaktor kan ha en eller flere sinkfinger-enheter i sitt DNA-bindende domene. - Det er α-heliksene som bindes til DNA i hovedgroper (major grooves) på DNAet. Transkribsjonsfaktorene med flere DNA-bindende α-helikser kan vikles rundt DNA. - Zink finger-proteiner inndeles i klasser, alt etter hvilke fire aminosyrer sink er bundet til. Vanligst er cystein og histidin. To av klassene er C 2 H 2 - og C 4 -sink-fingerproteiner.
9 Klasse 1. C 2 H 2 -sink-finger-proteiner - Kjennetegn: Sink er bundet til to cystein og to histidin. - Denne er en av de mest vanlige DNA-bindenede motifs blant eukaryote transkribsjonsfaktorer. - Generelt: De inneholder 3 eller flere finger-enheter per transkribsjonsfaktor og binder til DNA som momomere. - Figur a): Eks. 1. Transkribsjonsfaktoren GL 1 har 5 finger-enheter i DNA-bindende domene. 4 av disse binder til DNA via α-heliksene. - Eks. 2. Koaktvatoren TFIIA som er involvert i transkribsjonen av ribosomale gener og har 4 sinkfingre.
10 2. C 4 -sink-finger-proteiner - Kjennetegn: Sink er bundet til 4 cystein. - Har 2 sink-fingre i DNA-bindende domene og bindes til DNA som dimere; som homo- eller heterodimere. - Omfatter >100 transkribsjonsfaktorer. De fleste av disse er hormon-reseptorer/nukleære reseptorer. De er reseptorer for små, lipid-løselige hormoner som diffunderer gjennom plasma- og kjernemembranen. Hormonene bindes til hormon-reseptorene og regulerer deres aktivitet som transkribsjonsfaktorer. Eksempler på slike hormoner er østrogener, progesteron, thyroidhormoner, retinoider og kortikoider. - Figur b): Eks. Transkribsjonsfaktoren glukokortikoid-reseptor. Binder til DNA som homo-dimer, og èn α-heliks fra hver dimer bindes til DNA.
11 - Figur 10.64: Den generelle strukturen til C 4 -sink-fingerproteiner er: I N-terminal ende er det en varierende region med en eller flere transkribsjons-aktiverende domener. På midten av polypeptidkjeden fins det DNAbindende domenet, altså med to C 4 -sink-fingre. I C-terminal ende ligger det hormon/ligand-bindende domenet. Det transkribsjonsaktiverende domenet virker aktiverende på DNA-transkribsjonen bare når et hormon/ligand tilbundet den C-terminale enden. Da acetylerer de histoner DNA er kveilet opp på, og har interaksjon med andre faktorer, noe stimulerer dannelsen av et DNAreplikasjons-initieringskompleks. Heterodimerene kan være bundet til DNA uten å være bundet til en ligand, og vil i slike tilfeller virke hemmende på DNA-transkribsjonen ved å deacetylere histoner. Heterodimerene fins bare i kjernen. Figur 10.67: Homodimerene fins i cytoplasma som inaktive, og de er da bundet opp i spesielle komplekser. Ligandtilbinding medfører frigjøring av homodimeren, og den kan da gå inn i kjernen og virke aktiverende på DNAtranskribsjonen. Aktiviteten reguleres her av lokaliseringen av reseptoren. F.eks glukokortikoidreseptoren.
12 Figur 3.9. c) s. 59. En sink-finger-enhet (zink finger motif).
13 Figur a) s Ett C2H2-sink-finger-protein (GL1), bundet som en monomer til DNA. GL1 har 5 fingre, hvorav 4 er bundet til DNA via α-heliksene.
14 Figur b) s Glukokortikoid-reseptoren (et C4sink-finger protein) bundet til DNA som en homodimer.
15 Figur s Generell oppbygning av C 4 -sink-fingertranskribsjonsfaktorer (nuklære reseptorer).
16 Figur s Hormon-avhengig genaktivering av glukokortikoid-reseptoren (et C4-zink-finger-protein som binder som en homodimer til DNA NB! Dette vises ikke her!). GR = glukokortikoidreseptor AD = aktiverende domene DBD = DNA-bindende domene LBD = ligand-bindende domene Hsp90 = et inhibitorprotein for GR
17 EMSA Electrophoretic Mobility Shift Assay, Båndskifts assay Identifikasjon og karakterisering av transkripsjonsfaktorer bygger på deres evne til å gjenkjenne og binde seg til spesifikke DNA-sekvenser. Først merkes et lite DNA-fragment (<100 bp). Dette fragmentet inneholder en spesifikk DNA-sekvens man er interessert i å studere. Dette kan gjøres på flere måter. DNA merkes både radioaktivt og fluorescent. Deretter blandes det merkede DNA-fragmentet med en løsning som inneholder transkripsjonsfaktoren. Dette kan for eksempel være kjerneekstrakt som i større eller mindre grad er renset. Transkripsjonsfaktoren vil nå binde seg til DNA. Blandingen kjøres på en ikke-denaturerende polyakrylamidgel. DNA som har DNA bundet til seg vil vandre senere enn DNA uten protein bundet til seg. Transkripsjonsfaktoren kan identifiseres hvis man har antistoff mot den. Komplekset av DNA, transkripsjonsfaktor og antistoff vil nå vandre enda senere. Om bindingen mellom DNA og transkripsjonsfaktor er spesifikk, kan bestemmes ved å tilsette varierende mengder DNA med identisk eller forskjellig sekvens, som ikke merkes. Dette vil konkurrere med det merkede DNA om binding til transkripsjonsfaktoren. Hvis bindingen er spesifikk, vil økende mengde av DNA med samme sekvens føre til at intensiteten til båndet minker. Økende mengde av DNA med forskjellig sekvens vil ikke påvirke båndintensiteten.
18 Fig 1: EMSA
19 Fig. 2: Tilsetting av antistoff fører til at et kompleks som vandrer enda senere. Fig. 3: Undersøkelse av spesifisiteten til bindingen mellom protein og DNA.
20 DNA-footprinting En metode for å detektere og kartlegge spesifikke nukleinsyre-bindene proteiner. Et DNA-fragment merkes i den ene enden med et 32 P. Deler av prøven behandles med DNase I i nærvær og i fravær av protein som bindes til spesifikke sekvenser i DNA-fragmentet (f.eks. transkripsjonsfaktorer). DNAse I hydrolyserer fosfodiester-bindingene i DNAet mellom 3 oksygenet på deoxyribosen på det ene nukleotidet og 5 fosfatet på det neste nukleotidet uspesifikt (i motsetning til f.eks. restriksjons-enzymer). Sagt på en enklere måte: DNA et kuttes tilfeldig. Det brukes lave konsentrasjoner av Dnase I, slik at hvert DNA-molekyl kuttes gjennomsnittelig kun èn gang. I fravær av DNA-bindene protein, vil DNA et i prøven kuttes i alle mulige posisjoner mellom den merkede og den umerkede enden av original-fragmentet. DNA som har protein bundet til seg blir ikke kuttet i området der proteinet er bundet. De to DNA-prøvene (med og uten protein) blir så separert fra protein, denaturert til enkelt-tråder, og kjørt på gel-elektroforese. Gelen blir analysert v.hj.a. autoradiogarfi..kun merkede tråder detekteres og avslører fragmentets størrelse, som vil gå fra den 32 P-merket enden til Dnase I kutte-setet. EMSA vs DNA-footprinting
21 - Ved bruk EMSA er det mulig å observere et shifted bånd selv om det kun er en liten mengde DNAfragmenter med bundet protein.. - Ved DNA-footprinting må større mengder DNA-fragmenter m/ protein være tilstede for at det skal være mulig å detektere savnede bånd/footprints. - Av praktiske grunner brukes derfor kanskje EMSA oftere, selv om DNA-footprinting er kan være informativ.
Regulering av DNA Transkripsjon i Eukaryote Organismer. ID, Kull 99, Vår 2001 Frank Skorpen IKM, DMF
Regulering av DNA Transkripsjon i Eukaryote Organismer ID, Kull 99, Vår 2001 Frank Skorpen IKM, DMF 1 Regulering av gen-uttrykk på mange nivåer Klargjøring av DNA Transkripsjon Initiering Stopp hnrna prosessering
DetaljerML-208, generell informasjon
ML-208, generell informasjon Emnekode: ML-208 Emnenavn: Molekylærbiologi Dato:20.12.2017 Varighet:4 timer Tillatte hjelpemidler: Ingen Merknader:Lag gjerne tegninger og figurer for å illustrere og forklare
DetaljerML-208, generell informasjon
ML-208, generell informasjon Emnekode: ML-208 Emnenavn: Molekylærbiologi Dato:20.12.2017 Varighet:4 timer Tillatte hjelpemidler: Ingen Merknader:Lag gjerne tegninger og figurer for å illustrere og forklare
DetaljerForelesninger i BI Cellebiologi. Enzymer : senker aktiveringsenergien. Figure 6.13
Enzymer : senker aktiveringsenergien Figure 6.13 Aktive seter : camp-avhengig protein kinase *For å illustrere hvordan det aktive setet binder et spesifikt substrat er valgt som eksempel camp-avhengig
DetaljerREGULERING AV TRANSKRIPSJON I EUKARYOTE ORGANISMER
REGULERING AV TRANSKRIPSJON I EUKARYOTE ORGANISMER av Frank Skorpen, IKM, DMF, NTNU FORELESNING April 2001 Cellebiologi - Hovedfag 1 REGULERING AV TRANSKRIPSJON I EUKARYOTE ORGANISMER Det er flere nøkkel-mekanismer
DetaljerKlinisk molekylærmedisin (5): Eksempler på funksjonelle analyser
Pediatrisk Endokrinologi 2003;17: 64-69 Klinisk molekylærmedisin (5): Eksempler på funksjonelle analyser Pål Rasmus Njølstad 1,2,3, Lise Bjørkhaug 1 1 Seksjon for pediatri, Institutt for klinisk medisin
DetaljerOncogenic Mutations Affecting Cell Proliferation
Oncogenic Mutations Affecting Cell Proliferation Fra RTK til Nucleus (Boka s.1070-74) Normalt kreves et vekst stimulerende signal ( growth factor eks. PDGF, EGF, NGF) for at celler skal gå inn i celledeling,
DetaljerIntroduksjon til Biokjemi. Ingar Leiros, Institutt for Kjemi, UiT
Introduksjon til Biokjemi Ingar Leiros, Institutt for Kjemi, UiT Biokjemi Biokjemi (Wikipedia): -Studien av de kjemiske prosesser i levende organismer, eller sagt på en annen måte; det molekylære grunnlaget
DetaljerCellesignalisering II: Reseptor tyrosin kinaser, cytosoliske kinaser
Cellesignalisering II: Reseptor tyrosin kinaser, cytosoliske kinaser! Introduksjon! Definisjon og klassifisering! Kinasefamilier: Receptor/cytosol! Receptor Tyrosin kinase-mediert signalisering! MAP kinase
DetaljerKap 12. Det eukaryote kromosom. En organelle for pakking og styring av DNA
Kap 12. Det eukaryote kromosom En organelle for pakking og styring av DNA Oversikt over kapittel 12 Komponentene i et kromosom: DNA, histoner, og nonhiston proteiner Ett langt DNA molekyl og mange typer
DetaljerForelesninger i BI Cellebiologi. Protein struktur og funksjon - Kap. 3
Forelesninger i BI 212 - Cellebiologi Protein struktur og funksjon - Kap. 3 Tor-Henning Iversen, Plantebiosenteret (PBS),Botanisk institutt,ntnu e-mail : Tor-Henning.Iversen@chembio.ntnu.no Tlf. 73 59
DetaljerProteiner og proteinstrukturer
Medisin stadium 1A Geir Slupphaug, IKM Proteiner og proteinstrukturer Alle proteiner er bygd opp av aminosyrer. Dette er en gruppe organiske molekyler som inneholder både en karboksylsyregruppe (-COOH)
DetaljerFLERVALGSOPPGAVER BIOTEKNOLOGI
FLERVALGSOPPGAVER BIOTEKNOLOGI FLERVALGSOPPGAVER FRA EKSAMEN I BIOLOGI 2 V2008 - V2011 Disse flervalgsoppgavene er hentet fra eksamen i Biologi 2 del 1. Det er fire (eller fem) svaralternativer i hver
DetaljerGENER, genregulering, og genfamilier
GENER, genregulering, og genfamilier 1-A, H-11 Forelesning 21.11.11 Frank Skorpen, Institutt for Laboratoriemedisin, Barne- og Kvinnesykdommer, DMF, NTNU Gener Kromosom, kromatin og DNA Hva er et gen?
DetaljerKapittel 20, introduksjon
Kapittel 20, introduksjon Ekstracellulær signalisering Syntese Frigjøring Transport Forandring av cellulær metabolisme, funksjon, utvikling (trigga av reseptor-signal komplekset) Fjerning av signalet Signalisering
DetaljerKapittel 12: FRA DNA TIL PROTEIN:
Kapittel 12: FRA DNA TIL PROTEIN: fra genotype til fenotype 1. Gener og polypeptider 2. DNA, RNA og informasjonsflow 3. Transkripsjon: DNA-dirigert RNA-syntese 4. Den genetiske kode 5. Aktører i Translasjon
DetaljerSammenligningen mellom Arabidopsis thaliana genomet og de kjente genomene fra cyanobakterier, gjær, bananflue og nematode, viser bl. a.
Sammenligningen mellom Arabidopsis thaliana genomet og de kjente genomene fra cyanobakterier, gjær, bananflue og nematode, viser bl. a. Antall gener som er involvert i cellulær kommunikasjon og signaloverføring
DetaljerNORGES TEKNISK-NATURVITENSKAPELIGE UNIVERSITET INSTITUTT FOR FYSIKK EKSAMEN I EMNE TFY4260 CELLEBIOLOGI OG CELLULÆR BIOFYSIKK
Side av 1 av5 NORGES TEKNISK-NATURVITENSKAPELIGE UNIVERSITET INSTITUTT FOR FYSIKK EKSAMEN I EMNE TFY4260 CELLEBIOLOGI OG CELLULÆR BIOFYSIKK Faglig kontakt under eksamen: Catharina Davies Tel 73593688 eller
DetaljerFYS 3710 Biofysikk og Medisinsk Fysikk, Aminosyrer, Polypeptider, Proteiner
FYS 3710 Biofysikk og Medisinsk Fysikk, 2016 5 Aminosyrer, Polypeptider, Proteiner Einar Sagstuen, Fysisk institutt, UiO 06.09.2016 1 sp n -hybridisering: for hovedkvantetall N=2 er de fire valensorbitalene
DetaljerForelesninger i BI Cellebiologi Proteinrensing - Væskekromatografi. Figure 3-43 b
Proteinrensing - Væskekromatografi Figure 3-43 b Proteinrensing - Væskekromatografi Ved affinitets-kromatografi brukes en søyle med kuler som er dekket med ligander (f.eks. et enzym-substrat eller et annet
Detaljer1. En ikke-naturlig forekommende eller konstruert sammensetning omfattende:
1 Patentkrav EP2931898 1. En ikke-naturlig forekommende eller konstruert sammensetning omfattende: et leveringssystem som er operativt konfigurert for å levere CRISPR-Caskomplekskomponenter eller polynukleotidsekvenser
DetaljerKapittel 14: Det eukaryote genom og dets uttrykksregulering
Kapittel 14: Det eukaryote genom og dets uttrykksregulering Innhold: 1. Det humane genom 2. Struktur av protein-kodende gener 3. RNA processering 4. Transkripsjonell kontroll 5. Posttranskripsjonell kontroll
DetaljerBI 212- Protein Sorting - Kap. 17 Syntese og mål for mitokondrie- og kloroplast-proteiner (forts.)
Syntese og mål for mitokondrie- og kloroplast-proteiner (forts.) Veiene for opptak fra cytosol av kloroplast-proteiner Opptak av proteiner fra cytosol til kloroplaster ligner mye på mitokondrie-importen
DetaljerMembran-proteiner (Del 3.4)
Membran-proteiner (Del 3.4) Poriner adskiller seg dramatisk fra andre integral proteiner. Finnes bl.a. i ytre membranen hos E.coli (se Figure 1-7). Poriner er med å beskytte bakterien mot toksiske forbindelser
DetaljerFYS 3710 Biofysikk og Medisinsk Fysikk, DNA, RNA, Translasjon, Transkripsjon Proteinsyntese, Cellesyklus
FYS 3710 Biofysikk og Medisinsk Fysikk, 2017 7 DNA, RNA, Translasjon, Transkripsjon Proteinsyntese, Cellesyklus Einar Sagstuen, Fysisk institutt, UiO 18.09.2017 1 DNA A / C / G / T 2 -deoxyribose monofosfate
DetaljerDNA-replikasjon. DNA-replikasjon. Viktige punkt (repetisjon) Replikasjon foregår i replikasjonsfabrikker. Vil bli gjennomgått: I løpet av cellens
, 1C/D Geir Slupphaug, IKM Vil bli gjennomgått: Hovedvekt på prosesser i eukaryote celler Initiering av replikasjonen I løpet av cellens livssyklus, må DNAinnholdet i cellekjernen fordobles G0 G1 Dannelse
DetaljerForelesninger i BI Cellebiologi. Denaturering og renaturering. Figure 3-13
Figure 3.9 Denaturering og renaturering Figure 3-13 Denaturering og renaturering Figure 3-14 Viser tre trinn i refolding av et protein som har vært denaturert. Molten globule -formen er en intermediær
DetaljerFigurer kapittel 8: Bioteknologi Figur s
2 Figurer kapittel 8: Bioteknologi Figur s. 236 237 5' 3' 5' 3' DNA-primer 5' 3' DNA bit som skal kopieres Oppvarming 3' 5' 5' DNAprimer tilsettes 3' 3' 5' DNApolymerase Nytt DNA dannes Kopieringen gjentas
DetaljerHvordan standardisere en metode for isolering av plasmid til syntese av diabetes antigener?
Hvordan standardisere en metode for isolering av plasmid til syntese av diabetes antigener? Ranveig Østrem, Bioingeniør Hormonlaboratoriet, Aker Oslo Universitetssykehus Bakgrunn for analysen Pasienter
DetaljerGrunnleggende cellebiologi
Grunnleggende cellebiologi Ann Kristin Sjaastad Sert. yrkeshygieniker, Dr. Philos HMS-seksjonen, NTNU Tema Cellens oppbygning Transportmekanismer Arvestoff og proteinsyntese Mutasjoner og genotoksisitet
DetaljerFlervalgsoppgaver: proteinsyntese
Flervalgsoppgaver - proteinsyntese Hver oppgave har ett riktig svaralternativ. Proteinsyntese 1 Hva blir transkribert fra denne DNA sekvensen: 3'-C-C-G-A-A-T-G-T-C-5'? A) 3'-G-G-C-U-U-A-C-A-G-5' B) 3'-G-G-C-T-T-A-C-A-G-5'
DetaljerFasit til oppgavene. K-skallet L-skallet M-skallet
Kapittel 1 1. Tegn atomet til grunnstoffet svovel (S), og få med antall protoner, nøytroner, elektroner, elektronskall og antall valenselektroner. K-skallet L-skallet M-skallet Svovel har, som vi kan se
DetaljerFarmakodynamikk! Farmakodynamikk, definisjon:! Legemidlers virkningssted (targets) og virkningsmåte. Reseptorbegrepet; definisjon
Farmakodynamikk! Farmakodynamikk, definisjon:! Læren om legemidlenes biokjemiske og fysiologiske effekter og deres virkningsmekanismer! Ueland, P.M! Legemidlers virkningssted (targets) og virkningsmåte
DetaljerForeleser: Eivind Coward, kontor 5. etg. Datablokken. coward@ii.uib.no Gruppeleder: Harald Barsnes
Foreleser: Eivind Coward, kontor 5. etg. Datablokken. coward@ii.uib.no Gruppeleder: Harald Barsnes Forelesninger: tirsdag og fredag 12 14 rom 2104 Øvinger: fredag 10 12 rom 2143 Gi en innføring i noen
DetaljerForløp av ikke-adaptiv og adaptiv immunrespons. Mononukleære celler, metylfiolett farging
Forløp av ikke-adaptiv og adaptiv immunrespons Mononukleære celler, metylfiolett farging 1 Nøytrofile granulocytter Gjenkjennelsesprinsipper medfødt vs. adaptiv immunitet Toll Like Receptors Mikroorganismer
DetaljerUniversitetet i Oslo
Universitetet i Oslo Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet Eksamen i: MBV1030 - Generell biokjemi Eksamenstype: Midtterminseksamen Eksamensdag: Mandag 11. oktober 2004 Tid for eksamen: kl 14.30 17.30
DetaljerBioteknologi i dag muligheter for fremtiden
Bioteknologi i dag muligheter for fremtiden Arvestoff Genetisk materiale, DNA. Baser En del av et nukleotid som betegnes med bokstavene A, C, G og T. Med disse fire bokstavene skriver DNAtrådene sine beskjeder
DetaljerDNA-replikasjon. DNA-replikasjon. Viktige punkt (repetisjon) Replikasjon foregår i replikasjonsfabrikker. Vil bli gjennomgått: I løpet av cellens
, 1C Geir Slupphaug, IKM Vil bli gjennomgått: Hovedvekt på prosesser i eukaryote celler I løpet av cellens livssyklus, må DNAinnholdet i cellekjernen fordobles G0 G1 Initiering av replikasjonen Dannelse
Detaljer4260 Mikrobiologi. Midtprøveoppgaver. 02. oktober 2013
1 Høgskolen i Telemark Fakultet for allmennvitenskapelige fag 4260 Mikrobiologi Midtprøveoppgaver 02. oktober 2013 Tid: 2 timer Sidetall: 7 (40 spørsmål) Hjelpemidler: Ingen Velg kun ett svaralternativ
DetaljerBI 212- Protein Sorting - Kap. 17 Post-translasjonell modifisering og kvalitetskontroll i r-er (Del 17.6)
Før de sekretoriske proteiner transporteres videre fra ER-lumen til sitt endelige bestemmelsessted, blir de modifisert ; Dannelse av disulfid-bindinger Foldinger av proteinet Påleiring og prosessering
DetaljerOversikt over kap. 11. Kap. 11 Den direkte påvisning av genotype skiller individuelle genomer. Fire klasser av DNA polymorfismer.
Kap. 11 Den direkte påvisning av genotype skiller individuelle genomer Oversikt over kap. 11 Fire klasser av DNA variasjon til direkte påvisning av genotype. Metoder som bruker hybridisering, elektroforese,
DetaljerDNA - kroppens byggestener
DNA - kroppens byggestener Nina Baltzersen 22. september 2011 Enten man har slått seg, er forkjølet, støl etter trening eller rett og slett bare har en vanlig dag, så arbeider kroppen for fullt med å reparere
Detaljer~ høgskolen i oslo. Emne: Biokjemi. Emnekode: SO 461 K Faglig veileder: Ragnhild Augustson. Pruppe(r): 2K. Dato: Antall oppgaver: 4
høgskolen i oslo Emne: Biokjemi Emnekode: SO 461 K Faglig veileder: Ragnhild Augustson Pruppe(r): 2K Eksamensoppgaven består av: Antall sider (inkl. forsiden): 3 Dato: 15.06.04 Antall oppgaver: 4 Eksamenstid:
DetaljerBIOS 2 Biologi
. Figurer kapittel 2: Energi Figur s. 48 Solenergi Økosystem CO 2 + 2 O Fotosyntese i kloroplaster Organiske molekyler + O 2 Celleånding i mitokondrier Energi til arbeid Varme rodusentene i økosystemet
DetaljerT celle aktivering og HLA Trond S. S. Halstensen
T celle aktivering og HLA Trond S. S. Halstensen T-celler og Thymus T cellens identifisering av antigener Human Leukocyt Antigen (HLA) restriksjon, CD4 og CD8 Antigen prosessering: cytosol- og endocytisk
DetaljerEP Patentkrav. 1. En sammensetning som omfatter:
1 Patentkrav EP2129 1 2 3 1. En sammensetning som omfatter: et fusjonsprotein som omfatter første og andre peptid-deler, karakterisert ved at nevnte første peptid-del består av en aminosyresekvens valgt
DetaljerEksamensoppgave i Bi3016 Celle og molekylærbiologi Examination in Bi3016 Cell and molecular biology
Institutt for biologi / Department of Biology Eksamensoppgave i Bi3016 Celle og molekylærbiologi Examination in Bi3016 Cell and molecular biology Faglig kontakt under eksamen / Contact person during exam:
DetaljerNORGES TEKNISK-NATURVITENSKAPELIG UNIVERSITET Side 1 av 5 INSTITUTT FOR FYSIKK. EKSAMEN I FAG CELLEBIOLOGI 1 august 1997 Tid: kl
NORGES TEKNISK-NATURVITENSKAPELIG UNIVERSITET Side 1 av 5 INSTITUTT FOR FYSIKK Faglig kontakt under eksamen: Navn: Professor Tore Lindmo Tlf.:93432 EKSAMEN I FAG 74618 CELLEBIOLOGI 1 august 1997 Tid: kl
DetaljerFR tilveiebringer et kimært antistoff med variabelt område som kan gjenkjenne interleukin-2-reseptor.
1 1 2 3 Den foreliggende søknaden har prioritet i forhold til US foreløpig søknad nr. 60/469,600 innsendt 6. mai 03, US foreløpige søknad nr. 60/487,964 innsendt 17. juli 03 og US foreløpigs søknad nr.
DetaljerFaglig kontaktperson under eksamen: Jens Rohloff (mob 97608994)
Side 1 av 6 Norges teknisknaturvitenskapelige universitet Fakultet for naturvitenskap og teknologi Institutt for biologi Faglig kontaktperson under eksamen: Jens Rohloff (mob 97608994) EKSAMEN I: BI1001
DetaljerCellesyklus. Medisin stadium IA, 17. september 2012
Cellesyklus Medisin stadium IA, 17. september 2012 Trude Helen Flo Cellesyklus: En oversikt Definisjoner De ulike fasene av cellesyklus Regulering av cellesyklus Kort om apoptose Kort om stamceller Cellesyklus:
DetaljerNORGES TEKNISK NATURVITENSKAPELIGE UNIVERSITETET
NORGES TEKNISK NATURVITENSKAPELIGE UNIVERSITETET Side 1 av 7 FAKULTET FOR NATURVITENSKAP OG TEKNOLOGI Institutt for biologi Faglig kontaktperson under eksamen: Anna Kusnierczyk EKSAMEN I: BI2015 DATO:
DetaljerEmbryologi og normal fosterutvikling for patologer
Embryologi og normal fosterutvikling for patologer Utvalgte mekanismer med en del teratogenese Joel C. Glover Division of Physiology Department of Molecular Medicine Institute of Basic Medical Sciences
DetaljerPÅ JAKT ETTER SIGDCELLEANEMI
PÅ JAKT ETTER SIGDCELLEANEMI Hensikt Hensikten med forsøket er å utvikle en grunnleggende forståelse av mutasjoner i DNA og hvordan slike mutasjoner kan lede til genetiske sykdommer, samt å se hvordan
DetaljerBesvarelse SIF4070 Cellebiologi 31. mai 2002
1 Besvarelse SIF4070 Cellebiologi 31. mai 2002 Oppgave 1: Syntese av plasmamembranen. Transport over plasmamembranen a) Proteinet når ER Transport til ER membranen Transmembranproteiner som skal til ER
DetaljerHVEM HAR ETTERLATT DNA?
HVEM HAR ETTERLATT DNA? Hensikt Hensikten med forsøket er å utvikle en grunnleggende forståelse for DNA fingeravtrykksanalyser basert på restriksjonsenzymer og deres bruk i rettsmedisinske undersøkelser.
Detaljer... Proteiner og enzymer. kofaktor. polypeptid
30 Proteiner og enzymer Proteiner er bygd opp av rekker av aminosyrer som er kveilet sammen ved hjelp av bindinger på kryss og tvers, såkalte peptidbindinger. Slike oppkveilete rekker av aminosyrer kaller
DetaljerLEHNINGER PRINCIPLES OF BIOCHEMISTRY
David L. Nelson and Michael M. Cox LEHNINGER PRINCIPLES OF BIOCHEMISTRY Fifth Edition CHAPTER 19 Oxidative Phosphorylation 2008 W. H. Freeman and Company Cellulær respirasjon: siste trinn Elektronoverføring
DetaljerUke 16 (nb, spm. fra uke 16 og uke 17 overlapper ofte)
Uke 16 (nb, spm. fra uke 16 og uke 17 overlapper ofte) Høst 07 konte 28. Forklar begrepene celledeling og cellevekst, og sett begrepene i sammenheng med hyperplasi og hypertrofi. Celledeling vil si økning
DetaljerOppgave: MED1100-3_OPPGAVE2_H16_KONT
Side 10 av 35 Oppgave: MED1100-3_OPPGAVE2_H16_KONT Del 1: Ola har en arvelig betinget kombinert immundefekt med mangel på både T-celler og B-celler. Ola får derfor gjentatte Hvorfor er Ola beskyttet mot
DetaljerFlervalgsoppgaver: Enzymer
Flervalgsoppgaver - Enzymer Hver oppgave har ett riktig svaralternativ Enzym 1 Et enzym ekstraheres fra Sulfolobus acidocaldarius (en bakterie som finnes i sure, varme kilder med temperaturer opp til 90
DetaljerProteiner og proteinstrukturer
Medisin stadium 1A Geir Slupphaug, IKM Proteiner og proteinstrukturer Alle proteiner er bygd opp av aminosyrer. Dette er en gruppe organiske molekyler som inneholder både en karboksylsyregruppe (-) og
DetaljerKokeboka, oppskriften og kirsebærpaien
Forskningsnyheter om Huntingtons sykdom. I et lettfattelig språk. Skrevet av forskere. Til det globale HS-fellesskapet. Farefull spleising - en ny måte å tenke om det skadelige huntingtinproteinet Forskere
DetaljerDNA replikasjon. Hovedvekt på prosesser i eukaryote celler. Dannelse av primere og Okazaki-fragment
1 DNA replikasjon, Stadium IC, 2012, Tonje Strømmen Steigedal 2 Vil bli gjennomgått: Hovedvekt på prosesser i eukaryote celler Initiering av replikasjonen Dannelse av primere og Okazaki-fragment Koordinering
DetaljerInstitutt for biologi Faglig kontaktperson under eksamen: Berit Johansen (91897000) EKSAMEN I: BI1001 Celle- og molekylærbiologi BOKMÅL
1 av 7 Norges teknisknaturvitenskapelige universitet Fakultet for naturvitenskap og teknologi Institutt for biologi Faglig kontaktperson under eksamen: Berit Johansen (91897000) EKSAMEN I: BI1001 Celle-
DetaljerNye genetiske metoder for en mer effektiv overvåkning av giftproduserende cyanobakterier
Nye genetiske metoder for en mer effektiv overvåkning av giftproduserende cyanobakterier Sigrid Haande, NIVA Fagtreff i Vannforeningen, 11.05.2009 25. mai 2009 1 Innhold Toksinproduserende cyanobakterier
DetaljerIngen trykte eller håndskrevne hjelpemidler tillatt
Side 1 av 8 NORGES TEKNISK-NATURVITENSKAPELIGE UNIVERSITET INSTITUTT FOR BIOTEKNOLOGI Faglig kontakt under eksamen: Institutt for bioteknologi, Gløshaugen Professor Bjørn E. Christensen, 73593327 eller
Detaljer4. Plasmid DNA er A. sirkulært, enkelttrådet B. lineært, dobbelttrådet C. sirkulært, dobbelttrådet og supercoiled
Side 1 av 7 Norges teknisknaturvitenskapelige universitet Fakultet for naturvitenskap og teknologi Institutt for biologi Faglig kontaktperson(er) under eksamen: Anna Kusnierczyk EKSAMEN I: BI2015 BOKMÅL
DetaljerViktige opplysninger: Oppgavesettet utgjør totalt 100 vekttall. Antall vekttall er vist i parentes ved hver spørsmålsgruppe.
Ordinær eksamen, MEDSEM/ODSEM/ERNSEM2 Vår 2012 Onsdag 20. juni 2012 kl. 09:00-15:00 Oppgavesettet består av 6 sider, inkludert vedlegg Viktige opplysninger: Oppgavesettet utgjør totalt 100 vekttall. Antall
DetaljerMastergradsoppgave i Molekylær biovitenskap. studieretning molekylærbiologi
Mastergradsoppgave i Molekylær biovitenskap studieretning molekylærbiologi In vivo og In vitro karakterisering av hncu-g1 Silje Anda Omfang: 60 studiepoeng Institutt for molekylær biovitenskap Det matematisk-naturvitenskapelige
DetaljerDNA-replikasjon. Dannelse av primere og Okazaki-fragment Koordinering av DNA-syntesen i leading og lagging strand
DNA-replikasjon, 1C Geir Slupphaug, IKM DNA-replikasjon Vil bli gjennomgått: Hovedvekt på prosesser i eukaryote celler Initiering av replikasjonen Dannelse av primere og Okazaki-fragment Koordinering av
DetaljerEpigenetikk; arvesynden i ny innpakning? Dag O. Hessen University of Oslo, Dept. Biology Center of Ecological and Evolutionary Synthesis (CEES)
Epigenetikk; arvesynden i ny innpakning? Dag O. Hessen University of Oslo, Dept. Biology Center of Ecological and Evolutionary Synthesis (CEES) Den genetiske kode Oppnøstingen av den genetiske kode foregikk
DetaljerKUTTING AV DNA MED RESTRIKSJONSENZYMER
KUTTING AV DNA MED RESTRIKSJONSENZYMER Kutting av DNA med restriksjonsenzymer Hensikt Hensikten med forsøket er å utvikle en grunnleggende forståelse av hvordan DNA kan kuttes med restriksjonsenzymer og
DetaljerUNIVERSITETET I OSLO
UNIVERSITETET I OSLO Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet Eksamen i : INF2300 Grunnkurs i bioinformatikk Eksamensdag : Tirsdag 15. juni 2004 Tid for eksamen : 09.00 12.00 Oppgavesettet er på : 13
DetaljerBI Celle- og molekylærbiologi
BI1001 1 Celle- og molekylærbiologi Oppgaver Oppgavetype Vurdering Startside Dokument Automatisk poengsum 1 1a Skriveoppgave Manuell poengsum 2 1b Skriveoppgave Manuell poengsum 3 1c Skriveoppgave Manuell
DetaljerBare et fåtall av genene uttrykkes i hver celle
1 Medisin stadium 1c Geir Slupphaug, IKM Regulering av genuttrykk Grunnlaget for regulering av cellens funksjoner ligger lagret i arvematerialet - i DNA- molekylet For at genene skal utøve sin funksjon,
DetaljerProtein Sorting- Kap. 17
Forelesninger i BI 212 - Cellebiologi - Våren 2002 Protein Sorting- Kap. 17 Tor-Henning Iversen, Plantebiosenteret (PBS),Botanisk institutt,ntnu e-mail : Tor- Henning.Iversen@chembio chembio.ntnu.no Tlf.
DetaljerMedisin stadium 1c Geir Slupphaug, IKM Regulering av genuttrykk
Medisin stadium 1c Geir Slupphaug, IKM Regulering av genuttrykk Grunnlaget for regulering av cellens funksjoner ligger lagret i arvematerialet - i DNA- molekylet For at genene skal utøve sin funksjon,
DetaljerPATENTKRAV. og en første lett kjede og en andre lett kjede, hvor første og andre lette kjeder er forskjellige.
1 PATENTKRAV 1. Isolert monoklonalt antistoff som bærer en forskjellig spesifisitet i hvert kombinasjonssete og som består av to kopier av et enkelt tung kjede polypeptid og en første lett kjede og en
DetaljerUlike former for DNA-replikasjon. DNA er selv templat for replikasjon. Meselson og Stahls eksperiment (1958) I løpet av cellens
DNA-replikasjon Ulike former for DNA-replikasjon I løpet av cellens livssyklus, må DNAinnholdet i cellekjernen fordobles Dette skjer i S- (syntese-) fasen i cellesyklus. Selve prosessen kalles DNA-replikasjon
DetaljerMastergradsoppgave i Molekylær biovitenskap studieretning molekylærbiologi.
Mastergradsoppgave i Molekylær biovitenskap studieretning molekylærbiologi. Anniken Roppen hncu-g1 som koaktivator for her kontrollert ekspresjon fra hsr-b1 promotoren Anniken Roppen Omfang: 60 studiepoeng
Detaljer2. Polypeptid ifølge krav 1, hvor polypeptidet utløser en beskyttende immunrespons hos en pattedyrvert mot stammer av C.difficile.
1 Patentkrav 1 1. Polypeptid som omfatter et første fragment og et andre fragment, hvor (i) det første fragmentet er et toksin A repeterende domenefragment; (ii) det andre fragmentet er et toksin B repeterende
DetaljerEksamensoppgave i BI1001 Celle og Molekylærbiologi
Institutt for Biologi Eksamensoppgave i BI1001 Celle og Molekylærbiologi Faglig kontakt under eksamen: Professor Berit Johansen Tlf.: 73598691 Eksamensdato: 30 november Eksamenstid (fra-til): 9-15 Hjelpemiddelkode/Tillatte
DetaljerRegulering av karbohydratstoffskiftet
Regulering av karbohydratstoffskiftet DEL I : Oppsummering og oversikt sentrale hormoner og organer i regulering av karbohydratstoffskiftet: Bukspyttkjertel : insulin, glukagon Binyrebark/marg : kortisol/adrenalin
Detaljer1. Medfødt og ervervet immunitet. Karl Schenck, V2015
1. Medfødt og ervervet immunitet Karl Schenck, V2015 Medfødt og ervervet immunforsvar Antimicrobial peptides «Alltid beredt!» Relativt uspesifikt Må aktiveres Spesifikt Komponenter av medfødt immunitet
DetaljerLEKSJON 4: BIOTEKNOLOGI HVORDAN VI BRUKER NATURENS EGNE MEKANISMER TIL VÅR FORDEL, OG UTFORDRINGENE SOM FØLGER MED
LEKSJON 4: BIOTEKNOLOGI HVORDAN VI BRUKER NATURENS EGNE MEKANISMER TIL VÅR FORDEL, OG UTFORDRINGENE SOM FØLGER MED KOMPETANSEMÅL Forklarebegrepene krysning og genmodifisering, og hvordan bioteknologi brukes
DetaljerDen komplette DNA sekvens fra en organisme.
Definisjoner: Hva er et genom? Den komplette DNA sekvens fra en organisme. Den komplette samlingen av gener som koder for alle proteiner, pluss ribosomalt RNA, trna, snrna (involvert i mrna spleising)
DetaljerProteiner og aminosyrer
Proteiner og aminosyrer Presentasjonsplan 1/2 Cellen Grunnleggende komponenter DNA til mrna til proteiner Den genetiske koden: Hva er et codon? Presentasjonsplan 2/2 Aminosyrer del 1 Hvilke molekyler er
DetaljerGENTEKNOLOGISK ARBEID MED NAKENT DNA
Sosial- og helsedepartementet Pb 8011 Dep. 0030 OSLO Oslo, 2. mai 1996. Ref. 96/00015-003RKA/401 GENTEKNOLOGISK ARBEID MED NAKENT DNA Det vises til brev fra Sosial- og helsedepartementet datert 6. februar
DetaljerFYS3710 Molekylærbiologi
1 2 I en eukaryot celle er kromosomene festet i en indre membran som omgir en kjerne. Proteinene produseres i cellens cytoplasma. 3 I en prokaryot celle (for eksempel en bakteriecelle) er det ett kromosom.
DetaljerMolekylære metoder i medisinsk mikrobiologi.
- 1 - Molekylære metoder i medisinsk mikrobiologi. Laboratorieøvelser onsdag 18.mars 2014. Øvelser: 5. Gelelektroforese på PCR produkt fra meca og nuc PCR fra dag 1 6. Mycobakterium genus FRET realtime
DetaljerApoptose/Nekrose mekanismer
Apoptose/Nekrose mekanismer Post-doc Marit W. Anthonsen, DU1-115 marit.w.anthonsen@chembio.ntnu.no OVERSIKT: * Definisjoner apoptose/nekrose * To hovedsignalveier for apoptose * Caspaser (mordere som medierer
DetaljerFrå DNA til Protein. Medisin stadium IA, 9. september Astrid Lægreid
Frå DNA til Protein Medisin stadium IA, 9. september 2016 Astrid Lægreid http://www.doegenomes.org/ Celler inneheld DNA arvematerialet i dei fleste levande system Genomet er organismen sitt komplette sett
DetaljerCellebiologiske prosesser som respons på virusinfeksjon
Cellebiologiske prosesser som respons på virusinfeksjon PBM 336 2005 Siri Mjaaland Infeksjoner - immunresponser 1 Figure 2-49 Interferoner Uspesifikk immunitet viral infeksjon stimulerer direkte produksjon
Detaljer«Immunterapi» Kreftutvikling. Myelomatose. Immunterapi. Anders'Sundan Senter'for'myelomforskning Institutt'for'klinisk'og'molekylær'medisin,'NTNU
«Immunterapi» Kreftutvikling Myelomatose Immunterapi Anders'Sundan Senter'for'myelomforskning Institutt'for'klinisk'og'molekylær'medisin,'NTNU 1 Kreft er genetiske sykdommer i den forstand at det alltid
DetaljerGenetiske årsaker til diskordans i tyroideasvar
Genetiske årsaker til diskordans i tyroideasvar Sekvensvarianter(mutasjoner) som gir - euthyroid hypertyroksinemi, - tyreoideahormonresistens - non autoimmun hypo eller hypertyreose. Pasienten bør utredes
DetaljerAmplifikasjonsteknikker - andre metoder
Amplifikasjonsteknikker - andre metoder Svein Arne Nordbø TH-28973 17.03.15 Alternative amplifikasjonsmetoder Templat-amplifikasjons metoder Signal-amplifikasjonsmetoder Templat-amplifikasjons metoder
DetaljerFiksering. Er det så nøye? Ida E. Tennfjord, bioingeniør, Avdeling for Patologi, AHUS
Fiksering. Er det så nøye? Ida E. Tennfjord, bioingeniør, Avdeling for Patologi, AHUS Parafininstøpt materiale 1 Fiksering 2 Dehydrering 3 Klaring 4 Parafininfiltrasjon 5 Parafininstøping FIKSERING ----hvorfor
Detaljer