DE ULIKE TEKNIKKENE VI HAR IMPLEMENTERT

Transkript

1 MALDI-TOF kvalitetsmessig og logistisk effektivisering av bakteriologisk lab. Erfaringer fra Haukeland universitetssjukehus DE ULIKE TEKNIKKENE VI HAR IMPLEMENTERT Direkte metode med/uten syre Etanol-Maursyre ekstraksjon Sepsityper Filamentøse fungi Smitterisikogruppe 3 mikrober 1

2 FREMDRIFT Første maskin levert mars Validert juni 2012 Gradvis tatt i bruk sommer/høst satellitter levert januar 2013 Filamentøse fungi validert april 2013 Sepsityper validert oktober 2013 FREMDRIFT Maskin nr. 2 installert juni 2014 Backup og kapasitet Identifisering av smitterisikogruppe 3 validert januar 2015 «Typing», resistensopplæring og identifikasjon av mykobakterier gitt av Søren Lehmann men ikke validert enda Mangler trening for databasebygging Tips: Folkhälsomyndighetens nettside for MALDI-TOF 2

3 DERMATOFYTTER/MUGGSOPP Validert våren 2013 Tatt i bruk i rutinen sensommer/høst 2014 Begrenset opplæring til få personer, en dedikert oppsetter. Erfaringer Tidkrevende Litt tynn/mangelfull database Fungerer ok, men får ikke like ofte gode treff som ved annen bruk av maskinen IDENTIFIKASJON DIREKTE FRA BLODKULTUR Brukers «MALDI Sepsityper kit 50». Erfaringer Utfører prosedyren t.o.m. spritløsning og påfører pelleten på targetplaten med direktemetoden. 3 faste oppsett hver dag Om morgenen, i halv to tiden og syv tiden. 90 % identifikasjon til artsnivå og 80 % til slektsnivå 3

4 SMIT TERISIKOGRUPPE 3 Validert vinter Bygger på: M. Drevinek, J. Dresler, J. Klimentova, L. Pisa and M. Hubalek. Evaluation of sample praparation methods for MALDI-TOF MS identification of higly dangerous bacteria.. Letters in Applied Microbiology 2012;55:40-46 Først utføres en vanlig ekstraksjon. Til slutt filtreres supernatanten gjennom «Millipore s Ultrafree MC filter tubes» med en porestørrelse av 0,1 µm ved sentrifugering i 5 minutter på g. Prosedyren utføres ved inneslutningsnivå 3. Etter filtreringen kan materialet tas ut og kjøres på MALDI- TOF. ARBEIDSLISTE Tradisjonelt arbeidsark m/bilde av targetplate hvor etiketter limes på arket og skannes manuelt inn i Biotyper RTC. Excel Satellitt Posisjon Chip Navn ID Beskrivelse A1 0 A1 A2 0 A2 A3 0 A3 A4 0 A4 A5 0 A5 A6 0 A6 A7 0 A7 A8 0 A8 A9 0 A9 A10 0 A10 A11 0 A11 A12 0 A12 B1 0 B1 B2 0 B2 B3 0 B3 B4 0 B4 B5 0 B5 B6 0 B6 B7 0 B7 4

5 LIS OVERFØRING Bruker sin scoring: Logaritmisk skala fra 0-3. Sier noe om hvor lik teststammen er stammen i databasen Bokstav A, B eller C Sier noe om homogeniteten (art/slekt) blant topp 10 treff i databasen (tar bare med resultater over 1,7 i beregningen). A. Beste resultat hadde score over De andre scorene over var også av samme slekt som toppscoren. Evt. andre resultat med score mellom tilhører samme art som beste score. B. Beste resultat hadde score over Ytterligere resultater med score over har minst samme slekt som beste resultat. C. Verken art eller slekt er konsekvent blant resultatene over MALDI-TOF sender til LIS: Topp 10 resultat med score fra spotten med den høyeste toppscoren. I tillegg sendes den samlede homogenitetsbokstaven for alle spotter med samme identifikasjon. En forutsetning er at vi har et unikt lab nummer med et funn nr. Det er LIS-leverandøren som har stått for den største utviklingen for å få dette til. 5

6 Klebsiella pneumoniae 2,578 Klebsiella pneumoniae 2,526 Klebsiella pneumoniae 2,423 Klebsiella pneumoniae 2,412 Klebsiella pneumoniae 2,314 Klebsiella pneumoniae 2,297 Klebsiella pneumoniae 2,287 Klebsiella pneumoniae 2,264 Klebsiella pneumoniae 2,135 Klebsiella pneumoniae 2,127 Streptococcus pygenes 2,456 Streptococcus pygenes 2,421 Streptococcus pygenes 2,312 Streptococcus dysgalactiae 2,201 Streptococcus dysgalactiae 1,978 Streptococcus dysgalactiae 1,871 Streptococcus pygenes 1,702 Streptococcus dysgalactiae 1,647 Streptococcus dysgalactiae 1,523 Enerococcus faecium 1,027 Staphylococcus epidermidis 2,387 Staphylococcus epidermidis 2,316 Staphylococcus epidermidis 2,245 Staphylococcus epidermidis 2,205 Staphylococcus epidermidis 2,193 Staphylococcus epidermidis 2,01 Staphylococcus epidermidis 1,972 Staphylococcus warneri 1,875 Staphylococcus haemolyticus 1,734 E. coli 1,625 Citrobacter freundii 2,201 Citrobacter freundii 2,197 Citrobacter freundii 2,195 Citrobacter freundii 2,026 Klebsiella pneumoniae 1,874 Klebsiella pneumoniae 1,826 Citrobacter freundii 1,789 Klebsiella oxitoca 1,756 Klebsiella oxitoca 1,678 Enterobacter asburiae 1,578 Klebsiella pneumoniae 2,578 Klebsiella pneumoniae 2,526 Klebsiella pneumoniae 2,423 Klebsiella pneumoniae 2,412 Staphylococcus epidermidis 2,387 Staphylococcus epidermidis 2,316 Klebsiella pneumoniae 2,314 Klebsiella pneumoniae 2,297 Klebsiella pneumoniae 2,287 Klebsiella pneumoniae 2,264 Staphylococcus epidermidis 2,245 Staphylococcus epidermidis 2,205 Staphylococcus epidermidis 2,193 Klebsiella pneumoniae 2,135 Klebsiella pneumoniae 2,127 Staphylococcus epidermidis 2,01 Staphylococcus epidermidis 1,972 Staphylococcus warneri 1,875 Staphylococcus haemolyticus 1,734 E. coli 1,625 6

7 SVAKHETER Kommentarer blir ikke overført En ser bare resultatene fra en spot. En del mapping ved installering av databaseoppdateringer MATRIX Kjøper matrix à 5x 200 mg forpakninger. Pris for et rør à 250 µl er da 6 kr. Ferdig porsjonert bruksløsning 220 kr. 7

8 Multipette stream Obs, forurensning Dyre engangsspisser (kan vaskes..) Drevinek M, Dresler J, Klimentova J, Pisa L. Hubalek M. The influence of incubation time, sample preparation and exposure to oxygen on the quality of the MALDI-TOF MS spectrum of anaerobic bacteria Lett. Appl Microbiol 2012 Jul;55(1):40-6 KONTROLLER Stamme ID Brukes til Sås om av/finnes på Ent. faecalis ATCC Direkte oppsett med/uten hurtig ekstraksjon ved ny matrix Blodkultur Ved hvert oppsett av et prosjekt. Cand. albicans ATCC Etanol/maursyre ekstraksjon og smitterisikogruppe 3. Blodkultur Staph. aureus ATCC Månedtlig kontroll Puss E. coli ATCC Månedtlig kontroll Urin Haem. influenzae CCUG Månedtlig kontroll Luft Salm. typhimurium ATCC Månedtlig kontroll Feces Trichophyton rubrum ATCC Muggsopp/dermatofytt oppsett Sopp I tillegg kjøres det kalibrering med BTS og indre rens hver mandag. 8

9 TEKNISKE PROBLEMER Indre vask/detektor - Problemer starter vinteren 2013/14 - Må stadig stille på laserintensiteten. - April justeres laseren ofte og mye - Får besøk av teknikker i mai som renser maskinen * anbefaler bytte av detektor. Statistikk: ca analyserte spotter pr mnd. fordelt på ca. 430 prosjekter gjennomsnittlig 21 spotter pr. prosjekt TEKNISKE PROBLEMER Tredje parts programvare - flexcontrol vil ikke starte - ShopAndDrop er blitt installert og sperrer for flexcontrol - Forsøkt løst via online oppkobling fra Bremen, men det måtte et besøk av teknikker på labben for å fikse det. Det er installert backup-program for alle resultater. - det gjøres en fullstendig backup hver natt Det er installert backup-program for mappingen av databasen - kjøres manuelt med ujevne mellomrom 9

10 TILGANG FOR EKSTERN FJERNHJELP Anbefales på det sterkeste! 10