ILA virus HPR0 i norsk oppdrettslaks fylogeografi

Transkript

1 Programkonferansen HAVBRUK 2012, Stavanger april 2012 ILA virus HPR0 i norsk oppdrettslaks fylogeografi Trude M Lyngstad a, Anja B Kristoffersen a, Monika J Hjortaas a, Magnus Devold b, Vidar Aspehaug b, Rolf Bjerke Larssen c, Peder A Jansen a a Norwegian Veterinary Institute, Oslo, Norway b Patogen Analyse AS, Ålesund, Norway c Norwegian School of Veterinary Science, Oslo, Norway

2 ILA virus Lavvirulent ILA virus (HPR0) HE genet i full lengde Lav patogen (ikke assosiert med sykdom) Virulent ILA virus Delesjoner i HE genet Høypatogen Source: T. Markussen

3 ILA virus HE genet 5` N-term HPR TMR CT 3` HPR0 er foreslått å være forløperen til den varianten av ILA virus som gir sykdomsutbrudd

4 Mål Gjennomføre fylogeografiske studier av HPR0 Finnes det et mønster? Teste for fylogeografiske assosiasjoner mellom HPR0 og virulent ILAV Er det en sammenheng? Photo: TM TM Lyngstad

5 HPR0 data Screenet 9474 prøver for ILA virus fra 68 smolt lokaliteter 134 sjø lokaliteter 10 lokaliteter med stamfisk Studieperiode fisk per lokalitet Gjeller, hjerte, nyre Register over akvakulturtillatelser: ID og geografiske koordinater (Kilde: Fiskeridirektoratet) Photo: Tr ude M. Lyngstad Photo: TM Lyngstad

6 ILA utbrudds data 21 isolerte lokaliteter med ILA utbrudd Identifisert ved hjelp av modellen som er beskrevet av Aldrin et al 2011 Aldrin et al 2011

7 Laboratorieundersøkelser Real Time RT PCR (Veterinærinstituttet og Patogen Analyse AS) Sekvensering av ILA virus HE genet (Veterinærinstituttet) Photo: Photo: TMTr Lyngstad ude M. Lyngstad

8 Resultater Kategori Prosjekt ID Testede fiskegrupper Real-time RT PCR positive fiskegrupper Fiskegrupper med sekvensert HPR0 Materiale B Gjeller Smolt C Organmiks E Hjerte A Gjeller Matfisk B Gjeller D Gjeller E Hjerte Stamfisk A Organmiks E Hjerte

9 SC3/09A SC4/10 75 HPR0 AR4/08 SC2/09B SC9/10A AR8/08 AR2/08 AR7/ DQ NO SC15/10 86 SC17/10 S C10/10A SC16/10B SC1/10 S C2/10A SC1/09 DQ NO AR26/08B SC13/10 88 SC14/10A 93 SC6/10 SC1/0 6 SC1/08B EU NO SC2/06 85 SC5/10 90 DQ NO 87 SC11/10 AY NO SC12/10B SC7/ AR9/08 HQ FO Wild/ 09 HQ FO HQ FO HQ FO 100 HQ FO FJ SCO AY USA HQ FO

10 Statistisk analyse Regne ut parvise avstander mellom alle mulige kombinasjoner av par: Geografisk avstand (km) Genetisk avstand (Kimura 2) Antall dager mellom prøveuttak Eksempel Lok1 Lok2 Lok3 Lok4 Lok5 Lok Lok Lok Lok Lok

11 Er genetiske og geografiske HPR0 data korrelerte? Plotter par med lokaliteter (n=27) hvor HPR0 er identifisert Kilometer (km) på x-aksen Genetisk avstand på y-aksen Mantel test Korrelasjons koeffisient 0.46 p-verdi < 0.002

12 Romlige assosiasjoner mellom virulent ILA virus og HPR0 Er HPR0 forløperen til virulent ILA virus? Hvis ja, hvordan forventer vi da at sammenhengen mellom lokale virulente og lavvirulente varianter av ILA virus vil være? Hvordan kan vi teste dette?

13 Rang test For hvert isolerte ILA utbrudd: Rangerte den geografisk avstanden (km) til HPR0 lokaliteter Eksempel: HPR0 Lok1 HPR0 Lok2 HPR0 Lok3 HPR0 Lok4 HPR0 Lok5 ILA Lok ILA Lok2 ILA Lok3 HPR0 Lok1 HPR0 Lok2 HPR0 Lok3 HPR0 Lok4 HPR0 Lok5 ILA Lok ILA Lok2 ILA Lok3

14 Rang test forts. For hvert isolerte ILA utbrudd: Identifiserte HPR0 lokalitet med den korteste avstanden og korresponderende rang Eksempel: HPR0 Lok1 HPR0 Lok2 HPR0 Lok3 HPR0 Lok4 HPR0 Lok5 ILA Lok ILA Lok2 ILA Lok3 HPR0 Lok1 HPR0 Lok2 HPR0 Lok3 HPR0 Lok4 HPR0 Lok5 ILA Lok ILA Lok2 ILA Lok3

15 Rang test forts. For hvert isolerte ILA utbrudd: Identifiserte HPR0 lokalitet med den korteste avstanden og korresponderende rang Eksempel Par av lokaliteter Genetisk avstand Km Rang ILA Lok1 - HPR0 Lok ILA Lok2 - HPR0 Lok ILA Lok3 - HPR0 Lok ILA Lok4 - HPR0 Lok

16 Rang test forts. Regner ut summen av rang-verdiene Sammenligner med simulert sum av rang (10000 it) p-verdi < 0.001

17 Konklusjon HPR0 er hyppig forekommende, og finnes både i marint- og ferskvannsmiljø Genetiske og geografiske avstander mellom par av HPR0 sekvenser var korrelerte: tyder på at HPR0 sekvenser fra fiskegrupper lokalisert i geografisk nærhet av hverandre er mer beslektet enn fiskegrupper som stod langt fra hverandre Fiskegrupper med virulent ILA virus var betydelig nærmere i geografisk avstand til den genetisk nærmeste HPR0 varianten enn forventet ut fra tilfeldigheter støtter hypotesen om at HPR0 kan utvikle seg til virulent ILA virus

18 Takk til PD kohorten (Jansen et al 2010) Kasus kontroll studiet for CMS (Birgitte Fineid) Stans spredning av PD til Midt Norge (Patogen Analyse AS) Mattilsynet, og spesielt Einar Karlsen, Eva Jeanette Johansen og Sturla Romstad Asgeir Østvik (Havbrukstjenesten) Kaia Haugbro and Elin Trettenes (Seksjon for virologi) Forskningsrådet og Fiskeri og havbruksnæringens forskningsfond for finansiering av prosjektet