LABORATORIEKURS I MOLEKYLÆRBIOLOGI/ GENETIKK

Størrelse: px
Begynne med side:

Download "LABORATORIEKURS I MOLEKYLÆRBIOLOGI/ GENETIKK"

Transkript

1 LABORATORIEKURS I MOLEKYLÆRBIOLOGI/ GENETIKK 1. VNTR analyse av humant DNA 2. Regulering av lac-operon i E. coli 3. Transduksjon: Induksjon av en lysogen E.coli og transduksjon av λ-gal av Bente Hellum Høgskolen i Oslo, Avd. for Ingeniørutdanning, Kjemilinjen. 29 December 2003 Virve Bue

2 Regler for gjennomføring av labkurs 2 1. Utforming av laboratoriejournaler og -rapporter skal følge de retningslinjer som er gitt i kompendiet Rapportskriving av Ragnhild Augustson. Faglærer gir nærmere orientering. 2. Frister for innlevering av laboratoriejournaler og rapporter må overholdes. Følger ved for sen innlevering: For fag med lab karakterer: Inntil 3 dager for sent: Trekk av 10 poeng (av 100) Inntil 1 uke for sent: Trekk av 30 poeng (av 100) Mer enn 1 uke: Trekk av 50 poeng (av 100) For fag uten lab karakterer: De første to gangene journal/rapport blir levert for sent (i et fag) vil det hver gang bli gitt en skriftelig advarsel via e-post. Den tredje gangen må laboratorieoppgaven gjøres pånytt. Det er mulig å få utsettelse dersom en er syk (dersom en trenger lengre utsettelse enn 1 uke må en levere sykemelding). For å få utsettelse må en sende en e-post til labansvarlig. Det skal bli satt en ny innleveringsfrist. Studenter med spesielle behov bes kontakte fagkoordinator for å få et tilpasset opplegg. 3. Dersom avskrift fra andre rapporter oppdages, vil rapporten ikke bli godkjent. 4. En rapport som ikke godkjennes ved første gangs innlevering, skal rettes opp og leveres inn på nytt. Dersom rapporten ikke godkjennes ved 3. gangs innlevering, regnes oppgaven som ikke gjennomført. Om mulig kan oppgaven gjøres på nytt.

3 3 Innholdsfortegnelse OPPG. 1: VNTR ANALYSE AV HUMANT DNA... 4 INNLEDNING... 4 TEORI: 5 PCR 7 Elektroforese Forsøk: 10 MATERIALER OG METODER DNA prøver PCR 12 Agaroseelektroforese OPPG. 2: REGULERING AV LAC-OPERON I E. COLI INNLEDNING MATERIALER OG METODER OPPG. 3: INDUKSJON AV EN LYSOGEN E. COLI OG TRANSDUKSJON AV λ -GAL A: INDUKSJON AV EN LYSOGEN E. COLI INNLEDNING MATERIALER OG METODER B: TRANSDUKSJON AV λ-gal INNLEDNING MATERIALER OG METODER LITTERATURLISTE... 30

4 4 OPPG. 1: VNTR AV ANALYSE AV HUMANT DNA Oppgaven går ut på å finne allelfrekvensen for kursdeltagerne av VNTR-området i 3 ende av apolipoprotein B ved hjelp av VNTR-PCR teknikk. I læreboka omtales VNTR områder som minisatelitter. Begrepene brukes om hverandre. Innledning Hver human somatisk cellekjerne inneholder 6,4 milliarder basepar av DNA. Deler av dette DNA koder for over ca gener, mens det gjenværende DNA er ikke kodende. 99,9% av humant DNA er identisk for alle individer. Det gjenværende 0,1% kan variere på flere måter mellom individer. DNA profilanalyser fokuserer på variable områder av DNA. En slik form for variasjon kalles VNTR (Variable Number of Tandem Repeat). Dette er utnyttet innen rettsmedisin der de såkalte DNA fingeravtrykk i større og større grad har erstattet tidligere tommelfingeravtrykk De tidligste DNA fingeravtrykk analyser var basert på restriksjonssete polymorfisme (RSP). Det vil si at små forskjeller i DNA sekvenser vil gi litt forskjellige kuttesteder med ett og samme restriksjonsenzym dersom forskjellen omfatter restriksjonssetet for enzymet.. Forskjellige kuttsteder vil gi opphav til fragmenter av ulik lengde og derfor kalles også metoder som baseres på dette for RestriksjonsFragment Lengde Polymorfisme (RFLP) analyser. Metoden kan kombineres med Southern blotting eller PCR. I dag brukes mer og mer VNTR (Variable Number of Tandem Repeat) analyser. Prinsippet her er at over store områder av våre kromosomer finner man DNA-sekvenser som er gjentatt etter hverandre mange ganger, tandem repetert. I disse områdene finner vi også polymorfisme; dvs at antall repeterte enheter kan variere fra person til person. Dette er opphav til begrepet VNTR. Slike polymorfismer er mest vanlig utenom gener. Analyse av VNTR er derfor ikke så mye knyttet til gentesting, men til å påvise identitet, slektskap og lignende. VNTR-områdene kan analyseres både ved RFLP-teknikk og PCR-teknikk. Siden PCRteknikken benyttes i denne oppgaven og dessuten krever minimalt med test DNA og kort analysetid, forklares den her: VNTR områdene kalles også satellitter. Et VNTR element defineres som en mikrosatellitt dersom den repeterte enheten er fra 2 til 5 nukleotider og for en minisatellitt dersom den er fra 5 til 40 nukleotider. Disse satellittene kan amplifiseres ved PCR. Man trenger da et primersett som binder seg på sidene av selve VNTR området. Siden antall repeterte enheter er variabelt, vil kromosomer fra ulike personer gi PCR-produkter med ulik lengde. Ved DNA-analyser vil hver person ha to alleler med spesiell vandringslengde på gel, avhengig av antall repetisjoner

5 Se figur 1som viser ett eksempel på hvordan båndmønsteret på en gel kan brukes til å identifisere personer repetisjoner Unik Unik mikrosatellit Spor M-1 M-2 M-3 M-4 Figur 1. PCR av VNTR i kriminalsak med 4 mistenkte, M1-M4. M2 har samme bånd som sporet. De andre er utelukket. Hensikten med dette forsøket er å undersøke allelfrekvensen for deltagerne på kurset ved hjelp av VNTR-PCR metoden. Dette vil derfor innebære å Skaffe prøver med DNA fra kursdeltakerne Lage mange kopier av spesifikt VNTR DNA fra prøvene. Observere det mangfoldiggjorte VNTR DNA Teori: DNA prøver DNA prøver til slike forsøk kan prepareres på ulike måter. Den tradisjonelle måten er å isolere DNA fra celler slik at uønsket RNA og protein ikke følger med i prøven. Fordelen med denne metoden er at den rene DNA prøven uten videre kan brukes til analyser som f.eks

6 6 PCR. Ulempen er at å skaffe slikt rent DNA tar tid og ofte innebærer bruk av løsningsmidler som fenol, kloroform og isoamylalkohol. Metoder som går ut på å åpne cellen slik at DNA kommer ut i løsning uten å fjerne de andre komponentene fra cellen og deretter bruke prøven direkte i PCR, kan by på problemer siden noen av komponentene, som tungmetallioner, kan hindre PCR reaksjonen. Imidlertid har man i dag funnet ut at ionebytter materialer som chelex-100 binder de divalente kationer som ellers ville ha hindret PCR reaksjonen. VNTR-området Ved hjelp av PCR skal det hypervariable loci nær den 3' enden av apolipoprotein B genet på kromosom 2 amplifiseres. De to primerene som brukes binder seg spesifikt til hver sin side av det søkte området. Dette VNTR området arves som autosomal kodominant arv består av repeterte basesekvenser på ca 15 bp. Den minste forskjellen mellom to alleler er på ca 30 bp og dette betyr at to 15-bp repeterte sekvenser skiller det ene allelet fra det andre. I en Fransk befolkningsgruppe fant man alleler fra repetisjoner med flest på 37. Se figur 2. Figur 2. Figuren viser frekvens av 12 stk. 3'apobeta VNTR alleler av 125 pesroner som ikke er i slekt. Bildet viser at det vanligste frekvens allelet er 691 bp som inneholder 37 repeterte sekvnenser. 3'beta allene er 691 bp lange og består av 37 repeterte sekvenser som er bp lange.

7 7 PCR Polymerase Chain Reaction er en in vitro metode som gjør det mulig å oppformere et bestemt DNA-stykke. Det er nok med et eneste DNA-molekyl som inneholder den sekvensen man ønsker masseprodusert. Vanligvis består DNA-prøvene som skal amplifiseres, av hele genomet. Man må derfor kjenne sekvensen av baser på hver side av det ønskede DNA-fragmentet. På grunnlag av dette må det lages to syntetiske oligonukleotider som er komplementære til disse områdene. Oligonukleotidene avgrenser området som skal oppformeres, og virker i tillegg som primere (startpunkt) for DNA-syntesen. Det er enzymet Taq DNA polymerase som fortsetter DNA-syntesen der primerene er bundet, og det lages en komplementær DNA-tråd til hver av de to opprinnelige. Amplifiseringen skjer ved gjentatt denaturering, annealing og extension. Se figur 3. løsningen. Temperaturen på dette trinnet bør være ca C. DNA-kilde 5' ' 3' ' Denaturering 5' ' 3' ' SSDNA Tilsette primere 5' ' 3' ' Primer 2 Primer 1 Inkubere med Taq polymerase 5' ' < Trinnene i PCR 1. Denaturering DNA-kilden denatureres ved å varme opp til over 95 C. Man får da enkelttrådet DNA, som primerene kan binde seg til. 2. Annealing Reaksjonsblandingen blir deretter nedkjølt til C, slik at primerene kan anneale- /binde seg til komplementær base rekkefølge på de to ss (single stranded) DNA-- trådene. 3. Extension/polymerisering Polymeriseringen av oligo-nukleotidene(primerene) skjer vha. Taq DNA polymerase, som syntetiserer en komplementær DNA-tråd. Byggestenene, dntp (datp, dgtp osv.), må da finnes i Ny komplementær DNA 3' ' > Ny komplementær DNA Ny denatrurering og ny primer 5' ' < ' ' > + 5' ' < ' ' > 4 DNA tråder etter 2 runder. Gjentas flere ganger. Figur 3.

8 8 Syklusen bestående av denaturering, annealing og extension blir vanligvis gjentatt ca. 30 ganger. Da produktet fra en amplifisering er templat for neste, vil mengden DNA teoretisk fordobles, 2 n (n = antall sykluser), etter hver syklus. Optimalisering av PCR Ved bruk av PCR kan det ofte oppstå problemer, som feks. uønskede produkter eller evt. lite/ingen produkter. En viktig forutsetning for å oppnå de ønskede resultater, er derfor at PCR-prosessen er optimalisert. Det betyr at mengden av de ulike reagensene er tilpasset hverandre samt optimalisering av temperatur i syklusene. Nødvendige reagenser i reaksjonsblandingen: buffer dntp, sense primer, antisense primer H2O, Taq DNA polymerase, DNA prøve * Buffer: Denne består av KCl, Tris-HCl, MgCl2 og gelatin. Av disse reagensene er det mengden av fri magnesium som er av spesiell betydning for PCR. Da Mg 2+ er kofaktor for DNA polymerase, vil aktiviteten av enzymet være avhengig av konsentrasjonen av ionet. Lite Mg 2+ gir lite/ikke produkt, mens for mye Mg 2+ gir falske bånd. Mg 2+ stabiliserer binding av primer og enzym til DNA. Dersom primerene i 3'enden har komplementær baserekkefølge til andre steder på DNA-tråden (ca. 5-6 baser), kan primerene anneale til disse et kort øyeblikk ved mye Mg 2+. Pga. sin høye aktivitet, vil enzymet starte polymeriseringen og falske bånd kan oppstå. * dntp: er en blanding av datp, dttp, dgtp og dctp. Dersom konsentrasjonen av disse endres, innvirker dette på fri Mg 2+. Grunnen til dette er at trifosfat og Mg 2+ danner kompleks, som er substrat til Taq enzymet. For høy konsentrasjon av dntp gir dermed for lav konsentrasjon av fri Mg 2+. Samtidig må en passe på at det er nok "byggestener" tilstede i løsningen for å få opp tilstrekkelig PCR produkt. Det må f.eks. 20 µm dntp i 100 µl PCR for å få 2.6 µg DNA.

9 9 * Primere: Det blir brukt to typer primere, sense og antisense. "Antisense" primeren annealer på den kodende DNA-tråden, mens "sense" primeren annealer på den komplementære (fig.2). 5' ' 3' ' sense DNA-tråd antisense primer komplementær DNA-tråd sense primer Figur 4: Annealing Det er viktig at s og as primerene ikke har komplementær baserekkefølge slik at de danner primer-dimere, og dermed ikke binder seg til DNA-tråden. Det må også være "perfect match" i 3' enden mellom primer og DNA for at enzymet skal kunne polymerisere. I tillegg bør primerene være i overskudd. Det også viktig at annealingstemperaturen er riktig. For at primerene skal kunne hybridisere til sine komplementære områder på DNA tråden, må temperaturen være godt under smeltepunktet.. Ved for lav annealingstemperatur kan feil priming skje fordi primerene bindes uspesifikt til templaten og ved høy annealingstemperatur vil ikke primerene feste seg i det hele tatt og det blir ikke dannet noe produkt. * DNA polymerase: Det finnes mange typer DNA polymeraser som kan brukes i PCR. Tidligere ble DNA polymerase I Klenow fragment fra E.coli ofte brukt. Dette er et varmelabilt enzym som har sin optimale temperatur ved C. På grunn av varmelabiliteten kreves det tilsetning av nytt enzym etter hvert denatureringstrinn. Dette fører til en langtekkelig prosess og resulterer raskt i opphopning av denaturerte enzymer i reaksjonsblandingen. Taq DNA polymerase er et termostabilt enzym isolert fra Thermus aquaticus. Dette enzymet har sin maksimale aktivitet ved C. Dette gjør hele PCR-prosessen enklere da det ikke kreves ny tilsetning av enzym etter hver denaturering. I den senere tid har forhandlere av PCR-reagenser begynt å reklamere for et nytt enzym; Vent DNA polymerase. Dette enzymet er i likhet med Taq polymerasen termostabilt og genmodifisert. Fordelen med Vent enzymet skal være at høyt GC innhold, hårnålsstrukturer og metylerte baser i DNA templaten påvirker resultatet i mindre grad enn med andre enzymer. Enzymene polymeriserer fra 5'-3', og enkelte har 3'-5' exonuklease aktivitet, dvs. "korrekturlesning".

10 10 Når det gjelder mengde enzym i reaksjonsblandingen bør den verken være for høy eller for lav. Ved lav enzym konsentrasjon vil det bli lite PCR produkt, mens ved høy kan det oppstå falske bånd. I dette forsøket blir det forøvrig benyttet Taq DNA polymerase. Tips for PCR * Bruk separate sett av utstyr og pipetter under preparasjonen av prøvene. * Autoklaver deionisert vann, PCR-buffer, pipettespisser og eppendorfrør. Primere, dntp's og Taq DNA polymerase kan ikke autoklaveres. * Lag "pool" av reagensene. * Bruk engangshansker, og bytt de ofte. * Bruk tynnveggete eppendorfrør som har lokk som er lette å få opp, for å unngå spruting. * Rørene som inneholder reagensene tines, sentrifugeres og blandes godt før inneholder brukes. * Tilsett DNA og olje tilslutt. * Hvert eppendorfrør lukkes umiddelbart etter tilsetning av DNA for å forhindre fordampning over i andre prøver. Elektroforese For å påvise produktet fra PCR benyttes agarose gelelektroforese. Teorien for denne type elektroforese er beskrevet i bioteknologi laboratoriehefte. Repeter denne om nødvendig. Forsøk: Vi skal i denne oppgaven bruke celler fra egen munnslimhinne som DNA kilde. Det isolerte DNA brukes som templat i PCR reaksjonen Til slutt skal PCR produktene separeres ved agarosegelelektroforese. Isolering av DNA og amplifisering med PCR gjøres dag 1, mens agarosegelektroforesen gjøres dag 2.

11 11 Materialer og metoder DNA prøver DNA prøvene prepareres ved bruk av InstaGeneMatrix som inneholder Chelex 100 som består av polymerisert divinylbenzen og har funksjonell gruppe : R-CH 2 NH + (CH 2 COO - ) 2. Chelex-100 binder metallioner som ellers ville ha hindret PCR reaksjonen Kjemikalier og utstyr Cytobrush Sterilt, destillert vann InstaGeneMatrix Eppendorfrør Bordsentrifuge Vannbad på 56 o C og 100 o C Automatpipetter Fremgangsmåte: 1. Tvinn en cellebørste mot innsiden av kinnet i ca 1,5 minutter. 2. Plasser cellebørsten i et 1,5 ml eppendorfrør inneholdende 500 µl sterilt destillert vann. Klipp av pinnen som stikker ut av røret og rist røret med børsten kraftig på Whirlmikser. 3. Sentrifuger 1 minutt ved rpm 4. Gjenta sentrifugeringen etter at børsteresten er fjernet fra røret. 5. Pipetter forsiktig av all supernatant bortsett fra µl. 6. Tilsett 200 µl InstaGene matrix til pelleten og inkuber ved 56 o C ca 30 min. NB: InstaGene matrix bør blandes ved moderat hastighet på en magnetrører for holde å matrixen i suspensjonen. BRUK ALLTID PIPETTER SOM HAR EN STOR SPISS, SLIK SOM EN 1000 µl PIPETTE SPISS. 7. Vortex ved høy hastighet i 10 sekunder. 8. Kok prøven i 8 minutter.

12 12 9. Vortex ved høy hastighet i 10 sekunder. Sentrifuger ved rpm i 3 minutter. 10. Bruk 20 µl av den resulterende supernatanten pr 50 µl PCR reaksjon. 11. Denne prøven bør lagres ved - 20 o C dersom den skal brukes senere. PCR I denne oppgaven benyttes et urenset genomisk DNA preparat som templat. Det er derfor viktig at primerene binder seg godt og spesifikt til målområdene. Temperaturen må derfor tilpasses de aktuelle primerene. For at primer skal feste seg til sin templat, må temperaturen være godt under smeltepunktet (t m ) som estimeres slik: t m = 4(G + C) + 2(A + T) I dette forsøket har de valgte primerene følgende sekvenser og smeltetemperaturer: Primer 1: 5'-ATGGAAACGGAGAAATTATG-3' Beregnet temperatur = 54 o C Primer 2: 5'-CCTTCTCACTTGGCAAATAC-3' Beregnet temperatur = 58 o Ut i fra dette og tidligere forsøk har det vist seg at 52 o C gir best resultat. Kjemikalier og utstyr. 10 x PCR-buffer, uten MgCl2, (100 mm Tris-HCl, ph 8.3, 500 mm KCl og 0.01% gelatin) 25 mm MgCl2 20 mm dntp løsninger 40 µmol/l Primer #1 løsninger 40 µmol/l Primer #2 løsninger Sterilt destillert vann DNA fra munnslimhinnen Taq DNA polymeraseløsning, 0,5U/µL Tynnveggede små PCR rør Whirlmikser Bordsentrifuge PCR maskin, Perkin Elmer Cetus, DNA Thermal cycler

13 13 Fremgangsmåte 1. Blandingen i tabellen under kalles C-miks, og lages av ingeniøren. Hver PCR-prøve trenger 20µl C-miks. 10 x reaksjonsbuffer 50 µl 20 mm dntp 20 µl 25 mm MgCl2 30 µl 43,5 µmol/l Primer #1 6 µl 41,4 µmol/l Primer #2 6 µl Sterilt vann 88 µl Totalt 200 µl Denne mengden er nok til 10 prøver Dersom det er flere enn 10 studenter tilstede må man øke mengden C-miks. C miks 2. Dette og resten gjøres av alle. Bland de forskjellige reagensene i ett lite sterilt PCR-rør.. Reagens µl Ferdig blandet 20 C-miks fra pkt.1 Munncelle 20 DNA Taq enzym, U/µl 3. Sentrifuger rørene ved 5000 rpm i 3 minutter. Tilsett 50 µl olje til hvert eppendorfrør. 4. Programmer følgende PCR-betingelser på PCR-maskinen. (Tidsberegning: hver syklus tar ca. 7 min, totalt ca. 3 timer) TIME-DELAY File: 4 min 94 C (Initial denaturering) Link to (bindes til) STEP-CYCLE File: Segment 1: 1 min 94 C (Denaturering) Segment 2: 1 min 52 C (Annealing av primerer) Segment 3: 2 min 72 C (Extensjon av primerer) Segment 4: 0 min 0 C Cycling for 30 cycles. Link to (bindes til) TIME-DELAY File: 10 min 72 C (Ekstra extensjon trinn) Link to (bindes til) SOAK File: 4 C

14 14 5. Plasser eppendorfrørene i PCR-maskinen og trykk på start knappen. Agaroseelektroforese Kjemikalier og utstyr Agarose (elektroforesegrad) Agarose slurrybuffer : Tris-Acetat (TAE) 0.04 M Tris-acetat M EDTA, ph 8.0 Elektroforesebuffer : som agarose slurry buffer Gel-loading buffer : Tris-Acetat med 50 % glyserol og 0.25 % brom-fenolblå PCR produktene fra dag 1. Standard DNA markør, kb, (50 µg/ µl) New England Biolabs Ethidiumbromid-løsning, 10 mg/ml Elektroforese utstyr UV-lys Kodak gelkamerautstyr Fremgangsmåte: 1. Lag en 3 % agarose gel. Det trengs 2 geler til alle gruppene. Se prosedyre i bioteknologilaboratorieoppgavene for å lage agarose gel, men tilpass mengde agarose slik at gelen blir 3 %. Tilsett 10 µl ethidiumbromid løsning til 200 ml agarose slurry løsning. (finalt 0,5µg/mL) etter at den har avkjølt seg til ca 60 o C. 2. Overfør 12 µl av PCR produktet til et nytt eppendorfrør. 3. Tilsett 4 µl gelloadingbuffer til røret og bland godt. 4. Appliser hele prøveblandingen på agarose gelen. 5. Sett 5 µl standard DNA i en egen prøvebrønn pr gel. (Gjøres bare av to studenter) 6. Utfør elektroforesen ved ca.7.5v/cm eller omtrent 100 volt totalt (20 cm gel) i ca 5 timer. 7. Undersøk gelen under UV lys. Ta bilde av gelplaten med kodakkamerautstyr under UV lys.. Gjøres samme dag.

15 15 Labrapport Beregn størrelsen på de forskjellige alleler blant kursdeltagerne og fremstill allelfrekvensen blant kursdeltakerene grafisk. Hvilke alleler har du? Har noen av kursdeltakerene samme DNA profil? Til utregning av antall repeterte frekvenser (allel) kan du bruke at fragmentene fra undrsøkelsen i fig. 2 varierte i størrelse fra ca 570 til 900 bp. Det hyppigst forekommende allelet hadde 691 bp og dette viste seg ved sekvensering å inneholde 37 repeterte enheter. Det nest hyppigste allelet inneholder 659 bp. Siden 37 x 15 = 555 får vi en restbit på = 136 bp. Denne biten stammer fra området på siden av VNTR og er derfor konstant. Det vil si at allelet med 29 repetisjoner da skulle være : 29 x = 571 bp. Utregning: Allelfrekvens = Antall alleler av en gitt størrelse/ totalt antall alleler. Eks. Det er ti personer på kurset, det skulle gi 20 alleler totalt. Det er tre bånd som gir allelstørrelse 35; Da blir frekvensen av allel 35: = 3/20 = 0,15. OSV.

16 16 OPPG. 2: REGULERING AV LAC-OPERON I E. COLI Innledning E. coli (og andre bakterier) kan leve på ulike karbonkilder, f.eks. glukose, laktose eller glycerol. Hvis cellene har god tilgang på glukose er det ikke nødvendig for dem å utnytte laktose. I en slik situasjon vil cellene ikke lage de enzymer som trengs for utnyttelse av laktose. På denne måten sparer cellene ressurser, ved at de ikke lager mer mrna og enzymer enn strengt nødvendig. Hvis derimot laktose er eneste karbonkilde, vil cellene lage de nødvendige enzymer for å katabolisere laktose. Denne reguleringen skjer på DNA-nivå, dvs. transkripsjon. Første trinn i nedbrytningen av disakkaridet laktose er spalting til glukose og galaktose. Enzymet er β-galaktosidase, og genet som koder for dette proteinet kalles lac z, eller bare z. I tillegg trengs proteinet galaktosid permease, som kodes av genet lac y. Disse strukturgenene ligger ved siden av hverandre (et tredje gen, lac a, transkriberes sammen med z og y) (basepar) P i p o z y a Regulering Kontroll Strukturelle gener Lactose operon Figur 3. Lac-operon Genene z, y og a transkriberes i ett og gir et polycistronisk mrna. Dette skjer fra lacpromoteren, p, som er bindingsstedet for RNA polymerase. I samme område er en operatorsekvens, o. Til denne kan lac-repressoren binde seg, noe som forhindrer transkripsjon av lac-genene. Repressoren er et protein som kodes av et eget repressorgen, lac i. Dette genet sitter ved siden av p/o-z-y-a-området. Laktose binder seg til repressoren og modifiserer denne slik at den ikke binder seg til operatorområdet. Derved blir promoteren tilgjengelig, lac-genene transkribert og lac-enzymene laget. Laktose induserer disse genene (laktose er induser). For at lac-genene skal transkriberes må også syklisk AMP være tilstede. camp dannes i cellene når det ikke er glukose der. camp binder seg til et eget protein, CAP (Catabolite

17 17 Activator Protein). Dette komplekset av camp-cap binder seg ved siden av promoterområdet og er nødvendig for at transkripsjonen skal skje. Med glukose i cellen vil camp ikke bli dannet, og derved ikke dette nødvendige komplekset. På denne måten vil glukose hindre produksjon av β-galaktosidase. Dette kalles katabolitt represjon. Alle gener og DNA-sekvenser som er beskrevet, og som regulerer og koder for genene for laktose nedbrytning, kalles et operon - lac operon. Materialer og metoder Vi skal bruke bakteriestammer med ulike mutasjoner i lac-operon. Tabell 1 viser antatt genotype for disse stammene. Tabell 1 Sammenheng mellom stamme nr av E.coli, type, genotype og tilleggskommentarer CHS nr. type genotype Kommentarer 1 F - i + z - y + nonsense mutasjon i z 7 F - i + z + y - Amber mutasjon i y 23 F lac lac / i + z + y + F bærer i + z + y + 35 F lac lac / i s z + y + F bærer i s z + y + 36 F lac lac / i - z + y + F bærer i - z + y + 50 F - lac 61 Hfr C i + z + y + 62 Hfr H lac lac: delesjon som omfatter bakteriens lac-operon på kromosomet. (Anta at det er ufunksonelt) z - Cellen kan ikke lage aktiv β-galaktosidase. y - Cellen kan ikke lage aktiv galaktosid permease, Laktose kan derved ikke komme inn i cellen og indusere lac-operon. i - Mutasjon i regulatorgenet. Det stedet på repressoren som binder seg til operatoren er forandret slik at den ikke lenger kan binde seg. Lac-operon blir da transkribert også uten laktose som induser. Mutanten er konstitutiv. En slik mutant er recessiv, dvs at hvis cellen har et annet i-gen som virker, vil cellen bli induserbar. o c Dette betyr operator constitutiv. Operatorområdet er forandret slik at repressoren ikke kan binde seg. Derved vil genene bli transkribert også uten induser. p - Mutasjon i promoterområdet. RNA polymerase kan ikke binde seg, og vi får ingen (eller svak) transkripsjon.

18 18 i s Mutasjon i regulatorgenet. Det stedet på repressoren der induseren binder seg til er endret. Laktose kan derved ikke binde seg, og repressoren er alltid aktiv. Ved høy konsentrasjon av induser er det likevel mulig å oppnå noe transkripsjon. Disse stammene skal vi så ut på fire forskjellige medier: 1. BASIS medium inneholder bare trypton og gjærekstrakt, hverken glukose eller laktose. 2. BASIS + LAC inneholder laktose i tillegg til basis. 3. BASIS + IPTG inneholder IPTG istedenfor laktose. IPTG står for isopropyl-β-thiogalaktosid. Dette stoffet induserer lac-operon på linje med laktose, men trenger ikke permease for å komme inn i cellen. IPTG vil derfor indusere også en y - mutant. 4. BASIS +LAC + GLU inneholder både glukose og laktose. Glukose vil gi katabolitt represjon, og lac-operon blir ikke indusert selv med induser tilstede. Når det gjelder disse mediene må vi tilsette et substrat for β-galaktosidase etterpå. Vi benytter reaksjonen: o-nitrofenyl-β-galaktosid galaktose + o-nitrofenol (ONPG) β-galaktosidase (ONP) Reaksjonsproduktet, ONP, er gulfarget. testen utføres ved å dryppe ONPG på cellene og se om det blir gul farge. Dersom det blir gult, betyr det at cellene produserer β-galaktosidase. Hvis ikke (gulhvitt eller hvitt) produserer cellene ikke enzymet.

19 19 Kjemikalier og utstyr Til hver gruppe: 8 skåler med ulike bakteriestammer 4 skåler med ulike medier eppendorfrør 1mM MgCl 2 Sterile tannpirkere Varmeskap ved 37 o C ONPG-løsning BASIS Figur 4. Mønster for avsetting av kolonier på agarplatene. Fremgangsmåte 1. Gjør klar 8 eppendorfrør som skal merkes, ett til hver av bakteriestammene. I hvert av rørene has det 10 dråper 1mM MgCl 2. Bruk sterile tannpirkere, og overfør litt fra hver bakterieskål til hvert sitt rør. 2. Merk av, på baksiden av hver av de fire medieskålene, plass til hver av de 8 stammene med stammenr. (se figur 4). Sett så skålene på et vannrett underlag. Bruk nye sterile tannpirkere, og overfør litt av hver bakteriestamme til avmerket område på hver skål. Inkuber skålene over natten ved 37 o C. 3. Undersøk koloniene neste kursdag. Husk å dryppe på noen dråper ONPG-løsning på hver koloni, og noter resultatet. RAPPORT For hver bakteriestamme; skriv hvilken fenotype du forventer (lac -, lac + (induserbar), lac + (konstitutiv)). Fyll ut skjemaet på neste side med det du forventer av resultater. Skriv + der β- galaktosidase er laget, - der det ikke er laget. Fyll ut det andre skjemaet med observerte resultater. Sammenlikn forventet og observert resultat. Den ene stammen er oppgitt med feil genotype. Forklar dette.

20 20 OPPSUMMERING AV RESULTATER, REGULERING AV LAC-OPERON Forventet fenotype: Stamme 1 Stamme 36 Stamme 7 Stamme 50 Stamme 23 Stamme 61 Stamme 35 Stamme 62 Forventet resultat: MEDIUM BASIS BASIS + LAC BASIS + IPTG BASIS + LAC + GLU Observert resultat: MEDIUM BASIS BASIS + LAC BASIS + IPTG BASIS + LAC + GLU

21 21 OPPG. 3: INDUKSJON AV EN LYSOGEN E. COLI OG TRANSDUKSJON AV λ -GAL FORSØKET UTFØRES OVER TO DAGER! DAG 1: 3A: Induksjon av en lysogen E. COLI Innledning Bakteriofag λ er en temperat fag med E. coli som vert. Det betyr at den har to alternative livssykluser; lytisk eller lysogen. I det lytiske livsløpet dannes det et stort antall nye fagpartikler som slippes fri etter lysis, og bakteriecellen dør. I det lysogene forløp fortsetter bakterien å leve med fagens DNA inne i seg, som en profag. λ profagen er integrert i bakteriens kromosom. En slik bakterie er lysogen (for λ). Lysogen livssyklus er betinget av at λ-genene for DNA-replikasjon og for proteiner til nye viruspartikler blir repressert, slik at de ikke kommer til uttrykk. Dette gjøres av λ-repressoren eller ci-genproduktet, der ci er et λ-gen. λ-repressoren binder seg til egne operatorer, og dette hindrer transkripsjon av de øvrige λ-gener. Siden λ-repressoren lages i en lysogen celle, kan den ikke bli infisert av en ny λ-fag, den er immun mot dette. Hvis λ-repressoren blir forandret slik at den ikke binder seg til sine operatorområder, vil represjonen opphøre. Vi vil da få ekspresjon av de øvrige λ-gener. Resultatet blir produksjon av nye fagpartikler, dvs et lytisk livssløp. Vi har indusert λ fra en lysogen celle. UV-lys er en måte å indusere en lysogen E. coli på. UV-lys vil skade DNA i cellen. Dette fører bl.a. til områder med enkelttrådet DNA, ssdna. Proteinet RecA binder seg til disse områdene som et ledd i en rekombinasjon/reparasjonsmekanisme. Bundet slik vil RecA også få en proteaseaktivitet, og vil spalte og inaktivere repressorproteiner. Ett av disse er LexA, som er repressor for en rekke reparasjonsgener. Disse vil bli uttrykt når LexA-repressoren er inaktivert. Dette er den såkalte SOS-responsen. I vår sammenheng er det interessante at også λ-repressoren blir inaktivert, slik at vi får induksjon av den lysogene cellen.

22 22 Materialer og metoder Vi skal indusere E. coli K12 gal+ (λ) med UV-lys. Vi starter med å telle antall bakterier og antall fagpartikler i den utleverte cellesuspensjonen. Det kan forekomme spontan induksjon blant cellene, som gir opphav til fri λ-fag. En fri λ-fag gir opphav til en plakk. Merk at også indusert celle (som ennå ikke er lysert) også vil gi opphav til en plakk. Etter bestråling med UV-lys teller vi påny levende bakterier og plakk. Vi får nå se hvor mange bakterier som ikke har blitt indusert og har overlevet bestrålingen. En plakk vil her bety en indusert celle. Frie fagpartikler fra den opprinnelige suspensjonen er blitt borte pga sentrifugering. Etter inkubering og kloroformbehandling av de induserte E. coli-cellene teller vi bakterier og fag påny. Cellene skal nå være lysert, og lysatet skal ikke inneholde levende bakterier. De induserte cellene har sluppet fri λ-fag ut, og hver plakk vil skyldes en fri fag. VIKTIG: Når vi skal bestemme antall fagpartikler i en løsning må vi blande fagsuspensjonen med indikatorbakterier. Dette må være celler som er sensitive for den aktuelle fag. Våre fagpartikler kommer fra E. coli K12, og vi kan derved bruke E. coli K12 som indikatorbakterie (jfr. restriksjon og modifikasjon). Vi blander en passe fortynning av fag med indikatorbakterier, har dette i flytende softagar, og heller det på en plate. En fagpartikkel vil da infisere en celle på platen. De frigjorte fagpartiklene vil så infisere hver sin celle rundt den første, osv. Vi får da et klart område uten bakterievekst for hver opprinnelige fagpartikkel. Dette er en plakk. Utenom plakkene vil bakteriene vokse og danne et jevnt teppe av E. coli. En fortynningsrekke lages slik: Ta sterile eppendorfrør og merk dem 1, 2, 3 osv. Ha i 360 µl NB-medium el. l. i hvert rør. Ta deretter 40 µl fra kulturen over i det første røret. Bland i rør 1 ved å suge opp og tømme ut et par ganger med pipetten. Overfør 40 µl fra rør 1 til rør 2. Bland godt og overfør til rør 3 osv. Husk å merke alle rør og alle skåler som skal brukes på forhånd. Skålene merkes i bunnen.

23 23 Kjemikalier og utstyr Rør med 7 ml E. coli K12 gal + (λ), ca. 2 * 10 8 celler/ml ca 5 ml indikatorbakterier E. coli K12 ca. 2 * 10 8 celler/ml 14 LA-skåler 8 rør á 3 ml LA softagar (ved 47 o C) 20 ml sterilt LB-medium Liten erlenmeyerkolbe med 5ml 2xLB og glukose 10 ml 1mM MgSO 4 2 ml kloroform Steril petriskål UV-lys Erlenmeyerkolbe Ristevannbad ved 37 o C Bordsentrifuge Varmeskap ved 37 o C Fremgangsmåte 1. Pipetter 40 µl fra de utleverte 7 ml E. coli K12 gal + cellene over i et stort eppendorfrør ( P1) og sett dette på is. Sentrifuger resten av cellene ( 7 ml minus 40 µl) ned med 5000 rpm i 5 min. 2. Merk alle skåler og rør som skal brukes under forsøket. Lag en dekadisk fortynningsrekke av de 40 µl bakterieceller i rør P1, opp til 10-6 fortynning. (40 µl suspensjon og 360 µl LB-buljong osv). Når fortynningsrekken er laget, settes den på is, slik at utsåingen kan gjøres i punkt Hell forsiktig av væsken over celleklumpen fra pkt 1 og resuspender de sentrifugerte cellene i 7ml 1mM MgSO Hell cellesuspensjonen over i en steril petriskål og bestrål denne i 45 sek. med UV-lys. 5. Ta 40 µl fra den bestrålte suspensjonen over i et stort eppendorfrør (P2), sett dette på is og overfør videre 5 ml av den bestrålte suspensjonen til en liten erlenmeyerkolbe hvor det på forhånd er 5 ml dobbelt styrke LB, og glukose. Sett kolben til innkubering på ristevannbad (37 o C) i 2 timer. 6. Bakterieantall bestemmes ved å så ut 0.1 ml fra 10-5 og 10-6 fortynningene på LA-skåler. Fagantall bestemmes ved å ta ut 0.1 ml fra 10-2 og 10-3 fortynningene. Dette må blandes

24 24 med 0.2 ml indikatorbakterier i 3 ml softagar før det helles på LA-skåler. (Uten indikatorbakterier vil ikke fagen vokse!) 7. Lag en fortynningsrekke av rør P2 opp til 10-6 fortynning. Til bakterietellingen brukes 0.1 ml fra 10-4, 10-5 og 10-6 fortynningene, til fagtellingen 0.1ml fra 10-3, 10-4 og 10-5 fortynningene. (husk indikatorbakteriene) 8. Etter endt inkubering av den bestrålte suspensjonen, tilsettes 2ml kloroform, og kolben ristes godt. Cellene skal nå være lysert. 9. Ta ut 2 ml av de lyserte cellene og fordel på to eppendorfrør. Sentrifuger rørene ved rpm i 15 min. 10. Sug forsiktig av lysatet (vannfasen) fra de to rørene og overfør dette til et nytt, sterilt eppendorfrør. Du trenger bare ca. 0.6 ml til det videre arbeidet. 11. Lag en fortynningsrekke av lysatet opp til 10-7 fortynning. Bestem antall fag ved å så ut 0.1 ml fra 10-5, 10-6 og 10-7 fortynningene. (husk indikatorbakteriene) Test for bakterier gjøres deretter ved å så ut 0.1 ml direkte fra lysatet på en LA-skål. 12. Alle skåler inkuberes ved 37 o C. Lysatet, som inneholder fri λ-fag, skal brukes til transduksjon neste kursdag og oppbevares i kjøleskap. RAPPORT Resultatene føres inn sammen med resultater fra øvelse 3b.

25 25 DAG 2: 3B: TRANSDUKSJON AV λ-gal Innledning Overføring av arvemateriale mellom bakterier kan skje på ulike måter. Vi kjenner tre ulike prinsipper: 1. Transformasjon 2. Konjugasjon 3. Transduksjon Transformasjon innebærer at bakterier kan ta opp DNA fra sitt ytre miljø. Dette kan forekomme naturlig hos enkelte bakterier. Transformasjon kan også foregå kunstig, ved at bakterien behandles med CaCl 2 på forhånd. Dette brukes når man ønsker å overføre rekombinante plasmider til E. coli i forbindelse med kloning m.m. Dette har vært utført ved et tidligere kurs. Konjugasjon er en slags kjønnsprosess hos bakterier. Vi skal utføre dette i del 5 av dette kurset. Konjugasjon vil bli nærmere omtalt i den forbindelse. Transduksjon innebærer at bakteriegener kan pakkes inn i hodet på en bakteriofag. Dette skjer ved en feiltagelse. Når denne defekte fagen injiserer sitt DNA i en ny bakteriecelle (resipienten), kommer en bit av donorcellens DNA inn. Dette DNA kan erstatte det korresponderende DNA-stykket hos resipienten ved homolog rekombinasjon. Vi skiller mellom to typer transduksjon: Generell transduksjon, som innebærer at et tilfeldig (hvilket som helst) stykke av vertens DNA kan pakkes i faghodet hvis det har passe størrelse. Eksempel på dette er P1. Spesiell transduksjon innebærer at bare visse gener fra verten kan pakkes i faghodet. Protoypen her er λ, og det er dette vi skal studere i dette forsøket. Spesiell transduksjon med λ En E. coli-celle som er lysogen for λ inneholder fagens DNA integrert i sitt kromosom. Fagens DNA vil alltid bli integrert på samme plass i kromosomet. λ og E. coli har begge et område med samme baserekkefølge, som kalles att, for attachment. Det skjer en rekombinasjon mellom fagens og bakteriens att-områder. Dette medfører at λ (profagen) alltid

26 26 blir liggende mellom bestemte E. coli-gener. Genene gal og bio blir liggende på hver sin side av profagen. Ved induksjon blir λ DNA utskilt fra kromosomet igjen. Prosessen er tilsvarende integrasjon, ved at de to att-områdene blir liggende mot hverandre, og rekombinasjon kan skje. Enzymene integrase og excisionase deltar i denne prosessen. Induksjon medfører videre at det frigjøres et stort antall fri λ-fag etter lysis av bakterien. Noen ganger vil utskillelsen av λ DNA ikke skje nøyaktig slik den skal, men til siden for att. Se figur 5. Resultatet blir et DNA.stykke som mangler litt av fagens gener, men som istedet inneholder litt av bakteriens. Disse bakteriegenene blir da enten gal eller bio. Når disse pakkes i λ-hoder, får vi enten λgal eller λbio. Siden disse mangler noen av fagens gener, vil de normalt være defekte. Det betyr at de kan injisere sitt DNA i en ny celle, men ikke formere seg der. Figur 5. Viser dannelen av lambda fag som er skjevt utkuttet og som har fått med seg gal-genet fra verten. Materialer og metoder Etter UV-unduksjon av E. coli K12 gal + (λ) fikk vi et lysat (del 3a). Vi har tellet antall fagpartikler i dette. En liten brøkdel av fagen vil være transduserende fag av typen λgal +. Som resipient bruker vi celler som gal -. Hvis noen av cellene blir gal + må det bety at de har mottatt genet fra fagen. λ har i så fall overført genet gal + fra en bakteriecelle, donoren, til en annen, resipienten. Det er viktig at en bakterie bare blir infisert av én fag. Dette oppnår vi ved å ha lav m.o.i. (fag/bakterie), nemlig ca Hvis en celle blir infisert av en λgal (defekt) og en intakt λ samtidig, vil den intakte fagen gjøre at vi får lytisk livssyklus. Cellen dør, vi får produsert flere fagpartikler og vi får ikke registrert noen transduksjon av denne cellen.

27 27 Vi er interessert i celler som er infisert av λgal, og som derved kan motta dette genet. De fleste fagpartiklene er vanlig intakt λ, og vil gjennomgå lytisk livsløp. Vi inkuberer derfor bare i 20 minutter, slik at det ikke blir frigjort noen nye fagpartikler. Disse vil i så fall kunne infisere de transduserte cellene og drepe dem. Til å selektere transduserte celler, altså E. coli gal +, bruker vi skåler med minimalmedium og galaktose som eneste karbonkilde (MM-gal skåler). På disse skålene vokser ikke resipientcelene som var gal -, bare transduserte celler vil vokse her. På LA-skåler vil alle bakterier vokse. Kjemikalier og utstyr Fagsuspensjon fra del 3a Recipientkultur, E. coli gal -, resuspendert i 1mM MgSO 4, ca celler/ml 1mM MgSO 4 (flaske fra del 3 til fortynning av fagen) 2 LA-skåler 4 MM-gal skåler Eppendorfrør Vannbad, 37 o C Varmeskap, 37 o C Fremgangsmåte 1. Start med å regne ut antall fagpartikler i lysatet fra del 3a. Lag to fortynninger av lysatet i tillegg til at noe beholdes ufortynnet. Den ene fortynnes 5 ganger og den andre fortynnes til 10 8 fag pr. ml. 2. Lag en fortynningsrekke med resipientbakterien opptil Så ut 0.1ml fra10-5 og 10-6 fortynningene på LA-skåler for å bestemme antall celler. 3. I tre sterile eppendorfrør blandes 0.9ml resipientbakteriesuspensjon med 0.1ml lysat (λ). I et rør er lysatet henholdsvis ufortynnet, 5 x fortynnet eller fortynnet til 10 8 fag pr ml. Inkuber rørene i vannbad ved 37 o C i 20 minutter. 4. Etter inkubering såes 0.1ml av de tre blandingen (ufortynnet) ut på MM-gal skåler. Plat også ut 0.1ml av resipientceller som ikke har vært tilsatt lysat, som kontroll. Skålene inkuberes ved 37 o C til neste dag, da antall transduserte celler kan telles. RAPPORT

28 28 Felles rapport for del 3a og 3b: Sett opp resultatene av alle tellinger fra start til slutt av forsøkene, og beregn antall (fag evt. bakterier) pr.ml. Se tabell side 17. Forklar hva hver telling egentlig viser.

29 29 RESULTATER, Transduksjon Gruppe Før induksjon Celler (x 10 8 ) Fag (x 10 7 ) Etter induksjon Celler (x 10 8 ) Fag (x 10 8 ) Etter inkubering Celler Fag (x 10 7 ) LYSAT! Transduksjon Celler, recip. (x 10 8 ) MOI Transduserte gal + celler Transduksjonsfrekvens (transduserte celler pr. tilsatt fag)

30 30 LITTERATURLISTE 1. Laboratorie-øvelse: Kurs i Molekylær Biologi, Skolelabratoriet for Natur-fagene, UIO Biologisk institutt Andersen R. E. og Johansen R. F. «Sekvensering og Ekspresjon av DNA Reparasjonsgener», Hovedoppgave. 3. Augustson, Ragnhild «Restriksjonsenzymers aktivitet på DNA-plasmid pbr322», Bioteknologi lab oppgave , HIO-IU. 4. Sambrook, Fritsch &Maniatis «Molecular Cloning», (1, 2 og 3) 5. Shaffi, Uzma R. Indentifikasjon av individer ved DNA testing. Hovedprosjekt ved HIO-IU Boerwinkle, E., Xiong, W., Fourest, E., Chan, L., Rapid typing of tandemly repeated hypervariable loci by the polymerase chain reaction: Application to the apolipoprotein B 3 hypervariable region. Proc, Vatt. Acad. Sei, USA. 86: Helmin, P., Sajantila, A., Johnsen, V., Lukka, M., Peltonene, L Amplifikation of three hypervariable DNA regions by polymerase chain reaction for paternity determinations: Comparison with conventila methods and DNA fingerprints. Molecular and Cullular Probes. 6: Sajantila, A., Budowle, B Indentifation of individuals with DNA testing. Annals of Medicine

Hfr-stammer Kartlegging ved avbrutt konjugasjon (time of entry)

Hfr-stammer Kartlegging ved avbrutt konjugasjon (time of entry) BAKTERIE OG FAG GENETIKK Man studerer ofte E. coli fordi den inneholder få gener (4700 kb)sammenlihgnet med menneskets ca 6 mill kb, har kort generasjonstid (20 min) og er hele livssyklusen i haploid tilstand.

Detaljer

Molekylære metoder i medisinsk mikrobiologi.

Molekylære metoder i medisinsk mikrobiologi. - 1 - Molekylære metoder i medisinsk mikrobiologi. Laboratorieøvelser tirsdag 17.mars. Øvelser: 1. Ekstraksjon av nukleinsyrer ved varmelysering (S. aureus) 2. DNA-isolering med Qiagen kolonne (to prøver:

Detaljer

Molekylære metoder i medisinsk mikrobiologi.

Molekylære metoder i medisinsk mikrobiologi. - 1 - Molekylære metoder i medisinsk mikrobiologi. Laboratorieøvelser onsdag 18.mars 2014. Øvelser: 5. Gelelektroforese på PCR produkt fra meca og nuc PCR fra dag 1 6. Mycobakterium genus FRET realtime

Detaljer

HVEM HAR ETTERLATT DNA?

HVEM HAR ETTERLATT DNA? HVEM HAR ETTERLATT DNA? Hensikt Hensikten med forsøket er å utvikle en grunnleggende forståelse for DNA fingeravtrykksanalyser basert på restriksjonsenzymer og deres bruk i rettsmedisinske undersøkelser.

Detaljer

Hensikten med forsøket er å isolere eget DNA fra kinnceller, se hvordan det ser ut og hva det kan brukes til videre.

Hensikten med forsøket er å isolere eget DNA fra kinnceller, se hvordan det ser ut og hva det kan brukes til videre. DNA HALSKJEDE Hensikt Hensikten med forsøket er å isolere eget DNA fra kinnceller, se hvordan det ser ut og hva det kan brukes til videre. Bakgrunn Det humane genomet består av omtrent 2.9 milliarder basepar.

Detaljer

ML-208, generell informasjon

ML-208, generell informasjon ML-208, generell informasjon Emnekode: ML-208 Emnenavn: Molekylærbiologi Dato:20.12.2017 Varighet:4 timer Tillatte hjelpemidler: Ingen Merknader:Lag gjerne tegninger og figurer for å illustrere og forklare

Detaljer

LEKSJON 4: BIOTEKNOLOGI HVORDAN VI BRUKER NATURENS EGNE MEKANISMER TIL VÅR FORDEL, OG UTFORDRINGENE SOM FØLGER MED

LEKSJON 4: BIOTEKNOLOGI HVORDAN VI BRUKER NATURENS EGNE MEKANISMER TIL VÅR FORDEL, OG UTFORDRINGENE SOM FØLGER MED LEKSJON 4: BIOTEKNOLOGI HVORDAN VI BRUKER NATURENS EGNE MEKANISMER TIL VÅR FORDEL, OG UTFORDRINGENE SOM FØLGER MED KOMPETANSEMÅL Forklarebegrepene krysning og genmodifisering, og hvordan bioteknologi brukes

Detaljer

Figurer kapittel 8: Bioteknologi Figur s

Figurer kapittel 8: Bioteknologi Figur s 2 Figurer kapittel 8: Bioteknologi Figur s. 236 237 5' 3' 5' 3' DNA-primer 5' 3' DNA bit som skal kopieres Oppvarming 3' 5' 5' DNAprimer tilsettes 3' 3' 5' DNApolymerase Nytt DNA dannes Kopieringen gjentas

Detaljer

Oversikt over kap. 11. Kap. 11 Den direkte påvisning av genotype skiller individuelle genomer. Fire klasser av DNA polymorfismer.

Oversikt over kap. 11. Kap. 11 Den direkte påvisning av genotype skiller individuelle genomer. Fire klasser av DNA polymorfismer. Kap. 11 Den direkte påvisning av genotype skiller individuelle genomer Oversikt over kap. 11 Fire klasser av DNA variasjon til direkte påvisning av genotype. Metoder som bruker hybridisering, elektroforese,

Detaljer

PCR-BASERT DNA-FINGERPRINTING

PCR-BASERT DNA-FINGERPRINTING PCR-BASERT DNA-FINGERPRINTING Hensikt Hensikten med forsøket er å få en grunnleggende forståelse av PCR, se hvordan denne teknikken kan brukes til å lage genetiske fingeravtrykk (DNA-profiler) til benyttelse

Detaljer

1. INNLEDENDE GENETIKK 2 2. DNA - RNA 4 5. TRANSLASJON 6 6. REGULERING AV GENER 6 7. EUKARYOTE GENER 8 8. DNA REPLIKASJON, 8

1. INNLEDENDE GENETIKK 2 2. DNA - RNA 4 5. TRANSLASJON 6 6. REGULERING AV GENER 6 7. EUKARYOTE GENER 8 8. DNA REPLIKASJON, 8 OPPGAVER I GENETIKK Innholdsfortegnelse 1. INNLEDENDE GENETIKK 2 2. DNA - RNA 4 3.TRANSKRIPSJON 5 5. TRANSLASJON 6 6. REGULERING AV GENER 6 7. EUKARYOTE GENER 8 8. DNA REPLIKASJON, 8 9. MUTASJONER, REPARASJON

Detaljer

Flervalgsoppgaver: proteinsyntese

Flervalgsoppgaver: proteinsyntese Flervalgsoppgaver - proteinsyntese Hver oppgave har ett riktig svaralternativ. Proteinsyntese 1 Hva blir transkribert fra denne DNA sekvensen: 3'-C-C-G-A-A-T-G-T-C-5'? A) 3'-G-G-C-U-U-A-C-A-G-5' B) 3'-G-G-C-T-T-A-C-A-G-5'

Detaljer

FLERVALGSOPPGAVER BIOTEKNOLOGI

FLERVALGSOPPGAVER BIOTEKNOLOGI FLERVALGSOPPGAVER BIOTEKNOLOGI FLERVALGSOPPGAVER FRA EKSAMEN I BIOLOGI 2 V2008 - V2011 Disse flervalgsoppgavene er hentet fra eksamen i Biologi 2 del 1. Det er fire (eller fem) svaralternativer i hver

Detaljer

ML-208, generell informasjon

ML-208, generell informasjon ML-208, generell informasjon Emnekode: ML-208 Emnenavn: Molekylærbiologi Dato:20.12.2017 Varighet:4 timer Tillatte hjelpemidler: Ingen Merknader:Lag gjerne tegninger og figurer for å illustrere og forklare

Detaljer

FYS3710 Molekylærbiologi

FYS3710 Molekylærbiologi 1 2 I en eukaryot celle er kromosomene festet i en indre membran som omgir en kjerne. Proteinene produseres i cellens cytoplasma. 3 I en prokaryot celle (for eksempel en bakteriecelle) er det ett kromosom.

Detaljer

KUTTING AV DNA MED RESTRIKSJONSENZYMER

KUTTING AV DNA MED RESTRIKSJONSENZYMER KUTTING AV DNA MED RESTRIKSJONSENZYMER Kutting av DNA med restriksjonsenzymer Hensikt Hensikten med forsøket er å utvikle en grunnleggende forståelse av hvordan DNA kan kuttes med restriksjonsenzymer og

Detaljer

Laboratorieprotokoll for manuell rensing av DNA fra 0,5 ml prøve

Laboratorieprotokoll for manuell rensing av DNA fra 0,5 ml prøve Laboratorieprotokoll for manuell rensing av DNA fra 0,5 ml prøve For rensing av genomisk DNA fra innsamlingssett i seriene Oragene og ORAcollect. Du finner flere språk og protokoller på vårt nettsted,

Detaljer

Restriksjonsanalyse & Elektroforese av DNA

Restriksjonsanalyse & Elektroforese av DNA UTFORSK Restriksjonsanalyse & Elektroforese av DNA STUDENVEILEDNING FYBIKON AS Bakteriofag lambda Bakteriofag er virus som infiserer bakterier (av «bakterie» og det greske phagein, å spise, altså «den

Detaljer

Kap.14 Det prokaryote kromosom: Genetisk analyse i bakterier

Kap.14 Det prokaryote kromosom: Genetisk analyse i bakterier Kap.14 Det prokaryote kromosom: Genetisk analyse i bakterier Oversikt over kapittel 14 Generell oversikt over bakterier Variasjon i størrelser Metabolsk aktivitet Hvordan dyrke dem for å studere dem Det

Detaljer

PÅ JAKT ETTER SIGDCELLEANEMI

PÅ JAKT ETTER SIGDCELLEANEMI PÅ JAKT ETTER SIGDCELLEANEMI Hensikt Hensikten med forsøket er å utvikle en grunnleggende forståelse av mutasjoner i DNA og hvordan slike mutasjoner kan lede til genetiske sykdommer, samt å se hvordan

Detaljer

Hensikten med forsøket er å utvikle en grunnleggende forståelse av DNA-fingeravtrykksanalyser basert på restriksjonsenzymer.

Hensikten med forsøket er å utvikle en grunnleggende forståelse av DNA-fingeravtrykksanalyser basert på restriksjonsenzymer. DNA FINGERPRINTING I Hensikt Hensikten med forsøket er å utvikle en grunnleggende forståelse av DNA-fingeravtrykksanalyser basert på restriksjonsenzymer. Bakgrunn Variasjoner i restriksjonsenzymers kuttingsmønstre

Detaljer

Bioteknologi i dag muligheter for fremtiden

Bioteknologi i dag muligheter for fremtiden Bioteknologi i dag muligheter for fremtiden Arvestoff Genetisk materiale, DNA. Baser En del av et nukleotid som betegnes med bokstavene A, C, G og T. Med disse fire bokstavene skriver DNAtrådene sine beskjeder

Detaljer

PÅ JAKT ETTER MIN FAR

PÅ JAKT ETTER MIN FAR PÅ JAKT ETTER MIN FAR Hensikt Hensikten med forsøket er å utvikle en grunnleggende forståelse for DNA fingeravtrykksanalyser og deres bruk til å identifisere slektskap mellom personer. Bakgrunn Det genetiske

Detaljer

Sikkerhetsrisiko:lav. fare for øyeskade. HMS ruoner

Sikkerhetsrisiko:lav. fare for øyeskade. HMS ruoner Reaksjonskinetikk. jodklokka Risiko fare Oltak Sikkerhetsrisiko:lav fare for øyeskade HMS ruoner Figur 1 :risikovurdering Innledning Hastigheten til en kjemisk reaksjon avhenger av flere faktorer: Reaksjonsmekanisme,

Detaljer

Genetiske verktøy i Bacillus methanolicus

Genetiske verktøy i Bacillus methanolicus Genetiske verktøy i Bacillus methanolicus Elisabeth Margrete Stien Andersen Industriell kjemi og bioteknologi Oppgaven levert: Juni 2011 Hovedveileder: Trond Ellingsen, IBT Biveileder(e): Tonje Heggeset,

Detaljer

Metode for å kartlegge DNA-et og båndmønsteret det har. Brukes for å kartlegge slektskap eller identifisere individer innenfor rettsmedisin.

Metode for å kartlegge DNA-et og båndmønsteret det har. Brukes for å kartlegge slektskap eller identifisere individer innenfor rettsmedisin. 8: Den bioteknologiske tidsalderen Figur side 238 Proteiner fra olje og gass Bryggerier Meierivirksomhet Næringsmiddelindustri Fiskeavl Akvakultur Genmodifiserte organismer Planteavl Landbruk Husdyravl

Detaljer

Oppgave 2b V1979 Hvor i cellen foregår proteinsyntesen, og hvordan virker DNA og RNA i cellen under proteinsyntesen?

Oppgave 2b V1979 Hvor i cellen foregår proteinsyntesen, og hvordan virker DNA og RNA i cellen under proteinsyntesen? Bi2 «Genetikk» [3B] Målet for opplæringa er at elevane skal kunne gjere greie for transkripsjon og translasjon av gen og forklare korleis regulering av gen kan styre biologiske prosessar. Oppgave 2b V1979

Detaljer

Kosmos SF. Figurer kapittel 8 Den biologiske tidsalderen Figur s. 214 BIOTEKNOLOGI. Næringsmiddelindustri. Landbruk. Akvakultur

Kosmos SF. Figurer kapittel 8 Den biologiske tidsalderen Figur s. 214 BIOTEKNOLOGI. Næringsmiddelindustri. Landbruk. Akvakultur Figurer kapittel 8 Den biologiske tidsalderen Figur s. 214 Proteiner fra olje og gass Bryggerier Meierivirksomhet Næringsmiddelindustri Fiskeavl Akvakultur Genmodifiserte organismer Planteavl Landbruk

Detaljer

Amplifikasjonsteknikker - andre metoder

Amplifikasjonsteknikker - andre metoder Amplifikasjonsteknikker - andre metoder Svein Arne Nordbø TH-28973 17.03.15 Alternative amplifikasjonsmetoder Templat-amplifikasjons metoder Signal-amplifikasjonsmetoder Templat-amplifikasjons metoder

Detaljer

PKS BESTEMMELSE AV BAKTERIER OG SOPP I OLJEPRODUKTER MED MICROBMONITOR 2. Produktteknisk kompetanse- og servicesenter

PKS BESTEMMELSE AV BAKTERIER OG SOPP I OLJEPRODUKTER MED MICROBMONITOR 2. Produktteknisk kompetanse- og servicesenter PKS Produktteknisk kompetanse- og servicesenter BESTEMMELSE AV BAKTERIER OG SOPP I OLJEPRODUKTER MED MICROBMONITOR 2 Innhold 1 FORMÅL OG BEGRENSNINGER... 2 2 REFERANSEDOKUMENT... 2 3 DEFINISJONER...2 4

Detaljer

Molekylær patologi Amplifikasjonsmetoder

Molekylær patologi Amplifikasjonsmetoder Molekylær patologi Amplifikasjonsmetoder Emiel Janssen Seksjonsleder for Kvantitativ og Molekylær Patologi Daglig leder for laboratoriet for molekylær biologi Avdeling for Patologi Stavanger Universitetssjukehus

Detaljer

Klinisk molekylærmedisin (4): Indirekte diagnostikk ved koblingsanalyser

Klinisk molekylærmedisin (4): Indirekte diagnostikk ved koblingsanalyser PEDENDO_SISTE_slutt.qxd 18.12.2003 21:34 Side 32 Pediatrisk Endokrinologi 2003;17: 34-38 Klinisk molekylærmedisin (4): Indirekte diagnostikk ved koblingsanalyser Pål Rasmus Njølstad 1,2,3,Jørn V. Sagen

Detaljer

DNA FINGERPRINTING II

DNA FINGERPRINTING II DNA FINGERPRINTING II Hensikt Hensikten med forsøket er å utvikle en grunnleggende forståelse av DNA-fingeravtrykksanalyser basert på restriksjonsenzymer. Bakgrunn Ulike individer har variasjoner i DNA-sekvensen,

Detaljer

Hvordan standardisere en metode for isolering av plasmid til syntese av diabetes antigener?

Hvordan standardisere en metode for isolering av plasmid til syntese av diabetes antigener? Hvordan standardisere en metode for isolering av plasmid til syntese av diabetes antigener? Ranveig Østrem, Bioingeniør Hormonlaboratoriet, Aker Oslo Universitetssykehus Bakgrunn for analysen Pasienter

Detaljer

Forelesninger i BI Cellebiologi Proteinrensing - Væskekromatografi. Figure 3-43 b

Forelesninger i BI Cellebiologi Proteinrensing - Væskekromatografi. Figure 3-43 b Proteinrensing - Væskekromatografi Figure 3-43 b Proteinrensing - Væskekromatografi Ved affinitets-kromatografi brukes en søyle med kuler som er dekket med ligander (f.eks. et enzym-substrat eller et annet

Detaljer

Genkartlegging. Hva er egentlig et genkart? Genetisk og fysisk kartlegging

Genkartlegging. Hva er egentlig et genkart? Genetisk og fysisk kartlegging NTNU Genkartlegging 1 Termin IC Frank Skorpen Institutt for laboratoriemedisin, barne- og kvinnesykdommer Hva er egentlig et genkart? Kartet over det humane genom gir oss posisjonen av de ca 25,000 genene

Detaljer

Kjemisk reaksjon med kobberioner

Kjemisk reaksjon med kobberioner Kjemisk reaksjon med kobberioner Kobberioner får en intens blå farge sammen med ammoniakk. Er det kobberioner på overflaten av kobbermetall? Innhold 1 kobberplate (eller mynt) 1 bomullspinne med kobbersulfat,

Detaljer

Kosmos SF. Figurer kapittel 8: Den bioteknologiske tidsalderen Figur s. 234 BIOTEKNOLOGI. Næringsmiddelindustri. Landbruk.

Kosmos SF. Figurer kapittel 8: Den bioteknologiske tidsalderen Figur s. 234 BIOTEKNOLOGI. Næringsmiddelindustri. Landbruk. Figurer kapittel 8: Den bioteknologiske tidsalderen Figur s. 234 Proteiner fra olje og gass Bryggerier Meierivirksomhet Næringsmiddelindustri Fiskeavl Akvakultur Genmodifiserte organismer Planteavl Landbruk

Detaljer

TRANSFORMASJON AV E. COLI MED GFP

TRANSFORMASJON AV E. COLI MED GFP TRANSFORMASJON AV E. COLI MED GFP Hensikt Hensikten med forsøket er å få en grunnleggende forståelse for hvordan genetisk modifiserte organismer (GMO) kan fremstilles og hvordan dette fører til nye egenskaper

Detaljer

4260 Mikrobiologi. Midtprøveoppgaver. 02. oktober 2013

4260 Mikrobiologi. Midtprøveoppgaver. 02. oktober 2013 1 Høgskolen i Telemark Fakultet for allmennvitenskapelige fag 4260 Mikrobiologi Midtprøveoppgaver 02. oktober 2013 Tid: 2 timer Sidetall: 7 (40 spørsmål) Hjelpemidler: Ingen Velg kun ett svaralternativ

Detaljer

FYS 3710 Biofysikk og Medisinsk Fysikk, DNA, RNA, Translasjon, Transkripsjon Proteinsyntese, Cellesyklus

FYS 3710 Biofysikk og Medisinsk Fysikk, DNA, RNA, Translasjon, Transkripsjon Proteinsyntese, Cellesyklus FYS 3710 Biofysikk og Medisinsk Fysikk, 2017 7 DNA, RNA, Translasjon, Transkripsjon Proteinsyntese, Cellesyklus Einar Sagstuen, Fysisk institutt, UiO 18.09.2017 1 DNA A / C / G / T 2 -deoxyribose monofosfate

Detaljer

Kontinuasjonseksamen, MEDSEM2/ODSEM2/ERNSEM2 høst 2007 Onsdag 20. februar 2008 kl. 09:00-15:00

Kontinuasjonseksamen, MEDSEM2/ODSEM2/ERNSEM2 høst 2007 Onsdag 20. februar 2008 kl. 09:00-15:00 Kontinuasjonseksamen, MEDSEM2/ODSEM2/ERNSEM2 høst 2007 Onsdag 20. februar 2008 kl. 09:00-15:00 A. (18) Psoriasis er en sykdom som viser multifaktoriell arv. 1. Forklar hva som menes med begrepet multifaktoriell

Detaljer

Genfeil i kreftsvulster nøkkelen til en mer persontilpasset behandling?

Genfeil i kreftsvulster nøkkelen til en mer persontilpasset behandling? Genfeil i kreftsvulster nøkkelen til en mer persontilpasset behandling? Hege G. Russnes Forsker ved Avd. For Genetikk, Institutt for Kreftforskning og overlege ved Avd. For Patologi Oslo Universitetssykehus

Detaljer

Syrer og sure løsninger

Syrer og sure løsninger Syrer og sure løsninger I denne aktiviteten skal du prøve ut noen egenskaper til syrer og sure løsninger Innhold 1 BTB (bromtymolblått) i dråpeteller (blå) 1 saltsyre i dråpeteller med tynn stilk 1 eddik

Detaljer

Membran-proteiner (Del 3.4)

Membran-proteiner (Del 3.4) Membran-proteiner (Del 3.4) Poriner adskiller seg dramatisk fra andre integral proteiner. Finnes bl.a. i ytre membranen hos E.coli (se Figure 1-7). Poriner er med å beskytte bakterien mot toksiske forbindelser

Detaljer

DNA isolering Elektroforese av DNA og protein

DNA isolering Elektroforese av DNA og protein DNA isolering Elektroforese av DNA og protein Et teoritisk labkurs Medisin IA v/ Øyvind Halaas 1 Molekylær biologi er i hovedsak studiet av informasjonsbærerne DNA og proteiner De mest brukte metodene

Detaljer

GENTEKNOLOGISK ARBEID MED NAKENT DNA

GENTEKNOLOGISK ARBEID MED NAKENT DNA Sosial- og helsedepartementet Pb 8011 Dep. 0030 OSLO Oslo, 2. mai 1996. Ref. 96/00015-003RKA/401 GENTEKNOLOGISK ARBEID MED NAKENT DNA Det vises til brev fra Sosial- og helsedepartementet datert 6. februar

Detaljer

Jodklokke. Utstyr: Kjemikalier: Utførelse:

Jodklokke. Utstyr: Kjemikalier: Utførelse: Jodklokke Noe å veie i 2 stk 3L erlenmeyerkolber eller lignende 600 ml begerglass 2 stk 250 ml målesylindere Flasker til oppbevaring Stoppeklokke Stivelse, løselig HIO 3 (evt. KIO 3 ) Na 2 S 2 O 5 (evt.

Detaljer

Klinisk molekylærmedisin (3): DNA-sekvensering

Klinisk molekylærmedisin (3): DNA-sekvensering Pediatrisk Endokrinologi 2002;16:51 56 Klinisk molekylærmedisin (3): DNA-sekvensering elge Ræder 1, Maria Ræder 2, Pål Rasmus Njølstad 1,3,4 1 Pediatrisk institutt, Universitetet i Bergen; 2 Anestesiavdelingen

Detaljer

Genetisk variasjon hos jordskokk.

Genetisk variasjon hos jordskokk. Genetisk variasjon hos jordskokk. Bacheloroppgave i biologi Stine Kooyman 2006 Institutt for naturvitenskapelige fag Fakultet for realfag Høgskolen i Agder, Kristiansand Stine Kooyman 2006 HiA Bacheloroppgave

Detaljer

C V C. Bruksanvisning for Biofortuna SSPGo TM HLA No Template Control Kit BF-40-02. revisjon 2. Juli 2014

C V C. Bruksanvisning for Biofortuna SSPGo TM HLA No Template Control Kit BF-40-02. revisjon 2. Juli 2014 DOT137v1 English. Instructions for Use Biofortuna SSPGo TM HLA No Template Control Kit BF-40-02 Side 1 av 7 Bruksanvisning for Biofortuna SSPGo TM HLA No Template Control Kit BF-40-02 revisjon 2 Juli 2014

Detaljer

PCR-BASERT ANALYSE AV DNA-PROFILER

PCR-BASERT ANALYSE AV DNA-PROFILER PCR-BASERT ANALYSE AV DNA-PROFILER Hensikt PCR-basert analyse av DNA-profiler Hensikten med forsøket er å se hvordan DNA isoleres samt hvordan det kan brukes videre i DNAprofilering ved å bruke PCR og

Detaljer

Kapittel 12: FRA DNA TIL PROTEIN:

Kapittel 12: FRA DNA TIL PROTEIN: Kapittel 12: FRA DNA TIL PROTEIN: fra genotype til fenotype 1. Gener og polypeptider 2. DNA, RNA og informasjonsflow 3. Transkripsjon: DNA-dirigert RNA-syntese 4. Den genetiske kode 5. Aktører i Translasjon

Detaljer

Klinisk molekylærmedisin (5): Eksempler på funksjonelle analyser

Klinisk molekylærmedisin (5): Eksempler på funksjonelle analyser Pediatrisk Endokrinologi 2003;17: 64-69 Klinisk molekylærmedisin (5): Eksempler på funksjonelle analyser Pål Rasmus Njølstad 1,2,3, Lise Bjørkhaug 1 1 Seksjon for pediatri, Institutt for klinisk medisin

Detaljer

Enzymes make the world go around. Enzymer i dagliglivet

Enzymes make the world go around. Enzymer i dagliglivet Enzymes make the world go around Enzymer i dagliglivet Innledning Enzymer er i de fleste tilfellene proteiner som øker reaksjonshastigheten til biologiske prosesser. Derfor blir enzymer ofte kalt biologiske

Detaljer

Nitrering: Syntese av en fotokrom forbindelse

Nitrering: Syntese av en fotokrom forbindelse Nitrering: Syntese av en fotokrom forbindelse Anders Leirpoll I forsøket ble det syntetisert 2-(2,4 -dinitrobenzyl)pyridin fra benzylpyridin. Før og etter omkrystallisering var utbytte på henholdsvis 109

Detaljer

778115 PÅ JAKT ETTER KREFTGENET I

778115 PÅ JAKT ETTER KREFTGENET I 778115 PÅ JAKT ETTER KREFTGENET I Veiledning til forsøkssettet 778115 På jakt etter kreftgenet I Basert på produsentens originale forsøksveiledning Originalens tittel: Edvo-Kit #115 Cancer Gene Detection

Detaljer

4.4 Syre-basetitrering vi måler [H3O + ] og [OH ] i en løsning

4.4 Syre-basetitrering vi måler [H3O + ] og [OH ] i en løsning 4.4 Syre-basetitrering vi måler [H3O + ] og [OH ] i en løsning 4.109 Vil løsninger som fås ved blanding av like stoffmengder av de følgende syrene og basene være sure, basiske eller nøytrale? a HCl + KOH

Detaljer

Bruksanvisning for Yoghurtmaskin CB-1004

Bruksanvisning for Yoghurtmaskin CB-1004 Bruksanvisning for Yoghurtmaskin CB-1004 Sikkerhetsanvisninger Når en benytter elektrisk utstyr bør følgende sikkerhetsbestemmelser følges: 1 Les alle instruksjoner før en starter. 2 For å beskytte seg

Detaljer

Genetikk: DNA, DNA fingerprinting og celledeling

Genetikk: DNA, DNA fingerprinting og celledeling Genetikk: DNA, DNA fingerprinting og celledeling Navn: Klasse: KOMPETANSEMÅL I LÆREPL ANEN Læreplan i biologi - programfag i studiespesialiserende utdanningsprogram Biologi 2 Bioteknologi gjere greie for

Detaljer

Sikkerhetsrisiko:lav

Sikkerhetsrisiko:lav BESTEMMELSE AV C-VITAMININNHOLD Risiko fare Lltak Sikkerhetsrisiko:lav fare for øyeskade, knut glass, etsing HMS rulner, innsamling av kjemkalie avfall. Figur 1 risikovurdering Innledning I denne oppgaven

Detaljer

BIO 1000 LAB-ØVELSE 2. Populasjonsgenetikk 20. september 2005

BIO 1000 LAB-ØVELSE 2. Populasjonsgenetikk 20. september 2005 Navn: Parti: Journalen leveres senest tirsdag 27. September 2005 i kassen utenfor labben. BIO 1000 LAB-ØVELSE 2 Populasjonsgenetikk 20. september 2005 Faglig ansvarlig: Eli K. Rueness Hovedansvarlig for

Detaljer

2. Fremgangsmåten ifølge krav 1, hvori dsrna-duplekset har en lengde fra 8 basepar (bp) ti 30 bp.

2. Fremgangsmåten ifølge krav 1, hvori dsrna-duplekset har en lengde fra 8 basepar (bp) ti 30 bp. 1 Patentkrav 1. Fremgangsmåte for å endre et mål-dna, der fremgangsmåten omfatter å bringe mål-dna-et i kontakt med et kompleks omfattende: (a) et Cas9-polypeptid og (b) et enkeltmolekyl-rna som er målrettet

Detaljer

LABORATORIEJOURNAL I TBT4110 MIKROBIOLOGI DEL 1

LABORATORIEJOURNAL I TBT4110 MIKROBIOLOGI DEL 1 Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet Institutt for bioteknologi LABORATORIEJOURNAL I TBT4110 MIKROBIOLOGI DEL 1 Leveringsfrist: Fredag 26. februar Vårsemesteret 2010 Navn på kursdeltaker: Dette

Detaljer

Nye genetiske metoder for en mer effektiv overvåkning av giftproduserende cyanobakterier

Nye genetiske metoder for en mer effektiv overvåkning av giftproduserende cyanobakterier Nye genetiske metoder for en mer effektiv overvåkning av giftproduserende cyanobakterier Sigrid Haande, NIVA Fagtreff i Vannforeningen, 11.05.2009 25. mai 2009 1 Innhold Toksinproduserende cyanobakterier

Detaljer

UNIVERSITETET I AGDER

UNIVERSITETET I AGDER FAKULTET FOR TEKNOLOGI OG REALFAG EKSAMEN Emnekode: BI0105 Emnenavn: Genetikk og evolusjon Dato: 21. november 2011 Varighet: 2 timer Antall sider inkl. forside 8 Tillatte hjelpemidler: Kalkulator Merknader:

Detaljer

Leppepomade et kosmetisk produkt

Leppepomade et kosmetisk produkt Leppepomade et kosmetisk produkt Innhold 1 kokosfett, fast stoff 1 parafinvoks perler 1 aroma/smak i brunt glass 1 dråpeteller 1 rørepinne 1 tørkepapir Sikkerhet Ingen tiltak Ekstra varmt vann Separat

Detaljer

Lab forelesning. C-vitamin. Enzymer i hverdagen

Lab forelesning. C-vitamin. Enzymer i hverdagen Lab forelesning C-vitamin Enzymer i hverdagen C-vitamin eller askorbinsyre Finnes i svært mange frukter og grønnsaker Viktige kilder: appelsin paprika poteter C-vitamin Har mange viktige funksjoner i kroppen

Detaljer

Leucosep-rør LTK.615 PAKNINGSVEDLEGG. Brukes til in vitro-diagnostikk PI-LT.615-NO-V3

Leucosep-rør LTK.615 PAKNINGSVEDLEGG. Brukes til in vitro-diagnostikk PI-LT.615-NO-V3 Leucosep-rør LTK.615 PAKNINGSVEDLEGG Brukes til in vitro-diagnostikk PI-LT.615-NO-V3 Bruksanvisning Bruksområde Leucosep-rørene er beregnet til bruk ved oppsamling og separasjon av mononukleære celler

Detaljer

Creativ Candles. Lysstøping NORSK BRUKSANVISNING. Produktnummer: 3041 Bruksanvisningens versjonsnummer: - 1 -

Creativ Candles. Lysstøping NORSK BRUKSANVISNING. Produktnummer: 3041 Bruksanvisningens versjonsnummer: - 1 - Creativ Candles Lysstøping NORSK BRUKSANVISNING Produktnummer: 3041 Bruksanvisningens versjonsnummer: - 1 - Velkommen som kunde av teknotorget.no og eier av Creativ Candles fra Joustra! Vi takker for at

Detaljer

[0001] Denne oppfinnelsen omhandler en metode til fremstilling av et magnesiumformiat-basert porøst metalorganisk rammemateriale.

[0001] Denne oppfinnelsen omhandler en metode til fremstilling av et magnesiumformiat-basert porøst metalorganisk rammemateriale. 1 Beskrivelse [0001] Denne oppfinnelsen omhandler en metode til fremstilling av et magnesiumformiat-basert porøst metalorganisk rammemateriale. [0002] Magnesiumformiat som porøst metalorganisk rammemateriale

Detaljer

Kokeboka, oppskriften og kirsebærpaien

Kokeboka, oppskriften og kirsebærpaien Forskningsnyheter om Huntingtons sykdom. I et lettfattelig språk. Skrevet av forskere. Til det globale HS-fellesskapet. Farefull spleising - en ny måte å tenke om det skadelige huntingtinproteinet Forskere

Detaljer

Forfattere: Jenny Manne og Vilrun Otre Røssummoen, Bergen katedralskole

Forfattere: Jenny Manne og Vilrun Otre Røssummoen, Bergen katedralskole SPISS Tidsskrift for elever med teknologi og forskningslære i videregående skole på PC og mobil Forfattere: Jenny Manne og Vilrun Otre Røssummoen, Bergen katedralskole Abstrakt I vårt forsøk har vi undersøkt

Detaljer

GENETISKE MEKANISMER INVOLVERT I SPREDING AV RESISTENS

GENETISKE MEKANISMER INVOLVERT I SPREDING AV RESISTENS GENETISKE MEKANISMER INVOLVERT I SPREDING AV RESISTENS KRISTIN HEGSTAD OUTLINE Hvordan erverves nye egenskaper? Mekanismer for horisontal genoverføring (HGT) Genetiske elementer involvert i spredning Definisjoner

Detaljer

Alkohol med mange OH-grupper

Alkohol med mange OH-grupper 12. årstrinn Alkohol med mange OH-grupper Organiske forbindelser som inneholder én eller flere OH-grupper kalles alkoholer og navnet ender på ol. Polyetenol er en alkohol med mange tusen OH-grupper i hvert

Detaljer

Undersøkelse av biologiske spor

Undersøkelse av biologiske spor Undersøkelse av biologiske spor Bente Mevåg Avd.dir. Avdeling for biologiske spor Divisjon for rettsmedisinske fag Rettsmedisin, rettspatologi og rettsgenetikk, er bruk av biomedisinsk fagkunnskap i rettssamfunnets

Detaljer

27. aug. 2003 Konsentrasjonsmål.

27. aug. 2003 Konsentrasjonsmål. 27. aug. 200 Konsentrasjonsmål. Introduksjon I laboratoriet skal vi lage mange typer løsninger: standarder, løsninger av syrer, løsninger av baser og buffere. For at du skal kunne lage og benytte disse

Detaljer

FLERVALGSOPPGAVER EVOLUSJON

FLERVALGSOPPGAVER EVOLUSJON FLERVALGSOPPGAVER EVOLUSJON FLERVALGSOPPGAVER FRA EKSAMEN I BIOLOGI 2 V2008 - V2011 Disse flervalgsoppgavene er hentet fra eksamen i Biologi 2 del 1. Det er fire (eller fem) svaralternativer i hver oppgave,

Detaljer

Kapittel 9 Syrer og baser

Kapittel 9 Syrer og baser Kapittel 9 Syrer og baser 1. Syre og base (i) Definisjon (ii) Likevektsuttrykk og likevektskonstant (iii) Sterke syrer og sterke baser (iv) Svake syrer og svake baser 2. Vann som både syre og base (amfotært)

Detaljer

Molekylærbiologiske målemetoder: Mange metoder og noen anvendelser

Molekylærbiologiske målemetoder: Mange metoder og noen anvendelser Molekylærbiologiske målemetoder: Mange metoder og noen anvendelser Kari Bente Foss Haug, Seksjon for forskning Avdeling for medisinsk biokjemi Oslo universitetssykehus, Ullevål Molekylærbiologi: Molekylære

Detaljer

Spis 10 g gulrot, fyll inn skjemaet og regn ut. Husk å ta tiden når du går opp og ned. Gjenta dette med 10 g potetgull.

Spis 10 g gulrot, fyll inn skjemaet og regn ut. Husk å ta tiden når du går opp og ned. Gjenta dette med 10 g potetgull. 1.3 POTETGULLFORSØKET Dato: Formål: Vise sammenheng mellom energi, arbeid og effekt. Du skal sammenlikne energiinnholdet i potetgull og gulrot ved å bruke opp energien fra 10 g av hver av disse matvarene.

Detaljer

UNIVERSITETET I OSLO

UNIVERSITETET I OSLO UNIVERSITETET I OSLO Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet Eksamen i : INF2300 Grunnkurs i bioinformatikk Eksamensdag : Tirsdag 15. juni 2004 Tid for eksamen : 09.00 12.00 Oppgavesettet er på : 13

Detaljer

BIOTEKNOLOGI ~ Eksempler på undervisningsaktiviteter. Fagdag ~ Gyldendal Undervisning, Mandag 31.03.2014, Ragnhild Lyngved Staberg

BIOTEKNOLOGI ~ Eksempler på undervisningsaktiviteter. Fagdag ~ Gyldendal Undervisning, Mandag 31.03.2014, Ragnhild Lyngved Staberg 1 BIOTEKNOLOGI ~ Eksempler på undervisningsaktiviteter Fagdag ~ Gyldendal Undervisning, Mandag 31.03.2014, Ragnhild Lyngved Staberg Oversikt Gi tips om praktiske aktiviteter i forhold til konkrete læreplanmål.

Detaljer

Genotyping ved bruk av Loop-mediert Isotermal DNA-amplifisering (LAMP)

Genotyping ved bruk av Loop-mediert Isotermal DNA-amplifisering (LAMP) Genotyping ved bruk av Loop-mediert Isotermal DNA-amplifisering (LAMP) Hundhausen, T.; Hulsbeek, M.; Avreid, T.; Heggøy, M.; Lacsamana, N.; Tednes, U.; Slettan, A. Genotyping is the process of determining

Detaljer

Status i forskning: Demens og arvelighet. Arvid Rongve Psykiatrisk Klinikk Helse Fonna

Status i forskning: Demens og arvelighet. Arvid Rongve Psykiatrisk Klinikk Helse Fonna Status i forskning: Demens og arvelighet Arvid Rongve Psykiatrisk Klinikk Helse Fonna Arvelighet og genetiske metoder Alzheimers sykdom og arvelighet Hva kan vi lære av de nye genene? Betydning for behandling

Detaljer

Tissue_LC_200_V7_DSP og Tissue_HC_200_V7_DSP (brukervalidert for QIAsymphony DSP DNA Mini-sett)

Tissue_LC_200_V7_DSP og Tissue_HC_200_V7_DSP (brukervalidert for QIAsymphony DSP DNA Mini-sett) August 2015 QIAsymphony SP-protokollark Tissue_LC_200_V7_DSP og Tissue_HC_200_V7_DSP (brukervalidert for QIAsymphony DSP DNA Mini-sett) Dette dokumentet er Tissue_LC_200_V7_DSP og Tissue_HC_200_V7_DSP

Detaljer

Alkohol med mange OH-grupper

Alkohol med mange OH-grupper Alkohol med mange OH-grupper Organiske forbindelser som inneholder én eller flere OH-grupper kalles alkoholer og navnet ender på ol. Polyvinylakohol (PVA) er en alkohol med mange tusen OH-grupper i hvert

Detaljer

Forord. I tillegg vil jeg takke Kristoffer, Renate, Tormod og Alf for trivelig samvær både på og utenfor universitetet under hele mastergraden.

Forord. I tillegg vil jeg takke Kristoffer, Renate, Tormod og Alf for trivelig samvær både på og utenfor universitetet under hele mastergraden. 1 Forord Denne masteroppgaven i marin bioteknologi ble utført ved Norges fiskerihøyskole (NFH) ved fakultet for biovitenskap, fiskeri og økonomi (BFE), Universitetet i Tromsø. Veiledere var Hans-Matti

Detaljer

1. En ikke-naturlig forekommende eller konstruert sammensetning omfattende:

1. En ikke-naturlig forekommende eller konstruert sammensetning omfattende: 1 Patentkrav EP2931898 1. En ikke-naturlig forekommende eller konstruert sammensetning omfattende: et leveringssystem som er operativt konfigurert for å levere CRISPR-Caskomplekskomponenter eller polynukleotidsekvenser

Detaljer

Dersom spillerne ønsker å notere underveis: penn og papir til hver spiller.

Dersom spillerne ønsker å notere underveis: penn og papir til hver spiller. "FBI-spillet" ------------- Et spill for 4 spillere av Henrik Berg Spillmateriale: --------------- 1 vanlig kortstokk - bestående av kort med verdi 1 (ess) til 13 (konge) i fire farger. Kortenes farger

Detaljer

Karbondioksid i pusten

Karbondioksid i pusten Karbondioksid i pusten Luften vi puster ut inneholder gassen karbondioksid. Hva skjer når gassen karbondioksid løses i vann? Vi bruker BTB-løsning som er en syrebaseindikator som er blå i basisk løsning

Detaljer

... Proteiner og enzymer. kofaktor. polypeptid

... Proteiner og enzymer. kofaktor. polypeptid 30 Proteiner og enzymer Proteiner er bygd opp av rekker av aminosyrer som er kveilet sammen ved hjelp av bindinger på kryss og tvers, såkalte peptidbindinger. Slike oppkveilete rekker av aminosyrer kaller

Detaljer

BIO 1000 LAB-ØVELSE 1

BIO 1000 LAB-ØVELSE 1 Navn: Parti: Journalen leveres senest tirsdag 13. September 2005 i kassen utenfor labben. BIO 1000 LAB-ØVELSE 1 MENDELSK GENETIKK 6. september 2005 Faglig ansvarlig: Hovedansvarlig for lab-øvelsen: Øystein

Detaljer

bruksanvisninger Introduksjon Advarsel Slik virker FertilCount For produktet FertilCount

bruksanvisninger Introduksjon Advarsel Slik virker FertilCount For produktet FertilCount bruksanvisninger For produktet FertilCount Les instruksjonen nøye før bruk. Hvis du har spørsmål, kan du sende mail til post@fertil.no. Introduksjon FertilCount tester din sædcellekonsentrasjon. Testen

Detaljer

Problembakterier karakterisering og genotyping. André Ingebretsen Avdeling for smittevern og Avdeling for mikrobiologi Oslo universitetssykehus

Problembakterier karakterisering og genotyping. André Ingebretsen Avdeling for smittevern og Avdeling for mikrobiologi Oslo universitetssykehus Problembakterier karakterisering og genotyping André Ingebretsen Avdeling for smittevern og Avdeling for mikrobiologi Oslo universitetssykehus Mikroorganismer finnes i alle miljøer? Estimat av biodiversitet

Detaljer

Temmet mat. Feltkurs i naturfag, Ernæring og helse MELK. Dato: Navn: www.natursenter.no

Temmet mat. Feltkurs i naturfag, Ernæring og helse MELK. Dato: Navn: www.natursenter.no : Feltkurs for videregående skole Temmet mat Feltkurs i naturfag, Ernæring og helse MELK Dato: Navn: www.natursenter.no Vg1 Naturfag, Ernæring og helse Mål for opplæringen er at eleven skal kunne beskrive

Detaljer

2 BIO HØST GENERELL IMMUNOLOGI OG MEDISINSK MIKROBIOLOGI HBIO2003

2 BIO HØST GENERELL IMMUNOLOGI OG MEDISINSK MIKROBIOLOGI HBIO2003 2 BIO HØST GENERELL IMMUNOLOGI OG MEDISINSK MIKROBIOLOGI HBIO2003 Delemne: MIKROBIOLOGI LABORATORIEKURS I MIKROBIOLOGI MÅL: Holdninger Studentene skal ta ansvar for å: - gi beskjed når vedkommende ikke

Detaljer

R Opphavet til rømt smolt i Oltesvikbekken i Ryfylke våren 2008 A P P O R T. Rådgivende Biologer AS 1168

R Opphavet til rømt smolt i Oltesvikbekken i Ryfylke våren 2008 A P P O R T. Rådgivende Biologer AS 1168 R Opphavet til rømt smolt i Oltesvikbekken i Ryfylke våren 2008 A P P O R T Rådgivende Biologer AS 1168 Rådgivende Biologer AS RAPPORT TITTEL: Opphavet til rømt laksesmolt i Oltesvikbekken i Ryfylke våren

Detaljer

Cappelens kjemikurs. Tradisjonelle kjemiforsøk med utradisjonelt utstyr i utradisjonelle lokaler. Egenaktivitet for kursdeltakerne

Cappelens kjemikurs. Tradisjonelle kjemiforsøk med utradisjonelt utstyr i utradisjonelle lokaler. Egenaktivitet for kursdeltakerne Cappelens kjemikurs Tradisjonelle kjemiforsøk med utradisjonelt utstyr i utradisjonelle lokaler. Egenaktivitet for kursdeltakerne Utstyr Store plastbegere Små plastbegere Reaksjonsbrett Pipetter Rør Stativer

Detaljer